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- EMDB-19968: Cryo-EM structure of Staphylococcus aureus bacteriophage phi812 b... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-19968
タイトルCryo-EM structure of Staphylococcus aureus bacteriophage phi812 baseplate in the pre-contraction state - complete
マップデータPhage phi812 baseplate in the pre-contraction state - complete; postprocessed map
試料
  • ウイルス: Staphylococcus phage 812 (ファージ)
    • 複合体: Tail
      • 複合体: Tail tube
        • タンパク質・ペプチド: x 1種
      • 複合体: Tail sheath
        • タンパク質・ペプチド: x 1種
      • 複合体: Baseplate
        • 複合体: Baseplate protein
          • タンパク質・ペプチド: x 1種
        • 複合体: Baseplate
          • タンパク質・ペプチド: x 11種
キーワードbacteriophage / phage / contractile / phi812 / baseplate / VIRUS
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated cytolysis of host cell / hydrolase activity, acting on glycosyl bonds / phosphoric diester hydrolase activity / cysteine-type peptidase activity / lipid metabolic process
類似検索 - 分子機能
ORF68-like, C-terminal domain / Putative phage tail tube initiator protein / Domain of unknown function DUF4815 / Domain of unknown function (DUF4815) / Protein of unknown function DUF2634 / Protein of unknown function (DUF2634) / CHAP domain profile. / CHAP domain / CHAP domain / Glycerophosphodiester phosphodiesterase domain ...ORF68-like, C-terminal domain / Putative phage tail tube initiator protein / Domain of unknown function DUF4815 / Domain of unknown function (DUF4815) / Protein of unknown function DUF2634 / Protein of unknown function (DUF2634) / CHAP domain profile. / CHAP domain / CHAP domain / Glycerophosphodiester phosphodiesterase domain / Glycerophosphoryl diester phosphodiesterase family / GP-PDE domain profile. / Baseplate protein J-like / Baseplate J-like protein / NlpC/P60 domain profile. / Endopeptidase, NLPC/P60 domain / Carbohydrate-binding, CenC-like / Carbohydrate binding domain / PLC-like phosphodiesterase, TIM beta/alpha-barrel domain superfamily / LysM domain superfamily / LysM domain / Papain-like cysteine peptidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Baseplate component / Baseplate wedge subunit / NlpC/P60 domain-containing protein / CBM-cenC domain-containing protein / Baseplate component / GP-PDE domain-containing protein / TmpF / Baseplate protein / Receptor binding protein / Major tail sheath protein ...Baseplate component / Baseplate wedge subunit / NlpC/P60 domain-containing protein / CBM-cenC domain-containing protein / Baseplate component / GP-PDE domain-containing protein / TmpF / Baseplate protein / Receptor binding protein / Major tail sheath protein / Peptidase C51 domain-containing protein / Putative baseplate component / DUF4815 domain-containing protein / Capsid protein
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus phage 812 (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.3 Å
データ登録者Binovsky J / Siborova M / Baska R / Pichel-Beleiro A / Skubnik K / Novacek J / Benesik M / van Raaij MJ / Plevka P
資金援助European Union, チェコ, 2件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)101043452European Union
Other governmentLX22NP05103 チェコ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cell attachment and tail contraction of S. aureus phage phi812
著者: Binovsky J / Siborova M / Baska R / Pichel-Beleiro A / Skubnik K / Novacek J / Benesik M / van Raaij MJ / Plevka P
履歴
登録2024年3月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年4月9日-
マップ公開2025年4月9日-
更新2025年4月9日-
現状2025年4月9日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_19968.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_19968.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 2.2 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Phage phi812 baseplate in the pre-contraction state - complete; postprocessed map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.08 Å/pix.
x 840 pix.
= 903. Å		1.08 Å/pix.
x 840 pix.
= 903. Å		1.08 Å/pix.
x 840 pix.
= 903. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.075 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.02
最小 - 最大-0.048402026 - 0.074789435
平均 (標準偏差)0.00029117643 (±0.0030989163)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ840840840
Spacing840840840
セルA=B=C: 903.00006 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
マスク #1

ファイルemd_19968_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Phage phi812 baseplate in the pre-contraction state -...

