PDB-9j59: ESTS1 phthalate ester degrading esterase from Sulfobacillus acido...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9j59

タイトル

ESTS1 phthalate ester degrading esterase from Sulfobacillus acidophilus

要素

Alpha/beta hydrolase fold-3 domain-containing protein

キーワード

HYDROLASE / ESTS1 / phthalate ester degrading esterase / Sulfobacillus acidophilus

機能・相同性

Lipase, GDXG, putative serine active site / Lipolytic enzymes "G-D-X-G" family, putative serine active site. / : / Alpha/beta hydrolase fold-3 / alpha/beta hydrolase fold / triacylglycerol lipase / Alpha/Beta hydrolase fold / hydrolase activity / Triacylglycerol lipase

機能・相同性情報

生物種

Sulfobacillus acidophilus DSM 10332 (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Verma, S. / Kumar, P.

資金援助

インド, 1件

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2025
タイトル: Mechanistic and structural insights into EstS1 esterase: A potent broad-spectrum phthalate diester degrading enzyme.
著者: Verma, S. / Choudhary, S. / Amith Kumar, K. / Mahto, J.K. / Vamsi K, A.K. / Mishra, I. / Prakash, V.B. / Sircar, D. / Tomar, S. / Kumar Sharma, A. / Singla, J. / Kumar, P.

履歴

登録	2024年8月11日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年12月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年2月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9j59.cif.gz	315.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9j59.ent.gz	196.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9j59.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j5/9j59 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j5/9j59	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8w98C 8ze9C 9j1eC 9j1gC 9j1vC 9j57C 9j58C 9j5aC 9j5bC 9j5cC 9j5dC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Alpha/beta hydrolase fold-3 domain-containing protein

ヘテロ分子

34.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	108.057, 108.057, 44.542
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃

#1: タンパク質	Alpha/beta hydrolase fold-3 domain-containing protein / ESTS1 phthalate ester degradaring esterase 分子量: 34176.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Sulfobacillus acidophilus DSM 10332 (バクテリア) 遺伝子: Sulac_0033 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: G8TV28
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 212 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.44 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 詳細: Sodium malonate, 0.1 M HEPES (pH 7.0), Jeffamine ED-2001

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年7月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.55→25.95 Å / Num. obs: 47747 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 2.93 % / R_rim(I) all: 0.171 / Net I/σ(I): 6.5
反射シェル	解像度: 1.55→1.58 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 47747 / R_rim(I) all: 0.817 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
CrysalisPro		データ削減
CrysalisPro		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.55→25.95 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.972 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.952 / SU B: 4.243 / SU ML: 0.065 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.078 / ESU R Free: 0.074 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2055	2359	4.943 %
R_work	0.151	45369	-
all	0.154	-	-
obs	-	47728	99.948 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.315 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.329 Å²	-0.165 Å²	0 Å²
2-	-	-0.329 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.069 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.55→25.95 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2303	0	28	213	2544

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.012	2395
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2189
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.458	1.657	3259
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.493	1.557	5096
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.04	5	298
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	10.137	5	18
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.894	10	354
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.101	10	107
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.075	0.2	356
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	2745
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	467
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.224	0.2	471
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.188	0.2	2050
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.179	0.2	1176
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.078	0.2	1260
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.152	0.2	160
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.255	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.291	0.2	49
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.5	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.009	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.486	1.335	1192
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.422	1.335	1192
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.046	2.002	1487
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.051	2.004	1488
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.453	1.832	1203
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.452	1.833	1204
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.276	2.555	1771
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.274	2.556	1772
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.304	24.129	2691
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.224	22.66	2643
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	4.886	3	4584

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.55-1.55	0.29	182	0.263	3332	X-RAY DIFFRACTION	99.9147
1.56-1.581	0.296	164	0.238	3210	X-RAY DIFFRACTION	100
1.581-1.627	0.279	162	0.212	3156	X-RAY DIFFRACTION	100
1.627-1.676	0.244	166	0.197	3033	X-RAY DIFFRACTION	100
1.676-1.731	0.216	152	0.178	2997	X-RAY DIFFRACTION	100
1.731-1.792	0.237	177	0.174	2847	X-RAY DIFFRACTION	100
1.792-1.859	0.251	151	0.148	2782	X-RAY DIFFRACTION	100
1.859-1.934	0.187	137	0.134	2679	X-RAY DIFFRACTION	100
1.934-2.02	0.229	148	0.136	2551	X-RAY DIFFRACTION	100
2.02-2.118	0.198	134	0.146	2467	X-RAY DIFFRACTION	100
2.118-2.232	0.207	117	0.137	2330	X-RAY DIFFRACTION	100
2.232-2.366	0.176	101	0.127	2222	X-RAY DIFFRACTION	100
2.366-2.528	0.175	101	0.123	2106	X-RAY DIFFRACTION	100
2.528-2.728	0.23	85	0.133	1954	X-RAY DIFFRACTION	100
2.728-2.985	0.183	83	0.135	1815	X-RAY DIFFRACTION	100
2.985-3.332	0.215	85	0.159	1641	X-RAY DIFFRACTION	100
3.332-3.837	0.155	60	0.132	1456	X-RAY DIFFRACTION	100
3.837-4.674	0.148	49	0.12	1259	X-RAY DIFFRACTION	99.9236
4.674-6.505	0.185	54	0.144	970	X-RAY DIFFRACTION	99.7079
6.505-10	0.153	51	0.139	564	X-RAY DIFFRACTION	99.0338

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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