PDB-9gqa: The FK1 domain of FKBP51 in complex with the macrocyclic SAFit an...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9gqa

タイトル

The FK1 domain of FKBP51 in complex with the macrocyclic SAFit analog p5(2,2)-Diol-IV

要素

Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

キーワード

ISOMERASE / FKBP / Inhibitor / SAFIT / Macrocycle / Complex

機能・相同性

機能・相同性情報

response to alcohol / Modulation of host responses by IFN-stimulated genes / FK506 binding / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / : / heat shock protein binding / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / ESR-mediated signaling / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat P3 isomerase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.93 Å

データ登録者

Meyners, C. / Spiske, M. / Hausch, F.

資金援助

ドイツ, 2件

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2025
タイトル: Conformationally Restricted Macrocycles as Improved FKBP51 Inhibitors Enabled by Systematic Linker Derivatization.
著者: Spiske, M. / Meyners, C. / Bauder, M. / Repity, M. / Brudy, C. / Sugiarto, W.O. / Achaq, H. / Geiger, T.M. / Hausch, F.

履歴

登録	2024年9月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年1月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年3月12日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2025年3月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9gqa.cif.gz	235.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9gqa.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9gqa.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gq/9gqa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gq/9gqa	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9gq2C 9gq3C 9gq4C 9gq5C 9gq6C 9gq7C 9gq8C 9gq9C 9gqbC 9gqcC 9gqdC 9gqeC 9gqfC 9gqgC 9gqhC 9gqiC 9gqjC 9gqkC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (6) #230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (5) #45 - 2003年9月エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor) 類似性 (1) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (3) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1) #92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (1) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (1) #208 - 2017年4月グルコース輸送体 (Glucose Transporters) 類似性 (1) #217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#141 - 2011年9月
O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase)
類似性 (6)
#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (5)
#45 - 2003年9月
エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor)
類似性 (1)
#166 - 2013年10月
プロテアソーム (Proteasome)
類似性 (3)
#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (1)
#92 - 2007年8月
タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids)
類似性 (1)
#126 - 2010年6月
上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor)
類似性 (1)
#208 - 2017年4月
グルコース輸送体 (Glucose Transporters)
類似性 (1)
#217 - 2018年1月
オピオイド受容体 (Opioid Receptors)
類似性 (1)
#163 - 2013年7月
HIVカプシド (HIV Capsid)
類似性 (1)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (1)

登録構造単位

B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

ヘテロ分子

29 kDa, 2 ポリマー
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1

B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14.5 kDa, 1 ポリマー
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2

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14.5 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	48.742, 48.742, 191.029
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 120
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	B
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: GLY / End label comp-ID: GLY / Auth seq-ID: 17 - 139 / Label seq-ID: 5 - 127

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	B	A
2	A	B

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5 / PPIase FKBP5 / 51 kDa FK506-binding protein / FKBP-51 / 54 kDa progesterone receptor-associated ...PPIase FKBP5 / 51 kDa FK506-binding protein / FKBP-51 / 54 kDa progesterone receptor-associated immunophilin / Androgen-regulated protein 6 / FF1 antigen / FK506-binding protein 5 / FKBP-5 / FKBP54 / p54 / HSP90-binding immunophilin / Rotamase 分子量: 14004.026 Da / 分子数: 2 / 変異: A19T, C103A, C107I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FKBP5, AIG6, FKBP51 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: Q13451, peptidylprolyl isomerase
#2: 化合物	ChemComp-A1IN7 / (2~{S},9~{S},14~{S},15~{R})-2-cyclohexyl-20,23-dimethoxy-14,15-bis(oxidanyl)-11,18-dioxa-4-azatricyclo[17.2.2.0^{4,9}]tricosa-1(21),19,22-triene-3,10-dione 分子量: 519.627 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₈H₄₁NO₈ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.41 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 24% PEG3350, 0.2M ammonium thiocyanate, 0.1M HEPES-NaOH pH 7.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月18日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9184 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.93→47.76 Å / Num. obs: 20813 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.4 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.056 / R_pim(I) all: 0.026 / R_rim(I) all: 0.062 / Χ²: 1.04 / Net I/σ(I): 18.3

