PDB-9gq6: The FK1 domain of FKBP51 in complex with the macrocyclic SAFit an...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9gq6

タイトル

The FK1 domain of FKBP51 in complex with the macrocyclic SAFit analog p5(1,2)-H2

要素

Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

キーワード

ISOMERASE / FKBP / Inhibitor / SAFIT / Macrocycle / Complex

機能・相同性

機能・相同性情報

response to alcohol / Modulation of host responses by IFN-stimulated genes / FK506 binding / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / : / heat shock protein binding / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / ESR-mediated signaling / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat P3 isomerase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.88 Å

データ登録者

Meyners, C. / Spiske, M. / Hausch, F.

資金援助

ドイツ, 2件

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2025
タイトル: Conformationally Restricted Macrocycles as Improved FKBP51 Inhibitors Enabled by Systematic Linker Derivatization.
著者: Spiske, M. / Meyners, C. / Bauder, M. / Repity, M. / Brudy, C. / Sugiarto, W.O. / Achaq, H. / Geiger, T.M. / Hausch, F.

履歴

登録	2024年9月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年1月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年3月12日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2025年3月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9gq6.cif.gz	239.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9gq6.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9gq6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gq/9gq6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gq/9gq6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9gq2C 9gq3C 9gq4C 9gq5C 9gq7C 9gq8C 9gq9C 9gqaC 9gqbC 9gqcC 9gqdC 9gqeC 9gqfC 9gqgC 9gqhC 9gqiC 9gqjC 9gqkC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (6) #230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (5) #45 - 2003年9月エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor) 類似性 (1) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (3) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1) #92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (1) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (1) #208 - 2017年4月グルコース輸送体 (Glucose Transporters) 類似性 (1) #217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#141 - 2011年9月
O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase)
類似性 (6)
#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (5)
#45 - 2003年9月
エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor)
類似性 (1)
#166 - 2013年10月
プロテアソーム (Proteasome)
類似性 (3)
#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (1)
#92 - 2007年8月
タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids)
類似性 (1)
#126 - 2010年6月
上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor)
類似性 (1)
#208 - 2017年4月
グルコース輸送体 (Glucose Transporters)
類似性 (1)
#217 - 2018年1月
オピオイド受容体 (Opioid Receptors)
類似性 (1)
#163 - 2013年7月
HIVカプシド (HIV Capsid)
類似性 (1)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (1)

登録構造単位

B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

ヘテロ分子

29 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14.5 kDa, 1 ポリマー
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2

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.843, 48.843, 194.255
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 120
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-325- HOH
2	1	B-330- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	B
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: GLY / End label comp-ID: GLY / Auth seq-ID: 17 - 139 / Label seq-ID: 5 - 127

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	B	A
2	A	B

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5 / PPIase FKBP5 / 51 kDa FK506-binding protein / FKBP-51 / 54 kDa progesterone receptor-associated ...PPIase FKBP5 / 51 kDa FK506-binding protein / FKBP-51 / 54 kDa progesterone receptor-associated immunophilin / Androgen-regulated protein 6 / FF1 antigen / FK506-binding protein 5 / FKBP-5 / FKBP54 / p54 / HSP90-binding immunophilin / Rotamase 分子量: 14004.026 Da / 分子数: 2 / 変異: A19T, C103A, C107I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FKBP5, AIG6, FKBP51 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: Q13451, peptidylprolyl isomerase
#2: 化合物	ChemComp-A1IN4 / (2~{S},9~{S})-2-cyclohexyl-19,22-dimethoxy-11,17-dioxa-4-azatricyclo[16.2.2.0^{4,9}]docosa-1(20),18,21-triene-3,10-dione 分子量: 473.602 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₉NO₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 59 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.5 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 20% PEG3350, 0.2M ammonium thiocyanate, 0.1M HEPES-NaOH pH 7.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月18日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9184 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.88→48.56 Å / Num. obs: 22952 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.6 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.043 / R_pim(I) all: 0.02 / R_rim(I) all: 0.048 / Χ²: 1.02 / Net I/σ(I): 22

