PDB-9gqd: The FK1 domain of FKBP51 in complex with the macrocyclic SAFit an...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9gqd

タイトル

The FK1 domain of FKBP51 in complex with the macrocyclic SAFit analog m5(2,4)-(E)

要素

Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

キーワード

ISOMERASE / FKBP / Inhibitor / SAFIT / Macrocycle / Complex

機能・相同性

機能・相同性情報

Modulation of host responses by IFN-stimulated genes / response to alcohol / FK506 binding / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / : / heat shock protein binding / ESR-mediated signaling / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / peptidylprolyl isomerase / response to cocaine ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Meyners, C. / Spiske, M. / Hausch, F.

資金援助

ドイツ, 2件

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2025
タイトル: Conformationally Restricted Macrocycles as Improved FKBP51 Inhibitors Enabled by Systematic Linker Derivatization.
著者: Spiske, M. / Meyners, C. / Bauder, M. / Repity, M. / Brudy, C. / Sugiarto, W.O. / Achaq, H. / Geiger, T.M. / Hausch, F.

履歴

登録	2024年9月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年1月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年3月12日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2025年3月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9gqd.cif.gz	241.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9gqd.ent.gz		表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9gqd_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9gqd_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	9gqd_validation.xml.gz	13.6 KB	表示
CIF形式データ	9gqd_validation.cif.gz	17.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gq/9gqd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gq/9gqd	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	9gq2C 9gq3C 9gq4C 9gq5C 9gq6C 9gq7C 9gq8C 9gq9C 9gqaC 9gqbC 9gqcC 9gqeC 9gqfC 9gqgC 9gqhC 9gqiC 9gqjC 9gqkC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (6) #230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (5) #45 - 2003年9月エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor) 類似性 (1) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (3) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1) #92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (1) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (1) #208 - 2017年4月グルコース輸送体 (Glucose Transporters) 類似性 (1) #217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#141 - 2011年9月
O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase)
類似性 (6)
#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (5)
#45 - 2003年9月
エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor)
類似性 (1)
#166 - 2013年10月
プロテアソーム (Proteasome)
類似性 (3)
#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (1)
#92 - 2007年8月
タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids)
類似性 (1)
#126 - 2010年6月
上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor)
類似性 (1)
#208 - 2017年4月
グルコース輸送体 (Glucose Transporters)
類似性 (1)
#217 - 2018年1月
オピオイド受容体 (Opioid Receptors)
類似性 (1)
#163 - 2013年7月
HIVカプシド (HIV Capsid)
類似性 (1)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (1)

登録構造単位

B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

ヘテロ分子

29.1 kDa, 2 ポリマー
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1

B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14.5 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	48.559, 48.559, 194.531
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 120
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	B
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Auth seq-ID: 13 - 140 / Label seq-ID: 1 - 128

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	B	A
2	A	B

NCSアンサンブル: (詳細: Global NCS restraints between domains: 1 2)
NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(1), (1), (1)
2	given	(0.996022, -0.01874, -0.087112), (-0.016342, -0.99947, 0.028159), (-0.087594, -0.026624, -0.9958)	-11.60816, -13.91639, -34.50645

#1: タンパク質	Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5 / PPIase FKBP5 / 51 kDa FK506-binding protein / FKBP-51 / 54 kDa progesterone receptor-associated ...PPIase FKBP5 / 51 kDa FK506-binding protein / FKBP-51 / 54 kDa progesterone receptor-associated immunophilin / Androgen-regulated protein 6 / FF1 antigen / FK506-binding protein 5 / FKBP-5 / FKBP54 / p54 / HSP90-binding immunophilin / Rotamase 分子量: 14004.026 Da / 分子数: 2 / 変異: A19T, C103A, C107I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FKBP5, AIG6, FKBP51 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: Q13451, peptidylprolyl isomerase
#2: 化合物	ChemComp-A1IOA / (2~{S},9~{S},14~{E})-2-cyclohexyl-23,24-dimethoxy-11,17,21-trioxa-4-azatricyclo[20.3.1.0^{4,9}]hexacosa-1(26),14,22,24-tetraene-3,10-dione 分子量: 529.665 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₀H₄₃NO₇ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 41 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.97 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 18% PEG3350, 0.2M ammonium acetate, 0.1M HEPES-NaOH pH 7.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年5月20日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9184 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.5→48.63 Å / Num. obs: 9922 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.2 % / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.167 / R_pim(I) all: 0.077 / R_rim(I) all: 0.184 / Χ²: 1.01 / Net I/σ(I): 9.9

