PDB-9gq3: The FK1 domain of FKBP51 in complex with the macrocyclic SAFit an...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9gq3

タイトル

The FK1 domain of FKBP51 in complex with the macrocyclic SAFit analog p5(1,4)-(E)

要素

Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

キーワード

ISOMERASE / FKBP / Inhibitor / SAFIT / Macrocycle / Complex

機能・相同性

機能・相同性情報

response to alcohol / Modulation of host responses by IFN-stimulated genes / FK506 binding / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / : / heat shock protein binding / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / ESR-mediated signaling / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat P3 isomerase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Meyners, C. / Spiske, M. / Hausch, F.

資金援助

ドイツ, 2件

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2025
タイトル: Conformationally Restricted Macrocycles as Improved FKBP51 Inhibitors Enabled by Systematic Linker Derivatization.
著者: Spiske, M. / Meyners, C. / Bauder, M. / Repity, M. / Brudy, C. / Sugiarto, W.O. / Achaq, H. / Geiger, T.M. / Hausch, F.

履歴

登録	2024年9月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年1月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年3月12日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2025年3月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9gq3.cif.gz	234.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9gq3.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9gq3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gq/9gq3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gq/9gq3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9gq2C 9gq4C 9gq5C 9gq6C 9gq7C 9gq8C 9gq9C 9gqaC 9gqbC 9gqcC 9gqdC 9gqeC 9gqfC 9gqgC 9gqhC 9gqiC 9gqjC 9gqkC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (6) #230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (5) #45 - 2003年9月エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor) 類似性 (1) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (3) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1) #92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (1) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (1) #208 - 2017年4月グルコース輸送体 (Glucose Transporters) 類似性 (1) #217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#141 - 2011年9月
O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase)
類似性 (6)
#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (5)
#45 - 2003年9月
エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor)
類似性 (1)
#166 - 2013年10月
プロテアソーム (Proteasome)
類似性 (3)
#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (1)
#92 - 2007年8月
タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids)
類似性 (1)
#126 - 2010年6月
上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor)
類似性 (1)
#208 - 2017年4月
グルコース輸送体 (Glucose Transporters)
類似性 (1)
#217 - 2018年1月
オピオイド受容体 (Opioid Receptors)
類似性 (1)
#163 - 2013年7月
HIVカプシド (HIV Capsid)
類似性 (1)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (1)

登録構造単位

B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

ヘテロ分子

29 kDa, 2 ポリマー
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1

B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14.5 kDa, 1 ポリマー
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2

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.806, 48.806, 194.627
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 120
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-330- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	B
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: GLY / End label comp-ID: GLY / Auth seq-ID: 17 - 139 / Label seq-ID: 5 - 127

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	B	A
2	A	B

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5 / PPIase FKBP5 / 51 kDa FK506-binding protein / FKBP-51 / 54 kDa progesterone receptor-associated ...PPIase FKBP5 / 51 kDa FK506-binding protein / FKBP-51 / 54 kDa progesterone receptor-associated immunophilin / Androgen-regulated protein 6 / FF1 antigen / FK506-binding protein 5 / FKBP-5 / FKBP54 / p54 / HSP90-binding immunophilin / Rotamase 分子量: 14004.026 Da / 分子数: 2 / 変異: A19T, C103A, C107I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FKBP5, AIG6, FKBP51 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: Q13451, peptidylprolyl isomerase
#2: 化合物	ChemComp-A1IN1 / (2~{S},9~{S},13~{E})-2-cyclohexyl-22,25-dimethoxy-11,16,20-trioxa-4-azatricyclo[19.2.2.0^{4,9}]pentacosa-1(24),13,21(25),22-tetraene-3,10-dione 分子量: 515.638 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₉H₄₁NO₇ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 65 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.52 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 20% PEG3350, 0.2M ammonium thiocyanate, 0.1M HEPES-NaOH pH 7.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月18日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9184 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.3→48.66 Å / Num. obs: 12763 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.4 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.039 / R_pim(I) all: 0.018 / R_rim(I) all: 0.043 / Χ²: 1.04 / Net I/σ(I): 35

