PDB-9gq9: The FK1 domain of FKBP51 in complex with the macrocyclic SAFit an...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9gq9

タイトル

The FK1 domain of FKBP51 in complex with the macrocyclic SAFit analog p5(2,2)-(Z)

要素

Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

キーワード

ISOMERASE / FKBP / Inhibitor / SAFIT / Macrocycle / Complex

機能・相同性

機能・相同性情報

response to alcohol / Modulation of host responses by IFN-stimulated genes / FK506 binding / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / : / heat shock protein binding / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / ESR-mediated signaling / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat P3 isomerase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Meyners, C. / Spiske, M. / Hausch, F.

資金援助

ドイツ, 2件

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2025
タイトル: Conformationally Restricted Macrocycles as Improved FKBP51 Inhibitors Enabled by Systematic Linker Derivatization.
著者: Spiske, M. / Meyners, C. / Bauder, M. / Repity, M. / Brudy, C. / Sugiarto, W.O. / Achaq, H. / Geiger, T.M. / Hausch, F.

履歴

登録	2024年9月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年1月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年3月12日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2025年3月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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文書・詳細版	9gq9_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
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CIF形式データ	9gq9_validation.cif.gz	18 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gq/9gq9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gq/9gq9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9gq2C 9gq3C 9gq4C 9gq5C 9gq6C 9gq7C 9gq8C 9gqaC 9gqbC 9gqcC 9gqdC 9gqeC 9gqfC 9gqgC 9gqhC 9gqiC 9gqjC 9gqkC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (6) #230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (5) #45 - 2003年9月エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor) 類似性 (1) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (3) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1) #92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (1) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (1) #208 - 2017年4月グルコース輸送体 (Glucose Transporters) 類似性 (1) #217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#141 - 2011年9月
O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase)
類似性 (6)
#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (5)
#45 - 2003年9月
エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor)
類似性 (1)
#166 - 2013年10月
プロテアソーム (Proteasome)
類似性 (3)
#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (1)
#92 - 2007年8月
タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids)
類似性 (1)
#126 - 2010年6月
上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor)
類似性 (1)
#208 - 2017年4月
グルコース輸送体 (Glucose Transporters)
類似性 (1)
#217 - 2018年1月
オピオイド受容体 (Opioid Receptors)
類似性 (1)
#163 - 2013年7月
HIVカプシド (HIV Capsid)
類似性 (1)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (1)

登録構造単位

B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

ヘテロ分子

29 kDa, 2 ポリマー
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1

B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14.5 kDa, 1 ポリマー
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2

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.886, 48.886, 194.679
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 120
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-327- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	B
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: GLY / End label comp-ID: GLY / Auth seq-ID: 17 - 139 / Label seq-ID: 5 - 127

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	B	A
2	A	B

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5 / PPIase FKBP5 / 51 kDa FK506-binding protein / FKBP-51 / 54 kDa progesterone receptor-associated ...PPIase FKBP5 / 51 kDa FK506-binding protein / FKBP-51 / 54 kDa progesterone receptor-associated immunophilin / Androgen-regulated protein 6 / FF1 antigen / FK506-binding protein 5 / FKBP-5 / FKBP54 / p54 / HSP90-binding immunophilin / Rotamase 分子量: 14004.026 Da / 分子数: 2 / 変異: A19T, C103A, C107I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FKBP5, AIG6, FKBP51 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: Q13451, peptidylprolyl isomerase
#2: 化合物	ChemComp-A1IN3 / (2~{S},9~{S},14~{E})-2-cyclohexyl-20,23-dimethoxy-11,18-dioxa-4-azatricyclo[17.2.2.0^{4,9}]tricosa-1(22),14,19(23),20-tetraene-3,10-dione 分子量: 485.612 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₈H₃₉NO₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.7 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 20% PEG3350, 0.2M ammonium thiocyanate, 0.1M HEPES-NaOH pH 7.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月18日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9184 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→48.67 Å / Num. obs: 19232 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.5 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.031 / R_pim(I) all: 0.014 / R_rim(I) all: 0.034 / Χ²: 1.05 / Net I/σ(I): 33.5

