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- PDB-9fi8: SSU(head) structure derived from the SSU sample of the mitoriboso... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9fi8
タイトルSSU(head) structure derived from the SSU sample of the mitoribosome from T. gondii.
要素
  • (Ribosomal protein ...) x 2
  • (Small ribosomal subunit protein ...) x 2
  • 30S ribosomal protein S5, putative
  • AP2 domain transcription factor AP2IX-6
  • Acylphosphatase-like domain-containing protein
  • DNA double-strand break repair rad50 ATPase
  • RAP domain-containing protein
  • RNA19-SSU
  • RNA5-SSU
  • RNA9-SSU
  • SSUB-SSU
  • SSUD
  • mS141
  • mS149
  • mS151
  • mS152
  • mS155
  • mS157
  • mS159
  • mS161
  • mS33/mS27
  • ms158
  • uS10m
  • ulr22
  • ulr23
  • ulr24
キーワードRIBOSOME / Complex / translation / rRNA
機能・相同性
機能・相同性情報


mitochondrial small ribosomal subunit / small ribosomal subunit / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / RNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Apicomplexa microprotein / Acylphosphatase-like domain / Acylphosphatase-like domain profile. / Ribosomal protein S24/S35, mitochondrial, conserved domain / Mitochondrial ribosomal subunit protein / Ribosomal protein S23/S29, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal death-associated protein 3 / Double stranded RNA-binding domain (dsRBD) profile. / Double-stranded RNA-binding domain ...: / Apicomplexa microprotein / Acylphosphatase-like domain / Acylphosphatase-like domain profile. / Ribosomal protein S24/S35, mitochondrial, conserved domain / Mitochondrial ribosomal subunit protein / Ribosomal protein S23/S29, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal death-associated protein 3 / Double stranded RNA-binding domain (dsRBD) profile. / Double-stranded RNA-binding domain / S5 double stranded RNA-binding domain profile. / Ribosomal protein S5, N-terminal / Ribosomal protein S5, N-terminal domain / Ribosomal protein S9, conserved site / Ribosomal protein S9 signature. / Ribosomal protein S9 / Ribosomal protein S9/S16 / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / : / RNA / RNA (> 10) / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Ribosomal protein S14, putative / Acylphosphatase-like domain-containing protein ...: / : / : / RNA / RNA (> 10) / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Ribosomal protein S14, putative / Acylphosphatase-like domain-containing protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / DNA double-strand break repair rad50 ATPase / Uncharacterized protein / RAP domain-containing protein / Uncharacterized protein / 30S ribosomal protein S5, putative / Small ribosomal subunit protein mS35 mitochondrial conserved domain-containing protein / Ribosomal protein S9, putative / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / AP2 domain transcription factor AP2IX-6 / Small ribosomal subunit protein mS29 / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Rocha, R.E.O. / Barua, S. / Boissier, F. / Nguyen, T.T. / Hashem, Y.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
European Commission101088541European Union
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Apicomplexan mitoribosome from highly fragmented rRNAs to a functional machine.
著者: Chaoyue Wang / Sari Kassem / Rafael Eduardo Oliveira Rocha / Pei Sun / Tan-Trung Nguyen / Joachim Kloehn / Xianyong Liu / Lorenzo Brusini / Alessandro Bonavoglia / Sramona Barua / Fanny ...著者: Chaoyue Wang / Sari Kassem / Rafael Eduardo Oliveira Rocha / Pei Sun / Tan-Trung Nguyen / Joachim Kloehn / Xianyong Liu / Lorenzo Brusini / Alessandro Bonavoglia / Sramona Barua / Fanny Boissier / Mayara Lucia Del Cistia / Hongjuan Peng / Xinming Tang / Fujie Xie / Zixuan Wang / Oscar Vadas / Xun Suo / Yaser Hashem / Dominique Soldati-Favre / Yonggen Jia /
要旨: The phylum Apicomplexa comprises eukaryotic parasites that cause fatal diseases affecting millions of people and animals worldwide. Their mitochondrial genomes have been significantly reduced, ...The phylum Apicomplexa comprises eukaryotic parasites that cause fatal diseases affecting millions of people and animals worldwide. Their mitochondrial genomes have been significantly reduced, leaving only three protein-coding genes and highly fragmented mitoribosomal rRNAs, raising challenging questions about mitoribosome composition, assembly and structure. Our study reveals how Toxoplasma gondii assembles over 40 mt-rRNA fragments using exclusively nuclear-encoded mitoribosomal proteins and three lineage-specific families of RNA-binding proteins. Among these are four proteins from the Apetala2/Ethylene Response Factor (AP2/ERF) family, originally known as transcription factors in plants and Apicomplexa, now repurposed as essential mitoribosome components. Cryo-EM analysis of the mitoribosome structure demonstrates how these AP2 proteins function as RNA binders to maintain mitoribosome integrity. The mitoribosome is also decorated with members of lineage-specific RNA-binding proteins belonging to RAP (RNA-binding domain abundant in Apicomplexa) proteins and HPR (heptatricopeptide repeat) families, highlighting the unique adaptations of these parasites. Solving the molecular puzzle of apicomplexan mitoribosome could inform the development of therapeutic strategies targeting organellar translation.
履歴
登録2024年5月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年1月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
HA: Small ribosomal subunit protein mS29,mS29(DAP3)
HB: Ribosomal protein S9, putative
HC: uS10m
HD: Ribosomal protein S14, putative
HE: mS157
HF: DNA double-strand break repair rad50 ATPase
HG: mS149
HH: ms158
HI: mS151
HJ: 30S ribosomal protein S5, putative
HK: mS155
HL: mS159
HM: RAP domain-containing protein
HN: mS161
HO: mS152
HP: Small ribosomal subunit protein mS35 mitochondrial conserved domain-containing protein
HQ: mS141
HR: AP2 domain transcription factor AP2IX-6
HS: Acylphosphatase-like domain-containing protein
HT: mS33/mS27
bN: SSUB-SSU
hB: SSUD
hD: ulr22
hG: RNA9-SSU
hL: RNA5-SSU
hM: ulr23
hR: RNA19-SSU
hS: ulr24


