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- PDB-9fii: Crystal Structure of oxidized NuoEF variant E222K(NuoF) from Aqui... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 9fii | ||||||
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Title | Crystal Structure of oxidized NuoEF variant E222K(NuoF) from Aquifex aeolicus | ||||||
![]() | (NADH-quinone oxidoreductase subunit ...) x 2 | ||||||
![]() | ELECTRON TRANSPORT / Complex I / respiratory chain / NADH-ubiquinone oxidoreductase / bioenergetics | ||||||
Function / homology | ![]() : / Translocases; Catalysing the translocation of protons; Linked to oxidoreductase reactions / NADH dehydrogenase activity / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / quinone binding / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / FMN binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wohlwend, D. / Friedrich, T. / Goeppert-Asadollahpour, S. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Structural robustness of the NADH binding site in NADH:ubiquinone oxidoreductase (complex I). Authors: Goppert-Asadollahpour, S. / Wohlwend, D. / Friedrich, T. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 613.8 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 386.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 2.3 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 2.3 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 44.2 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 63.1 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 9fdjC ![]() 9fdkC ![]() 9fdvC ![]() 9fe0C ![]() 9fe5C ![]() 9fe7C ![]() 9fe8C ![]() 9feaC ![]() 9fifC ![]() 9fihC ![]() 9fijC ![]() 9filC C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-NADH-quinone oxidoreductase subunit ... , 2 types, 4 molecules ACBD
#1: Protein | Mass: 18573.619 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() References: UniProt: O66842, Translocases; Catalysing the translocation of protons; Linked to oxidoreductase reactions #2: Protein | Mass: 48523.367 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: E222K Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: The C-terminal sequence AGHHHHHH is an artificial affinity tag for the chromatographic purification of the NuoEF complex Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() References: UniProt: O66841, Translocases; Catalysing the translocation of protons; Linked to oxidoreductase reactions |
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-Non-polymers , 7 types, 375 molecules ![](data/chem/img/FES.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/SF4.gif)
![](data/chem/img/FMN.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/SF4.gif)
![](data/chem/img/FMN.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-NA / #5: Chemical | #6: Chemical | #7: Chemical | ChemComp-GOL / #8: Chemical | ChemComp-CL / #9: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.66 Å3/Da / Density % sol: 53.79 % |
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Crystal grow | Temperature: 281 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.1 / Details: 0.1 M Tris pH 7.1, 0.85 M Na3-citrate, 0.1 M NaCl |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Sep 12, 2020 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9724 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.5→48.1 Å / Num. obs: 47026 / % possible obs: 97.3 % / Redundancy: 3.7 % / CC1/2: 0.988 / Rpim(I) all: 0.099 / Net I/σ(I): 5.6 |
Reflection shell | Resolution: 2.5→2.59 Å / Num. unique obs: 4624 / CC1/2: 0.769 / Rpim(I) all: 0.467 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Details: Hydrogens have been added in their riding positions
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 31.479 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.5→47.434 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Selection: ALL |