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- PDB-9fij: Crystal Structure of reduced NuoEF variant E222K(NuoF) from Aquif... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9fij
タイトルCrystal Structure of reduced NuoEF variant E222K(NuoF) from Aquifex aeolicus
要素(NADH-quinone oxidoreductase subunit ...) x 2
キーワードELECTRON TRANSPORT / Complex I / respiratory chain / NADH-ubiquinone oxidoreductase / bioenergetics
機能・相同性
機能・相同性情報


トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / quinone binding / respiratory electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / FMN binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Soluble ligand binding domain / SLBB domain / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 51 Kd subunit signature 1. / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 24 Kd subunit signature. / NuoE domain / NADH-quinone oxidoreductase subunit E-like / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 51kDa subunit, conserved site / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 51 Kd subunit signature 2. / NADH-quinone oxidoreductase subunit E, N-terminal / NADH-ubiquinone oxidoreductase 51kDa subunit, iron-sulphur binding domain ...Soluble ligand binding domain / SLBB domain / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 51 Kd subunit signature 1. / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 24 Kd subunit signature. / NuoE domain / NADH-quinone oxidoreductase subunit E-like / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 51kDa subunit, conserved site / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 51 Kd subunit signature 2. / NADH-quinone oxidoreductase subunit E, N-terminal / NADH-ubiquinone oxidoreductase 51kDa subunit, iron-sulphur binding domain / NADH-ubiquinone oxidoreductase 51kDa subunit, iron-sulphur binding domain superfamily / NADH-ubiquinone oxidoreductase-F iron-sulfur binding region / NADH-ubiquinone oxidoreductase-F iron-sulfur binding region / Thioredoxin-like [2Fe-2S] ferredoxin / NADH-ubiquinone oxidoreductase 51kDa subunit, FMN-binding domain / NADH-ubiquinone oxidoreductase 51kDa subunit, FMN-binding domain superfamily / Nuo51 FMN-binding domain / Thioredoxin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / Chem-FNR / IRON/SULFUR CLUSTER / NADH-quinone oxidoreductase subunit F / NADH-quinone oxidoreductase subunit E
類似検索 - 構成要素
生物種Aquifex aeolicus VF5 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Wohlwend, D. / Friedrich, T. / Goeppert-Asadollahpour, S.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)GRK2202; 235777276/RTG ドイツ
引用ジャーナル: Biochim Biophys Acta Bioenerg / 年: 2024
タイトル: Structural robustness of the NADH binding site in NADH:ubiquinone oxidoreductase (complex I).
著者: Goppert-Asadollahpour, S. / Wohlwend, D. / Friedrich, T.
履歴
登録2024年5月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NADH-quinone oxidoreductase subunit E
B: NADH-quinone oxidoreductase subunit F
C: NADH-quinone oxidoreductase subunit E
D: NADH-quinone oxidoreductase subunit F
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,13536
ポリマ－134,1944
非ポリマー2,94132
水7,260403
1
A: NADH-quinone oxidoreductase subunit E
B: NADH-quinone oxidoreductase subunit F
ヘテロ分子


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering, The heterotetrameric assembly of two functional NuoEF dimers to a (NuoEF)2 tetrameric complex in solution was verified by Right-Angle-Light-Scattering
  • 68.5 kDa, 2 ポリマー
  • Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,46715
ポリマ－67,0972
非ポリマー1,37013
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7540 Å2
ΔGint-190 kcal/mol
Surface area21490 Å2
手法PISA
2
C: NADH-quinone oxidoreductase subunit E
D: NADH-quinone oxidoreductase subunit F
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,66821
ポリマ－67,0972
非ポリマー1,57119
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7950 Å2
ΔGint-210 kcal/mol
Surface area21280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.984, 113.438, 189.110
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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NADH-quinone oxidoreductase subunit ... , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 NADH-quinone oxidoreductase subunit E / NADH dehydrogenase I subunit E / NDH-1 subunit E


分子量: 18573.619 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aquifex aeolicus VF5 (バクテリア)
遺伝子: nuoE, aq_574 / プラスミド: pET-28b(+)::nuoEFhis_E222K / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2 (DE3)
参照: UniProt: O66842, トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う
#2: タンパク質 NADH-quinone oxidoreductase subunit F / NADH dehydrogenase I subunit F / NDH-1 subunit F


分子量: 48523.367 Da / 分子数: 2 / Mutation: E222K / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The C-terminal sequence AGHHHHHH is an artificial affinity tag for the chromatographic purification of the NuoEF complex
由来: (組換発現) Aquifex aeolicus VF5 (バクテリア)
遺伝子: nuoF, aq_573 / プラスミド: pET-28b(+)::nuoEFhis_E222K / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2 (DE3)
参照: UniProt: O66841, トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う