ファイルemd_19968_half_map_1.map
注釈Phage phi812 baseplate in the pre-contraction state - complete; half2 map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Phage phi812 baseplate in the pre-contraction state -...

ファイルemd_19968_half_map_2.map
注釈Phage phi812 baseplate in the pre-contraction state - complete; half1 map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

+
全体 : Staphylococcus phage 812

全体名称: Staphylococcus phage 812 (ファージ)
要素
  • ウイルス: Staphylococcus phage 812 (ファージ)
    • 複合体: Tail
      • 複合体: Tail tube
        • タンパク質・ペプチド: Capsid protein
      • 複合体: Tail sheath
        • タンパク質・ペプチド: Major tail sheath protein
      • 複合体: Baseplate
        • 複合体: Baseplate protein
          • タンパク質・ペプチド: Baseplate protein
        • 複合体: Baseplate
          • タンパク質・ペプチド: DUF4815 domain-containing protein
          • タンパク質・ペプチド: Receptor binding protein
          • タンパク質・ペプチド: CBM-cenC domain-containing protein
          • タンパク質・ペプチド: NlpC/P60 domain-containing protein
          • タンパク質・ペプチド: GP-PDE domain-containing protein
          • タンパク質・ペプチド: Baseplate component
          • タンパク質・ペプチド: Peptidase C51 domain-containing protein
          • タンパク質・ペプチド: Baseplate component
          • タンパク質・ペプチド: TmpF
          • タンパク質・ペプチド: Baseplate wedge subunit
          • タンパク質・ペプチド: Putative baseplate component

+
超分子 #1: Staphylococcus phage 812

超分子名称: Staphylococcus phage 812 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: SA 812

+
超分子 #2: Tail

超分子名称: Tail / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Staphylococcus phage 812 (ファージ)

+
超分子 #3: Tail tube

超分子名称: Tail tube / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 2 / 含まれる分子: #13
由来(天然)生物種: Staphylococcus phage 812 (ファージ)

+
超分子 #4: Tail sheath

超分子名称: Tail sheath / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 2 / 含まれる分子: #12
由来(天然)生物種: Staphylococcus phage 812 (ファージ)

+
超分子 #5: Baseplate

超分子名称: Baseplate / タイプ: complex / ID: 5 / 親要素: 2 / 含まれる分子: #1-#11, #14
由来(天然)生物種: Staphylococcus phage 812 (ファージ)

+
超分子 #6: Baseplate protein

超分子名称: Baseplate protein / タイプ: complex / ID: 6 / 親要素: 5 / 含まれる分子: #14
由来(天然)生物種: Staphylococcus phage 812 (ファージ)

+
超分子 #7: Baseplate

超分子名称: Baseplate / タイプ: complex / ID: 7 / 親要素: 5 / 含まれる分子: #1-#11
由来(天然)生物種: Staphylococcus phage 812 (ファージ)

