[日本語] English
万見
- EMDB-19973: Cryo-EM structure of Staphylococcus aureus bacteriophage phi812 b... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-19973
タイトルCryo-EM structure of Staphylococcus aureus bacteriophage phi812 baseplate in the post-contraction state - sheath initiator, wedge module, and inner tripod proteins
マップデータPhage phi812 baseplate in the post-contraction state - complete; postprocessed map
試料
  • ウイルス: Staphylococcus phage 812 (ファージ)
    • 複合体: Tail
      • 複合体: Baseplate
        • タンパク質・ペプチド: Baseplate wedge subunit
        • タンパク質・ペプチド: Baseplate component
        • タンパク質・ペプチド: TmpF
        • タンパク質・ペプチド: DUF4815 domain-containing protein
キーワードbacteriophage / phage / contractile / phi812 / baseplate / VIRUS
機能・相同性
機能・相同性情報


Domain of unknown function DUF4815 / Domain of unknown function (DUF4815) / Protein of unknown function DUF2634 / Protein of unknown function (DUF2634) / Baseplate protein J-like / Baseplate J-like protein / LysM domain superfamily / LysM domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Baseplate wedge subunit / Baseplate component / TmpF / DUF4815 domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus phage 812 (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Binovsky J / Siborova M / Baska R / Pichel-Beleiro A / Skubnik K / Novacek J / van Raaij MJ / Plevka P
資金援助European Union, チェコ, 2件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)101043452European Union
Other governmentLX22NP05103 チェコ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cell attachment and tail contraction of S. aureus phage phi812
著者: Binovsky J / Siborova M / Baska R / Pichel-Beleiro A / Skubnik K / Novacek J / van Raaij MJ / Plevka P
履歴
登録2024年3月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年4月9日-
マップ公開2025年4月9日-
更新2025年4月9日-
現状2025年4月9日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_19973.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_19973.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.4 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Phage phi812 baseplate in the post-contraction state - complete; postprocessed map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 720 pix.
= 761.04 Å		1.06 Å/pix.
x 720 pix.
= 761.04 Å		1.06 Å/pix.
x 720 pix.
= 761.04 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.057 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.012
最小 - 最大-0.02776361 - 0.060630105
平均 (標準偏差)0.00006454929 (±0.0010734919)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ720720720
Spacing720720720
セルA=B=C: 761.04004 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
マスク #1

ファイルemd_19973_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_19973_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_19973_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : Staphylococcus phage 812

全体名称: Staphylococcus phage 812 (ファージ)
要素
  • ウイルス: Staphylococcus phage 812 (ファージ)
    • 複合体: Tail
      • 複合体: Baseplate
        • タンパク質・ペプチド: Baseplate wedge subunit
        • タンパク質・ペプチド: Baseplate component
        • タンパク質・ペプチド: TmpF
        • タンパク質・ペプチド: DUF4815 domain-containing protein

-
超分子 #1: Staphylococcus phage 812

超分子名称: Staphylococcus phage 812 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 307898 / 生物種: Staphylococcus phage 812 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes

-
超分子 #2: Tail

超分子名称: Tail / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Staphylococcus phage 812 (ファージ)

-
超分子 #3: Baseplate

超分子名称: Baseplate / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 2 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Staphylococcus phage 812 (ファージ)

-
分子 #1: Baseplate wedge subunit

分子名称: Baseplate wedge subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus phage 812 (ファージ)
分子量理論値: 26.611752 KDa
配列文字列: MRFKKHVVQH EETMQAIAQR YYGDVSYWID LVEHNNLKYP YLVETDEEKM KDPERLASTG DTLIIPIESD LTDVSAKEIN SRDKDVLVE LALGRDLNIT ADEKYFNEHG TSDNILAFST NGNGDLDTVK GIDNMKQQLQ ARLLTPRGSL MLHPNYGSDL H NLFGLNIP ...文字列:
MRFKKHVVQH EETMQAIAQR YYGDVSYWID LVEHNNLKYP YLVETDEEKM KDPERLASTG DTLIIPIESD LTDVSAKEIN SRDKDVLVE LALGRDLNIT ADEKYFNEHG TSDNILAFST NGNGDLDTVK GIDNMKQQLQ ARLLTPRGSL MLHPNYGSDL H NLFGLNIP EQATLIEMEV LRTLTSDNRV KSANLIDWKI QGNVYSGQFS VEIKSVEESI NFVLGQDEEG IFALFE

