PDB-9qyv: MINPP1 from Bacteroides thetaiotaomicron Q276W mutant complex wit...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9qyv

タイトル

MINPP1 from Bacteroides thetaiotaomicron Q276W mutant complex with myo-inositol hexakissulfate

要素

Multiple inositol polyphosphate phosphatase 1

キーワード

HYDROLASE / Histidine phosphatase / phytase / mutant / complex

機能・相同性

機能・相同性情報

multiple inositol-polyphosphate phosphatase / 2,3-bisphosphoglycerate 3-phosphatase / hydrolase activity / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Shang, X.Y. / Salmon, M. / Hemmings, A.M.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: A Structural Basis for the Stereospecificity of Multiple Inositol Polyphosphate Phosphatases
著者: Salmon, M. / Shang, X.Y. / Li, A.W.H. / Hemmings, A.M.

履歴

登録	2025年4月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年5月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9qyv.cif.gz	414.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9qyv.ent.gz	281.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9qyv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9qyv_validation.pdf.gz	2.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9qyv_full_validation.pdf.gz	2.1 MB	表示
XML形式データ	9qyv_validation.xml.gz	42.3 KB	表示
CIF形式データ	9qyv_validation.cif.gz	57 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qy/9qyv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qy/9qyv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9qywC 9qyxC 9qyyC 9qyzC 9qz0C 9qz1C 9qz2C 9qz3C 4fdt 4fdu 5cu7 5cx4 C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#225 - 2018年9月フィターゼ (Phytase) 類似性 (5) #257 - 2021年5月胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin) 類似性 (1) #50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Multiple inositol polyphosphate phosphatase 1

B: Multiple inositol polyphosphate phosphatase 1

ヘテロ分子

101 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Multiple inositol polyphosphate phosphatase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
49.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Multiple inositol polyphosphate phosphatase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
50.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	52.311, 120.823, 75.719
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 107.630, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Multiple inositol polyphosphate phosphatase 1 / 2 / 3-bisphosphoglycerate 3-phosphatase 分子量: 49261.508 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア) 遺伝子: BT_4744 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta2 参照: UniProt: Q89YI8, multiple inositol-polyphosphate phosphatase, 2,3-bisphosphoglycerate 3-phosphatase
#2: 化合物	ChemComp-IHS / D-MYO-INOSITOL-HEXASULPHATE / myo-イノシト-ルヘキサスルファ-ト分子量: 660.535 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₂O₂₄S₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 457 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.86 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 0.2 M ammonium acetate pH 5.0 18 % (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9762 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→48.45 Å / Num. obs: 69085 / % possible obs: 98.06 % / 冗長度: 7.1 % / B_iso Wilson estimate: 26.39 Å² / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 12.37
反射シェル	解像度: 1.9→1.968 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.46 / Num. unique obs: 6544 / CC_1/2: 0.883

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.9→48.45 Å / SU ML: 0.1581 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 20.2982
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2085	3432	4.97 %
R_work	0.1702	65653	-
obs	0.1721	69085	98.02 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.18 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→48.45 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6496	0	113	457	7066

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0082	6867
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.0683	9349
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0597	1018
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0087	1163
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.0967	957

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.93	0.2252	121	0.2195	2444	X-RAY DIFFRACTION	91.97
1.93-1.95	0.2935	123	0.2071	2511	X-RAY DIFFRACTION	93.97
1.95-1.98	0.2503	132	0.1981	2570	X-RAY DIFFRACTION	96.16
1.98-2.01	0.2481	134	0.18	2614	X-RAY DIFFRACTION	97.38
2.01-2.05	0.2096	144	0.176	2586	X-RAY DIFFRACTION	97.22
2.05-2.08	0.2429	162	0.1762	2594	X-RAY DIFFRACTION	98.04
2.08-2.12	0.2336	142	0.1759	2591	X-RAY DIFFRACTION	97.92
2.12-2.16	0.2162	139	0.1722	2646	X-RAY DIFFRACTION	97.58
2.16-2.2	0.2208	151	0.1614	2554	X-RAY DIFFRACTION	98.36
2.2-2.25	0.2198	136	0.166	2646	X-RAY DIFFRACTION	98.37
2.25-2.3	0.2461	133	0.1714	2634	X-RAY DIFFRACTION	97.84
2.3-2.36	0.2158	146	0.1625	2649	X-RAY DIFFRACTION	97.97
2.36-2.43	0.194	143	0.1699	2611	X-RAY DIFFRACTION	98.6
2.43-2.5	0.1752	124	0.1713	2656	X-RAY DIFFRACTION	98.72
2.5-2.58	0.2303	134	0.1724	2626	X-RAY DIFFRACTION	98.71
2.58-2.67	0.2253	140	0.1704	2634	X-RAY DIFFRACTION	98.65
2.67-2.78	0.224	151	0.1714	2639	X-RAY DIFFRACTION	98.59
2.78-2.9	0.2295	161	0.1716	2645	X-RAY DIFFRACTION	99.01
2.9-3.06	0.2079	116	0.1681	2662	X-RAY DIFFRACTION	99.29
3.06-3.25	0.1878	120	0.1716	2689	X-RAY DIFFRACTION	98.84
3.25-3.5	0.1655	152	0.1729	2644	X-RAY DIFFRACTION	99.61
3.5-3.85	0.2284	148	0.1583	2660	X-RAY DIFFRACTION	99.33
3.85-4.41	0.1898	118	0.1648	2706	X-RAY DIFFRACTION	99.44
4.41-5.55	0.1697	121	0.1604	2714	X-RAY DIFFRACTION	99.68
5.55-48.45	0.225	141	0.1788	2728	X-RAY DIFFRACTION	99.48

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.926947166062	0.152140109633	0.096142742269	1.2118564058	-0.258497236561	1.23989147945	0.0385323833299	-0.0946752853848	-0.0653306086352	0.0163104778427	-0.0143519473287	0.0828963443639	-0.0145293789412	-0.0790551660936	-0.0145479684762	0.136351777581	0.0200599933927	-0.00222682778029	0.175320029126	0.00404115068441	0.140318659943	16.4135895315	-8.79666262747	0.805304442228
2	1.09380722422	-0.209709348043	-0.0247716143092	0.949653376228	0.230170661436	1.04006540813	-0.0101978186119	0.0674823741476	0.0494915125716	0.0146295825831	-0.0302860922791	0.0547664111021	-0.0861294319818	0.00145469330404	0.0389375959015	0.171209913771	-0.0268831281916	-0.00784643147099	0.166184777626	0.00847675556536	0.148965434024	25.7225571783	11.0995449655	31.9922485115

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	(chain 'A' and resid 21 through 424)	A	A	21 - 424	1 - 397
2	2	(chain 'B' and resid 20 through 424)	B	B	20 - 424	1 - 398

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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