PDB-9gqe: The FK1 domain of FKBP51 in complex with the macrocyclic SAFit an...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9gqe

タイトル

The FK1 domain of FKBP51 in complex with the macrocyclic SAFit analog m5(2,4)-H2

要素

Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

キーワード

ISOMERASE / FKBP / Inhibitor / SAFIT / Macrocycle / Complex

機能・相同性

機能・相同性情報

Modulation of host responses by IFN-stimulated genes / response to alcohol / FK506 binding / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / : / heat shock protein binding / ESR-mediated signaling / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / response to cocaine / response to bacterium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Meyners, C. / Spiske, M. / Hausch, F.

資金援助

ドイツ, 2件

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2025
タイトル: Conformationally Restricted Macrocycles as Improved FKBP51 Inhibitors Enabled by Systematic Linker Derivatization.
著者: Spiske, M. / Meyners, C. / Bauder, M. / Repity, M. / Brudy, C. / Sugiarto, W.O. / Achaq, H. / Geiger, T.M. / Hausch, F.

履歴

登録	2024年9月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年1月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年3月12日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2025年3月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gq/9gqe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gq/9gqe	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	9gq2C 9gq3C 9gq4C 9gq5C 9gq6C 9gq7C 9gq8C 9gq9C 9gqaC 9gqbC 9gqcC 9gqdC 9gqfC 9gqgC 9gqhC 9gqiC 9gqjC 9gqkC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (6) #230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (5) #45 - 2003年9月エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor) 類似性 (1) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (3) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1) #92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (1) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (1) #208 - 2017年4月グルコース輸送体 (Glucose Transporters) 類似性 (1) #217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#141 - 2011年9月
O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase)
類似性 (6)
#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (5)
#45 - 2003年9月
エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor)
類似性 (1)
#166 - 2013年10月
プロテアソーム (Proteasome)
類似性 (3)
#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (1)
#92 - 2007年8月
タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids)
類似性 (1)
#126 - 2010年6月
上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor)
類似性 (1)
#208 - 2017年4月
グルコース輸送体 (Glucose Transporters)
類似性 (1)
#217 - 2018年1月
オピオイド受容体 (Opioid Receptors)
類似性 (1)
#163 - 2013年7月
HIVカプシド (HIV Capsid)
類似性 (1)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (1)

登録構造単位

B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

ヘテロ分子

29.1 kDa, 2 ポリマー
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1

B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14.5 kDa, 1 ポリマー
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2

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14.5 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	48.71, 48.71, 193.946
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 120
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	B
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Auth seq-ID: 13 - 140 / Label seq-ID: 1 - 128

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	B	A
2	A	B

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5 / PPIase FKBP5 / 51 kDa FK506-binding protein / FKBP-51 / 54 kDa progesterone receptor-associated ...PPIase FKBP5 / 51 kDa FK506-binding protein / FKBP-51 / 54 kDa progesterone receptor-associated immunophilin / Androgen-regulated protein 6 / FF1 antigen / FK506-binding protein 5 / FKBP-5 / FKBP54 / p54 / HSP90-binding immunophilin / Rotamase 分子量: 14004.026 Da / 分子数: 2 / 変異: A19T, C103A, C107I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FKBP5, AIG6, FKBP51 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: Q13451, peptidylprolyl isomerase
#2: 化合物	ChemComp-A1IOB / (2~{S},9~{S})-2-cyclohexyl-23,24-dimethoxy-11,17,21-trioxa-4-azatricyclo[20.3.1.0^{4,9}]hexacosa-1(26),22,24-triene-3,10-dione 分子量: 531.681 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₀H₄₅NO₇ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.13 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 18% PEG3350, 0.2M ammonium acetate, 0.1M HEPES-NaOH pH 7.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年5月20日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9184 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.5→42.18 Å / Num. obs: 9945 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.6 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.109 / R_pim(I) all: 0.053 / R_rim(I) all: 0.122 / Χ²: 0.97 / Net I/σ(I): 13.6

