PDB-9gqb: The FK1 domain of FKBP51 in complex with the macrocyclic SAFit an...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9gqb

タイトル

The FK1 domain of FKBP51 in complex with the macrocyclic SAFit analog p5(2,1)-Diol-II

要素

Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

キーワード

ISOMERASE / FKBP / Inhibitor / SAFIT / Macrocycle / Complex

機能・相同性

機能・相同性情報

response to alcohol / Modulation of host responses by IFN-stimulated genes / FK506 binding / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / : / heat shock protein binding / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / ESR-mediated signaling / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat P3 isomerase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Meyners, C. / Spiske, M. / Hausch, F.

資金援助

ドイツ, 2件

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2025
タイトル: Conformationally Restricted Macrocycles as Improved FKBP51 Inhibitors Enabled by Systematic Linker Derivatization.
著者: Spiske, M. / Meyners, C. / Bauder, M. / Repity, M. / Brudy, C. / Sugiarto, W.O. / Achaq, H. / Geiger, T.M. / Hausch, F.

履歴

登録	2024年9月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年1月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年3月12日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2025年3月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9gqb.cif.gz	240.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9gqb.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9gqb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gq/9gqb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gq/9gqb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9gq2C 9gq3C 9gq4C 9gq5C 9gq6C 9gq7C 9gq8C 9gq9C 9gqaC 9gqcC 9gqdC 9gqeC 9gqfC 9gqgC 9gqhC 9gqiC 9gqjC 9gqkC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (6) #230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (5) #45 - 2003年9月エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor) 類似性 (1) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (3) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1) #92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (1) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (1) #208 - 2017年4月グルコース輸送体 (Glucose Transporters) 類似性 (1) #217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#141 - 2011年9月
O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase)
類似性 (6)
#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (5)
#45 - 2003年9月
エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor)
類似性 (1)
#166 - 2013年10月
プロテアソーム (Proteasome)
類似性 (3)
#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (1)
#92 - 2007年8月
タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids)
類似性 (1)
#126 - 2010年6月
上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor)
類似性 (1)
#208 - 2017年4月
グルコース輸送体 (Glucose Transporters)
類似性 (1)
#217 - 2018年1月
オピオイド受容体 (Opioid Receptors)
類似性 (1)
#163 - 2013年7月
HIVカプシド (HIV Capsid)
類似性 (1)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (1)

登録構造単位

B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

ヘテロ分子

29 kDa, 2 ポリマー
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1

B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.191, 48.191, 191.561
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 120
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-324- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	B
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: GLY / End label comp-ID: GLY / Auth seq-ID: 17 - 139 / Label seq-ID: 5 - 127

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	B	A
2	A	B

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5 / PPIase FKBP5 / 51 kDa FK506-binding protein / FKBP-51 / 54 kDa progesterone receptor-associated ...PPIase FKBP5 / 51 kDa FK506-binding protein / FKBP-51 / 54 kDa progesterone receptor-associated immunophilin / Androgen-regulated protein 6 / FF1 antigen / FK506-binding protein 5 / FKBP-5 / FKBP54 / p54 / HSP90-binding immunophilin / Rotamase 分子量: 14004.026 Da / 分子数: 2 / 変異: A19T, C103A, C107I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FKBP5, AIG6, FKBP51 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: Q13451, peptidylprolyl isomerase
#2: 化合物	ChemComp-A1IN8 / (2~{S},9~{S},14~{S},15~{S})-2-cyclohexyl-19,22-dimethoxy-14,15-bis(oxidanyl)-11,17-dioxa-4-azatricyclo[16.2.2.0^{4,9}]docosa-1(21),18(22),19-triene-3,10-dione 分子量: 505.600 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₉NO₈ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 65 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.35 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 24% PEG3350, 0.2M ammonium thiocyanate, 0.1M HEPES-NaOH pH 7.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月18日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9184 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→47.89 Å / Num. obs: 18383 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.4 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.048 / R_pim(I) all: 0.022 / R_rim(I) all: 0.053 / Χ²: 1.05 / Net I/σ(I): 24

