PDB-9fko: Arm segment of bacteriophage phi812

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9fko

タイトル

Arm segment of bacteriophage phi812

要素

Baseplate protein
Unknown peptide

キーワード

VIRUS / phage / arm segment

機能・相同性

Baseplate protein

機能・相同性情報

生物種

Staphylococcus phage 812 (ファージ)

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Siborova, M. / Baska, R. / Binovsky, J. / Plevka, P.

資金援助

European Union,

チェコ, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cell attachment and tail contraction of S. aureus phage phi812
著者: Binovsky, J. / Siborova, M. / Plevka, P.

履歴

登録	2024年6月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年6月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9fko.cif.gz	471.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9fko.ent.gz	318.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9fko.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fk/9fko ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fk/9fko	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	19968C 19969C 19970C 19971C 19972C 19973C 19974C 50093C 50094C 50095C 9eufC 9eugC 9euhC 9euiC 9eujC 9eukC 9eulC 9eumC 9f04C 9f05C 9f06C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Baseplate protein

B: Baseplate protein

C: Baseplate protein

D: Baseplate protein

E: Baseplate protein

F: Baseplate protein

G: Unknown peptide

117 kDa, 7 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

2

B: Baseplate protein

C: Baseplate protein

F: Baseplate protein

G: Unknown peptide

A: Baseplate protein

登録者が定義した集合体
78 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

D: Baseplate protein

E: Baseplate protein

ソフトウェアが定義した集合体
38.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	92.930, 75.140, 94.450
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 109.870, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Baseplate protein 分子量: 19340.623 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus phage 812 (ファージ) 遺伝子: 812_119, 812_121, 812a_121, 812F1_121, K1/420_121, K1_121 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0U1WGQ5
#2: タンパク質・ペプチド	Unknown peptide 分子量: 613.749 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.67 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.98 % / 解説: thick needles
結晶化	温度: 294.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 1.6 M LiCl, 0.1 M Tris (pH=7.5), 25 % w/v PEG 4 000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 1.8233 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年1月27日
放射	モノクロメーター: channel cut cryogenically cooled monochromator crystal プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.8233 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.797→46.49 Å / Num. obs: 109412 / % possible obs: 96.07 % / 冗長度: 2.6 % / B_iso Wilson estimate: 38.12 Å² / R_merge(I) obs: 0.146 / Net I/σ(I): 3.04
反射シェル	解像度: 1.8→1.86 Å / R_merge(I) obs: 0.52 / Num. unique obs: 8201

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
SHELXD		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.8→46.49 Å / SU ML: 0.294 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 32.3394
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2753	5471	5 %
R_work	0.2452	103940	-
obs	0.2467	109411	96.07 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 43.51 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→46.49 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8184	0	35	20	8239

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0112	8392
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.1463	11416
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0662	1303
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0123	1470
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.304	1110

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.82	0.4292	112	0.4431	2133	X-RAY DIFFRACTION	59.23
1.82-1.84	0.4082	145	0.3739	2763	X-RAY DIFFRACTION	77.28
1.84-1.86	0.3861	153	0.3413	2895	X-RAY DIFFRACTION	80.76
1.86-1.89	0.3609	162	0.3184	3088	X-RAY DIFFRACTION	85.8
1.89-1.91	0.3329	169	0.2986	3213	X-RAY DIFFRACTION	90.16
1.91-1.94	0.3314	179	0.2942	3404	X-RAY DIFFRACTION	94.09
1.94-1.96	0.3205	183	0.2952	3470	X-RAY DIFFRACTION	97.08
1.96-1.99	0.3351	187	0.3127	3545	X-RAY DIFFRACTION	98.86
1.99-2.02	0.3697	188	0.3315	3570	X-RAY DIFFRACTION	99.16
2.02-2.06	0.3645	187	0.313	3562	X-RAY DIFFRACTION	99.52
2.06-2.09	0.2987	189	0.2982	3589	X-RAY DIFFRACTION	99.84
2.09-2.13	0.3554	187	0.2951	3559	X-RAY DIFFRACTION	100
2.13-2.17	0.3402	191	0.2897	3617	X-RAY DIFFRACTION	100
2.17-2.22	0.3243	191	0.2863	3635	X-RAY DIFFRACTION	100
2.22-2.26	0.3157	188	0.27	3574	X-RAY DIFFRACTION	100
2.26-2.32	0.2909	187	0.2741	3549	X-RAY DIFFRACTION	100
2.32-2.37	0.3102	190	0.2778	3622	X-RAY DIFFRACTION	100
2.38-2.44	0.3236	191	0.2901	3622	X-RAY DIFFRACTION	100
2.44-2.51	0.3287	190	0.2984	3613	X-RAY DIFFRACTION	100
2.51-2.59	0.3368	188	0.2957	3574	X-RAY DIFFRACTION	100
2.59-2.68	0.3308	191	0.2846	3629	X-RAY DIFFRACTION	100
2.68-2.79	0.3367	190	0.2955	3606	X-RAY DIFFRACTION	100
2.79-2.92	0.3138	189	0.2932	3594	X-RAY DIFFRACTION	100
2.92-3.07	0.3339	190	0.2974	3602	X-RAY DIFFRACTION	100
3.07-3.27	0.3321	192	0.2771	3650	X-RAY DIFFRACTION	100
3.27-3.52	0.2893	189	0.2561	3596	X-RAY DIFFRACTION	100
3.52-3.87	0.2439	192	0.215	3635	X-RAY DIFFRACTION	100
3.87-4.43	0.2108	192	0.1786	3654	X-RAY DIFFRACTION	100
4.43-5.58	0.1744	191	0.1605	3634	X-RAY DIFFRACTION	99.97
5.58-46.49	0.1952	198	0.1876	3743	X-RAY DIFFRACTION	99.82

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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