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
8.91-48.66	8.4	0.031	53	283	0.999	0.014	0.034	1.11	99.1
2.3-2.38	10.1	0.159	12.2	1207	0.992	0.074	0.176	0.97	100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430 (refmacat 0.4.82)	精密化
autoXDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.3→41.339 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.931 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.915 / SU B: 18.354 / SU ML: 0.214 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.375 / ESU R Free: 0.259 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2762	659	5.187 %
R_work	0.2387	12047	-
all	0.241	-	-
obs	-	12706	99.921 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 49.844 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.751 Å²	-0.375 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.751 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.435 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→41.339 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1798	0	74	65	1937

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.012	1917
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.007	0.016	1727
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.2	1.84	2606
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.363	1.81	4014
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.373	5	250
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	8.492	5	4
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.541	10	261
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.047	10	60
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.093	0.2	295
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	1.829	0.2	32
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	2205
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	399
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.223	0.2	364
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.203	0.2	1637
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.18	0.2	990
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.094	0.2	995
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.179	0.2	62
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.024	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.273	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.159	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.63	2.593	1012
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.63	2.593	1012
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.939	4.659	1258
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.937	4.658	1259
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.759	2.624	905
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.758	2.623	906
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.152	4.766	1348
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.151	4.765	1349
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.457	23.731	2080
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.446	23.683	2074
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.108	0.05	3269

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.1082	0.05008
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.1082	0.05008

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.3-2.36	0.509	34	0.291	877	0.299	911	0.908	0.949	100	0.257
2.36-2.424	0.39	45	0.279	858	0.285	903	0.908	0.947	100	0.248
2.424-2.494	0.303	35	0.296	807	0.296	843	0.928	0.947	99.8814	0.267
2.494-2.571	0.306	69	0.261	795	0.265	864	0.919	0.953	100	0.239
2.571-2.655	0.35	55	0.271	754	0.276	809	0.936	0.954	100	0.249
2.655-2.747	0.291	33	0.256	761	0.257	794	0.947	0.959	100	0.239
2.747-2.851	0.329	50	0.252	722	0.256	772	0.941	0.957	100	0.241
2.851-2.966	0.294	33	0.252	686	0.253	719	0.933	0.958	100	0.246
2.966-3.097	0.249	41	0.252	685	0.252	727	0.956	0.957	99.8624	0.254
3.097-3.248	0.244	35	0.256	670	0.256	705	0.96	0.958	100	0.261
3.248-3.422	0.359	37	0.279	588	0.283	625	0.934	0.953	100	0.286
3.422-3.628	0.242	39	0.244	590	0.244	629	0.962	0.97	100	0.256
3.628-3.877	0.291	29	0.221	553	0.224	582	0.954	0.974	100	0.232
3.877-4.184	0.193	25	0.194	540	0.194	565	0.979	0.979	100	0.213
4.184-4.579	0.154	26	0.165	480	0.165	506	0.987	0.984	100	0.205
4.579-5.112	0.285	23	0.173	443	0.178	467	0.961	0.982	99.7859	0.213
5.112-5.887	0.222	27	0.223	402	0.223	429	0.968	0.97	100	0.271
5.887-7.174	0.198	6	0.277	367	0.275	373	0.977	0.961	100	0.335
7.174-9.996	0.215	8	0.255	284	0.254	293	0.986	0.962	99.6587	0.324
9.996-41.339	0.63	9	0.319	185	0.33	198	0.859	0.92	97.9798	0.5

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.281	-1.4668	0.5295	6.6891	-0.5475	4.6655	-0.1015	-0.0746	0.0522	-0.7386	0.1885	0.7902	0.2294	-0.2635	-0.0869	0.2635	-0.1229	0.0051	0.0734	-0.039	0.1741	-18.3233	-0.3566	3.5504
2	4.0993	-0.1664	0.1727	4.1934	0.6562	4.1384	-0.2909	0.0819	0.4987	0.1621	0.0748	-0.4103	-0.1974	-0.0898	0.2161	0.0944	-0.0192	-0.0298	0.1262	-0.0709	0.1587	-9.5704	15.8088	28.6602

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	B	13 - 201
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	A	17 - 201

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)