PDB-9fe7: Crystal Structure of oxidized NuoEF variant P228R(NuoF) from Aqui...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9fe7

タイトル

Crystal Structure of oxidized NuoEF variant P228R(NuoF) from Aquifex aeolicus

要素

(NADH-quinone oxidoreductase subunit ...) x 2

キーワード

ELECTRON TRANSPORT / Complex I / respiratory chain / NADH-ubiquinone oxidoreductase / bioenergetics

機能・相同性

機能・相同性情報

トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / quinone binding / respiratory electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / FMN binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Aquifex aeolicus VF5 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.28 Å

データ登録者

Wohlwend, D. / Friedrich, T. / Goeppert-Asadollahpour, S.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Biochim Biophys Acta Bioenerg / 年: 2024
タイトル: Structural robustness of the NADH binding site in NADH:ubiquinone oxidoreductase (complex I).
著者: Goppert-Asadollahpour, S. / Wohlwend, D. / Friedrich, T.

履歴

登録	2024年5月17日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年7月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9fe7.cif.gz	619.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9fe7.ent.gz	392.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9fe7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	9fe7_validation.pdf.gz	2.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9fe7_full_validation.pdf.gz	2.7 MB	表示
XML形式データ	9fe7_validation.xml.gz	49.6 KB	表示
CIF形式データ	9fe7_validation.cif.gz	72.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fe/9fe7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fe/9fe7	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	9fdjC 9fdkC 9fdvC 9fe0C 9fe5C 9fe8C 9feaC 9fifC 9fihC 9fiiC 9fijC 9filC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#144 - 2011年12月複合体I (Complex I) 類似性 (19) #117 - 2009年9月キサンチン酸化還元酵素 (Xanthine Oxidoreductase) 類似性 (1) #137 - 2011年5月シトクロムbc1 (Cytochrome bc1) 類似性 (1) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #36 - 2002年12月シトクロムc (Cytochrome c) 類似性 (1) #82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

PDBのページ

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「今月の分子」の関連する項目

#144 - 2011年12月
複合体I (Complex I)
類似性 (19)
#117 - 2009年9月
キサンチン酸化還元酵素 (Xanthine Oxidoreductase)
類似性 (1)
#137 - 2011年5月
シトクロムbc1 (Cytochrome bc1)
類似性 (1)
#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#36 - 2002年12月
シトクロムc (Cytochrome c)
類似性 (1)
#82 - 2006年10月
シトクロムp450 (Cytochrome p450)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: NADH-quinone oxidoreductase subunit E

B: NADH-quinone oxidoreductase subunit F

C: NADH-quinone oxidoreductase subunit E

D: NADH-quinone oxidoreductase subunit F

ヘテロ分子

138 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering, Dimerization of NuoEF to a (NuoEF)2 heterotetramer is the stable assembly in solution

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.283, 116.130, 189.842
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

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NADH-quinone oxidoreductase subunit ... , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質	NADH-quinone oxidoreductase subunit E / NADH dehydrogenase I subunit E / NDH-1 subunit E 分子量: 18573.619 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Aquifex aeolicus VF5 (バクテリア) 遺伝子: nuoE, aq_574 / プラスミド: pET-28b(+)::nuoEF_P228R_his / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2 (DE3) 参照: UniProt: O66842, トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う
#2: タンパク質	NADH-quinone oxidoreductase subunit F / NADH dehydrogenase I subunit F / NDH-1 subunit F 分子量: 48583.379 Da / 分子数: 2 / Mutation: P228R / 由来タイプ: 組換発現詳細: The sequence AGHHHHHH is a C-terminal affinity tag used for the affinity purification of the NuoEF complex 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus VF5 (バクテリア) 遺伝子: nuoF, aq_573 / プラスミド: pET-28b(+)::nuoEFhis_P228R / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2 (DE3) 参照: UniProt: O66841, トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う

#1: タンパク質

NADH-quinone oxidoreductase subunit E / NADH dehydrogenase I subunit E / NDH-1 subunit E

分子量: 18573.619 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Aquifex aeolicus VF5 (バクテリア)
遺伝子: nuoE, aq_574 / プラスミド: pET-28b(+)::nuoEF_P228R_his / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2 (DE3)
参照: UniProt: O66842, トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う

#2: タンパク質

NADH-quinone oxidoreductase subunit F / NADH dehydrogenase I subunit F / NDH-1 subunit F

分子量: 48583.379 Da / 分子数: 2 / Mutation: P228R / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The sequence AGHHHHHH is a C-terminal affinity tag used for the affinity purification of the NuoEF complex
由来: (組換発現)

