PDB-9gqk: The FK1 domain of FKBP51 in complex with the macrocyclic SAFit an...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9gqk

タイトル

The FK1 domain of FKBP51 in complex with the macrocyclic SAFit analog m5(11,5)-(E)-OH

要素

Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

キーワード

ISOMERASE / FKBP / Inhibitor / SAFIT / Macrocycle / Complex

機能・相同性

機能・相同性情報

Modulation of host responses by IFN-stimulated genes / response to alcohol / FK506 binding / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / : / heat shock protein binding / ESR-mediated signaling / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / response to cocaine / response to bacterium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Meyners, C. / Spiske, M. / Hausch, F.

資金援助

ドイツ, 2件

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2025
タイトル: Conformationally Restricted Macrocycles as Improved FKBP51 Inhibitors Enabled by Systematic Linker Derivatization.
著者: Spiske, M. / Meyners, C. / Bauder, M. / Repity, M. / Brudy, C. / Sugiarto, W.O. / Achaq, H. / Geiger, T.M. / Hausch, F.

履歴

登録	2024年9月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年1月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年3月12日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2025年3月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

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PDB形式	pdb9gqk.ent.gz		表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

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文書・詳細版	9gqk_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
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CIF形式データ	9gqk_validation.cif.gz	19.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gq/9gqk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gq/9gqk	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	9gq2C 9gq3C 9gq4C 9gq5C 9gq6C 9gq7C 9gq8C 9gq9C 9gqaC 9gqbC 9gqcC 9gqdC 9gqeC 9gqfC 9gqgC 9gqhC 9gqiC 9gqjC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (6) #230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (5) #45 - 2003年9月エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor) 類似性 (1) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (3) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1) #92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (1) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (1) #208 - 2017年4月グルコース輸送体 (Glucose Transporters) 類似性 (1) #217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#141 - 2011年9月
O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase)
類似性 (6)
#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (5)
#45 - 2003年9月
エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor)
類似性 (1)
#166 - 2013年10月
プロテアソーム (Proteasome)
類似性 (3)
#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (1)
#92 - 2007年8月
タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids)
類似性 (1)
#126 - 2010年6月
上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor)
類似性 (1)
#208 - 2017年4月
グルコース輸送体 (Glucose Transporters)
類似性 (1)
#217 - 2018年1月
オピオイド受容体 (Opioid Receptors)
類似性 (1)
#163 - 2013年7月
HIVカプシド (HIV Capsid)
類似性 (1)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (1)

登録構造単位

B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

ヘテロ分子

29.1 kDa, 2 ポリマー
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1

B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14.6 kDa, 1 ポリマー
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2

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14.6 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	49.056, 49.056, 196.83
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 120
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	B
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Auth seq-ID: 13 - 140 / Label seq-ID: 1 - 128

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	B	A
2	A	B

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5 / PPIase FKBP5 / 51 kDa FK506-binding protein / FKBP-51 / 54 kDa progesterone receptor-associated ...PPIase FKBP5 / 51 kDa FK506-binding protein / FKBP-51 / 54 kDa progesterone receptor-associated immunophilin / Androgen-regulated protein 6 / FF1 antigen / FK506-binding protein 5 / FKBP-5 / FKBP54 / p54 / HSP90-binding immunophilin / Rotamase 分子量: 14004.026 Da / 分子数: 2 / 変異: A19T, C103A, C107I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FKBP5, AIG6, FKBP51 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: Q13451, peptidylprolyl isomerase
#2: 化合物	ChemComp-A1IOE / (2~{S},9~{S},12~{R},13~{S},14~{E},18~{S})-2-cyclohexyl-22,23-dimethoxy-12,18-dimethyl-13-oxidanyl-11,17,20-trioxa-4-azatricyclo[19.3.1.0^{4,9}]pentacosa-1(25),14,21,23-tetraene-3,10-dione 分子量: 559.691 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₁H₄₅NO₈ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 91 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.61 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 18% PEG3350, 0.2M ammonium acetate, 0.1M HEPES-NaOH pH 7.5, 10% glycol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年6月26日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9184 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.7→42.48 Å / Num. obs: 31151 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 10.8 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.053 / R_pim(I) all: 0.023 / R_rim(I) all: 0.058 / Χ²: 1.04 / Net I/σ(I): 18.8