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
9.01-42.18	7.4	0.043	26.9	273	0.998	0.02	0.048	0.66	99
2.5-2.6	10.7	0.417	4.9	1074	0.955	0.19	0.459	0.83	100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430 (refmacat 0.4.82)	精密化
autoXDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.5→42.18 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.927 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.883 / SU B: 27.961 / SU ML: 0.289 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.668 / ESU R Free: 0.333 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2856	483	4.879 %
R_work	0.2282	9416	-
all	0.231	-	-
obs	-	9899	99.849 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 44.981 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.612 Å²	-1.306 Å²	0 Å²
2-	-	-2.612 Å²	-0 Å²
3-	-	-	8.474 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→42.18 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1877	0	76	27	1980

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.012	1999
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1850
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.51	1.822	2706
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.499	1.736	4316
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	9.115	5	254
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.972	14.231	13
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.734	10	302
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	13.328	10	69
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.065	0.2	298
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	2259
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	393
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.203	0.2	377
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.196	0.2	1726
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.178	0.2	1007
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.091	0.2	1070
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.155	0.2	44
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.017	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.168	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.129	0.2	48
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.259	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.361	2.005	1022
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.358	2.005	1022
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.205	3.598	1274
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.204	3.599	1275
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.4	2.055	977
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.399	2.054	978
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.328	3.743	1432
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.327	3.742	1433
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.786	18.714	2141
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.785	18.711	2142
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.078	0.05	3593

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07832	0.05009
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07832	0.05009

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.5-2.565	0.294	37	0.282	695	0.282	732	0.912	0.936	100	0.268
2.565-2.635	0.375	26	0.298	643	0.3	669	0.874	0.927	100	0.28
2.635-2.711	0.408	41	0.264	648	0.272	689	0.922	0.945	100	0.251
2.711-2.794	0.371	26	0.282	614	0.285	640	0.902	0.942	100	0.262
2.794-2.885	0.285	27	0.267	613	0.268	640	0.935	0.944	100	0.249
2.885-2.986	0.262	24	0.282	592	0.281	617	0.946	0.937	99.8379	0.264
2.986-3.098	0.384	39	0.25	550	0.259	589	0.878	0.951	100	0.235
3.098-3.224	0.219	30	0.212	568	0.213	598	0.972	0.966	100	0.202
3.224-3.366	0.32	21	0.215	516	0.219	538	0.957	0.967	99.8141	0.207
3.366-3.529	0.235	24	0.22	516	0.221	540	0.95	0.971	100	0.215
3.529-3.719	0.239	26	0.21	486	0.212	512	0.958	0.972	100	0.204
3.719-3.943	0.285	30	0.203	446	0.209	476	0.952	0.971	100	0.201
3.943-4.212	0.255	20	0.197	442	0.2	462	0.962	0.972	100	0.197
4.212-4.546	0.247	21	0.18	399	0.183	421	0.946	0.976	99.7625	0.184
4.546-4.974	0.315	19	0.192	393	0.197	413	0.935	0.976	99.7579	0.199
4.974-5.552	0.254	25	0.229	339	0.231	368	0.949	0.969	98.913	0.233
5.552-6.392	0.395	11	0.249	317	0.253	328	0.955	0.965	100	0.251
6.392-7.784	0.289	18	0.222	268	0.225	286	0.924	0.967	100	0.231
7.784-10.826	0.16	8	0.214	226	0.212	236	0.988	0.971	99.1525	0.228
10.826-42.18	0.339	10	0.305	145	0.307	159	0.94	0.926	97.4843	0.439

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.3134	0.6944	0.0061	3.7866	0.2164	2.7873	-0.2182	-0.1434	0.605	0.0356	0.1136	-0.5422	-0.1809	0.0025	0.1046	0.1689	-0.0138	-0.0334	0.197	-0.1422	0.255	-9.2105	16.47	28.5682
2	3.9433	-1.8254	0.5838	5.8338	-0.9883	3.4137	-0.0464	-0.0159	-0.0155	-0.5668	0.2994	0.5606	0.2571	-0.1737	-0.253	0.2581	-0.1444	0.0218	0.0818	-0.0162	0.1224	-18.1764	1.0606	2.9488

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	B	13 - 201
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	A	13 - 201

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万見について

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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万見 (Yorodumi)