PDB-9qyx: MINPP1 from Bacteroides thetaiotaomicron T30E mutant complex with...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9qyx

タイトル

MINPP1 from Bacteroides thetaiotaomicron T30E mutant complex with myo-inositol hexakissulfate

要素

Multiple inositol polyphosphate phosphatase 1

キーワード

HYDROLASE / Histidine phosphatase / phytase / mutant / complex

機能・相同性

multiple inositol-polyphosphate phosphatase / 2,3-bisphosphoglycerate 3-phosphatase / bisphosphoglycerate 3-phosphatase activity / Histidine phosphatase superfamily, clade-2 / Histidine phosphatase superfamily (branch 2) / Histidine phosphatase superfamily / membrane / D-MYO-INOSITOL-HEXASULPHATE / Multiple inositol polyphosphate phosphatase 1

機能・相同性情報

生物種

Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.54 Å

データ登録者

Shang, X.Y. / Salmon, M. / Hemmings, A.M.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: A Structural Basis for the Stereospecificity of Multiple Inositol Polyphosphate Phosphatases
著者: Salmon, M. / Shang, X.Y. / Li, A.W.H. / Hemmings, A.M.

履歴

登録	2025年4月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年5月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9qyx.cif.gz	410.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9qyx.ent.gz	294.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9qyx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qy/9qyx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qy/9qyx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9qyvC 9qywC 9qyyC 9qyzC 9qz0C 9qz1C 9qz2C 9qz3C 4fdt 4fdu C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#225 - 2018年9月フィターゼ (Phytase) 類似性 (5) #257 - 2021年5月胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin) 類似性 (1) #50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Multiple inositol polyphosphate phosphatase 1

B: Multiple inositol polyphosphate phosphatase 1

ヘテロ分子

101 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Multiple inositol polyphosphate phosphatase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
50.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Multiple inositol polyphosphate phosphatase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
50.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	52.930, 118.580, 75.080
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 107.410, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Multiple inositol polyphosphate phosphatase 1 / 2 / 3-bisphosphoglycerate 3-phosphatase 分子量: 49231.438 Da / 分子数: 2 / 変異: T30E / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア) 株: VPI-5482 / 遺伝子: BT_4744 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta2 参照: UniProt: Q89YI8, multiple inositol-polyphosphate phosphatase, 2,3-bisphosphoglycerate 3-phosphatase
#2: 化合物	ChemComp-IHS / D-MYO-INOSITOL-HEXASULPHATE 分子量: 660.535 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₂O₂₄S₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 656 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.13 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 0.2 M ammonium acetate pH 5.0 18 % (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9762 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2019年4月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.54→50.51 Å / Num. obs: 127568 / % possible obs: 97.97 % / 冗長度: 6.8 % / B_iso Wilson estimate: 24.41 Å² / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 15.95
反射シェル	解像度: 1.54→1.595 Å / 冗長度: 4.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.13 / Num. unique obs: 10978 / CC_1/2: 0.53 / % possible all: 84.31

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.54→50.51 Å / SU ML: 0.1889 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.6759
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.199	6324	4.96 %
R_work	0.1785	121237	-
obs	0.1795	127561	97.97 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.63 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.54→50.51 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6511	0	144	656	7311

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0102	6979
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.5532	9528
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.3631	1054
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0084	1168
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.8384	1012

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.54-1.56	0.375	190	0.3402	3247	X-RAY DIFFRACTION	78.42
1.56-1.58	0.3366	188	0.3197	3468	X-RAY DIFFRACTION	85.44
1.58-1.6	0.3334	189	0.3041	3694	X-RAY DIFFRACTION	89.18
1.6-1.62	0.289	211	0.2654	3857	X-RAY DIFFRACTION	94.6
1.62-1.64	0.2798	206	0.2561	3989	X-RAY DIFFRACTION	97.58
1.64-1.66	0.2599	224	0.2447	4018	X-RAY DIFFRACTION	97.34
1.66-1.68	0.2695	214	0.2329	4045	X-RAY DIFFRACTION	99.42
1.68-1.71	0.2541	207	0.2278	4198	X-RAY DIFFRACTION	99.71
1.71-1.73	0.2768	215	0.2428	4086	X-RAY DIFFRACTION	99.86
1.73-1.76	0.269	202	0.2523	4106	X-RAY DIFFRACTION	99.79
1.76-1.79	0.267	205	0.238	4096	X-RAY DIFFRACTION	99.88
1.79-1.83	0.2375	200	0.2297	4187	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.83-1.86	0.2614	203	0.2106	4075	X-RAY DIFFRACTION	99.95
1.86-1.9	0.2062	218	0.19	4127	X-RAY DIFFRACTION	99.82
1.9-1.94	0.225	226	0.1881	4087	X-RAY DIFFRACTION	99.88
1.94-1.99	0.2219	221	0.1913	4079	X-RAY DIFFRACTION	99.86
1.99-2.04	0.2015	201	0.1903	4175	X-RAY DIFFRACTION	99.84
2.04-2.09	0.2279	192	0.186	4102	X-RAY DIFFRACTION	99.91
2.09-2.15	0.2018	204	0.1879	4121	X-RAY DIFFRACTION	99.65
2.15-2.22	0.2076	203	0.1806	4152	X-RAY DIFFRACTION	99.91
2.22-2.3	0.2286	233	0.1847	4115	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.3-2.39	0.2142	239	0.1816	4066	X-RAY DIFFRACTION	99.91
2.39-2.5	0.1962	225	0.1836	4132	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.5-2.63	0.2137	194	0.1847	4127	X-RAY DIFFRACTION	100
2.63-2.8	0.2074	222	0.1846	4139	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.8-3.01	0.1995	226	0.1809	4098	X-RAY DIFFRACTION	99.98
3.01-3.32	0.1791	215	0.1721	4165	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.32-3.8	0.1916	216	0.1611	4136	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8-4.78	0.1537	242	0.1326	4132	X-RAY DIFFRACTION	99.95
4.78-50.51	0.1541	193	0.157	4218	X-RAY DIFFRACTION	99.82

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.540691999258	0.138087950752	-0.157727038334	0.802016395522	-0.259464974553	0.783965992944	0.0244273236843	-0.0624471861333	-0.0489816118226	0.0605911789252	-0.0099007188047	0.0494302246045	0.00850106620888	0.0194906559874	-0.0158043953855	0.158120351447	0.00376016851485	-0.0100190499239	0.1893429022	0.0059194996551	0.161210491033	16.7528210303	-8.64800943139	0.120642414192
2	0.777589786559	-0.123900590548	-0.0559629406149	0.689215177808	-0.0521474689257	1.09525942094	0.0356193420769	0.0973695437707	0.0581296058374	-0.0190605587489	-0.0250680012953	0.042842114181	-0.123992072665	-0.111476299943	-0.00812236898507	0.161667694839	-0.0059778974478	-0.0107669295394	0.196956532575	0.0150579972464	0.136039419586	27.2868203841	10.6142503588	30.4680631279

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	(chain 'A' and resid 18 through 424)	A	A	18 - 424	1 - 400
2	2	(chain 'B' and resid 20 through 424)	B	B	20 - 424	1 - 398

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