PDB-9j1g: ESTS1 phthalate ester degrading esterase from Sulfobacillus acido...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9j1g

タイトル

ESTS1 phthalate ester degrading esterase from Sulfobacillus acidophilus in complex with phthalate

要素

Alpha/beta hydrolase fold-3 domain-containing protein

キーワード

HYDROLASE / ESTS1 / phthalate ester degrading esterase / Sulfobacillus acidophilus / phthalate

機能・相同性

機能・相同性情報

triacylglycerol lipase / hydrolase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Sulfobacillus acidophilus DSM 10332 (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Verma, S. / Kumar, P.

資金援助

インド, 1件

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2025
タイトル: Mechanistic and structural insights into EstS1 esterase: A potent broad-spectrum phthalate diester degrading enzyme.
著者: Verma, S. / Choudhary, S. / Amith Kumar, K. / Mahto, J.K. / Vamsi K, A.K. / Mishra, I. / Prakash, V.B. / Sircar, D. / Tomar, S. / Kumar Sharma, A. / Singla, J. / Kumar, P.

履歴

登録	2024年8月5日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年12月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年2月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9j1g.cif.gz	328.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9j1g.ent.gz	204.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9j1g.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j1/9j1g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j1/9j1g	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8w98C 8ze9C 9j1eC 9j1vC 9j57C 9j58C 9j59C 9j5aC 9j5bC 9j5cC 9j5dC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Alpha/beta hydrolase fold-3 domain-containing protein

ヘテロ分子

35.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	108.386, 108.386, 44.628
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃

#1: タンパク質	Alpha/beta hydrolase fold-3 domain-containing protein / ESTS1 phthalate ester degradaring esterase 分子量: 34176.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Sulfobacillus acidophilus DSM 10332 (バクテリア) 遺伝子: Sulac_0033 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: G8TV28
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-PHT / PHTHALIC ACID / フタル酸分子量: 166.131 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₆O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 315 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.88 % / 解説: Rod shaped
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: Sodium malonate, 0.1 M HEPES (pH 7.0), and Jeffamine ED-2001

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年8月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→27.12 Å / Num. obs: 48160 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 2.87 % / R_merge(I) obs: 0.2 / Net I/σ(I): 15.7
反射シェル	解像度: 1.5→1.53 Å / R_merge(I) obs: 1.375 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 48160 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
CrysalisPro		データ削減
CrysalisPro		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.5→27.111 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.981 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.97 / SU B: 2.971 / SU ML: 0.047 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.064 / ESU R Free: 0.061 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1627	2385	4.954 %
R_work	0.1179	45759	-
all	0.12	-	-
obs	-	48144	99.961 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.354 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.531 Å²	-0.265 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.531 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.721 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→27.111 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2295	0	60	315	2670

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.012	2470
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.016	2253
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.557	1.673	3365
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.525	1.562	5253
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.08	5	313
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	7.961	5	20
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.988	10	371
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.516	10	112
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	364
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	2851
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	489
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.228	0.2	494
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.184	0.2	2079
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.181	0.2	1190
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.077	0.2	1260
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.181	0.2	217
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.006	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.246	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.174	0.2	58
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.211	0.2	27
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.228	1.162	1204
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.228	1.161	1204
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.886	1.751	1506
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.912	1.754	1507
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.808	1.707	1266
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.811	1.709	1267
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.25	2.348	1850
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.249	2.349	1851
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.121	25.759	2845
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.382	21.717	2739
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	7.197	3	4723

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5-1.539	0.231	189	0.208	3366	X-RAY DIFFRACTION	99.8315
1.539-1.581	0.243	164	0.18	3259	X-RAY DIFFRACTION	100
1.581-1.627	0.225	172	0.161	3154	X-RAY DIFFRACTION	100
1.627-1.676	0.181	163	0.141	3112	X-RAY DIFFRACTION	100
1.676-1.731	0.185	160	0.127	2963	X-RAY DIFFRACTION	100
1.731-1.792	0.167	169	0.119	2877	X-RAY DIFFRACTION	100
1.792-1.859	0.21	155	0.122	2825	X-RAY DIFFRACTION	100
1.859-1.935	0.159	131	0.097	2701	X-RAY DIFFRACTION	100
1.935-2.02	0.167	158	0.099	2561	X-RAY DIFFRACTION	100
2.02-2.118	0.149	131	0.1	2469	X-RAY DIFFRACTION	100
2.118-2.232	0.147	118	0.091	2380	X-RAY DIFFRACTION	100
2.232-2.366	0.148	105	0.089	2224	X-RAY DIFFRACTION	100
2.366-2.528	0.131	97	0.096	2113	X-RAY DIFFRACTION	100
2.528-2.729	0.16	91	0.096	1993	X-RAY DIFFRACTION	100
2.729-2.986	0.144	83	0.109	1834	X-RAY DIFFRACTION	100
2.986-3.334	0.136	77	0.117	1647	X-RAY DIFFRACTION	100
3.334-3.84	0.155	66	0.119	1463	X-RAY DIFFRACTION	100
3.84-4.68	0.107	51	0.107	1269	X-RAY DIFFRACTION	100
4.68-6.522	0.188	54	0.14	981	X-RAY DIFFRACTION	100
6.522-10	0.158	51	0.158	568	X-RAY DIFFRACTION	99.6779

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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