PDB-9j1v: ESTS1 phthalate ester degrading esterase from Sulfobacillus acido...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9j1v

タイトル

ESTS1 phthalate ester degrading esterase from Sulfobacillus acidophilus in complex with Monomethyl phthalate

要素

Alpha/beta hydrolase fold-3 domain-containing protein

キーワード

HYDROLASE / ESTS1 / phthalate ester degrading esterase / Sulfobacillus acidophilus / Monomethyl phthalate

機能・相同性

機能・相同性情報

triacylglycerol lipase / hydrolase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Sulfobacillus acidophilus DSM 10332 (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Verma, S. / Kumar, P.

資金援助

インド, 1件

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2025
タイトル: Mechanistic and structural insights into EstS1 esterase: A potent broad-spectrum phthalate diester degrading enzyme.
著者: Verma, S. / Choudhary, S. / Amith Kumar, K. / Mahto, J.K. / Vamsi K, A.K. / Mishra, I. / Prakash, V.B. / Sircar, D. / Tomar, S. / Kumar Sharma, A. / Singla, J. / Kumar, P.

履歴

登録	2024年8月5日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年12月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年2月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9j1v.cif.gz	313.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9j1v.ent.gz	195.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9j1v.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9j1v_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9j1v_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	9j1v_validation.xml.gz	16.1 KB	表示
CIF形式データ	9j1v_validation.cif.gz	21.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j1/9j1v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j1/9j1v	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8w98C 8ze9C 9j1eC 9j1gC 9j57C 9j58C 9j59C 9j5aC 9j5bC 9j5cC 9j5dC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Alpha/beta hydrolase fold-3 domain-containing protein

ヘテロ分子

35.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	107.984, 107.984, 44.782
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃

#1: タンパク質	Alpha/beta hydrolase fold-3 domain-containing protein / ESTS1 phthalate ester degradaring esterase 分子量: 34176.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Sulfobacillus acidophilus DSM 10332 (バクテリア) 遺伝子: Sulac_0033 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: G8TV28
#2: 化合物	ChemComp-R3O / 2-methoxycarbonylbenzoic acid / monomethyl phthalate 分子量: 180.157 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₈O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 115 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.66 % / 解説: Rod Shape
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: Sodium malonate, 0.1 M HEPES (pH 7.0), Jeffamine ED-2001

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年8月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→27.74 Å / Num. obs: 20399 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 2.8 % / R_merge(I) obs: 0.143 / Net I/σ(I): 18.8
反射シェル	解像度: 2→2.05 Å / R_merge(I) obs: 0.517 / Mean I/σ(I) obs: 7.8 / Num. unique obs: 20399

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
CrysalisPro		データ削減
CrysalisPro		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2→25.95 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.976 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.928 / SU B: 7.609 / SU ML: 0.095 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.146 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.201	963	4.725 %
R_work	0.1082	19419	-
all	0.113	-	-
obs	-	20382	99.892 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.039 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.589 Å²	0.295 Å²	0 Å²
2-	-	0.589 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.912 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→25.95 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2279	0	67	115	2461

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.012	2408
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.016	2185
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.672	1.658	3274
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.576	1.556	5078
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.516	5	295
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	15.774	5.714	21
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.125	10	349
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.137	10	106
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.081	0.2	353
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	2763
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	477
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.227	0.2	509
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.194	0.2	2151
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.181	0.2	1175
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.083	0.2	1221
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.154	0.2	115
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.184	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.18	0.2	54
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.118	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.99	1.637	1180
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.969	1.636	1180
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.774	2.456	1472
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.773	2.459	1473
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.822	2.276	1228
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	6.811	2.271	1226
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.835	3.175	1801
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.834	3.177	1802
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.083	24.521	2669
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.061	24.291	2658
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	9.008	3	4593

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2-2.052	0.248	74	0.101	1423	0.108	1497	0.96	0.993	100	0.086
2.052-2.108	0.235	53	0.084	1387	0.09	1440	0.969	0.995	100	0.071
2.108-2.168	0.173	54	0.081	1355	0.085	1409	0.979	0.996	100	0.069
2.168-2.234	0.225	46	0.085	1326	0.089	1373	0.972	0.995	99.9272	0.073
2.234-2.307	0.227	93	0.097	1222	0.106	1315	0.968	0.994	100	0.084
2.307-2.387	0.254	64	0.097	1235	0.105	1299	0.965	0.994	100	0.085
2.387-2.477	0.259	63	0.104	1175	0.112	1238	0.96	0.993	100	0.092
2.477-2.577	0.194	39	0.099	1161	0.102	1200	0.978	0.994	100	0.089
2.577-2.69	0.198	58	0.108	1087	0.113	1145	0.979	0.993	100	0.096
2.69-2.82	0.216	71	0.107	1033	0.114	1104	0.974	0.993	100	0.097
2.82-2.971	0.207	59	0.109	991	0.114	1050	0.975	0.993	100	0.1
2.971-3.148	0.197	43	0.112	964	0.115	1007	0.971	0.992	100	0.105
3.148-3.362	0.229	41	0.124	890	0.128	931	0.964	0.991	100	0.119
3.362-3.627	0.173	61	0.115	820	0.119	882	0.981	0.993	99.8866	0.114
3.627-3.965	0.131	39	0.118	763	0.119	802	0.99	0.992	100	0.119
3.965-4.42	0.179	24	0.103	721	0.105	747	0.98	0.994	99.7323	0.106
4.42-5.079	0.161	32	0.112	624	0.115	658	0.989	0.994	99.696	0.117
5.079-6.162	0.235	27	0.134	531	0.138	558	0.974	0.992	100	0.137
6.162-8.479	0.117	17	0.136	431	0.135	449	0.992	0.989	99.7773	0.142
8.479-25.95	0.2	5	0.167	279	0.167	286	0.98	0.979	99.3007	0.19

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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