PDB-9gq8: The FK1 domain of FKBP51 in complex with the macrocyclic SAFit an...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9gq8

タイトル

The FK1 domain of FKBP51 in complex with the macrocyclic SAFit analog p5(2,2)-H2

要素

Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

キーワード

ISOMERASE / FKBP / Inhibitor / SAFIT / Macrocycle / Complex

機能・相同性

機能・相同性情報

response to alcohol / Modulation of host responses by IFN-stimulated genes / FK506 binding / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / : / heat shock protein binding / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / ESR-mediated signaling / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat P3 isomerase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.16 Å

データ登録者

Meyners, C. / Spiske, M. / Hausch, F.

資金援助

ドイツ, 2件

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2025
タイトル: Conformationally Restricted Macrocycles as Improved FKBP51 Inhibitors Enabled by Systematic Linker Derivatization.
著者: Spiske, M. / Meyners, C. / Bauder, M. / Repity, M. / Brudy, C. / Sugiarto, W.O. / Achaq, H. / Geiger, T.M. / Hausch, F.

履歴

登録	2024年9月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年1月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年3月12日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2025年3月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9gq8.cif.gz	239.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9gq8.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9gq8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gq/9gq8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gq/9gq8	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	9gq2C 9gq3C 9gq4C 9gq5C 9gq6C 9gq7C 9gq9C 9gqaC 9gqbC 9gqcC 9gqdC 9gqeC 9gqfC 9gqgC 9gqhC 9gqiC 9gqjC 9gqkC C: 同じ文献を引用 (文献)
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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (6) #230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (5) #45 - 2003年9月エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor) 類似性 (1) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (3) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1) #92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (1) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (1) #208 - 2017年4月グルコース輸送体 (Glucose Transporters) 類似性 (1) #217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#141 - 2011年9月
O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase)
類似性 (6)
#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (5)
#45 - 2003年9月
エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor)
類似性 (1)
#166 - 2013年10月
プロテアソーム (Proteasome)
類似性 (3)
#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (1)
#92 - 2007年8月
タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids)
類似性 (1)
#126 - 2010年6月
上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor)
類似性 (1)
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グルコース輸送体 (Glucose Transporters)
類似性 (1)
#217 - 2018年1月
オピオイド受容体 (Opioid Receptors)
類似性 (1)
#163 - 2013年7月
HIVカプシド (HIV Capsid)
類似性 (1)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (1)

登録構造単位

B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

ヘテロ分子

29 kDa, 2 ポリマー
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1

B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14.5 kDa, 1 ポリマー
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2

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14.5 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	48.44, 48.44, 192.239
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 120
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	B
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: GLY / End label comp-ID: GLY / Auth seq-ID: 17 - 139 / Label seq-ID: 5 - 127

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	B	A
2	A	B

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5 / PPIase FKBP5 / 51 kDa FK506-binding protein / FKBP-51 / 54 kDa progesterone receptor-associated ...PPIase FKBP5 / 51 kDa FK506-binding protein / FKBP-51 / 54 kDa progesterone receptor-associated immunophilin / Androgen-regulated protein 6 / FF1 antigen / FK506-binding protein 5 / FKBP-5 / FKBP54 / p54 / HSP90-binding immunophilin / Rotamase 分子量: 14004.026 Da / 分子数: 2 / 変異: A19T, C103A, C107I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FKBP5, AIG6, FKBP51 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: Q13451, peptidylprolyl isomerase
#2: 化合物	ChemComp-A1IN6 / (2~{S},9~{S})-2-cyclohexyl-20,23-dimethoxy-11,18-dioxa-4-azatricyclo[17.2.2.0^{4,9}]tricosa-1(21),19,22-triene-3,10-dione 分子量: 487.628 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₈H₄₁NO₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.09 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 20% PEG3350, 0.2M ammonium thiocyanate, 0.1M HEPES-NaOH pH 7.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月18日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9184 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.16→48.06 Å / Num. obs: 14911 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.4 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.112 / R_pim(I) all: 0.054 / R_rim(I) all: 0.124 / Χ²: 0.97 / Net I/σ(I): 10.7

