PDB-9qyz: MINPP1 from Bacteroides thetaiotaomicron A31Y mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9qyz

タイトル

MINPP1 from Bacteroides thetaiotaomicron A31Y mutant

要素

Multiple inositol polyphosphate phosphatase 1

キーワード

HYDROLASE / Histidine phosphatase / phytase / mutant / complex

機能・相同性

機能・相同性情報

multiple inositol-polyphosphate phosphatase / 2,3-bisphosphoglycerate 3-phosphatase / hydrolase activity / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Li, A.W.H. / Shang, X.Y. / Hemmings, A.M.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: A Structural Basis for the Stereospecificity of Multiple Inositol Polyphosphate Phosphatases
著者: Salmon, M. / Shang, X.Y. / Li, A.W.H. / Hemmings, A.M.

履歴

登録	2025年4月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年5月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年5月14日	Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9qyz.cif.gz	415.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9qyz.ent.gz	281.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9qyz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9qyz_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9qyz_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	9qyz_validation.xml.gz	40.3 KB	表示
CIF形式データ	9qyz_validation.cif.gz	54.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qy/9qyz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qy/9qyz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9qyvC 9qywC 9qyxC 9qyyC 9qz0C 9qz1C 9qz2C 9qz3C 4fdt 4fdu 5cu7 5cx4 C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#225 - 2018年9月フィターゼ (Phytase) 類似性 (4) #257 - 2021年5月胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin) 類似性 (1) #50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Multiple inositol polyphosphate phosphatase 1

B: Multiple inositol polyphosphate phosphatase 1

ヘテロ分子

99.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Multiple inositol polyphosphate phosphatase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
49.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Multiple inositol polyphosphate phosphatase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
49.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	52.540, 115.120, 75.990
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 107.920, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Multiple inositol polyphosphate phosphatase 1 / 2 / 3-bisphosphoglycerate 3-phosphatase 分子量: 49295.523 Da / 分子数: 2 / 変異: A31Y / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア) 遺伝子: BT_4744 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: Q89YI8, multiple inositol-polyphosphate phosphatase, 2,3-bisphosphoglycerate 3-phosphatase
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION 分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION 分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 438 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.54 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 0.2 M ammonium acetate pH 5.0 18 % (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.969 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.969 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→61.23 Å / Num. obs: 61493 / % possible obs: 98.39 % / 冗長度: 3.8 % / B_iso Wilson estimate: 24.86 Å² / CC_1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 11.17
反射シェル	解像度: 1.95→2.02 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.89 / Num. unique obs: 6037 / CC_1/2: 0.826

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.95→61.23 Å / SU ML: 0.1842 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.9913
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1833	3120	5.07 %
R_work	0.1517	58373	-
obs	0.1533	61493	98.4 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.13 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→61.23 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6498	0	38	438	6974

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0081	6935
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9354	9430
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.06	1008
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0085	1207
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.7441	961

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.95-1.98	0.2667	140	0.2214	2539	X-RAY DIFFRACTION	96.99
1.98-2.01	0.2444	149	0.2021	2634	X-RAY DIFFRACTION	97.38
2.01-2.05	0.2457	131	0.1782	2624	X-RAY DIFFRACTION	97.8
2.05-2.08	0.2354	120	0.1715	2637	X-RAY DIFFRACTION	97.8
2.08-2.12	0.2005	151	0.1642	2609	X-RAY DIFFRACTION	97.49
2.13-2.17	0.2013	124	0.1596	2675	X-RAY DIFFRACTION	97.73
2.17-2.22	0.183	141	0.1569	2628	X-RAY DIFFRACTION	98.44
2.22-2.27	0.2017	143	0.1555	2640	X-RAY DIFFRACTION	98.03
2.27-2.32	0.2078	126	0.1616	2656	X-RAY DIFFRACTION	98.06
2.32-2.39	0.1951	140	0.1562	2672	X-RAY DIFFRACTION	98.42
2.39-2.46	0.1916	146	0.1586	2614	X-RAY DIFFRACTION	98.43
2.46-2.54	0.2029	167	0.1531	2655	X-RAY DIFFRACTION	98.67
2.54-2.63	0.2012	140	0.1501	2679	X-RAY DIFFRACTION	98.81
2.63-2.73	0.1785	139	0.1466	2655	X-RAY DIFFRACTION	98.94
2.73-2.86	0.1693	137	0.1501	2636	X-RAY DIFFRACTION	99.11
2.86-3.01	0.194	159	0.1496	2694	X-RAY DIFFRACTION	99.17
3.01-3.2	0.1909	155	0.1549	2653	X-RAY DIFFRACTION	98.98
3.2-3.44	0.1742	140	0.1523	2697	X-RAY DIFFRACTION	99.33
3.44-3.79	0.149	136	0.1418	2694	X-RAY DIFFRACTION	99.26
3.79-4.34	0.1554	143	0.1323	2707	X-RAY DIFFRACTION	99.2
4.34-5.46	0.1475	142	0.1345	2689	X-RAY DIFFRACTION	99.12
5.46-61.23	0.1997	151	0.1599	2686	X-RAY DIFFRACTION	97.69

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.775522552366	0.140868629507	0.142101828242	0.812059222384	-0.116649245264	0.422941300887	0.0581167249373	-0.0946463985384	-0.0572870386105	0.0253200199037	-0.0396285717672	0.0598044502557	0.0462387220544	-0.0355642300078	-0.0148885518095	0.134888526313	-0.00628007110339	-0.0040988683622	0.131668662767	0.00229476799082	0.100551263454	16.5291651559	-10.1765118663	-0.00702251480184
2	0.959664347946	-0.325480373341	-0.109343426201	0.669659153668	0.184266627214	0.681649604493	-0.00844921657715	0.0253223302907	0.0320495265744	0.0297773047174	-0.0172204339684	0.0663450805924	-0.0367341833812	-0.0160092051979	0.0282309104519	0.152773868386	-0.0327193195142	-0.00440307729892	0.156184807741	-0.00676264225212	0.152934352548	25.9759882	9.32532429005	30.8809400218

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth seq-ID: 21 - 426 / Label seq-ID: 1

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	(chain 'A' and resid 21 through 426)	A	A - B
2	2	(chain 'B' and resid 21 through 426)	B	C - D

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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