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万見
- PDB-9f05: Cryo-EM structure of Staphylococcus aureus bacteriophage phi812 t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9f05
タイトルCryo-EM structure of Staphylococcus aureus bacteriophage phi812 tail in the post-contraction state - sheath proteins
要素Major tail sheath protein
キーワードVIRUS / bacteriophage / phage / contractile / phi812 / tail
機能・相同性Major tail sheath protein
機能・相同性情報
生物種Staphylococcus phage 812 (ファージ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å
データ登録者Binovsky, J. / Siborova, M. / Skubnik, K. / Novacek, J. / Plevka, P.
資金援助European Union, チェコ, 2件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)101043452European Union
Other governmentLX22NP05103 チェコ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cell attachment and tail contraction of S. aureus phage phi812
著者: Binovsky, J. / Siborova, M. / Skubnik, K. / Novacek, J. / Plevka, P.
履歴
登録2024年4月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年4月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月23日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月23日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月23日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月23日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月23日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月23日Data content type: Mask / Part number: 1 / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月23日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Major tail sheath protein
B: Major tail sheath protein
C: Major tail sheath protein
D: Major tail sheath protein
E: Major tail sheath protein
F: Major tail sheath protein
G: Major tail sheath protein
H: Major tail sheath protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)516,4728
ポリマ－516,4728
非ポリマー00
水00
1
A: Major tail sheath protein
B: Major tail sheath protein
C: Major tail sheath protein
D: Major tail sheath protein
E: Major tail sheath protein
F: Major tail sheath protein
G: Major tail sheath protein
H: Major tail sheath protein
x 11
A: Major tail sheath protein
B: Major tail sheath protein
C: Major tail sheath protein
D: Major tail sheath protein
E: Major tail sheath protein
F: Major tail sheath protein
G: Major tail sheath protein
H: Major tail sheath protein

A: Major tail sheath protein
B: Major tail sheath protein
C: Major tail sheath protein
D: Major tail sheath protein
E: Major tail sheath protein
F: Major tail sheath protein
G: Major tail sheath protein
H: Major tail sheath protein

A: Major tail sheath protein
B: Major tail sheath protein
C: Major tail sheath protein
D: Major tail sheath protein
E: Major tail sheath protein
F: Major tail sheath protein
G: Major tail sheath protein
H: Major tail sheath protein

A: Major tail sheath protein
B: Major tail sheath protein
C: Major tail sheath protein
D: Major tail sheath protein
E: Major tail sheath protein
F: Major tail sheath protein
G: Major tail sheath protein
H: Major tail sheath protein

A: Major tail sheath protein
B: Major tail sheath protein
C: Major tail sheath protein
D: Major tail sheath protein
E: Major tail sheath protein
F: Major tail sheath protein
G: Major tail sheath protein
H: Major tail sheath protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,263,553128
ポリマ－8,263,553128
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation15
手法UCSF CHIMERA

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要素

#1: タンパク質
Major tail sheath protein / tail sheath protein


分子量: 64559.008 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Staphylococcus phage 812 (ファージ) / 参照: UniProt: A0A0U1WZ79
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Staphylococcus phage 812VIRUSall0NATURAL
2TailCOMPLEXall1NATURAL
3Tail sheathCOMPLEXall2NATURAL
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Staphylococcus phage 812 (ファージ)307898
32Staphylococcus phage 812 (ファージ)307898
43Staphylococcus phage 812 (ファージ)307898
ウイルスについての詳細
IDEntity assembly-ID中空かエンベロープを持つか単離タイプ
11YESNOSPECIESVIRION
22
33
緩衝液pH: 8 / 詳細: 50mM Tris, 10mM NaCl, 10mM CaCl2
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 130000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm
撮影平均露光時間: 7 sec. / 電子線照射量: 42 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
実像数: 15371
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV
画像スキャン横: 3838 / 縦: 3710 / 動画フレーム数/画像: 40 / 利用したフレーム数/画像: 1-40

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1EMAN2粒子像選択
2SerialEM画像取得
10RELION3.1初期オイラー角割当
11RELION3.1最終オイラー角割当
13RELION3.1３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 106091
対称性点対称性: C6 (6回回転対称)
3次元再構成解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 69969 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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