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
9.01-48.56	8.2	0.025	65.2	278	0.999	0.012	0.028	0.99	99.5
1.88-1.92	9.8	1.362	1.6	1374	0.637	0.655	1.516	1.07	98.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430 (refmacat 0.4.82)	精密化
autoXDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.88→42.335 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.944 / SU B: 12.446 / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.173 / ESU R Free: 0.158 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2737	1139	4.977 %
R_work	0.2393	21745	-
all	0.241	-	-
obs	-	22884	99.856 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 57.493 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.097 Å²	-0.049 Å²	0 Å²
2-	-	-0.097 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.315 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.88→42.335 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1853	0	68	59	1980

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.012	1966
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.007	0.016	1809
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.85	1.848	2665
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.309	1.818	4211
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.124	5	250
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	5.932	5	4
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.931	10	296
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.755	10	70
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.093	0.2	295
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	1.897	0.2	32
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	2241
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	399
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.202	0.2	365
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.201	0.2	1679
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.177	0.2	1027
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.09	0.2	1000
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.152	0.2	68
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.03	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.327	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.232	0.2	39
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.094	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.811	2.75	1012
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.809	2.75	1012
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.789	4.924	1258
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.788	4.923	1259
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.975	2.874	954
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.973	2.874	955
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.07	5.212	1407
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.068	5.212	1408
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.256	26.161	2161
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.259	25.878	2156
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.114	0.05	3376

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11402	0.05008
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11402	0.05008

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.88-1.927	0.415	93	0.343	1510	0.347	1629	0.865	0.905	98.4039	0.339
1.927-1.98	0.379	95	0.323	1507	0.326	1602	0.898	0.921	100	0.316
1.98-2.037	0.364	65	0.316	1525	0.319	1590	0.911	0.927	100	0.302
2.037-2.099	0.359	70	0.306	1440	0.308	1510	0.88	0.937	100	0.282
2.099-2.168	0.351	64	0.281	1424	0.284	1488	0.92	0.947	100	0.259
2.168-2.244	0.305	82	0.285	1363	0.286	1445	0.934	0.946	100	0.255
2.244-2.328	0.315	75	0.282	1321	0.284	1396	0.936	0.95	100	0.253
2.328-2.423	0.316	59	0.267	1274	0.269	1334	0.933	0.956	99.925	0.236
2.423-2.531	0.333	72	0.275	1219	0.278	1292	0.945	0.953	99.9226	0.244
2.531-2.654	0.242	54	0.27	1181	0.269	1235	0.965	0.956	100	0.239
2.654-2.797	0.381	66	0.283	1114	0.287	1180	0.918	0.947	100	0.26
2.797-2.965	0.334	65	0.264	1048	0.268	1113	0.942	0.953	100	0.249
2.965-3.169	0.332	50	0.256	1019	0.259	1069	0.94	0.959	100	0.249
3.169-3.421	0.248	43	0.259	942	0.258	985	0.966	0.96	100	0.258
3.421-3.745	0.291	51	0.239	895	0.242	946	0.955	0.972	100	0.244
3.745-4.183	0.225	35	0.202	800	0.203	835	0.971	0.977	100	0.213
4.183-4.823	0.182	38	0.157	711	0.159	749	0.983	0.985	100	0.181
4.823-5.888	0.236	22	0.197	634	0.199	656	0.948	0.978	100	0.228
5.888-8.247	0.218	33	0.25	492	0.249	526	0.97	0.97	99.8099	0.292
8.247-42.335	0.261	7	0.241	326	0.241	336	0.976	0.951	99.1071	0.312

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.8133	-2.3678	-0.6371	6.8447	-0.2258	5.2967	0.0167	-0.3213	-0.1953	-0.4737	-0.0647	-0.9155	-0.3254	0.0694	0.0479	0.271	-0.1276	-0.0908	0.119	0.1598	0.3185	18.4709	0.4568	3.4876
2	4.4812	0.257	0.0882	3.2525	-0.9318	5.6716	-0.3445	0.3039	-0.2942	0.0188	-0.0155	0.1339	0.1115	0.1888	0.36	0.136	-0.0244	0.002	0.1693	0.1105	0.1638	9.1023	-15.8645	28.5081

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	B	13 - 201
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	A	17 - 201

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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万見 (Yorodumi)