PDB-9fdj: Crystal structure of the NuoEF variant R66G (NuoF) from Aquifex a...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9fdj

タイトル

Crystal structure of the NuoEF variant R66G (NuoF) from Aquifex aeolicus bound to NADH under anoxic conditions (short soak)

要素

(NADH-quinone oxidoreductase subunit ...) x 2

キーワード

ELECTRON TRANSPORT / Complex I / respiratory chain / NADH-ubiquinone oxidoreductase / bioenergetics

機能・相同性

機能・相同性情報

トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / quinone binding / respiratory electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / FMN binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Aquifex aeolicus VF5 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Wohlwend, D. / Friedrich, T. / Goeppert-Asadollahpour, S.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Biochim Biophys Acta Bioenerg / 年: 2024
タイトル: Structural robustness of the NADH binding site in NADH:ubiquinone oxidoreductase (complex I).
著者: Goppert-Asadollahpour, S. / Wohlwend, D. / Friedrich, T.

履歴

登録	2024年5月17日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年7月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9fdj.cif.gz	632.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9fdj.ent.gz	397.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9fdj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fd/9fdj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fd/9fdj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9fdkC 9fdvC 9fe0C 9fe5C 9fe7C 9fe8C 9feaC 9fifC 9fihC 9fiiC 9fijC 9filC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#144 - 2011年12月複合体I (Complex I) 類似性 (19) #117 - 2009年9月キサンチン酸化還元酵素 (Xanthine Oxidoreductase) 類似性 (1) #102 - 2008年6月乳酸脱水素酵素 (Lactate Dehydrogenase) 類似性 (1) #93 - 2007年9月クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase) 類似性 (1) #137 - 2011年5月シトクロムbc1 (Cytochrome bc1) 類似性 (1) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #36 - 2002年12月シトクロムc (Cytochrome c) 類似性 (1) #82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#144 - 2011年12月
複合体I (Complex I)
類似性 (19)
#117 - 2009年9月
キサンチン酸化還元酵素 (Xanthine Oxidoreductase)
類似性 (1)
#102 - 2008年6月
乳酸脱水素酵素 (Lactate Dehydrogenase)
類似性 (1)
#93 - 2007年9月
クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase)
類似性 (1)
#137 - 2011年5月
シトクロムbc1 (Cytochrome bc1)
類似性 (1)
#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#36 - 2002年12月
シトクロムc (Cytochrome c)
類似性 (1)
#82 - 2006年10月
シトクロムp450 (Cytochrome p450)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: NADH-quinone oxidoreductase subunit E

B: NADH-quinone oxidoreductase subunit F

C: NADH-quinone oxidoreductase subunit E

D: NADH-quinone oxidoreductase subunit F

ヘテロ分子

139 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering, Heterotetrameric assembly (NuoEF)2 in solution

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.241, 116.156, 189.026
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
NADH-quinone oxidoreductase subunit ... , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質	NADH-quinone oxidoreductase subunit E / NADH dehydrogenase I subunit E / NDH-1 subunit E 分子量: 18573.619 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Aquifex aeolicus VF5 (バクテリア) 遺伝子: nuoE, aq_574 / プラスミド: pET-28b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2 (DE3) 参照: UniProt: O66842, トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う
#2: タンパク質	NADH-quinone oxidoreductase subunit F 分子量: 48423.160 Da / 分子数: 2 / Mutation: R66G / 由来タイプ: 組換発現詳細: The sequence AGHHHHHH is the artificial C-terminal affinity tag for IMAC purification of the NuoEF complex 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus VF5 (バクテリア) 遺伝子: nuoF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2 (DE3) / 参照: UniProt: O66841

#1: タンパク質

NADH-quinone oxidoreductase subunit E / NADH dehydrogenase I subunit E / NDH-1 subunit E

分子量: 18573.619 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Aquifex aeolicus VF5 (バクテリア)
遺伝子: nuoE, aq_574 / プラスミド: pET-28b(+) / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2 (DE3)
参照: UniProt: O66842, トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う

#2: タンパク質

NADH-quinone oxidoreductase subunit F

分子量: 48423.160 Da / 分子数: 2 / Mutation: R66G / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The sequence AGHHHHHH is the artificial C-terminal affinity tag for IMAC purification of the NuoEF complex
由来: (組換発現)

Aquifex aeolicus VF5 (バクテリア)
遺伝子: nuoF / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2 (DE3) / 参照: UniProt: O66841

-
非ポリマー , 9種, 912分子

#3: 化合物	ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER 分子量: 175.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₂S₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物	ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER 分子量: 351.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₄S₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物	ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN 分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₁N₄O₉P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 化合物	ChemComp-NAI / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / NADH / NADH 分子量: 665.441 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₉N₇O₁₄P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#9: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#10: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#11: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 882 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.59 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.45 %
結晶化	温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.3 詳細: 100 mM BisTris pH 6.3, 1.4 M ammonium sulfate, 100 mM NaCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9724 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9724 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→47.932 Å / Num. obs: 153510 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.8 % / CC_1/2: 0.999 / R_pim(I) all: 0.034 / Net I/σ(I): 11.6
反射シェル	解像度: 1.7→1.73 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 7516 / CC_1/2: 0.787 / R_pim(I) all: 0.427