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
9.01-48.63	7.5	0.11	16.5	277	0.99	0.052	0.121	1.1	99.7
2.5-2.6	10.9	0.571	3.8	1070	0.941	0.259	0.627	0.95	100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430 (refmacat 0.4.82)	精密化
autoXDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.5→41.138 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.932 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.89 / SU B: 23.496 / SU ML: 0.253 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.647 / ESU R Free: 0.322 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2754	478	4.841 %
R_work	0.2171	9396	-
all	0.22	-	-
obs	-	9874	99.929 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.405 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.949 Å²	-0.975 Å²	-0 Å²
2-	-	-1.949 Å²	0 Å²
3-	-	-	6.324 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→41.138 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1870	0	76	41	1987

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.012	1992
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1834
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.032	1.818	2698
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.647	1.741	4273
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	9.759	5	254
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.957	12.5	16
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.625	10	296
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.147	10	68
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.084	0.2	298
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	2272
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	400
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.226	0.2	385
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.203	0.2	1816
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.188	0.2	1011
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.097	0.2	1081
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.148	0.2	83
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.182	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.17	0.2	47
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.251	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.254	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.92	2.044	1022
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.919	2.044	1022
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.056	3.663	1274
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.055	3.665	1275
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.072	2.086	970
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.071	2.085	971
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.375	3.77	1424
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.374	3.769	1425
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.13	19.929	2190
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.094	19.913	2187

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: tight positional; tight thermal / Rms dev B_iso : 2.76104 Å² / Rms dev position: 0.13041 Å / Weight B_iso : 0.5 / Weight position: 0.05

Dom-ID	Auth asym-ID
1	B
2	A

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.5-2.565	0.257	37	0.235	677	0.236	715	0.944	0.959	99.8601	0.22
2.565-2.635	0.504	24	0.254	653	0.261	677	0.911	0.954	100	0.237
2.635-2.711	0.435	37	0.248	656	0.257	693	0.917	0.957	100	0.234
2.711-2.794	0.31	29	0.25	600	0.252	630	0.944	0.956	99.8413	0.233
2.794-2.885	0.3	27	0.233	611	0.236	638	0.946	0.96	100	0.214
2.885-2.986	0.338	22	0.242	601	0.245	624	0.959	0.958	99.8397	0.224
2.986-3.098	0.339	37	0.221	535	0.229	572	0.895	0.966	100	0.205
3.098-3.224	0.262	32	0.215	574	0.218	606	0.96	0.965	100	0.203
3.224-3.366	0.295	21	0.207	512	0.21	533	0.959	0.971	100	0.196
3.366-3.529	0.202	24	0.225	521	0.224	545	0.971	0.972	100	0.217
3.529-3.719	0.26	26	0.197	473	0.2	499	0.959	0.977	100	0.193
3.719-3.942	0.281	30	0.194	446	0.2	476	0.956	0.977	100	0.19
3.942-4.212	0.18	25	0.186	445	0.186	470	0.975	0.98	100	0.187
4.212-4.545	0.326	18	0.168	406	0.173	424	0.934	0.982	100	0.173
4.545-4.973	0.24	17	0.173	388	0.176	405	0.954	0.98	100	0.187
4.973-5.55	0.26	25	0.229	341	0.231	367	0.953	0.97	99.7275	0.246
5.55-6.389	0.249	11	0.258	313	0.257	324	0.967	0.969	100	0.264
6.389-7.778	0.282	18	0.242	271	0.244	289	0.948	0.967	100	0.259
7.778-10.808	0.143	8	0.209	227	0.207	235	0.991	0.971	100	0.237
10.808-41.138	0.321	10	0.337	147	0.336	158	0.883	0.923	99.3671	0.455

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.7294	-1.1911	-0.4577	3.6541	0.7018	2.928	0.0977	-0.0628	0.5462	-0.0729	-0.0988	0.3031	-0.1576	-0.0151	0.0011	0.0798	-0.0397	0.019	0.0284	-0.0371	0.2032	-18.4781	0.5108	-3.8249
2	5.5147	-0.3647	0.8071	2.6622	-0.043	3.0813	0.3987	0.3139	-0.4246	-0.3273	-0.2426	0.1549	0.2568	0.0786	-0.1561	0.1741	0.1016	-0.0095	0.0639	-0.0138	0.0599	-10.0383	-15.0788	-29.4045

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	B	13 - 201
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	A	13 - 201

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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