Aquifex aeolicus VF5 (バクテリア)
遺伝子: nuoF, aq_573 / プラスミド: pET-28b(+)::nuoEFhis_P228R / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2 (DE3)
参照: UniProt: O66841, トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う

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非ポリマー , 9種, 755分子

#3: 化合物	ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER 分子量: 175.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₂S₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION 分子量: 22.990 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物	ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER 分子量: 351.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₄S₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物	ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE 分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₁N₄O₉P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#9: 化合物	ChemComp-MPO / 3[N-MORPHOLINO]PROPANE SULFONIC ACID 分子量: 209.263 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₅NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#10: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#11: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 726 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.63 %
結晶化	温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.3 詳細: 100 mM BisTris pH 6.3, 1.65 M ammonium sulfate, 150 mM NaCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9724 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9724 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.28→48.001 Å / Num. obs: 63251 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 4 % / CC_1/2: 0.982 / R_pim(I) all: 0.089 / Net I/σ(I): 5.7
反射シェル	解像度: 2.28→2.34 Å / Num. unique obs: 4468 / CC_1/2: 0.797 / R_pim(I) all: 0.323

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
XDS	VERSION Jan 31, 2020 BUILT=20200131	データ削減
Aimless	0.7.15	データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.28→48.001 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.943 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.913 / SU B: 14.011 / SU ML: 0.191 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.328 / ESU R Free: 0.234 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2443	3160	5.018 %	Random selection
R_work	0.1975	59816	-	-
all	0.2	-	-	-
obs	-	62976	97.293 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.267 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.186 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	2.524 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.337 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.28→48.001 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9089	0	161	726	9976

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.012	9494
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	8966
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.463	1.85	12878
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.513	1.763	20741
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.429	5	1146
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	8.235	5	50
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.908	10	1629
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_3_deg	15.306	10	16
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	13.485	10	420
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.075	0.2	1362
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.018	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	11064
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2064
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.217	0.2	2032
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.191	0.2	8624
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.183	0.2	4616
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.074	0.2	4553
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.163	0.2	589
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.078	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.136	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.208	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.167	0.2	67
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.19	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.472	1.047	4590
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.472	1.047	4590
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.796	1.881	5734
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	0.796	1.882	5735
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.844	1.192	4904
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.794	1.178	4889
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.32	2.158	7116
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.269	2.133	7093
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.094	13.332	40668
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	2.905	13.064	40138

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.28-2.339	0.328	193	0.272	4492	0.274	4733	0.893	0.941	98.9858	0.25
2.339-2.403	0.252	236	0.246	4272	0.246	4548	0.954	0.954	99.1205	0.223
2.403-2.473	0.281	236	0.223	4194	0.226	4482	0.947	0.962	98.8398	0.202
2.473-2.548	0.285	221	0.226	4070	0.229	4340	0.94	0.964	98.871	0.205
2.548-2.632	0.264	237	0.22	3949	0.222	4258	0.942	0.965	98.3091	0.199
2.632-2.724	0.29	208	0.215	3781	0.218	4066	0.945	0.968	98.1062	0.193
2.724-2.826	0.276	191	0.202	3634	0.206	3914	0.951	0.972	97.7261	0.182
2.826-2.941	0.258	182	0.191	3528	0.195	3819	0.959	0.975	97.1459	0.173
2.941-3.072	0.265	162	0.192	3414	0.196	3664	0.956	0.975	97.5983	0.176
3.072-3.221	0.26	183	0.197	3199	0.2	3490	0.957	0.975	96.9054	0.183
3.221-3.394	0.252	157	0.192	3111	0.195	3353	0.95	0.977	97.465	0.182
3.394-3.599	0.22	156	0.19	2918	0.192	3144	0.969	0.977	97.7735	0.179
3.599-3.846	0.276	118	0.237	2569	0.239	2991	0.946	0.963	89.8362	0.219
3.846-4.152	0.176	144	0.15	2531	0.151	2801	0.98	0.986	95.5016	0.145
4.152-4.545	0.178	135	0.147	2332	0.148	2585	0.982	0.986	95.4352	0.145
4.545-5.075	0.184	115	0.163	2141	0.164	2343	0.982	0.983	96.2868	0.16
5.075-5.85	0.286	105	0.195	1896	0.2	2085	0.946	0.976	95.9712	0.193
5.85-7.138	0.25	83	0.177	1680	0.18	1808	0.967	0.982	97.5111	0.179
7.138-9.985	0.16	67	0.151	1298	0.151	1412	0.986	0.987	96.6714	0.154
9.985-48.001	0.229	31	0.191	807	0.192	881	0.968	0.977	95.1192	0.196