+
分子 #1: DUF4815 domain-containing protein

分子名称: DUF4815 domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus phage 812 (ファージ)
分子量理論値: 129.262961 KDa
配列文字列: MAINFKGSPY LDRFDPSKDR TKVLFNPDRP LQQAELNEMQ SIDQYYLKNL GDAIFKDGDK QSGLGFTLSE DNVLTVNPGY VYINGKIRY YDNDDSVKIT GVGKETIGIK LTERIVTPDE DASLLDQTSG VPSYFSKGAD RLEEKMSLTV NDPTSATIYT F MDGDLYIQ ...文字列:
MAINFKGSPY LDRFDPSKDR TKVLFNPDRP LQQAELNEMQ SIDQYYLKNL GDAIFKDGDK QSGLGFTLSE DNVLTVNPGY VYINGKIRY YDNDDSVKIT GVGKETIGIK LTERIVTPDE DASLLDQTSG VPSYFSKGAD RLEEKMSLTV NDPTSATIYT F MDGDLYIQ STNAEMDKIN KVLAERTYDE SGSYKVNGFE LFSEGNAEDD DHVSVVVDAG KAYVKGFKVD KPVSTRISVP KS YDLGTAE NESTIFNKSN NSISLANSPV KEIRRVTGQV LIEKERVTRG AQGDGQDFLS NNTAFEIVKV WTETSPGVTT KEY KQGEDF RLTDGQTIDW SPQGQEPSGG TSYYVSYKYN KRMEAGKDYE VTTQGEGLSK KWYINFTPSN GAKPIDQTVV LVDY TYYLA RKDSVFINKY GDIAILPGEP NIMRLVTPPL NTDPENLQLG TVTVLPDSDE AVCISFAITR LSMEDLQKVK TRVDN LEYN QAVNALDDGA MEGQNPLTLR SVFSEGFISL DKADITHPDF GIVFSFEDAE ATLAYTEAVN QPKIIPGDTT AHIWGR LIS APFTEERTIY QGQASETLNV NPYNIPNKQG VLKLTPSEDN WIDTENVTIT EQKTKKVTMK RFWRHNESYY GETEHYL YS NLQLDAGQKW KGETYAYDRE HGRTGTLLES GGQRTLEEMI EFIRIRDVSF EVKGLNPNDN NLYLLFDGVR CAITPATG Y RKGSEDGTIM TDAKGTAKGK FTIPAGIRCG NREVTLKNAN STSATTYTAQ GRKKTAQDII IRTRVTVNLV DPLAQSFQY DENRTISSLG LYFASKGDKQ SNVVIQIRGM GDQGYPNKTI YAETVMNADD IKVSNNASAE TRVYFDDPMM AEGGKEYAIV IITENSDYT MWVGTRTKPK IDKPNEVISG NPYLQGVLFS SSNASTWTPH QNSDLKFGIY TSKFNETATI EFEPIKDVSA D RIVLMSTY LTPERTGCTW EMKLILDDMA SSTTFDQLKW EPIGNYQDLD VLGLARQVKL RATFESNRYI SPLMSSSDLT FT TFLTELT GSYVGRAIDM TEAPYNTVRF SYEAFLPKGT KVVPKYSADD GKTWKTFTKS PTTTRANNEF TRYVIDEKVK SSG TNTKLQ VRLDLSTENS FLRPRVRRLM VTTRDE

UniProtKB: DUF4815 domain-containing protein

+
分子 #2: Receptor binding protein

分子名称: Receptor binding protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus phage 812 (ファージ)
分子量理論値: 50.474078 KDa
配列文字列: MALNFTTITE NNVIRDLTTQ VNNIGEELTK ERNIFDITDD LVYNFNKSQK IKLTDDKGLT KSYGNITALR DIKEPGYYYI GARTLATLL DRPDMESLDV VLHVVPLDTS SKVVQHLYTL STNNNQIKML YRFVSGNSSS EWQFIQGLPS NKNAVISGTN I LDIASPGV ...文字列:
MALNFTTITE NNVIRDLTTQ VNNIGEELTK ERNIFDITDD LVYNFNKSQK IKLTDDKGLT KSYGNITALR DIKEPGYYYI GARTLATLL DRPDMESLDV VLHVVPLDTS SKVVQHLYTL STNNNQIKML YRFVSGNSSS EWQFIQGLPS NKNAVISGTN I LDIASPGV YFVMGMTGGM PSGVSSGFLD LSVDANDNRL ARLTDAETGK EYTSIKKPTG TYTAWKKEFE PKDMEKYLLS SI RDDGSAS FPLLVYTSDS KTFQQAIIDH IDRTGQTTFT FYVQGGVSGS PMSNSCRGLF MSDTPNTSSL HGVYNAIGTD GRN VTGSVV GSNWTSPKTS PSHKELWTGA QSFLSTGTTK NLSDDISNYS YVEVYTTHKT TEKTKGNDNT GTICHKFYLD GSGT YVCSG TFVSGDRTDT KPPITEFYRV GVSFKGSTWT LVDSAVQNSK TQYVTRIIGI NMP

