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万見
- PDB-9ibe: D-2-hydroxyacid dehydrogenase (D2HDH) from Haloferax mediterranei... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ibe
タイトルD-2-hydroxyacid dehydrogenase (D2HDH) from Haloferax mediterranei in complex with potassium, 2-ketohexanoic acid, NADP+ and chloride
要素D-2-hydroxyacid dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Halophile / halophilic adaptation / potassium binding / complex / substrate specificity
機能・相同性
機能・相同性情報


NADH binding / carboxylic acid binding / carboxylic acid metabolic process / 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / NADPH binding
類似検索 - 分子機能
: / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD binding domain / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
2-Ketohexanoic acid / : / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / D-2-hydroxyacid dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Haloferax mediterranei (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.26 Å
データ登録者Baker, P.J. / Barrett, J.R. / Dakhil, A.A.A.B. / Domenech, J. / Bisson, C. / Pramanpol, N. / Ferrer, J. / Rice, D.W.
資金援助 英国, スペイン, 3件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/1003703/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/D524975/1 英国
Generalitat ValencianaGV05/166 スペイン
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2025
タイトル: Potassium binding by carbonyl clusters, halophilic adaptation and catalysis of Haloferax mediterranei D-2-hydroxyacid dehydrogenase.
著者: Domenech, J. / Pramanpol, N. / Bisson, C. / Sedelnikova, S.E. / Barrett, J.R. / Dakhil, A.A.A.B. / Mykhaylyk, V. / Abdelhameed, A.S. / Harding, S.E. / Rice, D.W. / Baker, P.J. / Ferrer, J.
履歴
登録2025年2月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年8月20日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: D-2-hydroxyacid dehydrogenase
B: D-2-hydroxyacid dehydrogenase
C: D-2-hydroxyacid dehydrogenase
D: D-2-hydroxyacid dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)138,33452
ポリマ－133,4724
非ポリマー4,86248
水28,2661569
1
A: D-2-hydroxyacid dehydrogenase
B: D-2-hydroxyacid dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,20427
ポリマ－66,7362
非ポリマー2,46825
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10680 Å2
ΔGint-98 kcal/mol
Surface area23860 Å2
2
C: D-2-hydroxyacid dehydrogenase
D: D-2-hydroxyacid dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,13025
ポリマ－66,7362
非ポリマー2,39423
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10670 Å2
ΔGint-90 kcal/mol
Surface area23770 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)66.633, 75.34, 78.234
Angle α, β, γ (deg.)108.841, 108.084, 95.526
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
D-2-hydroxyacid dehydrogenase


分子量: 33367.992 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Haloferax mediterranei (古細菌) / 遺伝子: ddh / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2VEQ7

-
非ポリマー , 6種, 1617分子

#2: 化合物
ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-7N5 / 2-Ketohexanoic acid / α-ケトカプロン酸


分子量: 130.142 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H10O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物...
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 合成 / 式: K / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1569 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.5 % / 解説: blocks
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: protein buffer: 20 mM Tris/HCl pH 8.0 2 mM EDTA 1 M KCl 50 mM 2-ketohexanoic acid 5 mM NAD+ Well Solution: 0.1 M Mg acetate 26 % PEG 3350 0.1 M Tris/HCl pH 8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.940535 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年12月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.940535 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.26→52.3 Å / Num. obs: 332819 / % possible obs: 92.2 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 11.7 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rpim(I) all: 0.059 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) all% possible all
1.26-1.283.80.8161110.330.9989.4
3.42-52.2769.9173900.990.019

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0430 (refmacat 0.4.88)精密化
xia2データ削減
DIALSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.26→52.276 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.981 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.971 / SU B: 2.204 / SU ML: 0.039 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.046 / ESU R Free: 0.047 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1876 16700 5.018 %Random
Rwork0.1518 316107 --
all0.154 ---
obs-332807 92.234 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 18.037 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.33 Å2-0.178 Å2-0.216 Å2
2--0.191 Å20.214 Å2
3----0.32 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.26→52.276 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9396 0 268 1569 11233
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.01210008
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.0169056
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8371.8213716
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7841.74520836
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.68151256
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg13.176599
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_other_2_deg3.43458
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.379101454
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg16.32610485
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.21551
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0212079
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.022249
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2480.21946
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1680.28548
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1680.24976
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0720.25014
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1290.21125
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.050.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1310.265
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2680.226
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1860.296
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1860.265
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it7.8141.5524970
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other7.8111.5524970
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it10.0122.7986220
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other10.0132.7986221
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it11.6461.8765038
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other11.6461.8765037
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it15.123.2837488
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other15.1193.2837489
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it17.69220.61611640
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other16.81618.44511129
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr4.08319064
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
1.26-1.2930.36912150.347227270.348266300.90.91589.90610.344
1.293-1.3280.33411860.318224140.319260660.9170.92890.53940.313
1.328-1.3670.3111340.292212750.293252460.9280.93788.76260.286
1.367-1.4090.2749960.261191630.262245370.9420.94982.15760.25
1.409-1.4550.26411170.232211890.233238420.9530.9693.55760.221
1.455-1.5060.23210830.207205970.208230910.9610.96993.88940.193
1.506-1.5630.21410540.181198220.183222170.9680.97893.96410.164
1.563-1.6270.21510000.162191180.165214080.9720.98393.97420.143
1.627-1.6990.2069540.144182380.147205020.9750.98893.61040.123
1.699-1.7820.1858810.131172900.133195980.9790.9992.71860.109
1.782-1.8780.1768600.118157940.121186230.9810.99289.42710.097
1.878-1.9920.1628080.111151080.113176750.9840.99390.04810.093
1.992-2.1290.1537420.109152130.111165090.9850.99396.64420.094
2.129-2.2990.1448230.102141790.105155030.9880.99496.76840.089
2.299-2.5180.1427090.102130020.104141750.9880.99496.72660.09
2.518-2.8150.1586220.113116970.115128140.9850.99296.1370.101
2.815-3.2480.1735350.133101470.135113310.9830.9994.27240.126
3.248-3.9750.1554090.13682690.13795610.9880.99190.76460.135
3.975-5.6050.1383690.1270000.12174120.9910.99399.41990.122
5.605-52.2760.1782030.15938670.1640860.9720.98699.60840.162

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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