PDB-9j5a: ESTS1 phthalate ester degrading esterase from Sulfobacillus acido...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9j5a

タイトル

ESTS1 phthalate ester degrading esterase from Sulfobacillus acidophilus in complex with p-nitrophenol

要素

Alpha/beta hydrolase fold-3 domain-containing protein

キーワード

HYDROLASE / ESTS1 / phthalate ester degrading esterase / p-nitrophenol

機能・相同性

機能・相同性情報

triacylglycerol lipase / hydrolase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Sulfobacillus acidophilus DSM 10332 (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Verma, S. / Kumar, P.

資金援助

インド, 1件

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2025
タイトル: Mechanistic and structural insights into EstS1 esterase: A potent broad-spectrum phthalate diester degrading enzyme.
著者: Verma, S. / Choudhary, S. / Amith Kumar, K. / Mahto, J.K. / Vamsi K, A.K. / Mishra, I. / Prakash, V.B. / Sircar, D. / Tomar, S. / Kumar Sharma, A. / Singla, J. / Kumar, P.

履歴

登録	2024年8月11日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年12月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年2月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9j5a.cif.gz	333.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9j5a.ent.gz	208.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9j5a.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j5/9j5a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j5/9j5a	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8w98C 8ze9C 9j1eC 9j1gC 9j1vC 9j57C 9j58C 9j59C 9j5bC 9j5cC 9j5dC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#116 - 2009年8月硫酸転移酵素 (Sulfotransferases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Alpha/beta hydrolase fold-3 domain-containing protein

ヘテロ分子

35.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	108.156, 108.156, 44.549
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃

#1: タンパク質	Alpha/beta hydrolase fold-3 domain-containing protein / ESTS1 phthalate ester degradaring esterase 分子量: 34176.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Sulfobacillus acidophilus DSM 10332 (バクテリア) 遺伝子: Sulac_0033 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: G8TV28
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-NPO / P-NITROPHENOL 分子量: 139.109 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₅NO₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-ACE / ACETYL GROUP / アセトアルデヒド分子量: 44.053 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₄O
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 206 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.55 % / 解説: Rod-shaped
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 詳細: Sodium malonate, 0.1 M HEPES (pH 7.0), Jeffamine ED-2001

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→25.98 Å / Num. obs: 47847 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.19 % / R_rim(I) all: 0.13 / Net I/σ(I): 14.7
反射シェル	解像度: 1.5→1.53 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 47847 / R_rim(I) all: 1 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
CrysalisPro		データ削減
CrysalisPro		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.5→23.427 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.977 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.96 / SU B: 2.868 / SU ML: 0.045 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.068 / ESU R Free: 0.065 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1766	2365	4.944 %
R_work	0.1257	45466	-
all	0.128	-	-
obs	-	47831	99.939 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.289 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.098 Å²	-0.049 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.098 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.319 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→23.427 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2312	0	103	206	2621

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.012	2528
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.005	0.016	2339
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.392	1.672	3419
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.498	1.557	5443
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.239	5	315
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	6.764	5	22
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.554	10	375
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	17.031	10	114
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.076	0.2	367
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	2881
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	499
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.226	0.2	478
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.187	0.2	2110
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.18	0.2	1203
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.077	0.2	1250
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.152	0.2	160
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.187	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.172	0.2	45
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.22	0.2	28
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	7.32	1.147	1213
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	7.317	1.148	1214
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	7.451	1.674	1516
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	7.448	1.675	1517
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.171	1.748	1315
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.17	1.749	1316
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.055	2.378	1894
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.054	2.381	1895
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.394	20.997	2795
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.261	19.659	2740
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	3.725	3	4867

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5-1.539	0.259	188	0.229	3324	X-RAY DIFFRACTION	99.603
1.539-1.581	0.258	156	0.197	3226	X-RAY DIFFRACTION	100
1.581-1.626	0.211	166	0.172	3153	X-RAY DIFFRACTION	100
1.626-1.676	0.218	168	0.159	3049	X-RAY DIFFRACTION	100
1.676-1.731	0.208	152	0.139	2974	X-RAY DIFFRACTION	100
1.731-1.791	0.195	177	0.136	2861	X-RAY DIFFRACTION	100
1.791-1.859	0.231	148	0.126	2796	X-RAY DIFFRACTION	100
1.859-1.934	0.201	140	0.11	2679	X-RAY DIFFRACTION	100
1.934-2.019	0.177	150	0.1	2553	X-RAY DIFFRACTION	100
2.019-2.117	0.144	132	0.097	2467	X-RAY DIFFRACTION	100
2.117-2.231	0.134	115	0.094	2350	X-RAY DIFFRACTION	100
2.231-2.364	0.13	105	0.082	2211	X-RAY DIFFRACTION	100
2.364-2.526	0.131	95	0.091	2109	X-RAY DIFFRACTION	100
2.526-2.726	0.175	91	0.106	1970	X-RAY DIFFRACTION	100
2.726-2.982	0.183	83	0.115	1822	X-RAY DIFFRACTION	100
2.982-3.327	0.154	77	0.126	1641	X-RAY DIFFRACTION	100
3.327-3.829	0.151	66	0.122	1455	X-RAY DIFFRACTION	100
3.829-4.658	0.121	51	0.116	1259	X-RAY DIFFRACTION	100
4.658-6.461	0.205	52	0.159	989	X-RAY DIFFRACTION	100
6.461-10	0.191	53	0.184	577	X-RAY DIFFRACTION	99.8415

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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