UniProtKB: Baseplate wedge subunit

-
分子 #2: Baseplate component

分子名称: Baseplate component / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus phage 812 (ファージ)
分子量理論値: 39.248859 KDa
配列文字列: MKTRKLTNIL SKLIDKTMAG TSKITDFTPG SASRSLLEAV SLEIEQFYIL TKENIDWGIQ EGIIEAFDFQ KRQSKRAYGD VTIQFYQPL DMRMYIPAGT TFTSTRQEYP QQFETLVDYY AEPDSTEIVV EVYCKETGVA GNVPEGTINT IASGSSLIRS V NNEYSFNT ...文字列:
MKTRKLTNIL SKLIDKTMAG TSKITDFTPG SASRSLLEAV SLEIEQFYIL TKENIDWGIQ EGIIEAFDFQ KRQSKRAYGD VTIQFYQPL DMRMYIPAGT TFTSTRQEYP QQFETLVDYY AEPDSTEIVV EVYCKETGVA GNVPEGTINT IASGSSLIRS V NNEYSFNT GTKEESQEDF KRRFHSFVES RGRATNKSVR YGALQIPDVE GVYVYEETGH ITVFAHDRNG NLSDTLKEDI ID ALQDYRP SGIMLDVTGV EKEEVNVSAT VTISNKSRIG DTLQKHIESV IRSYLNNLKT SDDLIITDLI QAIMNIDDVL IYD VSFDNL DENIIVPPQG IIRAGEIKVE LK

UniProtKB: Baseplate component

-
分子 #3: TmpF

分子名称: TmpF / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus phage 812 (ファージ)
分子量理論値: 116.391883 KDa
配列文字列: MANFLKNLHP LLRRDRNKKD NQDPNFALID ALNEEMNQVE KDAIESKLQS SLKTSTSEYL DKFGDWFGVY RKTDEKDDVY RARIIKYLL LKRGTNNAII DAIKDYLGRD DIDVSVYEPF TNIFYTNKSH LNGEDHLMGY YYRFAVINVS IGDYFPVEII D VINEFKPA ...文字列:
MANFLKNLHP LLRRDRNKKD NQDPNFALID ALNEEMNQVE KDAIESKLQS SLKTSTSEYL DKFGDWFGVY RKTDEKDDVY RARIIKYLL LKRGTNNAII DAIKDYLGRD DIDVSVYEPF TNIFYTNKSH LNGEDHLMGY YYRFAVINVS IGDYFPVEII D VINEFKPA GVTLYVTYDG ASTIRGGAII KWDDGLPKIE TYQEFDRFTG YDDTFYGHIN MNQSKDTDNS SSDIFKTNHS LI NSLDVLT GSSSVGRQYI NYGYVTSYVY NPGMTSSVNQ ISASTEGRGQ EVPTDYYMYT STKNNNTVEL SMQTTSGVSY LYN NFNFRD YMSKYRPQVD LQSDEARRIV SDYIKELSID YYLSAVIPPD ESIEIKLQVY DFSINRWLTV SINNLSFYEK NIGS NIGYI KDYLNSELNM FTRLEINAGK RDSVDIKVNY LDLMFYYYER GIYTIKPYKA LIENYLDISR ETYVEAFKIA SLSNG DIIT KTGFQPIGYL KLVGNYENTI PSTINIVAKD TDNNPIESNE LDVYNTVENR NLLQSYKGVN TIAREITSTK EFTVSG WAK EIYSTNYLSK VLKPGKVYTL SFDMEITGND PTLKSYSDNH GIYLYSNTKG IVVNGVKSME RTIGNKVSVT QTFTAPT IT DHRLLIYTGR YTSDGKASTP PVFFNTVKIT ELKLTEGSSK LEYSPAPEDK PNVIEKGIKF NNILTNIQTL SINSDTIL K NVTLYYSYYG DSWVELKTLG NISTGETTET NNLIDLYGLQ TVDYSNINPM SKVSLRSIWN VKLGELNNQE GSLSNMPND YFNAVWQDID KLSDIELGSM RMVKDTEGGV FDGATGEIIK ATLFNVGAYT DLDMLAYTLT NYTEPLTLGS SRLISELKEE LLTSESFNV DNRIKVIDSI YEELPNTSII KNGFVEREVT GSKYLDYGLY EPIEDGTRYK LIVEGEFKDN IEFISLYNSN P NFNETFIY PSEIINGVAE KEFIAKPSTE DKPRLNTDVR IYIRPYDSTI SKVRRVELRK V

