PDB-9gq2: The FK1 domain of FKBP51 in complex with the macrocyclic SAFit an...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9gq2

タイトル

The FK1 domain of FKBP51 in complex with the macrocyclic SAFit analog p5(1,1)-(E)

要素

Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

キーワード

ISOMERASE / FKBP / Inhibitor / SAFIT / Macrocycle / Complex

機能・相同性

機能・相同性情報

response to alcohol / Modulation of host responses by IFN-stimulated genes / FK506 binding / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / : / heat shock protein binding / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / ESR-mediated signaling / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat P3 isomerase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.301 Å

データ登録者

Meyners, C. / Spiske, M. / Hausch, F.

資金援助

ドイツ, 2件

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2025
タイトル: Conformationally Restricted Macrocycles as Improved FKBP51 Inhibitors Enabled by Systematic Linker Derivatization.
著者: Spiske, M. / Meyners, C. / Bauder, M. / Repity, M. / Brudy, C. / Sugiarto, W.O. / Achaq, H. / Geiger, T.M. / Hausch, F.

履歴

登録	2024年9月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年1月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年3月12日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2025年3月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9gq2.cif.gz	234.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9gq2.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9gq2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gq/9gq2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gq/9gq2	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	9gq3C 9gq4C 9gq5C 9gq6C 9gq7C 9gq8C 9gq9C 9gqaC 9gqbC 9gqcC 9gqdC 9gqeC 9gqfC 9gqgC 9gqhC 9gqiC 9gqjC 9gqkC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (6) #230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (5) #45 - 2003年9月エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor) 類似性 (1) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (3) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1) #92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (1) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (1) #208 - 2017年4月グルコース輸送体 (Glucose Transporters) 類似性 (1) #217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#141 - 2011年9月
O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase)
類似性 (6)
#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (5)
#45 - 2003年9月
エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor)
類似性 (1)
#166 - 2013年10月
プロテアソーム (Proteasome)
類似性 (3)
#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (1)
#92 - 2007年8月
タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids)
類似性 (1)
#126 - 2010年6月
上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor)
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グルコース輸送体 (Glucose Transporters)
類似性 (1)
#217 - 2018年1月
オピオイド受容体 (Opioid Receptors)
類似性 (1)
#163 - 2013年7月
HIVカプシド (HIV Capsid)
類似性 (1)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

ヘテロ分子

28.9 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14.5 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14.5 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	48.87, 48.87, 193.969
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 120
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-317- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU / End auth comp-ID: GLY / End label comp-ID: GLY / Auth seq-ID: 20 - 139 / Label seq-ID: 8 - 127

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5 / PPIase FKBP5 / 51 kDa FK506-binding protein / FKBP-51 / 54 kDa progesterone receptor-associated ...PPIase FKBP5 / 51 kDa FK506-binding protein / FKBP-51 / 54 kDa progesterone receptor-associated immunophilin / Androgen-regulated protein 6 / FF1 antigen / FK506-binding protein 5 / FKBP-5 / FKBP54 / p54 / HSP90-binding immunophilin / Rotamase 分子量: 14004.026 Da / 分子数: 2 / 変異: A19T, C103A, C107I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FKBP5, AIG6, FKBP51 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: Q13451, peptidylprolyl isomerase
#2: 化合物	ChemComp-A1IN0 / (2~{S},9~{S},13~{E})-2-cyclohexyl-18,21-dimethoxy-11,16-dioxa-4-azatricyclo[15.2.2.0^{4,9}]henicosa-1(19),13,17,20-tetraene-3,10-dione 分子量: 457.559 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₆H₃₅NO₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.48 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 24% PEG3350, 0.2M ammonium thiocyanate, 0.1M HEPES-NaOH pH 7.5,

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月18日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9184 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.3→48.49 Å / Num. obs: 12744 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.3 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.036 / R_pim(I) all: 0.017 / R_rim(I) all: 0.04 / Χ²: 1.05 / Net I/σ(I): 32.1

