PDB-9j5d: ESTS1 phthalate ester degrading esterase from Sulfobacillus acido...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9j5d

タイトル

ESTS1 phthalate ester degrading esterase from Sulfobacillus acidophilus in complex with dimethyl phthalate on surface

要素

Alpha/beta hydrolase fold-3 domain-containing protein

キーワード

HYDROLASE / ESTS1 / phthalate ester degrading esterase / dimethyl phthalate

機能・相同性

機能・相同性情報

triacylglycerol lipase / hydrolase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Sulfobacillus acidophilus DSM 10332 (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Verma, S. / Kumar, P.

資金援助

インド, 1件

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2025
タイトル: Mechanistic and structural insights into EstS1 esterase: A potent broad-spectrum phthalate diester degrading enzyme.
著者: Verma, S. / Choudhary, S. / Amith Kumar, K. / Mahto, J.K. / Vamsi K, A.K. / Mishra, I. / Prakash, V.B. / Sircar, D. / Tomar, S. / Kumar Sharma, A. / Singla, J. / Kumar, P.

履歴

登録	2024年8月11日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年12月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年2月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9j5d.cif.gz	319.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9j5d.ent.gz	198.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9j5d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9j5d_validation.pdf.gz	849.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9j5d_full_validation.pdf.gz	849.4 KB	表示
XML形式データ	9j5d_validation.xml.gz	16.8 KB	表示
CIF形式データ	9j5d_validation.cif.gz	23.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j5/9j5d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j5/9j5d	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8w98C 8ze9C 9j1eC 9j1gC 9j1vC 9j57C 9j58C 9j59C 9j5aC 9j5bC 9j5cC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Alpha/beta hydrolase fold-3 domain-containing protein

ヘテロ分子

34.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	108.038, 108.038, 44.546
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Alpha/beta hydrolase fold-3 domain-containing protein / ESTS1 phthalate ester degradaring esterase 分子量: 34176.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Sulfobacillus acidophilus DSM 10332 (バクテリア) 遺伝子: Sulac_0033 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: G8TV28

-
非ポリマー , 5種, 198分子

#2: 化合物	ChemComp-TIK / dimethyl benzene-1,2-dicarboxylate / Dimethyl phthalate 分子量: 194.184 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₀O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-MLA / MALONIC ACID / DICARBOXYLIC ACID C3 / PROPANEDIOLIC ACID / METHANEDICARBOXYLIC ACID 分子量: 104.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₄O₄
#5: 化合物	ChemComp-ACE / ACETYL GROUP 分子量: 44.053 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₄O
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 190 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.43 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 詳細: Sodium malonate, 0.1 M HEPES (pH 7.0), Jeffamine ED-2001

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→27.7 Å / Num. obs: 58638 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.02 % / R_rim(I) all: 0.158 / Net I/σ(I): 8.6
反射シェル	解像度: 1.5→1.53 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 58638 / R_rim(I) all: 1 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
CrysalisPro		データ削減
CrysalisPro		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.5→25.562 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.974 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.958 / SU B: 3.726 / SU ML: 0.059 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.078 / ESU R Free: 0.073 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2002	2351	4.931 %
R_work	0.1512	45327	-
all	0.154	-	-
obs	-	47678	99.878 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.264 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.702 Å²	0.351 Å²	-0 Å²
2-	-	0.702 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-2.276 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→25.562 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2303	0	44	190	2537

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.012	2439
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2226
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.425	1.657	3325
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.49	1.557	5185
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.049	5	306
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	15.741	5.5	20
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.436	10	364
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.945	10	108
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.075	0.2	361
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	2812
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	476
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.225	0.2	475
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.191	0.2	2022
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.182	0.2	1197
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.078	0.2	1253
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.142	0.2	135
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.219	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.233	0.2	59
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.225	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.448	0.855	1204
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.448	0.856	1205
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.76	1.282	1504
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.763	1.284	1505
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.281	1.126	1235
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.28	1.127	1236
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.595	1.588	1817
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.594	1.589	1818
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	2.664	14.896	2702
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	2.651	14.169	2664
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	3.41	3	4665

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.5-1.539	0.289	180	0.241	3331	0.244	3511	0.94	0.955	100	0.245
1.539-1.581	0.28	164	0.217	3205	0.22	3369	0.945	0.964	100	0.218
1.581-1.627	0.24	164	0.193	3158	0.195	3322	0.961	0.972	100	0.19
1.627-1.676	0.211	166	0.174	3029	0.176	3195	0.971	0.979	100	0.169
1.676-1.731	0.23	150	0.153	3007	0.156	3157	0.963	0.984	100	0.146
1.731-1.792	0.219	177	0.149	2837	0.153	3014	0.972	0.985	100	0.14
1.792-1.859	0.24	150	0.149	2778	0.154	2928	0.96	0.986	100	0.138
1.859-1.934	0.18	138	0.14	2681	0.142	2819	0.98	0.988	100	0.128
1.934-2.02	0.21	148	0.133	2545	0.137	2693	0.968	0.989	100	0.122
2.02-2.118	0.188	136	0.129	2468	0.132	2605	0.979	0.991	99.9616	0.12
2.118-2.231	0.203	115	0.134	2330	0.138	2447	0.978	0.989	99.9183	0.124
2.231-2.366	0.18	101	0.129	2216	0.131	2320	0.979	0.99	99.8707	0.122
2.366-2.527	0.197	101	0.145	2105	0.147	2208	0.979	0.988	99.9094	0.139
2.527-2.728	0.229	84	0.154	1953	0.157	2043	0.969	0.986	99.7063	0.154
2.728-2.985	0.199	81	0.154	1804	0.156	1892	0.975	0.986	99.63	0.157
2.985-3.331	0.191	82	0.155	1637	0.157	1726	0.979	0.985	99.5944	0.162
3.331-3.836	0.167	61	0.145	1451	0.146	1514	0.981	0.988	99.8679	0.157
3.836-4.672	0.167	49	0.134	1257	0.135	1313	0.986	0.991	99.4669	0.152
4.672-6.499	0.168	53	0.153	970	0.154	1027	0.986	0.989	99.6105	0.179
6.499-25.562	0.186	51	0.157	564	0.159	619	0.984	0.985	99.3538	0.176

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -12.5212 Å / Origin y: -37.6821 Å / Origin z: 0.2225 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.013 Å²	-0.0042 Å²	0.0019 Å²	-	0.0357 Å²	0.0049 Å²	-	-	0.0574 Å²
L	1.3648 °²	-0.0819 °²	-0.1728 °²	-	0.7969 °²	-0.0996 °²	-	-	1.8446 °²
S	-0.0265 Å °	-0.0406 Å °	0.0055 Å °	0.0202 Å °	0.0032 Å °	-0.0278 Å °	-0.1394 Å °	0.0049 Å °	0.0232 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	1 - 304
2	X-RAY DIFFRACTION	1		A	401 - 408

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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