反射シェル

冗長度: 8.3 % / % possible all: 99.2

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²
8.91-48.06	0.058	24.1	277	0.999	0.026	0.064	0.72
2.16-2.23	1.124	1.6	1267	0.536	0.599	1.278	0.77

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430 (refmacat 0.4.82)	精密化
autoXDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.16→41.019 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.941 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.917 / SU B: 15.464 / SU ML: 0.186 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.277 / ESU R Free: 0.226 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2762	716	4.82 %
R_work	0.2267	14139	-
all	0.229	-	-
obs	-	14855	99.832 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 48.473 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.601 Å²	-0.3 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.601 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.949 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.16→41.019 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1847	0	70	37	1954

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.012	1962
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.005	0.016	1817
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.804	1.849	2658
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.089	1.825	4230
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.085	5	250
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	5.279	5	4
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.75	10	296
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.076	10	67
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.082	0.2	295
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	1.395	0.2	34
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	2227
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	397
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.2	0.2	347
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.2	0.2	1647
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.178	0.2	1011
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.087	0.2	985
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.139	0.2	53
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.106	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.203	0.2	45
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.096	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.596	2.938	1012
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.596	2.938	1012
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.809	5.276	1258
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.807	5.274	1259
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.527	2.984	950
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.526	2.984	951
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.688	5.446	1400
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.687	5.445	1401
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.306	27.911	2125
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.304	27.905	2125
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.116	0.05	3345

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11635	0.05009
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11635	0.05009

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.16-2.216	0.345	66	0.332	1019	0.332	1095	0.885	0.906	99.0868	0.331
2.216-2.276	0.348	48	0.297	977	0.299	1025	0.888	0.929	100	0.292
2.276-2.342	0.3	45	0.288	965	0.289	1010	0.951	0.939	100	0.281
2.342-2.414	0.294	48	0.26	951	0.262	1000	0.94	0.956	99.9	0.247
2.414-2.493	0.293	38	0.253	909	0.255	947	0.944	0.961	100	0.234
2.493-2.58	0.305	40	0.226	884	0.229	924	0.94	0.966	100	0.204
2.58-2.677	0.332	75	0.234	842	0.241	917	0.935	0.964	100	0.214
2.677-2.786	0.308	29	0.232	830	0.234	859	0.957	0.965	100	0.212
2.786-2.909	0.272	43	0.214	804	0.217	847	0.95	0.969	100	0.198
2.909-3.05	0.264	31	0.224	766	0.226	800	0.954	0.964	99.625	0.215
3.05-3.214	0.259	38	0.216	730	0.218	768	0.959	0.968	100	0.208
3.214-3.408	0.268	37	0.237	674	0.239	711	0.965	0.966	100	0.232
3.408-3.642	0.262	35	0.219	667	0.221	703	0.967	0.976	99.8577	0.219
3.642-3.931	0.211	38	0.215	583	0.215	621	0.983	0.977	100	0.217
3.931-4.302	0.23	25	0.2	577	0.201	605	0.975	0.973	99.5041	0.212
4.302-4.803	0.313	17	0.179	544	0.182	561	0.944	0.98	100	0.198
4.803-5.534	0.229	18	0.198	467	0.199	485	0.968	0.976	100	0.224
5.534-6.747	0.252	17	0.272	415	0.271	432	0.954	0.954	100	0.3
6.747-9.415	0.298	12	0.226	330	0.228	343	0.944	0.968	99.7085	0.266
9.415-41.019	0.405	16	0.255	205	0.264	225	0.915	0.94	98.2222	0.3

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.328	-1.8586	-0.8248	7.5973	-0.0516	3.8316	-0.2245	0.0014	0.0466	-0.3756	0.1554	-0.5934	-0.3053	0.2098	0.0691	0.1864	-0.0981	-0.0172	0.0571	0.0207	0.0736	18.6214	0.872	3.621
2	2.9614	0.4399	-0.7148	4.1415	-1.0974	3.5723	-0.1156	0.0465	-0.5122	0.0755	0.0446	0.1825	0.052	-0.0359	0.0709	0.1347	0.0101	0.016	0.0059	-0.0049	0.1065	9.5958	-15.4583	28.1012

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	B	13 - 201
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	A	17 - 201

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)