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
8.61-48.49	8	0.023	60.1	308	1	0.011	0.025	0.78	99.2
2.3-2.39	10.3	0.291	7.4	1292	0.974	0.136	0.322	1.05	100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430 (refmacat 0.4.82)	精密化
autoXDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.301→42.359 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.944 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.914 / SU B: 21.656 / SU ML: 0.235 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.357 / ESU R Free: 0.269 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2879	660	5.201 %
R_work	0.2309	12031	-
all	0.234	-	-
obs	-	12691	99.913 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 65.231 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.527 Å²	-0.263 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.527 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.709 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.301→42.359 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1818	0	66	27	1911

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.012	1929
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.006	0.016	1750
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.369	1.844	2618
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.122	1.807	4069
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	9.355	5	247
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	3.369	5	4
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.041	10	281
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.929	10	69
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.108	0.2	289
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	1.738	0.2	26
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	2224
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	400
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.216	0.2	389
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.202	0.2	1718
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.186	0.2	998
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.096	0.2	1064
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.201	0.2	49
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.189	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.174	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.131	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.749	2.999	1000
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.749	2.999	1000
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.264	5.387	1243
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.263	5.385	1244
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.57	3.124	929
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.568	3.122	930
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.147	5.636	1375
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.145	5.634	1376
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.414	28.335	2122
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.414	28.314	2120
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.125	0.05	3256

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12537	0.05008
1	2	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12537	0.05008

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.301-2.361	0.465	38	0.29	883	0.297	921	0.909	0.956	100	0.26
2.361-2.425	0.345	40	0.31	853	0.311	893	0.922	0.943	100	0.275
2.425-2.495	0.332	41	0.32	823	0.321	864	0.927	0.936	100	0.287
2.495-2.572	0.282	65	0.282	789	0.282	854	0.948	0.948	100	0.254
2.572-2.656	0.414	53	0.291	739	0.298	792	0.901	0.942	100	0.262
2.656-2.748	0.332	37	0.277	765	0.279	802	0.928	0.95	100	0.253
2.748-2.852	0.325	46	0.282	722	0.285	768	0.927	0.943	100	0.263
2.852-2.968	0.355	35	0.273	682	0.276	718	0.915	0.947	99.8607	0.259
2.968-3.099	0.343	41	0.28	686	0.284	728	0.915	0.947	99.8626	0.272
3.099-3.249	0.291	35	0.259	669	0.261	704	0.938	0.957	100	0.257
3.249-3.424	0.263	37	0.28	583	0.279	620	0.949	0.954	100	0.281
3.424-3.63	0.369	41	0.275	590	0.281	632	0.917	0.963	99.8418	0.281
3.63-3.879	0.379	27	0.25	551	0.255	578	0.899	0.967	100	0.259
3.879-4.186	0.189	25	0.195	535	0.194	560	0.976	0.978	100	0.208
4.186-4.582	0.175	26	0.139	479	0.141	506	0.985	0.989	99.8024	0.154
4.582-5.115	0.185	23	0.124	446	0.127	469	0.981	0.99	100	0.14
5.115-5.892	0.205	27	0.171	403	0.173	431	0.979	0.983	99.768	0.19
5.892-7.181	0.307	6	0.234	364	0.236	371	0.935	0.974	99.7305	0.272
7.181-10.013	0.225	8	0.22	282	0.22	291	0.983	0.972	99.6564	0.278
10.013-42.359	0.504	9	0.292	187	0.299	199	0.915	0.932	98.4925	0.373

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.0787	0.0174	-0.4037	4.3839	1.3216	6.3662	-0.3552	0.4264	0.3329	-0.0327	-0.0683	-0.1081	-0.2082	-0.1118	0.4235	0.1697	-0.0274	-0.0134	0.2233	-0.1178	0.1793	-9.152	16.2964	28.1769
2	7.4825	-2.3916	0.2191	8.1547	0.2917	6.4001	0.034	-0.3699	0.3234	-0.5422	0.0596	1.3723	0.4974	-0.0993	-0.0937	0.2832	-0.1327	0.0361	0.1011	-0.1232	0.4321	-18.4689	-0.4046	3.3171

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	20 - 201
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	B	13 - 201

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)