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
8.94-47.89	8.3	0.028	54.7	271	1	0.013	0.031	0.94	98.8
2-2.05	11.2	0.527	4.6	1296	0.918	0.238	0.579	1.03	100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430 (refmacat 0.4.82)	精密化
autoXDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2→41.769 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.937 / SU B: 11.938 / SU ML: 0.161 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.203 / ESU R Free: 0.186 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2709	867	4.731 %
R_work	0.2187	17457	-
all	0.221	-	-
obs	-	18324	99.935 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 49.966 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.547 Å²	-0.273 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.547 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.774 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→41.769 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1851	0	72	65	1988

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.012	1968
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1801
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.43	1.82	2671
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.797	1.738	4193
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.337	5	250
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	27.037	14.375	16
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.325	10	294
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.963	10	70
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.121	0.2	299
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.02	2245
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	399
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.214	0.2	372
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.211	0.2	1677
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.19	0.2	1017
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.097	0.2	1036
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.176	0.2	76
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.212	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.168	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.192	0.2	42
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.308	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.56	2.608	1006
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.54	2.608	1006
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.479	4.662	1254
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.478	4.664	1255
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.153	2.748	962
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.151	2.748	963
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.439	4.956	1417
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.437	4.955	1418
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.281	25.22	2163
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.279	25.198	2160
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.122	0.05	3361

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12161	0.05007
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12161	0.05007

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2-2.052	0.35	75	0.261	1213	0.265	1288	0.916	0.954	100	0.248
2.052-2.108	0.363	65	0.293	1232	0.297	1297	0.921	0.94	100	0.277
2.108-2.169	0.344	58	0.286	1201	0.289	1259	0.912	0.943	100	0.265
2.169-2.235	0.338	52	0.279	1157	0.282	1209	0.922	0.945	100	0.259
2.235-2.309	0.295	60	0.246	1148	0.248	1208	0.934	0.96	100	0.229
2.309-2.389	0.24	48	0.255	1089	0.255	1137	0.962	0.96	100	0.231
2.389-2.479	0.343	48	0.229	1055	0.234	1103	0.922	0.967	100	0.206
2.479-2.58	0.328	48	0.239	1025	0.243	1073	0.938	0.964	100	0.222
2.58-2.694	0.347	50	0.223	1003	0.228	1053	0.952	0.97	100	0.208
2.694-2.825	0.34	53	0.221	934	0.227	987	0.942	0.971	100	0.211
2.825-2.977	0.305	37	0.221	900	0.224	937	0.941	0.968	100	0.213
2.977-3.157	0.313	33	0.239	860	0.242	896	0.929	0.961	99.6652	0.235
3.157-3.374	0.277	47	0.224	793	0.227	840	0.955	0.97	100	0.227
3.374-3.642	0.254	29	0.237	781	0.238	810	0.966	0.971	100	0.245
3.642-3.986	0.263	30	0.219	711	0.221	741	0.962	0.972	100	0.231
3.986-4.452	0.251	31	0.18	637	0.183	671	0.961	0.982	99.5529	0.2
4.452-5.131	0.159	34	0.137	563	0.139	597	0.988	0.989	100	0.165
5.131-6.26	0.278	36	0.208	488	0.213	524	0.963	0.976	100	0.239
6.26-8.756	0.242	18	0.231	407	0.231	426	0.969	0.972	99.7653	0.277
8.756-41.769	0.239	15	0.211	260	0.212	279	0.96	0.973	98.5663	0.271

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.5319	-2.3538	-0.1822	7.2911	-0.5674	3.072	-0.3217	-0.0916	0.0578	-0.1907	0.2842	-0.4676	-0.4132	0.0996	0.0375	0.1926	-0.091	0.0047	0.0645	-0.006	0.0418	18.4768	0.995	3.3743
2	3.0297	0.5595	-0.8747	4.4381	-1.3908	3.3818	-0.1857	-0.0567	-0.4508	0.4575	0.1175	0.0167	0.3154	-0.0092	0.0683	0.4912	0.0625	0.0514	0.0101	0.0118	0.0815	8.9742	-15.5546	28.1165

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	B	13 - 201
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	A	17 - 201

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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万見 (Yorodumi)