UniProtKB: Receptor binding protein

+
分子 #3: CBM-cenC domain-containing protein

分子名称: CBM-cenC domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus phage 812 (ファージ)
分子量理論値: 72.654742 KDa
配列文字列: MAFNYTPLTE TQKLKDMYPK VNDIGNFLKT EVNLSDVKQI SQPDFNNILA SIPDSGNYYV TNSKGAPSGE ATAGFVRLDK RNVNYYKIY YSPYSSNKMY IKTYANGTVY DWISFKLDEG SLYNEGNTLN VKELTESTTQ YATLVNPPKE NLNTGWVNYK E SKNGVSSL ...文字列:
MAFNYTPLTE TQKLKDMYPK VNDIGNFLKT EVNLSDVKQI SQPDFNNILA SIPDSGNYYV TNSKGAPSGE ATAGFVRLDK RNVNYYKIY YSPYSSNKMY IKTYANGTVY DWISFKLDEG SLYNEGNTLN VKELTESTTQ YATLVNPPKE NLNTGWVNYK E SKNGVSSL VEFNPVNSTS TFKMIRKLPV QEQKPNLLKD SLFVYPETSY SNIKTDNWDT PPFWGYSSNS GRSGVRFRGE NT VQIDDGS DTYPSVVSNR FKMGKELSVG DTVTVSVYAK INDPALLKDN LVYFELAGYD TVDDTSKNPY TGGRREITAS EIT TEWKKY SFTFTIPENT IGASGVKVNY VSLLLRMNCS SSKGNGAVVY YALPKLEKSS KVTPFITHEN DVRKYDEIWS NWQE VISKD ELKGHSPVDI EYNDYFKYQW WKSEVNEKSL KDLAMTVPQG YHTFYCQGSI AGTPKGRSIR GTIQVDYDKC DPYRA NKFV KLLFTDTEGI PYTLYYGGYN QGWKPLKQSE TSTLLWKGTL DFGSTEAVNL NDSLDNYDLI EVTYWTRSAG HFSTKR LDI KNTSNLLYIR DFNISNDSTG SSVDFFEGYC TFPTRTSVQP GMVKSITLDG STNTTKVASW NEKERIKVYN IMGINRG

UniProtKB: CBM-cenC domain-containing protein

+
分子 #4: NlpC/P60 domain-containing protein

分子名称: NlpC/P60 domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus phage 812 (ファージ)
分子量理論値: 34.645887 KDa
配列文字列: MATDKEAKDV IDKFIDNVFN FDVLTKERIK EKDEEIKKIT TDDMYEKVVY IRPYVGVIQS LNPQHVQYES FSNNGYDIEA ELSFRKVSY LVDKGSIPTD SLSTLTVHLV ERNQELLIDY FDEIQDVLYG EYMEEEYVFD EDVPLSTILA LDLNDNLKSL S NIKYMFKG ...文字列:
MATDKEAKDV IDKFIDNVFN FDVLTKERIK EKDEEIKKIT TDDMYEKVVY IRPYVGVIQS LNPQHVQYES FSNNGYDIEA ELSFRKVSY LVDKGSIPTD SLSTLTVHLV ERNQELLIDY FDEIQDVLYG EYMEEEYVFD EDVPLSTILA LDLNDNLKSL S NIKYMFKG APKENPFGTD KDVYIDTYNL LYWLYLGEDE ELAYPMNINY FFTEGRFFTI FGKGHKYKVD VSKFIVGDIL FF GRSDTNI GIYVGDGEFI SMMGKFPKDE TPIGKYKLDD YWNEFNGRVM RFDEEVYI

