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- EMDB-50448: SSU(head) structure derived from the SSU sample of the mitoriboso... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-50448
タイトルSSU(head) structure derived from the SSU sample of the mitoribosome from T. gondii.
マップデータDeepEMhanced map of the SSU head structure derived from the monosome sample of the mitoribosome from T. gondii.
試料
  • 複合体: SSU head structure sample of the mitoribosome from T. gondii.
    • タンパク質・ペプチド: x 20種
    • RNA: x 8種
キーワードComplex / translation / rRNA / RIBOSOME
機能・相同性
機能・相同性情報


mitochondrial small ribosomal subunit / small ribosomal subunit / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Acylphosphatase-like domain / Acylphosphatase-like domain profile. / Ribosomal protein S24/S35, mitochondrial, conserved domain / Mitochondrial ribosomal subunit protein / Ribosomal protein S23/S29, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal death-associated protein 3 / Double stranded RNA-binding domain (dsRBD) profile. / Double-stranded RNA-binding domain / S5 double stranded RNA-binding domain profile. / Ribosomal protein S5, N-terminal ...Acylphosphatase-like domain / Acylphosphatase-like domain profile. / Ribosomal protein S24/S35, mitochondrial, conserved domain / Mitochondrial ribosomal subunit protein / Ribosomal protein S23/S29, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal death-associated protein 3 / Double stranded RNA-binding domain (dsRBD) profile. / Double-stranded RNA-binding domain / S5 double stranded RNA-binding domain profile. / Ribosomal protein S5, N-terminal / Ribosomal protein S5, N-terminal domain / Ribosomal protein S9, conserved site / Ribosomal protein S9 signature. / Ribosomal protein S9 / Ribosomal protein S9/S16 / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Ribosomal protein S14, putative / Acylphosphatase-like domain-containing protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / DNA double-strand break repair rad50 ATPase / Uncharacterized protein / RAP domain-containing protein ...Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Ribosomal protein S14, putative / Acylphosphatase-like domain-containing protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / DNA double-strand break repair rad50 ATPase / Uncharacterized protein / RAP domain-containing protein / Uncharacterized protein / 30S ribosomal protein S5, putative / Small ribosomal subunit protein mS35 mitochondrial conserved domain-containing protein / Ribosomal protein S9, putative / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / AP2 domain transcription factor AP2IX-6 / Small ribosomal subunit protein mS29 / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Rocha REO / Barua S / Boissier F / Nguyen TT / Hashem Y
資金援助European Union, 1件
OrganizationGrant number国
European Commission101088541European Union
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Apicomplexan mitoribosome from highly fragmented rRNAs to a functional machine.
著者: Chaoyue Wang / Sari Kassem / Rafael Eduardo Oliveira Rocha / Pei Sun / Tan-Trung Nguyen / Joachim Kloehn / Xianyong Liu / Lorenzo Brusini / Alessandro Bonavoglia / Sramona Barua / Fanny ...著者: Chaoyue Wang / Sari Kassem / Rafael Eduardo Oliveira Rocha / Pei Sun / Tan-Trung Nguyen / Joachim Kloehn / Xianyong Liu / Lorenzo Brusini / Alessandro Bonavoglia / Sramona Barua / Fanny Boissier / Mayara Lucia Del Cistia / Hongjuan Peng / Xinming Tang / Fujie Xie / Zixuan Wang / Oscar Vadas / Xun Suo / Yaser Hashem / Dominique Soldati-Favre / Yonggen Jia /
要旨: The phylum Apicomplexa comprises eukaryotic parasites that cause fatal diseases affecting millions of people and animals worldwide. Their mitochondrial genomes have been significantly reduced, ...The phylum Apicomplexa comprises eukaryotic parasites that cause fatal diseases affecting millions of people and animals worldwide. Their mitochondrial genomes have been significantly reduced, leaving only three protein-coding genes and highly fragmented mitoribosomal rRNAs, raising challenging questions about mitoribosome composition, assembly and structure. Our study reveals how Toxoplasma gondii assembles over 40 mt-rRNA fragments using exclusively nuclear-encoded mitoribosomal proteins and three lineage-specific families of RNA-binding proteins. Among these are four proteins from the Apetala2/Ethylene Response Factor (AP2/ERF) family, originally known as transcription factors in plants and Apicomplexa, now repurposed as essential mitoribosome components. Cryo-EM analysis of the mitoribosome structure demonstrates how these AP2 proteins function as RNA binders to maintain mitoribosome integrity. The mitoribosome is also decorated with members of lineage-specific RNA-binding proteins belonging to RAP (RNA-binding domain abundant in Apicomplexa) proteins and HPR (heptatricopeptide repeat) families, highlighting the unique adaptations of these parasites. Solving the molecular puzzle of apicomplexan mitoribosome could inform the development of therapeutic strategies targeting organellar translation.
履歴
登録2024年5月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年12月11日-
マップ公開2024年12月11日-
更新2025年1月1日-
現状2025年1月1日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_50448.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_50448.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 282.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈DeepEMhanced map of the SSU head structure derived from the monosome sample of the mitoribosome from T. gondii.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.51 Å/pix.
x 420 pix.
= 632.394 Å		1.51 Å/pix.
x 420 pix.
= 632.394 Å		1.51 Å/pix.
x 420 pix.
= 632.394 Å

表面

投影像

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断面 (1/2)

断面 (2/3)

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.5057 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.1
最小 - 最大-0.015722943 - 1.7242327
平均 (標準偏差)0.0003598945 (±0.010079331)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ420420420
Spacing420420420
セルA=B=C: 632.394 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_50448_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Sharpened map of the SSU head structure derived...

