PDB-9qz3: MINPP1 from Bacteroides thetaiotaomicron T30I mutant complex with...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9qz3

タイトル

MINPP1 from Bacteroides thetaiotaomicron T30I mutant complex with myo-inositol hexakissulfate

要素

Multiple inositol polyphosphate phosphatase 1

キーワード

HYDROLASE / Histidine phosphatase / phytase / mutant / complex

機能・相同性

multiple inositol-polyphosphate phosphatase / 2,3-bisphosphoglycerate 3-phosphatase / Histidine phosphatase superfamily, clade-2 / Histidine phosphatase superfamily (branch 2) / Histidine phosphatase superfamily / hydrolase activity / membrane / D-MYO-INOSITOL-HEXASULPHATE / Multiple inositol polyphosphate phosphatase 1

機能・相同性情報

生物種

Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Shang, X.Y. / Salmon, M. / Hemmings, A.M.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: A Structural Basis for the Stereospecificity of Multiple Inositol Polyphosphate Phosphatases
著者: Salmon, M. / Shang, X.Y. / Li, A.W.H. / Hemmings, A.M.

履歴

登録	2025年4月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年5月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9qz3.cif.gz	409.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9qz3.ent.gz	274.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9qz3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qz/9qz3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qz/9qz3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9qyvC 9qywC 9qyxC 9qyyC 9qyzC 9qz0C 9qz1C 9qz2C 4fdt 4fdu 5cu7 5cx4 C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#225 - 2018年9月フィターゼ (Phytase) 類似性 (5) #257 - 2021年5月胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin) 類似性 (1) #50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Multiple inositol polyphosphate phosphatase 1

B: Multiple inositol polyphosphate phosphatase 1

ヘテロ分子

99.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Multiple inositol polyphosphate phosphatase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
49.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Multiple inositol polyphosphate phosphatase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
49.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.851, 114.166, 75.483
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 107.370, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Multiple inositol polyphosphate phosphatase 1 / 2 / 3-bisphosphoglycerate 3-phosphatase 分子量: 49215.480 Da / 分子数: 2 / 変異: T30I / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア) 遺伝子: BT_4744 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta2 参照: UniProt: Q89YI8, multiple inositol-polyphosphate phosphatase, 2,3-bisphosphoglycerate 3-phosphatase
#2: 化合物	ChemComp-IHS / D-MYO-INOSITOL-HEXASULPHATE / myo-イノシト-ルヘキサスルファ-ト分子量: 660.535 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₂O₂₄S₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 496 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.22 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 0.2 M ammonium acetate pH 5.0 18 % (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9762 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→60.93 Å / Num. obs: 77466 / % possible obs: 99.61 % / 冗長度: 6.9 % / B_iso Wilson estimate: 22.31 Å² / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 9.38
反射シェル	解像度: 1.8→1.864 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.75 / Num. unique obs: 7551 / CC_1/2: 0.755

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.8→60.93 Å / SU ML: 0.2026 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 22.4084
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2147	3804	4.93 %
R_work	0.1832	73369	-
obs	0.1847	77173	99.6 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.17 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→60.93 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6516	0	72	496	7084

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0084	6845
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9497	9303
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0566	1009
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0079	1168
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.8923	942

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.82	0.3106	139	0.3099	2570	X-RAY DIFFRACTION	96.17
1.82-1.85	0.3461	133	0.2951	2753	X-RAY DIFFRACTION	99.07
1.85-1.87	0.3436	139	0.2725	2701	X-RAY DIFFRACTION	99.4
1.87-1.9	0.3058	167	0.2551	2651	X-RAY DIFFRACTION	99.19
1.9-1.93	0.2849	138	0.2475	2737	X-RAY DIFFRACTION	99.52
1.93-1.96	0.2749	146	0.2299	2663	X-RAY DIFFRACTION	99.26
1.96-1.99	0.2454	168	0.2116	2731	X-RAY DIFFRACTION	99.72
1.99-2.02	0.2372	142	0.2079	2654	X-RAY DIFFRACTION	99.75
2.02-2.06	0.2564	130	0.206	2741	X-RAY DIFFRACTION	99.72
2.06-2.1	0.237	114	0.1972	2735	X-RAY DIFFRACTION	99.51
2.1-2.14	0.2267	132	0.1843	2730	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.14-2.19	0.2304	127	0.188	2715	X-RAY DIFFRACTION	99.79
2.19-2.24	0.2306	150	0.1831	2716	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.24-2.3	0.192	140	0.1822	2730	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.3-2.36	0.2238	116	0.1757	2786	X-RAY DIFFRACTION	99.79
2.36-2.43	0.216	164	0.175	2639	X-RAY DIFFRACTION	99.68
2.43-2.51	0.236	147	0.1764	2729	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.51-2.6	0.2119	146	0.1804	2743	X-RAY DIFFRACTION	99.83
2.6-2.7	0.2486	125	0.1745	2703	X-RAY DIFFRACTION	99.75
2.7-2.82	0.1877	146	0.1714	2705	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.82-2.97	0.2153	133	0.1715	2749	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.97-3.16	0.2148	160	0.1692	2716	X-RAY DIFFRACTION	100
3.16-3.4	0.1689	159	0.1709	2711	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4-3.74	0.1896	128	0.1654	2763	X-RAY DIFFRACTION	100
3.74-4.28	0.2019	131	0.1678	2760	X-RAY DIFFRACTION	99.93
4.29-5.4	0.1613	151	0.1593	2733	X-RAY DIFFRACTION	100
5.4-60.93	0.2249	133	0.1858	2805	X-RAY DIFFRACTION	99.86

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.355897813005	0.0330026140214	0.00688208976246	0.262070925755	-0.111311493537	0.236727523062	0.0247694258545	-0.0520098523342	-0.00691796788007	-0.0112121083647	-0.0190358574909	0.0102844665396	0.00321330932622	-0.012208330025	-4.9457258773E-6	0.160210897359	-0.00192846517168	-0.00553290254694	0.141665765474	0.0078360236896	0.141793352694	119.972373965	-5.89567266513	0.149047864
2	0.352794190494	-0.0269956574629	-0.0809940740869	0.142991648105	0.119547989748	0.282314292427	0.00991680623356	0.0196100652028	0.0219782680657	-0.00490784781459	-0.0240605922629	-0.00570225481715	-0.000883257439179	-0.00301889030812	-6.45321345082E-6	0.15271349465	0.00304540965474	0.000638571907264	0.151494298618	-0.0113281050965	0.147570521496	129.486365331	13.4375831918	30.6657331611

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth seq-ID: 19 - 424 / Label seq-ID: 1 - 399

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	(chain 'A' and resid 19 through 424)	A	A
2	2	(chain 'B' and resid 19 through 424)	B	B

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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