PDB-9gq7: The FK1 domain of FKBP51 in complex with the macrocyclic SAFit an...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9gq7

タイトル

The FK1 domain of FKBP51 in complex with the macrocyclic SAFit analog p5(2,1)-(E)

要素

Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

キーワード

ISOMERASE / FKBP / Inhibitor / SAFIT / Macrocycle / Complex

機能・相同性

機能・相同性情報

response to alcohol / FK506 binding / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / : / heat shock protein binding / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / ESR-mediated signaling / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat P3 isomerase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat P6 isomerase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Meyners, C. / Spiske, M. / Hausch, F.

資金援助

ドイツ, 2件

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2025
タイトル: Conformationally Restricted Macrocycles as Improved FKBP51 Inhibitors Enabled by Systematic Linker Derivatization.
著者: Spiske, M. / Meyners, C. / Bauder, M. / Repity, M. / Brudy, C. / Sugiarto, W.O. / Achaq, H. / Geiger, T.M. / Hausch, F.

履歴

登録	2024年9月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年1月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年3月12日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2025年3月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

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PDB形式	pdb9gq7.ent.gz		表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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文書・詳細版	9gq7_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
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CIF形式データ	9gq7_validation.cif.gz	16.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gq/9gq7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gq/9gq7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9gq2C 9gq3C 9gq4C 9gq5C 9gq6C 9gq8C 9gq9C 9gqaC 9gqbC 9gqcC 9gqdC 9gqeC 9gqfC 9gqgC 9gqhC 9gqiC 9gqjC 9gqkC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (6) #230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (5) #45 - 2003年9月エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor) 類似性 (1) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (3) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1) #92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (1) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (1) #208 - 2017年4月グルコース輸送体 (Glucose Transporters) 類似性 (1) #217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#141 - 2011年9月
O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase)
類似性 (6)
#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (5)
#45 - 2003年9月
エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor)
類似性 (1)
#166 - 2013年10月
プロテアソーム (Proteasome)
類似性 (3)
#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (1)
#92 - 2007年8月
タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids)
類似性 (1)
#126 - 2010年6月
上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor)
類似性 (1)
#208 - 2017年4月
グルコース輸送体 (Glucose Transporters)
類似性 (1)
#217 - 2018年1月
オピオイド受容体 (Opioid Receptors)
類似性 (1)
#163 - 2013年7月
HIVカプシド (HIV Capsid)
類似性 (1)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (1)

登録構造単位

B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

ヘテロ分子

29 kDa, 2 ポリマー
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1

B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.482, 48.482, 191.085
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 120
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	B
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: GLY / End label comp-ID: GLY / Auth seq-ID: 17 - 139 / Label seq-ID: 5 - 127

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	B	A
2	A	B

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5 / PPIase FKBP5 / 51 kDa FK506-binding protein / FKBP-51 / 54 kDa progesterone receptor-associated ...PPIase FKBP5 / 51 kDa FK506-binding protein / FKBP-51 / 54 kDa progesterone receptor-associated immunophilin / Androgen-regulated protein 6 / FF1 antigen / FK506-binding protein 5 / FKBP-5 / FKBP54 / p54 / HSP90-binding immunophilin / Rotamase 分子量: 14004.026 Da / 分子数: 2 / 変異: A19T, C103A, C107I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FKBP5, AIG6, FKBP51 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: Q13451, peptidylprolyl isomerase
#2: 化合物	ChemComp-A1IN5 / (2~{S},9~{S},14~{E})-2-cyclohexyl-19,22-dimethoxy-11,17-dioxa-4-azatricyclo[16.2.2.0^{4,9}]docosa-1(20),14,18,21-tetraene-3,10-dione 分子量: 471.586 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₇NO₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.86 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 20% PEG3350, 0.2M ammonium thiocyanate, 0.1M HEPES-NaOH pH 7.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月18日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9184 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.02→41.99 Å / Num. obs: 18014 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.075 / R_pim(I) all: 0.036 / R_rim(I) all: 0.084 / Χ²: 0.98 / Net I/σ(I): 13.2