UniProtKB: NlpC/P60 domain-containing protein

+
分子 #5: GP-PDE domain-containing protein

分子名称: GP-PDE domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus phage 812 (ファージ)
分子量理論値: 96.199547 KDa
配列文字列: MVVRFQSSMG RSLKRVDSDD LNVKGLVLAT VSKINYKYQS VEVKVNNLTL GSRIGDDGSL AVPYPKSFIG RTPEGSVFGT KPLITEGSV VLIGFLNDDI NSPIILSVYG DNEQNKMINT NPLDGGKFDT ESVYKYSSSL YEILPSLNYK YDDGEGTSIR T YNGKSFFS ...文字列:
MVVRFQSSMG RSLKRVDSDD LNVKGLVLAT VSKINYKYQS VEVKVNNLTL GSRIGDDGSL AVPYPKSFIG RTPEGSVFGT KPLITEGSV VLIGFLNDDI NSPIILSVYG DNEQNKMINT NPLDGGKFDT ESVYKYSSSL YEILPSLNYK YDDGEGTSIR T YNGKSFFS MTSGEEEKPQ ATDFYTGTEY QDLFTSYYGN KTLIEPRIQK APNMLFKHQG VFYDDGTPDN HITTLFISER GD IRASVLN TETQKRTTQE MSSDGSYRVI KQDDDLMLDE AQVWIEYGIS EDNKFYIKND KHKFEFTDEG IYIDDKPMLE NLD ESIAEA MKNLNEIQKE LDDINYLLKG VGKDNLEELI ESTKESIEAS KKATSDVNRL TTQIAEVSGR TEGIITQFQK FRDE TFKDF YEDASTVINE VNQNFPTMKT DVKTLKTKVD NLEKTEIPNI KTRLTELENN NNNADKIISD RGEHIGAMIQ LEENV TVPM RKYMPIPWSK VTYNNAEFWD SNNPTRLVVP KGITKVRVAG NVLWDSNATG QRMLRILKNG TYSIGLPYTR DVAIST APQ NGTSGVIPVK EGDYFEFEAF QDSEGDRQFR ADPYTWFSIE AIELETETME KDFMLIGHRG ATGYTDEHTI KGYQMAL DK GADYIELDLQ LTKDNKLLCM HDSTIDRTTT GTGKVGDMTL SYIQTNFTSL NGEPIPSLDD VLNHFGTKVK YYIETKRP F DANMDRELLT QLKAKGLIGI GSERFQVIIQ SFARESLINI HNQFSNIPLA YLTSTFSESE MDDCLSYGFY AIAPKYTTI TKELVDLAHS KGLKVHAWTV NTKEEMQSLI QMGVDGFFTN YLDEYKKI

UniProtKB: GP-PDE domain-containing protein

+
分子 #6: Baseplate component

分子名称: Baseplate component / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus phage 812 (ファージ)
分子量理論値: 39.248859 KDa
配列文字列: MKTRKLTNIL SKLIDKTMAG TSKITDFTPG SASRSLLEAV SLEIEQFYIL TKENIDWGIQ EGIIEAFDFQ KRQSKRAYGD VTIQFYQPL DMRMYIPAGT TFTSTRQEYP QQFETLVDYY AEPDSTEIVV EVYCKETGVA GNVPEGTINT IASGSSLIRS V NNEYSFNT ...文字列:
MKTRKLTNIL SKLIDKTMAG TSKITDFTPG SASRSLLEAV SLEIEQFYIL TKENIDWGIQ EGIIEAFDFQ KRQSKRAYGD VTIQFYQPL DMRMYIPAGT TFTSTRQEYP QQFETLVDYY AEPDSTEIVV EVYCKETGVA GNVPEGTINT IASGSSLIRS V NNEYSFNT GTKEESQEDF KRRFHSFVES RGRATNKSVR YGALQIPDVE GVYVYEETGH ITVFAHDRNG NLSDTLKEDI ID ALQDYRP SGIMLDVTGV EKEEVNVSAT VTISNKSRIG DTLQKHIESV IRSYLNNLKT SDDLIITDLI QAIMNIDDVL IYD VSFDNL DENIIVPPQG IIRAGEIKVE LK

