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- PDB-9qls: Human dysferlin (1-2017) in the lipid-free, Ca2+-bound state -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9qls
タイトルHuman dysferlin (1-2017) in the lipid-free, Ca2+-bound state
要素Dysferlin
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Ferlins / dysferlin / multi-C2 domains / lipid nanodisc
機能・相同性
機能・相同性情報


monocyte activation involved in immune response / regulation of neurotransmitter secretion / calcium-dependent phospholipid binding / macrophage activation involved in immune response / negative regulation of phagocytosis / endocytic vesicle / Smooth Muscle Contraction / T-tubule / cytoplasmic vesicle membrane / sarcolemma ...monocyte activation involved in immune response / regulation of neurotransmitter secretion / calcium-dependent phospholipid binding / macrophage activation involved in immune response / negative regulation of phagocytosis / endocytic vesicle / Smooth Muscle Contraction / T-tubule / cytoplasmic vesicle membrane / sarcolemma / phospholipid binding / centriolar satellite / synaptic vesicle membrane / late endosome / early endosome / endosome / calcium ion binding / extracellular exosome / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Ferlin A-domain / FerA (NUC095) domain / FerA / Ferlin B-domain / FerIin domain / Ferlin, C-terminal domain / Ferlin, second C2 domain / Ferlin family / Ferlin, third C2 domain / Ferlin, fourth C2 domain ...Ferlin A-domain / FerA (NUC095) domain / FerA / Ferlin B-domain / FerIin domain / Ferlin, C-terminal domain / Ferlin, second C2 domain / Ferlin family / Ferlin, third C2 domain / Ferlin, fourth C2 domain / Ferlin, fifth C2 domain / Ferlin, sixth C2 domain / Ferlin, first C2 domain / : / FerB (NUC096) domain / FerI (NUC094) domain / Ferlin C-terminus / Ferlin dsRNA-binding domain-like domain / FerB / FerI / Peroxin/Ferlin domain / Dysferlin domain, N-terminal region. / Dysferlin domain, C-terminal region. / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain / C2 domain / C2 domain profile. / C2 domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.54 Å
データ登録者Cretu, C. / Moser, T.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)CR 937/2-1 and EXC 2067/1-390729940 ドイツ
引用ジャーナル: EMBO J / 年: 2025
タイトル: Structural insights into lipid membrane binding by human ferlins.
著者: Constantin Cretu / Aleksandar Chernev / Csaba Zoltán Kibédi Szabó / Vladimir Pena / Henning Urlaub / Tobias Moser / Julia Preobraschenski /
要旨: Ferlins are ancient membrane proteins with a unique architecture, and play central roles in crucial processes that involve Ca-dependent vesicle fusion. Despite their links to multiple human diseases ...Ferlins are ancient membrane proteins with a unique architecture, and play central roles in crucial processes that involve Ca-dependent vesicle fusion. Despite their links to multiple human diseases and numerous functional studies, a mechanistic understanding of how these multi-C domain-containing proteins interact with lipid membranes to promote membrane remodelling and fusion is currently lacking. Here we obtain near-complete cryo-electron microscopy structures of human myoferlin and dysferlin in their Ca- and lipid-bound states. We show that ferlins adopt compact, ring-like tertiary structures upon membrane binding. The top arch of the ferlin ring, composed of the CC-CD region, is rigid and exhibits only little variability across the observed functional states. In contrast, the N-terminal CB and the C-terminal CF-CG domains cycle between alternative conformations and, in response to Ca, close the ferlin ring, promoting tight interaction with the target membrane. Probing key domain interfaces validates the observed architecture, and informs a model of how ferlins engage lipid bilayers in a Ca-dependent manner. This work reveals the general principles of human ferlin structures and provides a framework for future analyses of ferlin-dependent cellular functions and disease mechanisms.
履歴
登録2025年3月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年6月4日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dysferlin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)234,6247
ポリマ－234,3831
非ポリマー2406
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 Dysferlin / Dystrophy-associated fer-1-like protein / Fer-1-like protein 1


分子量: 234383.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Cytosolic domain of human dysferlin (residues 1-2017), cloned in frame with an N-terminal twin-StrepII affinity tag.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DYSF, FER1L1 / プラスミド: pCC17 / 詳細 (発現宿主): twin-StrepII-HRV3C-Dysferlin(1-2017) / Cell (発現宿主): Hi5 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: O75923
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Lipid-free human dysferlin (1-2017) in the Ca2+-bound state
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mM4-(2-Hydroxyethyl)-1-piperazine ethanesulfonic acidHEPES1
2150 mMpotassium chlorideKCl1
32.5 % (v/v)glycerolC3H8O31
41 mMDithiothreitolDTT1
51 mMcalcium chlorideCaCl21
試料濃度: 1.08 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: Prior to cryo-EM grid preparation, the sample was subjected to GraFix, in the presence of 1 mM CaCl2, buffer exchanged and concentrated to A280~1.08. After the application of 3 uL sample, the ...詳細: Prior to cryo-EM grid preparation, the sample was subjected to GraFix, in the presence of 1 mM CaCl2, buffer exchanged and concentrated to A280~1.08. After the application of 3 uL sample, the grid was blotted for 3 s at a blot force of 5 and frozen in liquid ethane cooled by liquid nitrogen.
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 165000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2300 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 3.01 sec. / 電子線照射量: 40.184 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 15910
詳細: Two datasets were collected from the same grid: (i) Dataset 1: 8641 movies, 4582 movies were accepted after curation, total fluence on sample 40.184 e-/A2 (3.01 s per exposure) (ii) Dataset 2: ...詳細: Two datasets were collected from the same grid: (i) Dataset 1: 8641 movies, 4582 movies were accepted after curation, total fluence on sample 40.184 e-/A2 (3.01 s per exposure) (ii) Dataset 2: 7269 movies, 4727 movies were accepted after curation, total fluence on sample 40.227 e-/A2 (2.96 s per exposure)
電子光学装置エネルギーフィルター名称: TFS Selectris
詳細: Energy filter slit width was set to either 15 eV (Dataset 1) or 10 eV (Dataset 2)
エネルギーフィルタースリット幅: 15 eV

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARCv.4.1粒子像選択
2EPU画像取得
4cryoSPARCv.4.1CTF補正
7UCSF Chimerav.1.16モデルフィッティング
8ISOLDEモデルフィッティング
10cryoSPARCv.4.1初期オイラー角割当
11cryoSPARCv.4.1最終オイラー角割当
12RELIONv.4.0分類
13cryoSPARCv.4.1３次元再構成
14PHENIX1.21.2_5419モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 2861382
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.54 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 29793 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 162.24 / プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL
原子モデル構築Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 173.97 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.003811379
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.915515430
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.05211656
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0081995
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d6.17251506

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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