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
9.03-41.99	8.1	0.031	37.9	268	0.999	0.014	0.034	0.62	99.3
2.02-2.07	11	1.336	1.5	1264	0.53	0.602	1.468	0.75	100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430 (refmacat 0.4.82)	精密化
autoXDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.3→41.99 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.944 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.902 / SU B: 19.437 / SU ML: 0.216 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.359 / ESU R Free: 0.251 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2637	627	5.091 %
R_work	0.2206	11690	-
all	0.223	-	-
obs	-	12317	99.927 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 54.973 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.117 Å²	-0.559 Å²	-0 Å²
2-	-	-1.117 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.625 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→41.99 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1833	0	68	25	1926

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.012	1946
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1762
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.065	1.812	2642
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.678	1.733	4099
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.829	5	250
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.102	13.333	18
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	2.782	5	2
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.26	10	281
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.033	10	68
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.091	0.2	294
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	2247
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	401
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.207	0.2	361
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.205	0.2	1607
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.182	0.2	993
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.092	0.2	998
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.164	0.2	55
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.011	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.191	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.202	0.2	26
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.039	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.115	3.499	1006
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.109	3.499	1006
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.648	6.286	1254
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.647	6.288	1255
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.297	3.6	940
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.295	3.6	941
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.976	6.55	1388
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.974	6.548	1389
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.582	32.972	2098
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.578	32.966	2098
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.115	0.05	3343

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11498	0.05008
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11498	0.05008

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.3-2.36	0.389	51	0.315	819	0.319	871	0.913	0.936	99.8852	0.3
2.36-2.424	0.375	42	0.281	848	0.285	890	0.917	0.948	100	0.266
2.424-2.494	0.265	37	0.254	772	0.255	809	0.933	0.957	100	0.234
2.494-2.571	0.29	39	0.213	791	0.217	830	0.948	0.968	100	0.198
2.571-2.654	0.327	54	0.246	723	0.252	777	0.925	0.959	100	0.23
2.654-2.747	0.384	37	0.27	737	0.276	774	0.927	0.951	100	0.254
2.747-2.85	0.367	35	0.247	736	0.253	771	0.915	0.954	100	0.233
2.85-2.966	0.405	34	0.245	662	0.253	696	0.887	0.957	100	0.235
2.966-3.098	0.277	38	0.232	647	0.235	686	0.953	0.96	99.8542	0.225
3.098-3.248	0.319	30	0.244	655	0.247	685	0.918	0.955	100	0.243
3.248-3.422	0.261	29	0.239	583	0.24	612	0.956	0.963	100	0.239
3.422-3.628	0.228	37	0.243	569	0.242	606	0.96	0.968	100	0.248
3.628-3.877	0.21	30	0.226	539	0.225	569	0.981	0.974	100	0.229
3.877-4.185	0.212	32	0.195	514	0.196	546	0.976	0.979	100	0.206
4.185-4.579	0.212	31	0.148	464	0.151	498	0.966	0.986	99.3976	0.161
4.579-5.112	0.167	12	0.147	436	0.147	448	0.984	0.986	100	0.163
5.112-5.889	0.212	19	0.19	396	0.191	415	0.969	0.977	100	0.206
5.889-7.177	0.285	15	0.226	344	0.228	359	0.956	0.975	100	0.247
7.177-10.005	0.19	13	0.236	275	0.234	289	0.98	0.966	99.654	0.278
10.005-41.99	0.373	12	0.307	176	0.311	190	0.89	0.927	98.9474	0.386

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.5878	-1.6884	-0.549	6.3877	-0.371	3.8854	-0.1554	-0.0703	-0.0616	-0.2767	0.1514	-0.5774	-0.24	0.1974	0.004	0.1612	-0.0842	-0.0234	0.0502	0.0208	0.1013	18.6	0.919	3.3835
2	3.2296	0.7735	-0.4684	3.742	-1.295	3.1563	-0.1311	-0.0068	-0.4218	0.1875	0.0254	0.1539	0.1816	0.0141	0.1057	0.2187	0.0275	0.0232	0.0591	0.0307	0.0977	9.3384	-15.639	28.0149

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	B	13 - 201
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	A	17 - 201

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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万見 (Yorodumi)