PDB-9fil: Crystal Structure of reduced NuoEF variant E222K(NuoF) from Aquif...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9fil

タイトル

Crystal Structure of reduced NuoEF variant E222K(NuoF) from Aquifex aeolicus bound to NAD+

要素

(NADH-quinone oxidoreductase subunit ...) x 2

キーワード

ELECTRON TRANSPORT / Complex I / respiratory chain / NADH-ubiquinone oxidoreductase / bioenergetics

機能・相同性

機能・相同性情報

トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / quinone binding / respiratory electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / FMN binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Aquifex aeolicus VF5 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.54 Å

データ登録者

Wohlwend, D. / Friedrich, T. / Goeppert-Asadollahpour, S.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Biochim Biophys Acta Bioenerg / 年: 2024
タイトル: Structural robustness of the NADH binding site in NADH:ubiquinone oxidoreductase (complex I).
著者: Goppert-Asadollahpour, S. / Wohlwend, D. / Friedrich, T.

履歴

登録	2024年5月29日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年7月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9fil.cif.gz	615.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9fil.ent.gz	386 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fi/9fil ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fi/9fil	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	9fdjC 9fdkC 9fdvC 9fe0C 9fe5C 9fe7C 9fe8C 9feaC 9fifC 9fihC 9fiiC 9fijC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#144 - 2011年12月複合体I (Complex I) 類似性 (19) #117 - 2009年9月キサンチン酸化還元酵素 (Xanthine Oxidoreductase) 類似性 (1) #137 - 2011年5月シトクロムbc1 (Cytochrome bc1) 類似性 (1) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #36 - 2002年12月シトクロムc (Cytochrome c) 類似性 (1) #82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#144 - 2011年12月
複合体I (Complex I)
類似性 (19)
#117 - 2009年9月
キサンチン酸化還元酵素 (Xanthine Oxidoreductase)
類似性 (1)
#137 - 2011年5月
シトクロムbc1 (Cytochrome bc1)
類似性 (1)
#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#36 - 2002年12月
シトクロムc (Cytochrome c)
類似性 (1)
#82 - 2006年10月
シトクロムp450 (Cytochrome p450)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: NADH-quinone oxidoreductase subunit E

B: NADH-quinone oxidoreductase subunit F

C: NADH-quinone oxidoreductase subunit E

D: NADH-quinone oxidoreductase subunit F

ヘテロ分子

138 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: NADH-quinone oxidoreductase subunit E

B: NADH-quinone oxidoreductase subunit F

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering, The assembly as a tetramer of (NuoEF)2 is also found in solution as shown by Right-Angle Light Scattering
69.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: NADH-quinone oxidoreductase subunit E

D: NADH-quinone oxidoreductase subunit F

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
69 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.136, 115.539, 189.920
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
NADH-quinone oxidoreductase subunit ... , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質	NADH-quinone oxidoreductase subunit E / NADH dehydrogenase I subunit E / NDH-1 subunit E 分子量: 18573.619 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Aquifex aeolicus VF5 (バクテリア) 遺伝子: nuoE, aq_574 / プラスミド: pET-28b(+)::nuoEFhis_E222K / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2 (DE3) 参照: UniProt: O66842, トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う
#2: タンパク質	NADH-quinone oxidoreductase subunit F / NADH dehydrogenase I subunit F / NDH-1 subunit F 分子量: 48523.367 Da / 分子数: 2 / Mutation: E222K / 由来タイプ: 組換発現詳細: The C-terminal sequence AGHHHHHH is an artificial affinity tag used for chromatographic purification of the NuoEF complex 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus VF5 (バクテリア) 遺伝子: nuoF, aq_573 / プラスミド: pET-28b(+)::nuoEFhis_E222K / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2 (DE3) 参照: UniProt: O66841, トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う

#1: タンパク質

NADH-quinone oxidoreductase subunit E / NADH dehydrogenase I subunit E / NDH-1 subunit E

分子量: 18573.619 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Aquifex aeolicus VF5 (バクテリア)
遺伝子: nuoE, aq_574 / プラスミド: pET-28b(+)::nuoEFhis_E222K / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2 (DE3)
参照: UniProt: O66842, トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う

#2: タンパク質

NADH-quinone oxidoreductase subunit F / NADH dehydrogenase I subunit F / NDH-1 subunit F

分子量: 48523.367 Da / 分子数: 2 / Mutation: E222K / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The C-terminal sequence AGHHHHHH is an artificial affinity tag used for chromatographic purification of the NuoEF complex
由来: (組換発現)

Aquifex aeolicus VF5 (バクテリア)
遺伝子: nuoF, aq_573 / プラスミド: pET-28b(+)::nuoEFhis_E222K / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2 (DE3)
参照: UniProt: O66841, トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う

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非ポリマー , 8種, 442分子

#3: 化合物	ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER 分子量: 175.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₂S₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物	ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER 分子量: 351.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₄S₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物	ChemComp-FNR / 1-DEOXY-1-(7,8-DIMETHYL-2,4-DIOXO-3,4-DIHYDRO-2H-BENZO[G]PTERIDIN-1-ID-10(5H)-YL)-5-O-PHOSPHONATO-D-RIBITOL / TWO ELECTRON REDUCED FLAVIN MONONUCLEOTIDE / 還元型フラビンモノヌクレオチド分子量: 458.360 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₃N₄O₉P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#8: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#9: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: Cl
#10: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 418 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.71 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.69 %
結晶化	温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.1 / 詳細: 0.1 M Tris pH 7.1, 0.85 M Na3-citrate, 0.1 M NaCl