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非ポリマー , 8種, 435分子

#3: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物 ChemComp-FNR / 1-DEOXY-1-(7,8-DIMETHYL-2,4-DIOXO-3,4-DIHYDRO-2H-BENZO[G]PTERIDIN-1-ID-10(5H)-YL)-5-O-PHOSPHONATO-D-RIBITOL / TWO ELECTRON REDUCED FLAVIN MONONUCLEOTIDE / 還元型フラビンモノヌクレオチド


分子量: 458.360 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H23N4O9P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#9: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 403 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.9 %
結晶化温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.1 / 詳細: 0.1 M Tris pH 7.1, 0.85 M Na3-citrate, 0.1 M NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9724 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9724 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→48.687 Å / Num. obs: 58277 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.4 % / CC1/2: 0.996 / Rpim(I) all: 0.077 / Net I/σ(I): 7.4
反射 シェル解像度: 2.35→2.41 Å / Num. unique obs: 4480 / CC1/2: 0.857 / Rpim(I) all: 0.436

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0425精密化
XDSVERSION Jan 31, 2020 BUILT=20200131データ削減
Aimless0.7.15データスケーリング
REFMAC5.8.0425位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.35→48.687 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 17.628 / SU ML: 0.201 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.347 / ESU R Free: 0.235 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2363 2853 4.902 %Rfree flags were transferred from scaled data of isomorphous structure (pdb ID 9FII)
Rwork0.1931 55347 --
all0.195 ---
obs-58200 99.916 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 36.69 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.901 Å20 Å2-0 Å2
2--1.474 Å2-0 Å2
3----2.375 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→48.687 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9040 0 130 403 9573
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0129400
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0168873
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2961.84612756
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.4621.76320512
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.86151143
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg5.787550
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.146101598
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_other_3_deg12.6311016
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg12.59810413
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0660.21353
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0210912
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022056
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2040.21905
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1930.28204
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1810.24523
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0750.24509
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1410.2338
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0540.22
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1350.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2740.214
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2260.249
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.0860.28
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0552.0654581
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.0542.0654581
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.7523.7125721
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.7533.7135722
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.4442.2354819
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.4152.2244812
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.3994.0517007
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.3824.0316996
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it4.48525.16238992
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other4.44825.07938794
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
2.35-2.4110.3362150.29840320.342490.9250.93599.95290.266
2.411-2.4770.31880.28639560.28741470.9340.94399.92770.252
2.477-2.5480.2551920.26238080.26240020.9520.95399.950.227
2.548-2.6270.3021970.25237000.25438970.940.9581000.217
2.627-2.7120.341880.25536140.25938020.9290.9591000.219
2.712-2.8070.2681790.23234810.23436610.9630.96699.97270.2
2.807-2.9130.271770.22334020.22635800.9580.9799.97210.19
2.913-3.0310.251650.20432390.20634060.9630.97599.94130.173
3.031-3.1660.241460.20731340.20832820.9620.97599.93910.18
3.166-3.320.2691550.19730010.231570.950.97899.96830.173
3.32-3.4980.2511500.18728410.1929940.9670.98199.89980.168
3.498-3.7090.231470.17727020.1828490.9710.9841000.162
3.709-3.9640.2241180.16825750.1726960.9680.98499.88870.153
3.964-4.2790.1861460.14823590.1525070.9820.98899.92020.136
4.279-4.6840.1681250.13221770.13423020.9850.9911000.122
4.684-5.230.2860.13720380.1421260.9830.99199.90590.128
5.23-6.0280.212800.16417990.16618800.9740.98799.94680.151
6.028-7.3550.191770.15515400.15616210.9830.98799.75320.142
7.355-10.2840.17720.13912120.14112860.9860.98899.84450.133
10.284-48.6870.208500.2017370.2017950.9760.97298.99370.201
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.14030.8512-0.59681.2246-0.07821.79010.2155-0.25470.55140.154-0.07790.1948-0.46440.0161-0.13760.1355-0.00890.05170.2274-0.03790.099927.88819.8605-10.7758
21.6643-0.0350.57760.35650.04252.31590.07640.0607-0.16650.0369-0.0243-0.03010.29670.0363-0.05210.0409-0.0012-0.01010.2040.00390.020225.7193-12.8412-17.306
33.1224-0.96410.36661.13160.02761.71070.10040.1683-0.4642-0.1625-0.02010.17070.33310.0056-0.08030.0957-0.0055-0.02570.1916-0.0140.071-4.0732-10.0688-59.6035
41.5298-0.0936-0.45240.34530.0582.3260.0697-0.1060.1626-0.02910.0155-0.0363-0.38820.1304-0.08530.0663-0.02880.01490.1797-0.0080.0201-6.363212.6044-52.6823
精密化 TLSグループSelection: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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