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- PDB-9gqc: The FK1 domain of FKBP51 in complex with the macrocyclic SAFit an... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9gqc
タイトルThe FK1 domain of FKBP51 in complex with the macrocyclic SAFit analog m5(6,4)-(E)
要素Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5
キーワードISOMERASE / FKBP / Inhibitor / SAFIT / Macrocycle / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


response to alcohol / Modulation of host responses by IFN-stimulated genes / FK506 binding / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / : / heat shock protein binding / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / ESR-mediated signaling / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat P3 isomerase activity ...response to alcohol / Modulation of host responses by IFN-stimulated genes / FK506 binding / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / : / heat shock protein binding / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / ESR-mediated signaling / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat P3 isomerase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat P6 isomerase activity / peptidylprolyl isomerase / response to bacterium / response to cocaine / protein folding / protein-macromolecule adaptor activity / extracellular exosome / nucleoplasm / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain superfamily / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats ...: / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain superfamily / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Meyners, C. / Spiske, M. / Hausch, F.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
German Federal Ministry for Education and Research03VP08671 ドイツ
German Research Foundation (DFG)525512762 ドイツ
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2025
タイトル: Conformationally Restricted Macrocycles as Improved FKBP51 Inhibitors Enabled by Systematic Linker Derivatization.
著者: Spiske, M. / Meyners, C. / Bauder, M. / Repity, M. / Brudy, C. / Sugiarto, W.O. / Achaq, H. / Geiger, T.M. / Hausch, F.
履歴
登録2024年9月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年3月12日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22025年3月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5
A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,0954
ポリマ－28,0082
非ポリマー1,0872
水63135
1
B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,5482
ポリマ－14,0041
非ポリマー5441
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,5482
ポリマ－14,0041
非ポリマー5441
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)48.964, 48.964, 196.151
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 120
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11B
21A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Auth seq-ID: 13 - 140 / Label seq-ID: 1 - 128

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1BA
2AB

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

-
要素

#1: タンパク質 Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5 / PPIase FKBP5 / 51 kDa FK506-binding protein / FKBP-51 / 54 kDa progesterone receptor-associated ...PPIase FKBP5 / 51 kDa FK506-binding protein / FKBP-51 / 54 kDa progesterone receptor-associated immunophilin / Androgen-regulated protein 6 / FF1 antigen / FK506-binding protein 5 / FKBP-5 / FKBP54 / p54 / HSP90-binding immunophilin / Rotamase


分子量: 14004.026 Da / 分子数: 2 / 変異: A19T, C103A, C107I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FKBP5, AIG6, FKBP51
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q13451, peptidylprolyl isomerase
#2: 化合物 ChemComp-A1IN9 / (2~{S},9~{S},12~{R},14~{E})-2-cyclohexyl-23,24-dimethoxy-12-methyl-11,17,21-trioxa-4-azatricyclo[20.3.1.0^{4,9}]hexacosa-1(26),14,22,24-tetraene-3,10-dione


分子量: 543.691 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H45NO7 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.25 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 18% PEG3350, 0.2M ammonium thiocyanate, 0.1M HEPES-NaOH pH 7.5, 10% glycol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年5月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→49.04 Å / Num. obs: 10160 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.1 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Rpim(I) all: 0.026 / Rrim(I) all: 0.062 / Χ2: 1.08 / Net I/σ(I): 23.5
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
9.01-49.047.60.03936.22770.9990.0190.0440.8399.5
2.5-2.610.90.2238.910980.9880.1010.2451100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0430 (refmacat 0.4.82)精密化
autoXDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→42.44 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / SU B: 25.071 / SU ML: 0.264 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.586 / ESU R Free: 0.321 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2806 480 4.749 %
Rwork0.2226 9627 -
all0.225 --
obs-10107 99.911 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 57 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.476 Å2-0.238 Å20 Å2
2---0.476 Å2-0 Å2
3---1.545 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→42.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1839 0 78 35 1952
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0121963
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0161782
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1141.8142664
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.6711.734154
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.9675254
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.4421315
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.27310278
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg15.3941063
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.2298
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.022243
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02393
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2130.2350
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.2010.21609
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1780.2992
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0950.21010
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1720.255
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1520.26
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1340.236
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.2282.9511022
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.2172.951022
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.6865.3031274
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.6885.3041275
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.3142.966941
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.3122.965942
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.7475.41390
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.7455.3991391
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it6.73726.7272090
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other6.73326.7192090
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_10.0930.053483
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
11BX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.092770.05008
12AX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.092770.05008
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
2.5-2.5650.341360.246950.2467310.9310.9651000.221
2.565-2.6350.381400.2646580.276990.9220.96499.85690.241
2.635-2.7110.364400.2576500.2646900.9360.9621000.233
2.711-2.7940.326170.2446300.2466470.9540.9621000.223
2.794-2.8850.22220.2546550.2536770.9620.9561000.234
2.885-2.9860.397260.2645780.276040.9170.951000.25
2.986-3.0980.282350.2655940.2666290.9590.951000.255
3.098-3.2240.419350.2335480.2445830.8890.9611000.229
3.224-3.3660.364270.2635310.2685580.9150.9521000.262
3.366-3.530.305300.2315330.2355650.9510.96999.6460.236
3.53-3.7190.27200.2234920.2255120.9650.9731000.228
3.719-3.9430.159230.1984650.1964880.9840.9771000.205
3.943-4.2120.202190.184580.1814770.9730.9821000.192
4.212-4.5460.195290.1554030.1574320.9750.9851000.174
4.546-4.9740.216260.1513960.1554230.9640.98699.76360.173
4.974-5.5520.287150.1783440.1823610.9530.97999.4460.198
5.552-6.3930.319150.2513210.2543360.960.9661000.277
6.393-7.7850.37970.2662930.2683000.9570.9611000.31
7.785-10.8290.306110.2182300.2222410.9450.9691000.266
10.829-42.440.39770.371530.3711620.9260.90398.76540.498
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.0601-1.5041-0.48155.63370.75384.2946-0.1335-0.44990.85590.02560.3254-0.3022-0.02850.2645-0.19190.007-0.0218-0.04060.36940.10930.26598.901115.951928.9875
23.12730.90210.18813.8461-1.25975.9564-0.0465-0.0827-0.1742-0.0689-0.28270.4872-0.037-0.00350.32920.1491-0.0997-0.11850.16620.0590.2308-9.844115.92634.1247
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelectionAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1ALLB13 - 201
2X-RAY DIFFRACTION2ALLA13 - 201

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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