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9724 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9724 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.54→49.403 Å / Num. obs: 47056 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.9 % / CC_1/2: 0.976 / R_pim(I) all: 0.139 / Net I/σ(I): 5.2
反射シェル	解像度: 2.54→2.63 Å / Num. unique obs: 4549 / CC_1/2: 0.757 / R_pim(I) all: 0.462

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
XDS	VERSION Jan 31, 2020 BUILT=20200131	データ削減
Aimless	0.7.15	データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.54→49.403 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.944 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.909 / SU B: 20.375 / SU ML: 0.221 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.666 / ESU R Free: 0.299 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2478	2370	5.043 %	Random selection
R_work	0.2006	44630	-	-
all	0.203	-	-	-
obs	-	47000	99.041 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.459 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.117 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.559 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.676 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.54→49.403 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9048	0	186	418	9652

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.012	9500
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	8936
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.461	1.847	12902
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.512	1.761	20657
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.82	5	1150
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	10.387	5	53
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.452	10	1597
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_3_deg	18.321	10	16
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	12.64	10	414
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.072	0.2	1375
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	10996
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2070
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.209	0.2	1904
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.198	0.2	8591
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.181	0.2	4565
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.075	0.2	4680
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.147	0.2	345
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.048	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.107	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.047	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.154	0.2	65
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.119	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.666	0.865	4603
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.666	0.865	4603
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.208	1.553	5752
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.208	1.554	5753
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.648	0.925	4897
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.648	0.926	4898
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.146	1.679	7122
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.146	1.68	7123
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.301	10.215	40138
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.252	10.175	39961

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.54-2.606	0.312	181	0.293	3228	0.294	3431	0.939	0.945	99.3588	0.269
2.606-2.677	0.335	164	0.277	3170	0.28	3389	0.931	0.95	98.3771	0.256
2.677-2.754	0.321	169	0.262	3081	0.265	3277	0.937	0.958	99.1761	0.239
2.754-2.839	0.288	151	0.244	2957	0.246	3134	0.956	0.963	99.1704	0.218
2.839-2.932	0.294	179	0.239	2911	0.243	3120	0.948	0.964	99.0385	0.216
2.932-3.034	0.291	147	0.223	2819	0.226	2992	0.952	0.969	99.131	0.202
3.034-3.148	0.24	140	0.213	2703	0.215	2868	0.963	0.973	99.1283	0.193
3.148-3.276	0.249	138	0.204	2630	0.207	2782	0.962	0.977	99.4968	0.186
3.276-3.421	0.232	132	0.202	2552	0.203	2699	0.97	0.979	99.4442	0.185
3.421-3.587	0.25	119	0.199	2428	0.201	2572	0.965	0.98	99.028	0.186
3.587-3.78	0.22	135	0.186	2307	0.188	2453	0.973	0.982	99.5516	0.175
3.78-4.008	0.196	100	0.161	2220	0.163	2327	0.98	0.986	99.6992	0.154
4.008-4.283	0.208	111	0.146	2075	0.149	2190	0.977	0.988	99.8174	0.141
4.283-4.623	0.221	92	0.142	1926	0.145	2027	0.975	0.989	99.556	0.141
4.623-5.06	0.185	98	0.155	1762	0.156	1885	0.983	0.989	98.6737	0.154
5.06-5.65	0.221	91	0.176	1614	0.178	1724	0.975	0.985	98.8979	0.173
5.65-6.51	0.283	68	0.181	1466	0.185	1549	0.965	0.983	99.0316	0.177
6.51-7.938	0.191	76	0.173	1225	0.174	1321	0.982	0.984	98.486	0.168
7.938-11.084	0.182	41	0.143	976	0.145	1051	0.983	0.988	96.765	0.153
11.084-49.403	0.246	38	0.222	580	0.223	654	0.949	0.971	94.4954	0.231

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.4599	-0.4251	0.0444	1.1187	0.1587	0.9341	0.0997	0.3283	0.4841	-0.1181	-0.058	-0.1411	-0.3131	0.0048	-0.0417	0.1123	0.0157	0.0385	0.2354	0.0488	0.1016	-28.0069	11.1464	12.4578
2	1.6036	-0.0094	0.6279	0.2165	-0.1089	1.5978	0.0537	-0.0331	-0.1388	-0.0023	0.0051	0.0292	0.1439	-0.0776	-0.0589	0.0133	-0.0047	-0.0044	0.122	-0.0159	0.0188	-26.1797	-11.7823	18.5448
3	2.0565	0.835	0.0208	1.0853	0.2089	0.7974	0.0493	-0.2325	-0.477	0.1546	-0.0018	-0.1522	0.2899	0.0305	-0.0475	0.1118	0.0126	-0.022	0.2117	0.0336	0.1204	-60.0433	-10.8489	60.3127
4	1.4435	0.0612	-0.4432	0.3011	-0.082	1.5047	0.0595	0.0444	0.1357	-0.0053	0.0011	0.0316	-0.146	-0.0761	-0.0606	0.0152	0.0124	0.0055	0.1106	-0.0113	0.0175	-58.1133	12.1863	54.573

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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