UniProtKB: TmpF

-
分子 #4: DUF4815 domain-containing protein

分子名称: DUF4815 domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus phage 812 (ファージ)
分子量理論値: 129.262961 KDa
配列文字列: MAINFKGSPY LDRFDPSKDR TKVLFNPDRP LQQAELNEMQ SIDQYYLKNL GDAIFKDGDK QSGLGFTLSE DNVLTVNPGY VYINGKIRY YDNDDSVKIT GVGKETIGIK LTERIVTPDE DASLLDQTSG VPSYFSKGAD RLEEKMSLTV NDPTSATIYT F MDGDLYIQ ...文字列:
MAINFKGSPY LDRFDPSKDR TKVLFNPDRP LQQAELNEMQ SIDQYYLKNL GDAIFKDGDK QSGLGFTLSE DNVLTVNPGY VYINGKIRY YDNDDSVKIT GVGKETIGIK LTERIVTPDE DASLLDQTSG VPSYFSKGAD RLEEKMSLTV NDPTSATIYT F MDGDLYIQ STNAEMDKIN KVLAERTYDE SGSYKVNGFE LFSEGNAEDD DHVSVVVDAG KAYVKGFKVD KPVSTRISVP KS YDLGTAE NESTIFNKSN NSISLANSPV KEIRRVTGQV LIEKERVTRG AQGDGQDFLS NNTAFEIVKV WTETSPGVTT KEY KQGEDF RLTDGQTIDW SPQGQEPSGG TSYYVSYKYN KRMEAGKDYE VTTQGEGLSK KWYINFTPSN GAKPIDQTVV LVDY TYYLA RKDSVFINKY GDIAILPGEP NIMRLVTPPL NTDPENLQLG TVTVLPDSDE AVCISFAITR LSMEDLQKVK TRVDN LEYN QAVNALDDGA MEGQNPLTLR SVFSEGFISL DKADITHPDF GIVFSFEDAE ATLAYTEAVN QPKIIPGDTT AHIWGR LIS APFTEERTIY QGQASETLNV NPYNIPNKQG VLKLTPSEDN WIDTENVTIT EQKTKKVTMK RFWRHNESYY GETEHYL YS NLQLDAGQKW KGETYAYDRE HGRTGTLLES GGQRTLEEMI EFIRIRDVSF EVKGLNPNDN NLYLLFDGVR CAITPATG Y RKGSEDGTIM TDAKGTAKGK FTIPAGIRCG NREVTLKNAN STSATTYTAQ GRKKTAQDII IRTRVTVNLV DPLAQSFQY DENRTISSLG LYFASKGDKQ SNVVIQIRGM GDQGYPNKTI YAETVMNADD IKVSNNASAE TRVYFDDPMM AEGGKEYAIV IITENSDYT MWVGTRTKPK IDKPNEVISG NPYLQGVLFS SSNASTWTPH QNSDLKFGIY TSKFNETATI EFEPIKDVSA D RIVLMSTY LTPERTGCTW EMKLILDDMA SSTTFDQLKW EPIGNYQDLD VLGLARQVKL RATFESNRYI SPLMSSSDLT FT TFLTELT GSYVGRAIDM TEAPYNTVRF SYEAFLPKGT KVVPKYSADD GKTWKTFTKS PTTTRANNEF TRYVIDEKVK SSG TNTKLQ VRLDLSTENS FLRPRVRRLM VTTRDE

UniProtKB: DUF4815 domain-containing protein

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 8 / 詳細: 50mM Tris, 10mM NaCl, 10mM CaCl2
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-40 / 実像数: 15371 / 平均露光時間: 7.0 sec. / 平均電子線量: 42.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 130000
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 54841
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

8212

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C6 (6回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0) / 使用した粒子像数: 25203
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-9euk:
Cryo-EM structure of Staphylococcus aureus bacteriophage phi812 baseplate in the post-contraction state - sheath initiator, wedge module, and inner tripod proteins

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る