UniProtKB: Baseplate component

+
分子 #7: Peptidase C51 domain-containing protein

分子名称: Peptidase C51 domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus phage 812 (ファージ)
分子量理論値: 91.364289 KDa
配列文字列: MRRIRRPKVR IEIVTDDNTF TLRFEDTRDY NGDEFGAKLL GFQTKNSMED DSSVFQINMA GDTYWDKLVM ANDIIRIFIT PNDDPNDKE GKQERLIQVG MVSQVSKVGS YGNDQTQFRI TGQSFVKPFM KFGLGVIQEV QAVLPEVGWL IDGDGDNEVK F TGSSAHEV ...文字列:
MRRIRRPKVR IEIVTDDNTF TLRFEDTRDY NGDEFGAKLL GFQTKNSMED DSSVFQINMA GDTYWDKLVM ANDIIRIFIT PNDDPNDKE GKQERLIQVG MVSQVSKVGS YGNDQTQFRI TGQSFVKPFM KFGLGVIQEV QAVLPEVGWL IDGDGDNEVK F TGSSAHEV MTGIIRRFIP YMKYNYTEKT YNTIDNYLDY DDLSSWDEFE KLTEVSAFTN FDGSLKQLMD MVTARPFNEL FF KNSEKTP GKAQLVLRKT PFNPTEWRAL DMIKVPTEDF IEEDVGKSDV ETYSIFTATP AGMLKELNGD VFSKPQFHPE LTD RYGYTK FEVENIYLST KSGSATEDSD SSGDDNGTER GTYSKIMKDL SNYGRDNISK GIDKYTSKLS SKYKNLKKAQ AKKI IEKFV KEGKVTEKEY EKITGNKVDD ELTSDNRPKL TKDKLKSILK EKFKTQDDFN NSKKKKKAKT DALKELTTKY RFGNK THAT TLLDEYIKYK GEPPNDEAFD KYLKAIEGVS NVATDTGSDA SDSPLVMFSR MLFNWYHGNP NFYAGDIIVL GDPKYD LGK RLFIEDKQRG DTWEFYIESV EHKFDYKQGY YTTVGVTRGL KDAILEDGKG SPHRFAGLWN QSSDFMGGLM GEDTSKE LK EKGVAEKQSS GDKDGGSDSG GAQDGGSLDS LKKYNGKLPK HDPSFVQPGN RHYKYQCTWY AYNRRGQLGI PVPLWGDA A DWIGGAKGAG YGVGRTPKQG ACVIWQRGVQ GGSPQYGHVA FVEKVLDGGK KIFISEHNYA TPNGYGTRTI DMSSAIGKN AQFIYDKK

UniProtKB: Peptidase C51 domain-containing protein

+
分子 #8: Baseplate component

分子名称: Baseplate component / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus phage 812 (ファージ)
分子量理論値: 19.998748 KDa
配列文字列:
MNNFIPQPQG LLRFLNTLDT DLTSSHMNLL DEEVSFVSKF YTPQLQLSEL AKKVLTNIKT DDIPVLEREF NDNTIIHKAN DTLLKVQAP RMYMILQSIV LEAYAIVNCF VENPSSLKYL TEEDVSITRE NLNYVADYLG NYDDYNSVVL DLRDLDLCFS A IELQLPLI KKEANV