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
9.05-47.76	8.3	0.021	53.8	269	1	0.009	0.023	0.57	99.3
1.93-1.98	11.1	1.891	1.3	1357	0.523	0.853	2.076	1.09	100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430 (refmacat 0.4.82)	精密化
autoXDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.93→41.252 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.932 / SU B: 12.757 / SU ML: 0.166 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.188 / ESU R Free: 0.165 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2684	1058	5.099 %
R_work	0.237	19692	-
all	0.239	-	-
obs	-	20750	99.947 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 50.933 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.878 Å²	-0.439 Å²	0 Å²
2-	-	-0.878 Å²	-0 Å²
3-	-	-	2.85 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.93→41.252 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1826	0	74	37	1937

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.012	1944
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1770
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.016	1.817	2640
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.664	1.733	4120
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.023	5	247
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	24.149	14.375	16
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.753	10	282
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.185	10	68
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.096	0.2	298
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	2214
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	394
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.198	0.2	376
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.205	0.2	1659
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.179	0.2	1009
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.093	0.2	995
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.147	0.2	51
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.236	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.188	0.2	35
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.139	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.742	3.296	997
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.741	3.295	997
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.795	5.908	1241
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.81	5.911	1242
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.688	3.362	947
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.686	3.361	948
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.837	6.137	1399
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.835	6.135	1400
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.436	31.135	2117
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.438	31.123	2116
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.118	0.05	3276

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11796	0.05008
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11796	0.05008

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.93-1.98	0.386	75	0.364	1399	0.365	1475	0.894	0.867	99.9322	0.362
1.98-2.034	0.373	60	0.333	1435	0.335	1495	0.889	0.909	100	0.328
2.034-2.093	0.426	79	0.321	1321	0.327	1400	0.858	0.923	100	0.311
2.093-2.157	0.354	62	0.294	1318	0.297	1380	0.883	0.934	100	0.277
2.157-2.228	0.335	67	0.306	1305	0.308	1372	0.925	0.933	100	0.286
2.228-2.306	0.35	52	0.303	1236	0.305	1288	0.913	0.936	100	0.283
2.306-2.393	0.285	52	0.251	1191	0.253	1244	0.929	0.958	99.9196	0.229
2.393-2.49	0.292	64	0.239	1156	0.241	1221	0.944	0.961	99.9181	0.222
2.49-2.6	0.261	42	0.214	1115	0.216	1157	0.961	0.968	100	0.196
2.6-2.727	0.326	64	0.261	1066	0.265	1130	0.946	0.958	100	0.244
2.727-2.873	0.291	53	0.252	1029	0.254	1082	0.945	0.958	100	0.241
2.873-3.047	0.319	71	0.241	941	0.246	1013	0.939	0.96	99.9013	0.235
3.047-3.256	0.252	52	0.241	910	0.242	962	0.959	0.959	100	0.238
3.256-3.515	0.256	53	0.25	831	0.25	885	0.966	0.966	99.887	0.251
3.515-3.848	0.232	58	0.234	774	0.234	833	0.974	0.97	99.88	0.238
3.848-4.297	0.255	54	0.195	714	0.199	768	0.958	0.978	100	0.208
4.297-4.953	0.208	32	0.166	650	0.168	683	0.973	0.983	99.8536	0.181
4.953-6.044	0.213	27	0.207	570	0.207	597	0.967	0.974	100	0.23
6.044-8.458	0.316	27	0.246	443	0.249	470	0.935	0.967	100	0.269
8.458-41.252	0.256	14	0.276	288	0.275	304	0.939	0.928	99.3421	0.343

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.2641	-0.808	0.3038	5.6431	-0.4712	3.3115	-0.1664	0.0511	0.098	-0.1869	0.3167	0.6731	0.2924	-0.1106	-0.1503	0.1922	-0.0995	-0.0054	0.0612	0.0273	0.101	-18.7744	-0.8811	3.1476
2	2.6023	-0.3279	0.1146	4.1782	0.8896	3.8196	-0.1172	-0.0382	0.4632	0.175	0.0338	-0.2535	-0.0233	-0.0181	0.0833	0.1031	-0.0242	-0.0229	0.0498	-0.0208	0.0977	-9.8618	15.6991	28.1374

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	B	13 - 201
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	A	17 - 201

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)