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)656,68328
ポリマ－656,68328
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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Small ribosomal subunit protein ... , 2種, 2分子 HAHP

#1: タンパク質 Small ribosomal subunit protein mS29,mS29(DAP3)


分子量: 57323.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: S8GCU6
#16: タンパク質 Small ribosomal subunit protein mS35 mitochondrial conserved domain-containing protein


分子量: 27990.826 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: S8F5W4

-
Ribosomal protein ... , 2種, 2分子 HBHD

#2: タンパク質 Ribosomal protein S9, putative


分子量: 17637.400 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: S8F943
#4: タンパク質 Ribosomal protein S14, putative


分子量: 12011.157 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A125YWE1

-
タンパク質 , 15種, 15分子 HCHEHFHGHHHIHJHKHLHMHOHQHRHSHT

#3: タンパク質 uS10m


分子量: 26630.137 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: S8F4G4
#5: タンパク質 mS157


分子量: 18921.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: S8G684
#6: タンパク質 DNA double-strand break repair rad50 ATPase


分子量: 40243.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: S8ETI9
#7: タンパク質 mS149


分子量: 10301.842 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A125YMK3
#8: タンパク質 ms158


分子量: 10757.225 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: S8GU15
#9: タンパク質 mS151


分子量: 17023.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A125YQQ1
#10: タンパク質 30S ribosomal protein S5, putative


分子量: 49936.402 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: S8F5G8
#11: タンパク質 mS155


分子量: 14861.185 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: S8EW95
#12: タンパク質 mS159


分子量: 9367.294 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A125YYH5
#13: タンパク質 RAP domain-containing protein


分子量: 66455.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: S8F0U0
#15: タンパク質 mS152


分子量: 19762.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: S8GML4
#17: タンパク質 mS141


分子量: 82984.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: S8G3J1
#18: タンパク質 AP2 domain transcription factor AP2IX-6


分子量: 20114.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: S8G8E7
#19: タンパク質 Acylphosphatase-like domain-containing protein


分子量: 14236.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A125YXT1
#20: タンパク質 mS33/mS27


分子量: 46515.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A125YG13

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タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 HN

#14: タンパク質・ペプチド mS161


分子量: 3360.138 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: S8ERU3

-
RNA鎖 , 8種, 8分子 bNhBhDhGhLhMhRhS

#21: RNA鎖 SSUB-SSU


分子量: 18433.896 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: GenBank: 1867442358
#22: RNA鎖 SSUD


分子量: 18120.838 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: GenBank: 1867442364
#23: RNA鎖 ulr22


分子量: 4547.529 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#24: RNA鎖 RNA9-SSU


分子量: 21695.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: GenBank: 1867442351
#25: RNA鎖 RNA5-SSU


分子量: 10621.321 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#26: RNA鎖 ulr23


分子量: 3016.700 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#27: RNA鎖 RNA19-SSU


分子量: 8653.128 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#28: RNA鎖 ulr24


分子量: 5159.861 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)

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詳細

Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: SSU head structure sample of the mitoribosome from T. gondii.
タイプ: RIBOSOME / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 細胞内の位置: Cytoplasm / Organelle: Mitochondria
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K / 詳細: Blotting force 5, blotting time 2.5 seconds.

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TALOS ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 59000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 30 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
最高温度: 95 K / 最低温度: 90 K
撮影平均露光時間: 6 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 9524
画像スキャンサンプリングサイズ: 6.35 µm / 横: 4096 / 縦: 4096 / 動画フレーム数/画像: 40 / 利用したフレーム数/画像: 1-40

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC4.5.1粒子像選択
2SerialEM4.1画像取得
4CTFFIND4CTF補正
7ISOLDE1.7モデルフィッティング
11cryoSPARC4.5.1分類
13PHENIX1.20.1-4487モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 280177
3次元再構成解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 22169 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL
原子モデル構築Source name: Modeller / タイプ: in silico model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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