UniProtKB: Baseplate component

+
分子 #9: TmpF

分子名称: TmpF / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus phage 812 (ファージ)
分子量理論値: 116.389945 KDa
配列文字列: MANFLKNLHP LLRRDRNKKD NQDPNFALID ALNEEMNQVE KDAIESKLQS SLKTSTSEYL DKFGDWFGVY RKTDEKDDVY RARIIKYLL LKRGTNNAII DAIKDYLGRD DIDVSVYEPF TNIFYTNKSH LNGEDHLMGY YYRFAVINVS IGDYFPVEII D VINEFKPA ...文字列:
MANFLKNLHP LLRRDRNKKD NQDPNFALID ALNEEMNQVE KDAIESKLQS SLKTSTSEYL DKFGDWFGVY RKTDEKDDVY RARIIKYLL LKRGTNNAII DAIKDYLGRD DIDVSVYEPF TNIFYTNKSH LNGEDHLMGY YYRFAVINVS IGDYFPVEII D VINEFKPA GVTLYVTYDG ASTIRGGAII KWLDGLPKIE TYQEFDRFTG YDDTFYGHIN MNQSKDTDNS SSDIFKTNHS LI NSLDVLT GSSSVGRQYI NYGYVTSYVY NPGMTSSVNQ ISASTEGRGQ EVPTDYYMYT STKNNNTVEL SMQTTSGVSY LYN NFNFRD YMSKYRPQVD LQSDEARRIV SDYIKELSID YYLSAVIPPD ESIEIKLQVY DFSINRWLTV SINNLSFYEK NIGS NIGYI KDYLNSELNM FTRLEINAGK RDSVDIKVNY LDLMFYYYER GIYTIKPYKA LIENYLDISR ETYVEAFKIA SLSNG DIIT KTGFQPIGYL KLVGNYENTI PSTINIVAKD TDNNPIESNE LDVYNTVENR NLLQSYKGVN TIAREITSTK EFTVSG WAK EIYSTNYLSK VLKPGKVYTL SFDMEITGND PTLKSYSDNH GIYLYSNTKG IVVNGVKSME RTIGNKVSVT QTFTAPT IT DHRLLIYTGR YTSDGKASTP PVFFNTVKIT ELKLTEGSSK LEYSPAPEDK PNVIEKGIKF NNILTNIQTL SINSDTIL K NVTLYYSYYG DSWVELKTLG NISTGETTET NNLIDLYGLQ TVDYSNINPM SKVSLRSIWN VKLGELNNQE GSLSNMPND YFNAVWQDID KLSDIELGSM RMVKDTEGGV FDGATGEIIK ATLFNVGAYT DLDMLAYTLT NYTEPLTLGS SRLISELKEE LLTSESFNV DNRIKVIDSI YEELPNTSII KNGFVEREVT GSKYLDYGLY EPIEDGTRYK LIVEGEFKDN IEFISLYNSN P NFNETFIY PSEIINGVAE KEFIAKPSTE DKPRLNTDVR IYIRPYDSTI SKVRRVELRK V

UniProtKB: TmpF

+
分子 #10: Baseplate wedge subunit

分子名称: Baseplate wedge subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus phage 812 (ファージ)
分子量理論値: 26.611752 KDa
配列文字列: MRFKKHVVQH EETMQAIAQR YYGDVSYWID LVEHNNLKYP YLVETDEEKM KDPERLASTG DTLIIPIESD LTDVSAKEIN SRDKDVLVE LALGRDLNIT ADEKYFNEHG TSDNILAFST NGNGDLDTVK GIDNMKQQLQ ARLLTPRGSL MLHPNYGSDL H NLFGLNIP ...文字列:
MRFKKHVVQH EETMQAIAQR YYGDVSYWID LVEHNNLKYP YLVETDEEKM KDPERLASTG DTLIIPIESD LTDVSAKEIN SRDKDVLVE LALGRDLNIT ADEKYFNEHG TSDNILAFST NGNGDLDTVK GIDNMKQQLQ ARLLTPRGSL MLHPNYGSDL H NLFGLNIP EQATLIEMEV LRTLTSDNRV KSANLIDWKI QGNVYSGQFS VEIKSVEESI NFVLGQDEEG IFALFE

UniProtKB: Baseplate wedge subunit

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分子 #11: Putative baseplate component

分子名称: Putative baseplate component / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus phage 812 (ファージ)
分子量理論値: 29.381604 KDa
配列文字列: MPQSDGISNL HRIALRFPKE GGGYDMYRFK VNPENYTIDS PQRTTAIKTK SDIVIEDYGK DIEVINFTGT TGFRPVREAD GLKTGKQKM EELQSRVSEY AMQGGSGNVS GSYLQFFNFT DDSYYKVHLA PQGLKITRSK DEPLLFRYEI TLVVIGSLTE A DRSAVTTE ...文字列:
MPQSDGISNL HRIALRFPKE GGGYDMYRFK VNPENYTIDS PQRTTAIKTK SDIVIEDYGK DIEVINFTGT TGFRPVREAD GLKTGKQKM EELQSRVSEY AMQGGSGNVS GSYLQFFNFT DDSYYKVHLA PQGLKITRSK DEPLLFRYEI TLVVIGSLTE A DRSAVTTE EFGNVKPNAS QRVDEGIKEL DKNARKTRDR NNQEISRREN TIPKSTGDNT NEGNRLKQSF PSSSIYNPRQ ST NGLKGNI DNMALIIGYG DGGVSS

UniProtKB: Putative baseplate component

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分子 #12: Major tail sheath protein