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
9-42.48	8.4	0.028	53.2	285	0.999	0.012	0.03	0.83	99.8
1.7-1.73	6.2	1.406	1.1	1452	0.407	0.871	1.667	1.12	90.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430 (refmacat 0.4.82)	精密化
autoXDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.7→42.48 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.946 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.931 / SU B: 7.972 / SU ML: 0.127 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.128 / ESU R Free: 0.13 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2874	1500	4.832 %
R_work	0.2398	29545	-
all	0.242	-	-
obs	-	31045	98.989 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 43.353 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.342 Å²	-0.171 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.342 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.108 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→42.48 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1851	0	80	91	2022

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.012	1975
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1845
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.413	1.823	2674
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.808	1.744	4287
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.824	5	248
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	28.432	12.5	20
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	1.802	5	2
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.528	10	298
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.95	10	66
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.121	0.2	301
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.02	2236
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	404
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.214	0.2	359
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.204	0.2	1737
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.188	0.2	985
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.099	0.2	1045
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.156	0.2	89
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.138	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.115	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.146	0.2	40
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.058	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.863	2.172	1004
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.863	2.173	1004
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.521	3.891	1248
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.52	3.893	1249
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.19	2.293	971
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.189	2.292	972
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.188	4.139	1426
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.187	4.138	1427
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.678	20.998	2151
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.657	20.782	2136
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.132	0.05	3502

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.13189	0.05007
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.13189	0.05007

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.7-1.744	0.328	104	0.353	1948	0.352	2249	0.908	0.9	91.2405	0.351
1.744-1.792	0.372	111	0.332	2006	0.334	2188	0.888	0.915	96.755	0.327
1.792-1.844	0.27	118	0.268	2044	0.268	2172	0.947	0.948	99.5396	0.258
1.844-1.9	0.275	95	0.27	1996	0.27	2091	0.939	0.948	100	0.252
1.9-1.963	0.433	105	0.347	1964	0.351	2080	0.876	0.918	99.4712	0.326
1.963-2.031	0.304	92	0.252	1866	0.255	1958	0.941	0.956	100	0.234
2.031-2.108	0.3	99	0.257	1757	0.26	1856	0.934	0.954	100	0.24
2.108-2.194	0.327	110	0.262	1739	0.266	1849	0.926	0.951	100	0.246
2.194-2.291	0.346	77	0.269	1666	0.272	1768	0.932	0.954	98.586	0.247
2.291-2.402	0.304	81	0.242	1623	0.245	1704	0.941	0.962	100	0.228
2.402-2.532	0.261	67	0.228	1556	0.23	1623	0.953	0.966	100	0.219
2.532-2.685	0.24	68	0.24	1459	0.24	1527	0.961	0.962	100	0.234
2.685-2.869	0.31	66	0.248	1398	0.25	1465	0.951	0.958	99.9317	0.244
2.869-3.098	0.292	77	0.247	1275	0.25	1352	0.948	0.957	100	0.251
3.098-3.392	0.355	45	0.255	1212	0.259	1257	0.933	0.954	100	0.262
3.392-3.789	0.234	42	0.23	1110	0.231	1153	0.978	0.971	99.9133	0.239
3.789-4.37	0.191	45	0.185	973	0.185	1018	0.98	0.98	100	0.205
4.37-5.338	0.255	40	0.199	862	0.201	902	0.964	0.976	100	0.23
5.338-7.49	0.333	34	0.245	663	0.248	697	0.954	0.969	100	0.276
7.49-42.48	0.329	24	0.248	430	0.252	454	0.942	0.939	100	0.319

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0864	0.712	0.0326	3.3377	-0.4626	4.375	-0.169	0.0405	-0.2672	-0.0541	0.146	0.2515	0.2203	-0.1903	0.023	0.028	-0.0204	0.0206	0.0721	0.0402	0.0935	8.7876	-16.4392	28.183
2	3.2072	-0.4873	0.2447	8.578	1.7496	3.7777	-0.2011	-0.0205	-0.0564	-0.9826	0.4749	-1.2305	-0.4248	0.0749	-0.2738	0.2572	-0.1242	0.0828	0.0708	-0.0251	0.2237	18.4763	-0.5963	3.3514

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	B	13 - 201
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	A	13 - 201

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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