PDB-9j58: ESTS1 phthalate ester degrading esterase from Sulfobacillus acido...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9j58

タイトル

ESTS1 phthalate ester degrading esterase from Sulfobacillus acidophilus in complex with jeffamine

要素

Alpha/beta hydrolase fold-3 domain-containing protein

キーワード

HYDROLASE / ESTS1 / phthalate ester degrading esterase / Sulfobacillus acidophilus / jeffamine

機能・相同性

機能・相同性情報

triacylglycerol lipase / hydrolase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Sulfobacillus acidophilus DSM 10332 (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Verma, S. / Kumar, P.

資金援助

インド, 1件

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2025
タイトル: Mechanistic and structural insights into EstS1 esterase: A potent broad-spectrum phthalate diester degrading enzyme.
著者: Verma, S. / Choudhary, S. / Amith Kumar, K. / Mahto, J.K. / Vamsi K, A.K. / Mishra, I. / Prakash, V.B. / Sircar, D. / Tomar, S. / Kumar Sharma, A. / Singla, J. / Kumar, P.

履歴

登録	2024年8月11日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年12月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年2月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9j58.cif.gz	330.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9j58.ent.gz	205.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9j58.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j5/9j58 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j5/9j58	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8w98C 8ze9C 9j1eC 9j1gC 9j1vC 9j57C 9j59C 9j5aC 9j5bC 9j5cC 9j5dC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Alpha/beta hydrolase fold-3 domain-containing protein

ヘテロ分子

35.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	108.078, 108.078, 44.510
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃

#1: タンパク質	Alpha/beta hydrolase fold-3 domain-containing protein / ESTS1 phthalate ester degradaring esterase 分子量: 34176.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Sulfobacillus acidophilus DSM 10332 (バクテリア) 遺伝子: Sulac_0033 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: G8TV28
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-JEF / O-(O-(2-AMINOPROPYL)-O'-(2-METHOXYETHYL)POLYPROPYLENE GLYCOL 500) / JEFFAMINE 分子量: 597.822 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₀H₆₃NO₁₀ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-MLA / MALONIC ACID / DICARBOXYLIC ACID C3 / PROPANEDIOLIC ACID / METHANEDICARBOXYLIC ACID / マロン酸分子量: 104.061 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₄O₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 218 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.42 % / 解説: ROD SHAPED
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 詳細: Sodium malonate, 0.1 M HEPES (pH 7.0), Jeffamine ED-2001

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年8月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→27.69 Å / Num. obs: 47748 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 2.95 % / R_rim(I) all: 0.05 / Net I/σ(I): 27
反射シェル	解像度: 1.5→1.53 Å / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique obs: 47748 / R_rim(I) all: 0.655 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
CrysalisPro		データ削減
CrysalisPro		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.5→25.973 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.979 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.967 / SU B: 2.477 / SU ML: 0.041 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.063 / ESU R Free: 0.06 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1633	2361	4.946 %
R_work	0.117	45372	-
all	0.119	-	-
obs	-	47733	99.964 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.006 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.505 Å²	0.253 Å²	0 Å²
2-	-	0.505 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.638 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→25.973 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2302	0	82	218	2602

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.012	2488
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.016	2289
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.511	1.669	3380
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.513	1.557	5334
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.071	5	310
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	7.761	5	20
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.185	10	365
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.098	10	111
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.078	0.2	369
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	2834
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	482
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.231	0.2	451
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.185	0.2	2111
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.18	0.2	1190
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.078	0.2	1265
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.173	0.2	160
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.207	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.177	0.2	49
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.186	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.509	1.309	1208
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.509	1.314	1209
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.025	1.962	1510
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.03	1.968	1511
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.966	1.959	1280
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.964	1.959	1281
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.157	2.682	1864
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.155	2.682	1865
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.007	21.713	2707
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5	21.683	2706
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	6.607	3	4775

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5-1.539	0.193	184	0.155	3336	X-RAY DIFFRACTION	99.8865
1.539-1.581	0.229	164	0.141	3213	X-RAY DIFFRACTION	100
1.581-1.627	0.183	160	0.125	3156	X-RAY DIFFRACTION	100
1.627-1.676	0.175	170	0.113	3022	X-RAY DIFFRACTION	100
1.676-1.731	0.165	153	0.104	2991	X-RAY DIFFRACTION	100
1.731-1.792	0.172	175	0.104	2852	X-RAY DIFFRACTION	100
1.792-1.859	0.197	151	0.108	2789	X-RAY DIFFRACTION	100
1.859-1.934	0.16	136	0.106	2667	X-RAY DIFFRACTION	100
1.934-2.02	0.177	148	0.104	2560	X-RAY DIFFRACTION	100
2.02-2.118	0.163	134	0.104	2462	X-RAY DIFFRACTION	100
2.118-2.232	0.156	116	0.108	2330	X-RAY DIFFRACTION	100
2.232-2.366	0.158	102	0.1	2224	X-RAY DIFFRACTION	100
2.366-2.528	0.129	101	0.102	2102	X-RAY DIFFRACTION	100
2.528-2.728	0.185	85	0.111	1960	X-RAY DIFFRACTION	100
2.728-2.985	0.151	83	0.12	1814	X-RAY DIFFRACTION	100
2.985-3.332	0.152	85	0.131	1636	X-RAY DIFFRACTION	100
3.332-3.837	0.139	60	0.127	1458	X-RAY DIFFRACTION	100
3.837-4.674	0.103	49	0.102	1260	X-RAY DIFFRACTION	100
4.674-6.505	0.19	54	0.153	972	X-RAY DIFFRACTION	100
6.505-10	0.175	51	0.162	567	X-RAY DIFFRACTION	99.6774

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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