ファイルemd_50448_additional_1.map
注釈Sharpened map of the SSU head structure derived from the monosome sample of the mitoribosome from T. gondii.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map A of the SSU head structure...

ファイルemd_50448_half_map_1.map
注釈Half map A of the SSU head structure derived from the monosome sample of the mitoribosome from T. gondii.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map B of the SSU head structure...

ファイルemd_50448_half_map_2.map
注釈Half map B of the SSU head structure derived from the monosome sample of the mitoribosome from T. gondii.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : SSU head structure sample of the mitoribosome from T. gondii.

全体名称: SSU head structure sample of the mitoribosome from T. gondii.
要素
  • 複合体: SSU head structure sample of the mitoribosome from T. gondii.
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein mS29,mS29(DAP3)
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein S9, putative
    • タンパク質・ペプチド: uS10m
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein S14, putative
    • タンパク質・ペプチド: mS157
    • タンパク質・ペプチド: DNA double-strand break repair rad50 ATPase
    • タンパク質・ペプチド: mS149
    • タンパク質・ペプチド: ms158
    • タンパク質・ペプチド: mS151
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S5, putative
    • タンパク質・ペプチド: mS155
    • タンパク質・ペプチド: mS159
    • タンパク質・ペプチド: RAP domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: mS161
    • タンパク質・ペプチド: mS152
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein mS35 mitochondrial conserved domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: mS141
    • タンパク質・ペプチド: AP2 domain transcription factor AP2IX-6
    • タンパク質・ペプチド: Acylphosphatase-like domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: mS33/mS27
    • RNA: SSUB-SSU
    • RNA: SSUD
    • RNA: ulr22
    • RNA: RNA9-SSU
    • RNA: RNA5-SSU
    • RNA: ulr23
    • RNA: RNA19-SSU
    • RNA: ulr24

+
超分子 #1: SSU head structure sample of the mitoribosome from T. gondii.

超分子名称: SSU head structure sample of the mitoribosome from T. gondii.
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / Organelle: Mitochondria / 細胞中の位置: Cytoplasm

+
分子 #1: Small ribosomal subunit protein mS29,mS29(DAP3)

分子名称: Small ribosomal subunit protein mS29,mS29(DAP3) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
分子量理論値: 57.323969 KDa
配列文字列: VGVEDVGRFR LFDRHRLVEL LPEGLAGELS RDVEMIPSAT SPIGVMLRKA TLELQMQLEL FARVHAKSSA DTRGETPLPR KRKETRKDG ERDAREKKKD EGKDKDGGVG GRGLEEIGSR RSEDEWRERL SELRPFDARL AAVQRGFLLD GHRGVGKSCV L NYLIPWAR ...文字列:
VGVEDVGRFR LFDRHRLVEL LPEGLAGELS RDVEMIPSAT SPIGVMLRKA TLELQMQLEL FARVHAKSSA DTRGETPLPR KRKETRKDG ERDAREKKKD EGKDKDGGVG GRGLEEIGSR RSEDEWRERL SELRPFDARL AAVQRGFLLD GHRGVGKSCV L NYLIPWAR ENNWLVVYEP LPSRYAREIG DIKRSSAGVY IQSSFSQEFL ERLGRFNRRL LEELPVARRC YGQAALDGVH RL YAERSYH SLLEKALEKD LDEIREQRDE ELKRGSPHSG KDADLLDSQL REEILLARER LALWHTYRRE VSIPSMKSRL PNP ASVWEI AEFGLQNEAF ATQALYEVWE QLKKQTQLNV LIAVDEWNEC FPVSEYVSMR YEGTRFNGHI PAFHLSTPRL LSRF DDAQQ FQRGLKICAT SWRRSNRRDY RPDLLGVRQE EIRTVRNFSP LEFANFVAYY HKKKILHEFP REKLDYFYML SGGNG FQAR RLLASLYGG

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein mS29

+
分子 #2: Ribosomal protein S9, putative

分子名称: Ribosomal protein S9, putative / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
分子量理論値: 17.6374 KDa
配列文字列:
SSDSALISGA IVRAFNPERM KVFMHNGCEW LWQAEGTGTR KRAAAHVIIR RGTGQVRVNN DEDLYVRWPF YYNRMDVLQP FFLTGTAGI YDLFIHVRGG GSSGQAGAVR LAVGRALVSA CPACARLLEE DMVLYEDTRQ RMPKMPGRMK ARKMRTW

