PDB-9j1e: ESTS1 phthalate ester degrading esterase from Sulfobacillus acido...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9j1e

タイトル

ESTS1 phthalate ester degrading esterase from Sulfobacillus acidophilus at 1.22A

要素

Alpha/beta hydrolase fold-3 domain-containing protein

キーワード

HYDROLASE / ESTS1 / phthalate ester degrading esterase / Sulfobacillus acidophilus

機能・相同性

機能・相同性情報

triacylglycerol lipase / hydrolase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Sulfobacillus acidophilus DSM 10332 (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.22 Å

データ登録者

Verma, S. / Kumar, P.

資金援助

インド, 1件

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2025
タイトル: Mechanistic and structural insights into EstS1 esterase: A potent broad-spectrum phthalate diester degrading enzyme.
著者: Verma, S. / Choudhary, S. / Amith Kumar, K. / Mahto, J.K. / Vamsi K, A.K. / Mishra, I. / Prakash, V.B. / Sircar, D. / Tomar, S. / Kumar Sharma, A. / Singla, J. / Kumar, P.

履歴

登録	2024年8月4日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年12月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年2月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9j1e.cif.gz	328.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9j1e.ent.gz	202.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9j1e.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j1/9j1e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j1/9j1e	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8w98C 8ze9C 9j1gC 9j1vC 9j57C 9j58C 9j59C 9j5aC 9j5bC 9j5cC 9j5dC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Alpha/beta hydrolase fold-3 domain-containing protein

ヘテロ分子

34.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	107.710, 107.710, 44.402
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃

#1: タンパク質	Alpha/beta hydrolase fold-3 domain-containing protein / ESTS1 phthalate ester degradaring esterase 分子量: 34176.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Sulfobacillus acidophilus DSM 10332 (バクテリア) 遺伝子: Sulac_0033 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: G8TV28
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト分子量: 102.046 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₂O₄
#4: 化合物	ChemComp-ACE / ACETYL GROUP / アセトアルデヒド分子量: 44.053 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₄O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 232 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.231794 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.92 % / 解説: Rod shape
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: Sodium malonate, 0.1 M HEPES (pH 7.0), 0.5% Jeffamine ED-2001

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年10月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.22→27.61 Å / Num. obs: 1117439 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.26 % / R_rim(I) all: 0.132 / Net I/σ(I): 15.5
反射シェル	解像度: 1.22→1.24 Å / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 91912 / R_rim(I) all: 1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
CrysalisPro		データ削減
CrysalisPro		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.22→25.884 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.974 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.964 / SU B: 2.52 / SU ML: 0.045 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.044 / ESU R Free: 0.044 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2037	4733	5.151 %
R_work	0.173	87159	-
all	0.175	-	-
obs	-	91892	99.96 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13.602 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.584 Å²	-0.292 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.584 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.895 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.22→25.884 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2303	0	46	232	2581

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.012	2521
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2308
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.695	1.663	3443
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.574	1.558	5400
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.24	5	329
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	9.602	5	21
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.286	10	388
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.06	10	117
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.09	0.2	373
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	2929
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	495
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.23	0.2	510
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.191	0.2	2145
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.187	0.2	1210
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.084	0.2	1248
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.159	0.2	153
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.188	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.186	0.2	69
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.205	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.199	1.166	1228
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.199	1.166	1229
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.482	1.754	1539
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.482	1.755	1540
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.557	1.624	1293
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	6.554	1.625	1294
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.958	2.268	1888
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.957	2.269	1889
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.963	22.075	2829
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.775	19.252	2774
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	17.807	3	4829

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.22-1.231	0.347	332	0.347	6345	X-RAY DIFFRACTION	99.6716
1.231-1.265	0.336	346	0.334	6265	X-RAY DIFFRACTION	100
1.265-1.301	0.329	335	0.311	6049	X-RAY DIFFRACTION	100
1.301-1.341	0.299	345	0.294	5918	X-RAY DIFFRACTION	100
1.341-1.385	0.281	315	0.263	5686	X-RAY DIFFRACTION	100
1.385-1.434	0.29	267	0.253	5573	X-RAY DIFFRACTION	100
1.434-1.488	0.267	273	0.216	5346	X-RAY DIFFRACTION	100
1.488-1.548	0.241	273	0.194	5154	X-RAY DIFFRACTION	100
1.548-1.617	0.226	265	0.17	4933	X-RAY DIFFRACTION	100
1.617-1.695	0.184	261	0.146	4750	X-RAY DIFFRACTION	100
1.695-1.787	0.196	244	0.139	4488	X-RAY DIFFRACTION	100
1.787-1.894	0.174	254	0.139	4243	X-RAY DIFFRACTION	100
1.894-2.024	0.177	223	0.13	4015	X-RAY DIFFRACTION	100
2.024-2.185	0.165	213	0.122	3714	X-RAY DIFFRACTION	100
2.185-2.392	0.138	183	0.112	3457	X-RAY DIFFRACTION	99.9725
2.392-2.672	0.147	184	0.123	3106	X-RAY DIFFRACTION	100
2.672-3.08	0.177	141	0.137	2790	X-RAY DIFFRACTION	99.9659
3.08-3.759	0.188	124	0.145	2377	X-RAY DIFFRACTION	100
3.759-5.26	0.149	114	0.129	1831	X-RAY DIFFRACTION	99.9486
5.26-10	0.168	41	0.162	1118	X-RAY DIFFRACTION	99.9138

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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