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万見
- PDB-9lq7: Cryo-EM structure of NTR-bound type III-B CRISPR-Cas effector complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9lq7
タイトルCryo-EM structure of NTR-bound type III-B CRISPR-Cas effector complex
要素
  • CRISPR type III-B/RAMP module-associated protein Cmr5
  • CRISPR-associated protein Cmr3
  • Cmr1
  • NTR
  • RAMP superfamily protein
  • Type III-B CRISPR module RAMP protein Cmr4
  • Type III-B CRISPR-associated protein Cas10/Cmr2
  • crRNA
キーワードIMMUNE SYSTEM/RNA / CRISPR-Cas complex / adaptive immunity / RNA degradation / second messenger / IMMUNE SYSTEM-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


defense response to virus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
CRISPR-associated protein (Cas_Cmr5) / CRISPR-associated protein, TM1791 / CRISPR-associated protein, Cmr3 / CRISPR-associated protein (Cas_Cmr3) / CRISPR-associated protein, Cmr5 / CRISPR-associated RAMP Cmr4 / AF1862-like domain superfamily / CRISPR-associated protein Cmr2 / CRISPR-associated protein Cmr2, N-terminal / CRISPR-Cas system, Cmr2 subunit, D1 domain, cysteine cluster ...CRISPR-associated protein (Cas_Cmr5) / CRISPR-associated protein, TM1791 / CRISPR-associated protein, Cmr3 / CRISPR-associated protein (Cas_Cmr3) / CRISPR-associated protein, Cmr5 / CRISPR-associated RAMP Cmr4 / AF1862-like domain superfamily / CRISPR-associated protein Cmr2 / CRISPR-associated protein Cmr2, N-terminal / CRISPR-Cas system, Cmr2 subunit, D1 domain, cysteine cluster / CRISPR-associated protein Cmr2, N-terminal / : / Cas10/Cmr2, second palm domain / CRISPR type III-associated protein / RAMP superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / : / S-ADENOSYLMETHIONINE / RNA / RNA (> 10) / CRISPR type III-B/RAMP module-associated protein Cmr5 / RAMP superfamily protein / Type III-B CRISPR-associated protein Cas10/Cmr2 / Uncharacterized protein / CRISPR-associated protein Cmr3 / Type III-B CRISPR module RAMP protein Cmr4
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroides fragilis (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.81 Å
データ登録者Jin, X. / Duan, B. / Chen, Z. / Zhao, B.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Mechanisms of SAM-AMP synthesis and degradation in antiviral type III CRISPR signaling.
著者: Duan, B. / Jin, X. / Chen, Z. / Zhao, B.
履歴
登録2025年1月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年11月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年11月26日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年11月26日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年11月26日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年11月26日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年11月26日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cmr1
B: Type III-B CRISPR-associated protein Cas10/Cmr2
C: CRISPR-associated protein Cmr3
D: Type III-B CRISPR module RAMP protein Cmr4
E: Type III-B CRISPR module RAMP protein Cmr4
F: Type III-B CRISPR module RAMP protein Cmr4
G: CRISPR type III-B/RAMP module-associated protein Cmr5
H: CRISPR type III-B/RAMP module-associated protein Cmr5
I: RAMP superfamily protein
K: NTR
J: crRNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)367,06114
ポリマ－366,10011
非ポリマー9613
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 6種, 9分子 ABCDEFGHI

#1: タンパク質 Cmr1


分子量: 55340.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides fragilis (バクテリア)
遺伝子: F2Z89_11915, F3B44_04900, NXW39_14635 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A5M5QTL0
#2: タンパク質 Type III-B CRISPR-associated protein Cas10/Cmr2


分子量: 69247.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: deletioins
由来: (組換発現) Bacteroides fragilis (バクテリア)
遺伝子: cas10, F2Z29_06610, F3B44_04895, FSA06_24385, NXW39_14640
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A5C6J4N7
#3: タンパク質 CRISPR-associated protein Cmr3


分子量: 49059.207 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: deletions
由来: (組換発現) Bacteroides fragilis (バクテリア)
遺伝子: NXW39_14645 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A9X9IKM4
#4: タンパク質 Type III-B CRISPR module RAMP protein Cmr4


分子量: 31537.041 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides fragilis (バクテリア)
遺伝子: cmr4, NXW39_14650 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A9X9NER2
#5: タンパク質 CRISPR type III-B/RAMP module-associated protein Cmr5


分子量: 15273.493 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides fragilis (バクテリア)
遺伝子: CQW34_02195, F2Z29_06595, F2Z89_11935, F3B44_04880, FSA06_24400, NXW39_14655, NXX45_16700
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2M9V7H9
#6: タンパク質 RAMP superfamily protein / Type III-B CRISPR module RAMP protein Cmr6


分子量: 35951.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides fragilis (バクテリア)
遺伝子: cmr6, CQW34_02194, F2Z89_11940, F3B44_04875, FSA06_24405, NXW39_14660, NXX45_16705
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2M9V7I0

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RNA鎖 , 2種, 2分子 KJ

#7: RNA鎖 NTR


分子量: 15672.396 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: deletions / 由来: (合成) Bacteroides fragilis (バクテリア)
#8: RNA鎖 crRNA


分子量: 15671.214 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: deletions / 由来: (合成) Bacteroides fragilis (バクテリア)

-
非ポリマー , 3種, 3分子

#9: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#10: 化合物 ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE


分子量: 398.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N6O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#11: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: NTR-bound type III-B CRISPR-Cas effector complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#8 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Bacteroides fragilis (バクテリア)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 %

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.21.1_5286: / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.81 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 67694 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00325439
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.61834733
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d13.3544292
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0513908
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0064154

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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