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.863	4.7143	-4.8186	10.1777	-4.8911	7.6192	-0.3171	-0.0568	-0.4448	-0.464	0.2184	-0.2731	0.5511	-0.0791	0.0986	0.2823	0.061	-0.0339	0.2435	-0.0017	0.4208	-10.7846	-19.9816	-35.322
2	3.0337	0.94	-1.9229	2.0241	-0.2045	3.1424	0.0005	-0.3228	-0.4464	0.1413	0.0091	-0.3755	0.4048	0.2446	-0.0096	0.269	0.0938	-0.0591	0.1021	0.0214	0.1585	-13.1033	-10.0132	-30.0283
3	1.2323	0.4926	0.2101	2.3322	0.1784	1.4738	0.0199	-0.1141	-0.2035	0.0984	0.0283	0.0449	0.3438	-0.106	-0.0482	0.2124	-0.0328	-0.0006	0.1039	-0.0006	0.0487	-38.1632	-9.3783	-37.2645
4	2.0738	0.0588	-0.1643	0.5747	0.0741	1.1608	0.0153	0.131	0.1153	-0.066	0.0496	-0.052	-0.0816	0.0357	-0.065	0.1506	0.0007	0.0155	0.0303	-0.0073	0.0186	-21.6945	12.6879	-45.9845
5	2.5959	-0.2934	-0.0283	0.8725	0.1138	3.9394	0.0331	-0.2546	-0.0754	0.0218	-0.0427	0.1109	0.0299	-0.2074	0.0096	0.1608	0.0016	0.0185	0.0509	0.0011	0.0166	-37.0753	10.507	-20.0003
6	6.1161	-0.0736	-1.4799	2.4422	-0.2633	6.0369	0.0325	-0.3304	-0.0915	0.2432	-0.0458	0.4538	-0.1693	-0.4846	0.0133	0.2039	0.0562	0.0276	0.1001	-0.0063	0.0969	-45.7054	18.2954	-24.7708
7	1.4862	-2.0738	1.8742	7.5734	-2.3824	2.9563	-0.17	0.1412	0.6646	0.0431	-0.1941	-0.9693	-0.4121	0.1347	0.3641	0.331	-0.1428	0.087	0.2503	0.0572	0.6857	22.3124	15.5295	-81.091
8	4.6744	-0.8746	-0.4663	3.6888	-0.1316	1.6275	0.1001	0.2638	0.6399	-0.1409	-0.0511	-0.3796	-0.384	0.0804	-0.049	0.2746	-0.0684	0.0458	0.1171	0.0698	0.1764	17.1096	11.2116	-88.7272
9	2.6055	-0.371	0.3058	2.3431	0.1914	1.728	0.0225	0.1244	0.4973	-0.1113	0.0269	0.0211	-0.3936	-0.1952	-0.0494	0.2396	0.0445	0.0179	0.1066	0.0058	0.1244	-6.7104	10.0889	-79.9322
10	2.1956	-0.236	0.6627	0.6527	-0.1778	1.3503	0.0291	-0.1491	-0.0276	0.0038	0.0289	-0.0351	0.0548	0.1164	-0.058	0.1196	-0.0203	-0.0015	0.0429	-0.0099	0.0073	15.7479	-9.6172	-70.1994
11	3.0664	0.4868	1.007	2.0649	-0.1858	3.4179	0.0796	-0.1745	-0.403	0.0326	-0.0573	0.1323	0.3223	-0.2826	-0.0223	0.1547	-0.059	-0	0.0685	0.0159	0.0803	-7.9426	-18.3519	-72.5566
12	4.3471	0.2145	0.2773	1.3645	0.2347	2.683	0.0429	0.1993	0.0589	-0.0953	-0.0414	0.1498	-0.0355	-0.1733	-0.0016	0.136	0.0195	-0.0173	0.0715	0.0017	0.0177	-5.6798	-10.3271	-96.7495
13	6.3827	-0.2592	0.7354	5.0193	0.2034	6.5621	0.4141	0.1912	-0.2382	-0.3021	-0.0466	0.6384	0.4034	-0.7442	-0.3675	0.2117	-0.0753	-0.0351	0.161	0.0065	0.1219	-14.9841	-18.0537	-92.2311

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	5 - 18
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	A	19 - 71
3	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	A	72 - 160

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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