PDB-9qyw: MINPP1 from Bacteroides thetaiotaomicron R275W mutant complex wit...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9qyw

タイトル

MINPP1 from Bacteroides thetaiotaomicron R275W mutant complex with myo-inositol hexakissulfate

要素

Multiple inositol polyphosphate phosphatase 1

キーワード

HYDROLASE / Histidine phosphatase / phytase / mutant / complex

機能・相同性

multiple inositol-polyphosphate phosphatase / 2,3-bisphosphoglycerate 3-phosphatase / Histidine phosphatase superfamily, clade-2 / Histidine phosphatase superfamily (branch 2) / Histidine phosphatase superfamily / hydrolase activity / membrane / D-MYO-INOSITOL-HEXASULPHATE / Multiple inositol polyphosphate phosphatase 1

機能・相同性情報

生物種

Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.76 Å

データ登録者

Shang, X.Y. / Salmon, M. / Hemmings, A.M.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: A Structural Basis for the Stereospecificity of Multiple Inositol Polyphosphate Phosphatases
著者: Salmon, M. / Shang, X.Y. / Li, A.W.H. / Hemmings, A.M.

履歴

登録	2025年4月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年5月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9qyw.cif.gz	423.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9qyw.ent.gz	288 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9qyw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qy/9qyw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qy/9qyw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9qyvC 9qyxC 9qyyC 9qyzC 9qz0C 9qz1C 9qz2C 9qz3C 4fdt 4fdu 5cu7 5cx4 C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#225 - 2018年9月フィターゼ (Phytase) 類似性 (5) #257 - 2021年5月胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin) 類似性 (1) #50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Multiple inositol polyphosphate phosphatase 1

B: Multiple inositol polyphosphate phosphatase 1

ヘテロ分子

101 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Multiple inositol polyphosphate phosphatase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
50.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Multiple inositol polyphosphate phosphatase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
50.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	52.916, 119.013, 75.311
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 107.570, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Multiple inositol polyphosphate phosphatase 1 / 2 / 3-bisphosphoglycerate 3-phosphatase 分子量: 49232.441 Da / 分子数: 2 / 変異: R275W / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア) 株: VPI-5482 / 遺伝子: BT_4744 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta2 参照: UniProt: Q89YI8, multiple inositol-polyphosphate phosphatase, 2,3-bisphosphoglycerate 3-phosphatase
#2: 化合物	ChemComp-IHS / D-MYO-INOSITOL-HEXASULPHATE / myo-イノシト-ルヘキサスルファ-ト分子量: 660.535 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₂O₂₄S₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 618 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.43 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 0.2 M ammonium acetate pH 5.0 18 % (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9762 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.76→71.8 Å / Num. obs: 87756 / % possible obs: 98.06 % / 冗長度: 7 % / B_iso Wilson estimate: 23.62 Å² / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 8.41
反射シェル	解像度: 1.9→1.968 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.22 / Num. unique obs: 8707 / CC_1/2: 0.655

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.76→71.8 Å / SU ML: 0.2216 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.4514
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2094	4316	4.92 %
R_work	0.1787	83395	-
obs	0.1802	87711	99.9 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.21 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.76→71.8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6513	0	144	618	7275

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0078	6944
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.4963	9470
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.1398	1034
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0089	1171
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.4547	978

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.76-1.78	0.3211	116	0.3058	2709	X-RAY DIFFRACTION	98.88
1.78-1.8	0.3628	141	0.3187	2790	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.8-1.82	0.3521	162	0.2956	2757	X-RAY DIFFRACTION	99.83
1.82-1.85	0.3361	121	0.2774	2775	X-RAY DIFFRACTION	99.72
1.85-1.87	0.2805	146	0.2558	2759	X-RAY DIFFRACTION	99.86
1.87-1.9	0.3064	160	0.241	2799	X-RAY DIFFRACTION	99.9
1.9-1.92	0.2801	141	0.2383	2738	X-RAY DIFFRACTION	99.9
1.92-1.95	0.2593	136	0.2214	2812	X-RAY DIFFRACTION	99.9
1.95-1.98	0.2616	155	0.2202	2729	X-RAY DIFFRACTION	99.76
1.98-2.01	0.2551	156	0.21	2755	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.01-2.05	0.2457	150	0.2069	2795	X-RAY DIFFRACTION	100
2.05-2.09	0.2206	149	0.1996	2751	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.09-2.13	0.2412	140	0.1826	2809	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.13-2.17	0.2176	140	0.1824	2757	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.17-2.22	0.2035	125	0.179	2822	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.22-2.27	0.2058	167	0.1724	2734	X-RAY DIFFRACTION	100
2.27-2.33	0.2546	152	0.1761	2775	X-RAY DIFFRACTION	100
2.33-2.39	0.1935	135	0.1713	2772	X-RAY DIFFRACTION	99.83
2.39-2.46	0.2401	145	0.1723	2783	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.46-2.54	0.1923	146	0.181	2787	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.54-2.63	0.1951	146	0.1766	2782	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.63-2.73	0.2134	151	0.1751	2768	X-RAY DIFFRACTION	100
2.73-2.86	0.2055	138	0.1766	2772	X-RAY DIFFRACTION	100
2.86-3.01	0.2102	103	0.1745	2872	X-RAY DIFFRACTION	100
3.01-3.2	0.2089	138	0.1729	2774	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2-3.44	0.2078	132	0.1708	2810	X-RAY DIFFRACTION	100
3.44-3.79	0.2021	173	0.155	2781	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.79-4.34	0.1628	131	0.1531	2804	X-RAY DIFFRACTION	100
4.34-5.47	0.1551	152	0.1418	2808	X-RAY DIFFRACTION	100
5.47-71.8	0.184	169	0.1732	2816	X-RAY DIFFRACTION	99.77

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.990476084307	0.247447449515	-0.01627739542	1.26189090468	-0.468585577864	1.27247966576	0.0547463423869	-0.122518314678	-0.105016629952	0.0843354183069	-0.000442158105818	0.0964948233929	0.0252470785548	-0.0352175149253	-0.0455717234091	0.116210736681	0.0113532894917	-0.00158290588593	0.15106761023	0.013711752321	0.128948170636	16.7453634518	-8.67111573406	0.196869583025
2	1.31168862489	-0.276641611721	-0.140443313828	0.930838444926	-0.0206405635594	1.41020176921	0.0309720246652	0.145661236784	0.0930233871981	-0.0281153967651	-0.0379875432165	0.0299053802537	-0.163947907327	-0.110814604922	0.0117874732561	0.158632965034	-0.0236990922492	-0.0191974362635	0.173314633355	0.0231292385374	0.122133152839	27.019881491	10.6730963194	30.6852465831

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	(chain 'A' and resid 18 through 424)	A	A	18 - 424	1 - 400
2	2	(chain 'B' and resid 20 through 424)	B	B	20 - 424	1 - 398

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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