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
8.94-48.67	8.4	0.017	85.8	281	1	0.008	0.019	0.78	98.9
2-2.05	11.3	0.492	4.9	1412	0.932	0.22	0.539	1.05	100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430 (refmacat 0.4.82)	精密化
autoXDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2→41.404 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.916 / SU B: 14.708 / SU ML: 0.187 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.213 / ESU R Free: 0.188 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2799	1011	5.279 %
R_work	0.2386	18142	-
all	0.241	-	-
obs	-	19153	99.849 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 57.763 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.343 Å²	-0.172 Å²	0 Å²
2-	-	-0.343 Å²	-0 Å²
3-	-	-	1.113 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→41.404 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1847	0	70	52	1969

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.012	1962
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.006	0.016	1798
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.787	1.849	2660
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.211	1.813	4180
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.2	5	250
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	5.484	5	5
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.53	10	291
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.331	10	69
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.08	0.2	295
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	1.816	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	2252
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	408
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.204	0.2	371
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.2	0.2	1691
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.18	0.2	1014
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.09	0.2	1008
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.154	0.2	65
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.157	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.166	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.103	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.496	2.642	1012
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.495	2.641	1012
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.551	4.738	1258
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.55	4.737	1259
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.52	2.737	950
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.519	2.737	951
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.643	4.967	1402
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.642	4.966	1403
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.794	24.193	2150
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.794	24.15	2145
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.107	0.05	3385

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10713	0.05009
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10713	0.05009

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2-2.052	0.395	79	0.335	1328	0.338	1407	0.877	0.921	100	0.312
2.052-2.108	0.343	57	0.322	1276	0.323	1333	0.924	0.925	100	0.292
2.108-2.169	0.373	72	0.31	1230	0.313	1302	0.911	0.931	100	0.283
2.169-2.235	0.364	38	0.333	1252	0.334	1299	0.925	0.931	99.3072	0.294
2.235-2.309	0.411	83	0.326	1124	0.331	1216	0.9	0.93	99.2599	0.291
2.309-2.389	0.371	66	0.288	1134	0.293	1200	0.918	0.948	100	0.259
2.389-2.479	0.351	75	0.278	1097	0.283	1172	0.93	0.953	100	0.247
2.479-2.58	0.239	62	0.257	1057	0.256	1119	0.966	0.958	100	0.232
2.58-2.694	0.412	37	0.263	1044	0.267	1081	0.913	0.955	100	0.238
2.694-2.825	0.34	57	0.309	974	0.311	1031	0.932	0.935	100	0.284
2.825-2.977	0.278	56	0.273	909	0.274	965	0.955	0.949	100	0.262
2.977-3.157	0.258	57	0.26	897	0.26	954	0.954	0.957	100	0.255
3.157-3.373	0.249	68	0.263	813	0.262	881	0.96	0.959	100	0.261
3.373-3.642	0.296	50	0.245	777	0.248	829	0.954	0.97	99.7587	0.249
3.642-3.986	0.222	28	0.221	739	0.221	769	0.97	0.976	99.7399	0.229
3.986-4.451	0.195	38	0.167	690	0.168	729	0.976	0.985	99.8628	0.185
4.451-5.13	0.183	30	0.151	574	0.153	604	0.978	0.986	100	0.176
5.13-6.259	0.248	31	0.217	535	0.219	566	0.965	0.973	100	0.244
6.259-8.752	0.258	12	0.238	425	0.238	437	0.955	0.965	100	0.28
8.752-41.404	0.41	15	0.234	267	0.244	286	0.901	0.954	98.6014	0.288

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.3077	-1.7636	0.996	6.4815	-0.1835	6.0528	0.0288	-0.3123	0.2512	-0.5792	-0.0726	0.9783	0.3289	-0.1912	0.0438	0.2926	-0.1368	0.07	0.1158	-0.1502	0.3245	-18.3761	-0.4054	3.3818
2	5.202	0.3786	-0.2907	3.6549	0.8494	6.6019	-0.3869	0.3157	0.3441	0.013	0.0076	-0.2839	-0.202	-0.1621	0.3793	0.1137	-0.0347	-0.0146	0.1796	-0.1018	0.1716	-8.9148	16.0064	28.2978

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	B	13 - 201
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	A	17 - 201

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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万見 (Yorodumi)