PDB-9lqe: Crystal structure of SAM lyase in complex with SAH

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9lqe

タイトル

Crystal structure of SAM lyase in complex with SAH

要素

SAM lyase

キーワード

IMMUNE SYSTEM / enzyme / SAM / CRISPR-Cas system / second messenger

機能・相同性

S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.94 Å

データ登録者

Duan, B. / Zhao, B.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Mechanisms of SAM-AMP synthesis and degradation in antiviral type III CRISPR signaling.
著者: Duan, B. / Zhao, B.

履歴

登録	2025年1月28日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2025年11月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9lqe.cif.gz	330.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9lqe.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9lqe.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lq/9lqe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lq/9lqe	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	63293C 63294C 63295C 63296C 9lq5C 9lq6C 9lq7C 9lq8C 9lq9C 9lqaC 9lqbC 9lqcC 9lqdC 9lqfC 9lqgC 9lqhC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#181 - 2015年1月カスケードとCRISPR (Cascade and CRISPR) 類似性 (1)

登録構造単位

A: SAM lyase

B: SAM lyase

C: SAM lyase

D: SAM lyase

E: SAM lyase

F: SAM lyase

G: SAM lyase

H: SAM lyase

I: SAM lyase

J: SAM lyase

K: SAM lyase

L: SAM lyase

ヘテロ分子

180 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: SAM lyase

B: SAM lyase

C: SAM lyase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
45.3 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: SAM lyase

E: SAM lyase

F: SAM lyase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
45.3 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

G: SAM lyase

H: SAM lyase

I: SAM lyase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
44.9 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

J: SAM lyase

K: SAM lyase

L: SAM lyase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
44.9 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	124.588, 124.588, 138.564
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	76
Space group name H-M	P4₁

#1: タンパク質	SAM lyase 分子量: 14318.152 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Clostridium botulinum (strain Hall / ATCC 3502 / NCTC 13319 / Type A) (ボツリヌス菌) 遺伝子: CBO2178 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A5I3U9
#2: 化合物	... ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE 分子量: 384.411 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₁₄H₂₀N₆O₅S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 915 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.7 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 30% w/v Polyethylene glycol 1,000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 153 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL10U2 / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年4月20日
放射	モノクロメーター: Si(111) DCM / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.94→88.1 Å / Num. obs: 155895 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.7 % / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 8
反射シェル	解像度: 1.94→1.99 Å / Num. unique obs: 11501 / CC_1/2: 0.673

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.21.1_5286: ???)	精密化
xia2		データスケーリング
xia2		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.94→88.1 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.82 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2185	7725	4.97 %
R_work	0.1853	-	-
obs	0.1869	155277	99.55 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.94→88.1 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11978	0	572	915	13465

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.793
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.651	4567
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	1936
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	2127

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.94-1.96	0.3063	248	0.267	4792	X-RAY DIFFRACTION	97
1.96-1.98	0.3016	252	0.2413	4921	X-RAY DIFFRACTION	100
1.98-2.01	0.2527	259	0.2274	4961	X-RAY DIFFRACTION	100
2.01-2.03	0.2564	256	0.2183	4915	X-RAY DIFFRACTION	100
2.03-2.06	0.2403	276	0.211	4849	X-RAY DIFFRACTION	100
2.06-2.09	0.2258	265	0.2027	4906	X-RAY DIFFRACTION	100
2.09-2.12	0.2249	296	0.2044	4901	X-RAY DIFFRACTION	100
2.12-2.15	0.2723	214	0.2052	4942	X-RAY DIFFRACTION	100
2.15-2.18	0.2478	277	0.2081	4892	X-RAY DIFFRACTION	100
2.18-2.22	0.2522	257	0.2234	4896	X-RAY DIFFRACTION	99
2.22-2.26	0.2745	252	0.2282	4897	X-RAY DIFFRACTION	99
2.26-2.3	0.2887	284	0.2275	4870	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3-2.34	0.2615	227	0.2314	4910	X-RAY DIFFRACTION	99
2.34-2.39	0.2877	255	0.2325	4927	X-RAY DIFFRACTION	99
2.39-2.44	0.2633	257	0.2221	4932	X-RAY DIFFRACTION	100
2.44-2.5	0.2688	225	0.2102	4885	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5-2.56	0.2705	260	0.2101	4903	X-RAY DIFFRACTION	100
2.56-2.63	0.2351	247	0.202	4944	X-RAY DIFFRACTION	100
2.63-2.71	0.2741	257	0.2057	4931	X-RAY DIFFRACTION	100
2.71-2.8	0.2433	243	0.21	4908	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8-2.9	0.2079	249	0.2037	4938	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9-3.01	0.2293	261	0.2001	4916	X-RAY DIFFRACTION	99
3.01-3.15	0.2379	251	0.197	4942	X-RAY DIFFRACTION	100
3.15-3.32	0.2121	276	0.1776	4931	X-RAY DIFFRACTION	100
3.32-3.52	0.2141	295	0.179	4896	X-RAY DIFFRACTION	100
3.52-3.8	0.224	251	0.1647	4965	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8-4.18	0.1835	248	0.1558	4954	X-RAY DIFFRACTION	100
4.18-4.78	0.1452	265	0.1387	4973	X-RAY DIFFRACTION	100
4.78-6.03	0.1857	268	0.1541	4965	X-RAY DIFFRACTION	100
6.03-88.1	0.1573	254	0.1455	4990	X-RAY DIFFRACTION	99

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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