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
XDS	VERSION Jan 31, 2020 BUILT=20200131	データ削減
Aimless	0.7.4	データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.7→47.932 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.976 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.967 / SU B: 4.198 / SU ML: 0.066 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.085 / ESU R Free: 0.084 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.184	7788	5.077 %	Random selection
R_work	0.1581	145614	-	-
all	0.159	-	-	-
obs	-	153402	99.901 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.128 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.883 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.813 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.696 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→47.932 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9081	0	205	882	10168

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.012	9555
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	8963
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.482	1.849	12982
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.515	1.766	20745
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.012	5	1150
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	6.652	5	48
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.607	10	1631
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_3_deg	13.307	10	16
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.206	10	420
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.077	0.2	1375
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.026	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	11220
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2064
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.22	0.2	1955
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.187	0.2	8512
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.184	0.2	4666
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.075	0.2	4539
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.141	0.2	714
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.025	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.165	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.089	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.166	0.2	59
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.187	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.118	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.151	1.791	4600
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.146	1.791	4600
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.714	3.214	5750
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.713	3.215	5751
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.108	2.117	4955
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.051	2.092	4924
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.322	3.78	7204
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.249	3.735	7157
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.588	20.35	10967
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.421	19.23	10746

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.7-1.744	0.281	583	0.267	10624	0.268	11213	0.937	0.942	99.9465	0.251
1.744-1.792	0.263	545	0.239	10426	0.24	10976	0.949	0.956	99.9544	0.22
1.792-1.844	0.23	543	0.219	10077	0.219	10630	0.96	0.965	99.9059	0.2
1.844-1.9	0.218	539	0.2	9797	0.201	10340	0.966	0.973	99.9613	0.18
1.9-1.963	0.221	541	0.187	9504	0.189	10049	0.968	0.977	99.9602	0.166
1.963-2.031	0.201	494	0.172	9235	0.174	9732	0.975	0.98	99.9692	0.152
2.031-2.108	0.192	472	0.16	8941	0.162	9416	0.977	0.983	99.9681	0.143
2.108-2.194	0.187	486	0.15	8522	0.152	9011	0.979	0.986	99.9667	0.136
2.194-2.291	0.181	438	0.149	8245	0.15	8687	0.98	0.986	99.954	0.136
2.291-2.403	0.174	416	0.138	7880	0.14	8302	0.981	0.988	99.9277	0.129
2.403-2.532	0.162	417	0.137	7539	0.138	7959	0.983	0.989	99.9623	0.129
2.532-2.685	0.178	333	0.146	7147	0.147	7483	0.979	0.987	99.9599	0.14
2.685-2.87	0.176	357	0.15	6719	0.151	7078	0.981	0.986	99.9717	0.146
2.87-3.099	0.183	338	0.159	6231	0.16	6576	0.98	0.985	99.8936	0.157
3.099-3.394	0.196	293	0.16	5817	0.162	6126	0.977	0.985	99.7388	0.161
3.394-3.792	0.167	268	0.15	5246	0.151	5528	0.986	0.988	99.7467	0.155
3.792-4.374	0.14	243	0.127	4670	0.128	4919	0.988	0.991	99.878	0.138
4.374-5.346	0.173	209	0.14	4002	0.142	4226	0.986	0.99	99.6451	0.153
5.346-7.513	0.193	177	0.174	3121	0.175	3311	0.981	0.986	99.6074	0.187
7.513-47.932	0.171	96	0.16	1871	0.161	1981	0.987	0.987	99.2933	0.182

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.6325	-0.613	-0.2549	0.8733	-0.0155	1.08	0.1184	0.2159	0.5891	-0.0896	-0.0458	-0.1477	-0.3565	-0.0196	-0.0727	0.1476	0.0047	0.0343	0.1083	0.0356	0.134	-27.2716	11.1908	11.9535
2	1.248	0.0445	0.4403	0.3571	0.0876	1.2732	0.0709	-0.054	-0.1007	0.0288	-0.011	-0.0016	0.1247	-0.0782	-0.0599	0.0302	-0.0161	-0.0039	0.0643	0.0005	0.0098	-25.7498	-11.8995	18.3839
3	1.6394	0.6533	0.1942	1.1902	0.0861	1.2562	0.0956	-0.1382	-0.3592	0.1071	0.0098	-0.1547	0.4768	0.0252	-0.1054	0.213	0.0296	-0.0496	0.0659	0.0178	0.0839	-58.5884	-10.4318	59.8994
4	1.0865	-0.0324	-0.1717	0.3432	0.1415	1.6267	0.0144	0.0162	0.0723	-0.0176	0.0434	0.0018	-0.0755	0.0116	-0.0578	0.0243	0.0156	-0.0036	0.0226	-0.0045	0.0087	-57.1045	12.7707	54.1097

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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