PDB-9j57: ESTS1 phthalate ester degrading esterase from Sulfobacillus acido...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9j57

タイトル

ESTS1 phthalate ester degrading esterase from Sulfobacillus acidophilus in complex with paranitrophenyl butyrate

要素

Alpha/beta hydrolase fold-3 domain-containing protein

キーワード

HYDROLASE / ESTS1 / phthalate ester degrading esterase / Sulfobacillus acidophilus / paranitrophenyl butyrate

機能・相同性

機能・相同性情報

triacylglycerol lipase / hydrolase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Sulfobacillus acidophilus DSM 10332 (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Verma, S. / Kumar, P.

資金援助

インド, 1件

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2025
タイトル: Mechanistic and structural insights into EstS1 esterase: A potent broad-spectrum phthalate diester degrading enzyme.
著者: Verma, S. / Choudhary, S. / Amith Kumar, K. / Mahto, J.K. / Vamsi K, A.K. / Mishra, I. / Prakash, V.B. / Sircar, D. / Tomar, S. / Kumar Sharma, A. / Singla, J. / Kumar, P.

履歴

登録	2024年8月11日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年12月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年2月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9j57.cif.gz	317.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9j57.ent.gz	197.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9j57.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j5/9j57 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j5/9j57	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8w98C 8ze9C 9j1eC 9j1gC 9j1vC 9j58C 9j59C 9j5aC 9j5bC 9j5cC 9j5dC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Alpha/beta hydrolase fold-3 domain-containing protein

ヘテロ分子

34.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	108.048, 108.048, 44.672
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃

#1: タンパク質	Alpha/beta hydrolase fold-3 domain-containing protein / ESTS1 phthalate ester degradaring esterase 分子量: 34176.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Sulfobacillus acidophilus DSM 10332 (バクテリア) 遺伝子: Sulac_0033 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: G8TV28
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-R5C / (4-nitrophenyl) butanoate 分子量: 209.199 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₁NO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 151 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.259 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.59 % / 解説: Rod Shaped
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: Sodium malonate, 0.1 M HEPES (pH 7.0), Jeffamine ED-2001

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年1月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→27.73 Å / Num. obs: 27832 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.93 % / R_rim(I) all: 0.04 / Net I/σ(I): 15.2
反射シェル	解像度: 1.8→1.84 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 27832 / R_rim(I) all: 1 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
CrysalisPro		データ削減
CrysalisPro		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.8→23.404 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.976 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.95 / SU B: 5.709 / SU ML: 0.078 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.18 / ESU R Free: 0.105 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1854	1276	4.587 %
R_work	0.1217	26540	-
all	0.125	-	-
obs	-	27816	99.928 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.131 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.15 Å²	-0.075 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.15 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.486 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→23.404 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2302	0	42	151	2495

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.012	2438
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2223
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.3	1.659	3327
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.445	1.557	5181
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.082	5	306
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	10.318	5	19
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.601	10	364
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.528	10	108
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.065	0.2	361
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	2810
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	482
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.229	0.2	483
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.189	0.2	2063
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.179	0.2	1183
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.078	0.2	1255
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.154	0.2	123
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.335	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.187	0.2	54
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.188	0.2	27
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.106	1.684	1200
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.091	1.685	1200
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.943	2.521	1499
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.943	2.524	1500
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.835	2.307	1238
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.833	2.309	1239
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.516	3.25	1823
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.514	3.254	1824
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.666	30.428	2706
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.462	29.433	2675
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	3.283	3	4661

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.847	0.266	103	0.185	1902	X-RAY DIFFRACTION	100
1.847-1.897	0.23	72	0.136	1893	X-RAY DIFFRACTION	100
1.897-1.951	0.222	69	0.135	1883	X-RAY DIFFRACTION	100
1.951-2.011	0.212	71	0.129	1795	X-RAY DIFFRACTION	100
2.011-2.076	0.23	87	0.115	1725	X-RAY DIFFRACTION	100
2.076-2.149	0.205	79	0.111	1679	X-RAY DIFFRACTION	100
2.149-2.229	0.193	77	0.11	1636	X-RAY DIFFRACTION	100
2.229-2.319	0.18	78	0.099	1558	X-RAY DIFFRACTION	100
2.319-2.421	0.174	84	0.105	1483	X-RAY DIFFRACTION	100
2.421-2.538	0.199	72	0.126	1433	X-RAY DIFFRACTION	100
2.538-2.674	0.182	61	0.115	1369	X-RAY DIFFRACTION	100
2.674-2.834	0.228	70	0.12	1288	X-RAY DIFFRACTION	100
2.834-3.026	0.176	51	0.117	1234	X-RAY DIFFRACTION	100
3.026-3.264	0.174	45	0.126	1154	X-RAY DIFFRACTION	100
3.264-3.569	0.177	54	0.123	1046	X-RAY DIFFRACTION	100
3.569-3.978	0.181	53	0.123	952	X-RAY DIFFRACTION	99.9006
3.978-4.572	0.124	56	0.105	838	X-RAY DIFFRACTION	100
4.572-5.547	0.184	43	0.12	734	X-RAY DIFFRACTION	100
5.547-7.633	0.175	29	0.141	579	X-RAY DIFFRACTION	99.6721
7.633-10	0.132	22	0.132	359	X-RAY DIFFRACTION	99.4778

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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