PDB-9j5b: ESTS1 phthalate ester degrading esterase from Sulfobacillus acido...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9j5b

タイトル

ESTS1 phthalate ester degrading esterase from Sulfobacillus acidophilus in complex with Dimethyl phthalate

要素

Alpha/beta hydrolase fold-3 domain-containing protein

キーワード

HYDROLASE / ESTS1 / phthalate ester degrading esterase / Dimethyl phthalate

機能・相同性

機能・相同性情報

triacylglycerol lipase / hydrolase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Sulfobacillus acidophilus DSM 10332 (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Verma, S. / Kumar, P.

資金援助

インド, 1件

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2025
タイトル: Mechanistic and structural insights into EstS1 esterase: A potent broad-spectrum phthalate diester degrading enzyme.
著者: Verma, S. / Choudhary, S. / Amith Kumar, K. / Mahto, J.K. / Vamsi K, A.K. / Mishra, I. / Prakash, V.B. / Sircar, D. / Tomar, S. / Kumar Sharma, A. / Singla, J. / Kumar, P.

履歴

登録	2024年8月11日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年12月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年2月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9j5b.cif.gz	320.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9j5b.ent.gz	198 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9j5b.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9j5b_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9j5b_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	9j5b_validation.xml.gz	17.2 KB	表示
CIF形式データ	9j5b_validation.cif.gz	23.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j5/9j5b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j5/9j5b	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8w98C 8ze9C 9j1eC 9j1gC 9j1vC 9j57C 9j58C 9j59C 9j5aC 9j5cC 9j5dC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Alpha/beta hydrolase fold-3 domain-containing protein

ヘテロ分子

35.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	107.668, 107.668, 44.489
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃

#1: タンパク質	Alpha/beta hydrolase fold-3 domain-containing protein / ESTS1 phthalate ester degradaring esterase 分子量: 34176.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Sulfobacillus acidophilus DSM 10332 (バクテリア) 遺伝子: Sulac_0033 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: G8TV28
#2: 化合物	ChemComp-TIK / dimethyl benzene-1,2-dicarboxylate / Dimethyl phthalate 分子量: 194.184 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₀O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-ACE / ACETYL GROUP / アセトアルデヒド分子量: 44.053 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₄O
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 162 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.234 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.98 % / 解説: Rod shaped
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 詳細: Sodium malonate, 0.1 M HEPES (pH 7.0), Jeffamine ED-2001

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年10月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→25.48 Å / Num. obs: 47379 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.28 % / R_rim(I) all: 0.18 / Net I/σ(I): 12.4
反射シェル	解像度: 1.6→1.63 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 47379 / R_rim(I) all: 1 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
CrysalisPro		データ削減
CrysalisPro		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.6→25.48 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.972 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.952 / SU B: 4.633 / SU ML: 0.067 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.105 / ESU R Free: 0.084 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.194	1848	4.729 %
R_work	0.1475	37228	-
all	0.15	-	-
obs	-	39076	99.959 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 8.656 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.047 Å²	-0.024 Å²	0 Å²
2-	-	-0.047 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.153 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→25.48 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2313	0	91	162	2566

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.012	2509
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2304
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.442	1.666	3403
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.489	1.557	5363
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.167	5	313
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	17.785	5.833	24
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.646	10	370
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.231	10	113
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.074	0.2	365
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	2872
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	492
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.222	0.2	493
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.189	0.2	2096
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.181	0.2	1206
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	1248
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.171	0.2	121
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.237	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.228	0.2	83
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.214	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.335	0.678	1211
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.335	0.679	1212
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.701	1.014	1513
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.711	1.015	1514
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.358	0.996	1298
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.357	0.998	1299
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.725	1.362	1882
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.724	1.364	1883
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	2.822	13.912	2759
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	2.831	13.91	2759
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	3.637	3	4813

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6-1.641	0.278	169	0.274	2694	X-RAY DIFFRACTION	100
1.641-1.686	0.309	111	0.247	2669	X-RAY DIFFRACTION	100
1.686-1.735	0.281	124	0.227	2587	X-RAY DIFFRACTION	100
1.735-1.788	0.265	148	0.218	2500	X-RAY DIFFRACTION	100
1.788-1.846	0.254	140	0.191	2401	X-RAY DIFFRACTION	100
1.846-1.911	0.2	107	0.158	2366	X-RAY DIFFRACTION	100
1.911-1.982	0.168	110	0.132	2267	X-RAY DIFFRACTION	100
1.982-2.063	0.193	112	0.132	2197	X-RAY DIFFRACTION	100
2.063-2.154	0.196	68	0.123	2159	X-RAY DIFFRACTION	100
2.154-2.258	0.178	84	0.118	2016	X-RAY DIFFRACTION	100
2.258-2.379	0.158	83	0.11	1940	X-RAY DIFFRACTION	100
2.379-2.522	0.187	84	0.119	1831	X-RAY DIFFRACTION	100
2.522-2.695	0.176	84	0.123	1707	X-RAY DIFFRACTION	100
2.695-2.908	0.218	87	0.133	1611	X-RAY DIFFRACTION	100
2.908-3.181	0.189	84	0.131	1450	X-RAY DIFFRACTION	100
3.181-3.55	0.175	67	0.135	1334	X-RAY DIFFRACTION	99.8575
3.55-4.086	0.142	61	0.128	1192	X-RAY DIFFRACTION	100
4.086-4.972	0.139	63	0.12	1006	X-RAY DIFFRACTION	100
4.972-6.902	0.184	35	0.159	811	X-RAY DIFFRACTION	100
6.902-10	0.188	27	0.153	490	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 26.2401 Å / Origin y: 29.764 Å / Origin z: -0.482 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0217 Å²	0.0079 Å²	0.0014 Å²	-	0.0168 Å²	0.0014 Å²	-	-	0.0026 Å²
L	1.0106 °²	-0.2076 °²	-0.0362 °²	-	1.2617 °²	-0.1395 °²	-	-	1.4014 °²
S	0.0042 Å °	0.0279 Å °	-0.0419 Å °	-0.0297 Å °	-0.0009 Å °	0.0059 Å °	0.0781 Å °	-0.0867 Å °	-0.0033 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	0 - 304
2	X-RAY DIFFRACTION	1		A	401 - 414

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)