分子名称: Major tail sheath protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus phage 812 (ファージ)
分子量理論値: 64.559008 KDa
配列文字列: MAVEPFPRRP ITRPHASIEV DTSGIGGSAG SSEKVFCLIG QAEGGEPNTV YELRNYSQAK RLFRSGELLD AIELAWGSNP NYTAGRILA MRIEDAKPAS AEIGGLKITS KIYGNVANNI QVGLEKNTLS DSLRLRVIFQ DDRFNEVYDN IGNIFTIKYK G EEANATFS ...文字列:
MAVEPFPRRP ITRPHASIEV DTSGIGGSAG SSEKVFCLIG QAEGGEPNTV YELRNYSQAK RLFRSGELLD AIELAWGSNP NYTAGRILA MRIEDAKPAS AEIGGLKITS KIYGNVANNI QVGLEKNTLS DSLRLRVIFQ DDRFNEVYDN IGNIFTIKYK G EEANATFS VEHDEETQKA SRLVLKVGDQ EVKSYDLTGG AYDYTNAIIT DINQLPDFEA KLSPFGDKNL ESSKLDKIEN AN IKDKAVY VKAVFGDLEK QTAYNGIVSF EQLNAEGEVP SNVEVEAGEE SATVTATSPI KTIEPFELTK LKGGTNGEPP ATW ADKLDK FAHEGGYYIV PLSSKQSVHA EVASFVKERS DAGEPMRAIV GGGFNESKEQ LFGRQASLSN PRVSLVANSG TFVM DDGRK NHVPAYMVAV ALGGLASGLE IGESITFKPL RVSSLDQIYE SIDLDELNEN GIISIEFVRN RTNTFFRIVD DVTTF NDKS DPVKAEMAVG EANDFLVSEL KVQLEDQFIG TRTINTSASI IKDFIQSYLG RKKRDNEIQD FPAEDVQVIV EGNEAR ISM TVYPIRSFKK ISVSLVYKQQ TLQA

UniProtKB: Major tail sheath protein

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分子 #13: Capsid protein

分子名称: Capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus phage 812 (ファージ)
分子量理論値: 15.94297 KDa
配列文字列:
MASEAKQTVH TGNTVLLMIK GKPVGRAQSA SGQREYGTTG VYEIGSIMPQ EHVYLRYEGT ITVERLRMKK ENFADLGYAS LGEEILKKD IIDILVVDNL TKQVIISYHG CSANNYNETW QTNEIVTEEI EFSYLTASDK ART

UniProtKB: Capsid protein

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分子 #14: Baseplate protein

分子名称: Baseplate protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14
詳細: recombinantly expressed structure; protein-linker-His6tag; linker+His6tag: DPNSSSVDKLAAALEHHHHHH
コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus phage 812 (ファージ)
分子量理論値: 21.588104 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MAIATYNSHV ELAKYLVSKA DSVYLTIGKS TPWSNETNPP QPDENATVLQ EVIGYKKATK VTLVRPSKSP EDDNKNLISY GNKSWVEVT PENAKAEGAK WVYLESSIVG DELPLGTYRQ VGFVMDLVAK SGISKFNLVP SEVESTGTLL FFDNKQFQNR S EQTTAKER ...文字列:
MAIATYNSHV ELAKYLVSKA DSVYLTIGKS TPWSNETNPP QPDENATVLQ EVIGYKKATK VTLVRPSKSP EDDNKNLISY GNKSWVEVT PENAKAEGAK WVYLESSIVG DELPLGTYRQ VGFVMDLVAK SGISKFNLVP SEVESTGTLL FFDNKQFQNR S EQTTAKER FIVEVDPNSS SVDKLAAALE HHHHHH

UniProtKB: Baseplate protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8 / 詳細: 50mM Tris, 10mM NaCl, 10mM CaCl2
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 48.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 75000
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 23421
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

8210

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 9705
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION / 詳細: C3 symmetry imposed
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-9euf:
Cryo-EM structure of Staphylococcus aureus bacteriophage phi812 baseplate in the pre-contraction state - complete

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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