UniProtKB: Ribosomal protein S9, putative

+
分子 #3: uS10m

分子名称: uS10m / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
分子量理論値: 26.630137 KDa
配列文字列: ALSAYSLRSL IVTYNSRNRS SMNATIENLK NALRWTSPSE SSSPSSAPSS APSSAPSSSW SPPWPVPRRV GRRQWRVTYL KSPFKYKYA LRHYVFEDHR YAFAFYDVNS VQEVVSAALG AMAGETCCSC RFSWRFAGRP PVSLPTPPRL VPSSRAASLL S SRSSSEDG ...文字列:
ALSAYSLRSL IVTYNSRNRS SMNATIENLK NALRWTSPSE SSSPSSAPSS APSSAPSSSW SPPWPVPRRV GRRQWRVTYL KSPFKYKYA LRHYVFEDHR YAFAFYDVNS VQEVVSAALG AMAGETCCSC RFSWRFAGRP PVSLPTPPRL VPSSRAASLL S SRSSSEDG EVSREPVEGG EKTSGVKKAP HLATVLRGHC PTDKEFIRRA LEEEQAVERI RKKLDKKQLQ WFPGKTPWAP

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #4: Ribosomal protein S14, putative

分子名称: Ribosomal protein S14, putative / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
分子量理論値: 12.011157 KDa
配列文字列:
LNPPPIAFPS FNRRCQKDWL ARRAFAENEV NGRIYKNVYQ NLGFKGPIPI LNKVGQYRIR MRCISGGYSR GIFRFTRMAR MGMLQLARE GWLKKYGYRP GLF

UniProtKB: Ribosomal protein S14, putative

+
分子 #5: mS157

分子名称: mS157 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
分子量理論値: 18.921652 KDa
配列文字列:
ARRVGGIGRR CFLTLHCSAC SFFFQTSDAI KLILTQQHHI LRKKGETRFL SGASGDAVHL ESVGASNEAQ GNRPSSSSSP SSSGGTRDK GVSRRVVAAA ASSAASKFSL LPLADASLLL KRRGALVLRS LHGDPLVGSR RQRGEFAPQA PTAEMAKMLN K SCVPCPRC KREGRWEEG

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #6: DNA double-strand break repair rad50 ATPase

分子名称: DNA double-strand break repair rad50 ATPase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
分子量理論値: 40.243094 KDa
配列文字列: YITSANFSEP VELLSLAEDL HKAEIYTQTT EKLEKQWPAA GGVAKGIQGD QFFDVMAAAV REDLQDQSRP VLVNELTDHE NPYCMKREA LRRLVLHACT RNCLDETLTD TLLDRRADLQ RLRSKARLPP EVLEPLAAFV GITRFSFDRR ARLNQKVTAV Q HALRQISL ...文字列:
YITSANFSEP VELLSLAEDL HKAEIYTQTT EKLEKQWPAA GGVAKGIQGD QFFDVMAAAV REDLQDQSRP VLVNELTDHE NPYCMKREA LRRLVLHACT RNCLDETLTD TLLDRRADLQ RLRSKARLPP EVLEPLAAFV GITRFSFDRR ARLNQKVTAV Q HALRQISL DGVNTAELAE GQDEPTMDAE KVEAVLSVLP ENFPSDALHP HHPFRNHFGF ESSVPYGVVG SISMGKGRKK IE KELARLR YPTLQRVAHS LPKDLKYRES VAHAIRVLER SRGWDFESKV KAVNALVEVW NRLAPGRTYE KILNHAFPVF RGR GMVKKT RSRAAVFNKG LKYIRSLTTQ KPLHARLQ

UniProtKB: DNA double-strand break repair rad50 ATPase

+
分子 #7: mS149

分子名称: mS149 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
分子量理論値: 10.301842 KDa
配列文字列:
PAERLHSLFA RADVLAHLLH SRLALPLLYP LNSGGALTNP LNSAASPDSP AALNSIATSR WKREEVMSAL ATVTPLVLAA TSVSRFLKT AHALSYFA

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #8: ms158

分子名称: ms158 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
分子量理論値: 10.757225 KDa
配列文字列:
PEAPQPPAGL HWSWWELYVK GVNPEYPPRQ RMFAFLTAQG VDVLEMEIRE IEDVTRWLEM SNVYGEKFPR FPYDVTFQDK IEALKEKYP L

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #9: mS151

分子名称: mS151 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
分子量理論値: 17.023863 KDa
配列文字列:
AFRYRREGQF TKFRVHFDRS GFRPYIDELK WEIMDWHYKR AMGPQMKKTL MSYQEGSEKL QYMHDLIALG TAKAKFPHAT KRFFFVPAL PVTIPYRRSS NPFCLLSANK TGWLQWSPKQ RVPFPQPLGK RKVGGTDPQP PVFPK

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #10: 30S ribosomal protein S5, putative

分子名称: 30S ribosomal protein S5, putative / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
分子量理論値: 49.936402 KDa
配列文字列: LQELESFVGS ALRTYRLLRP HALPFYKEDS LLSMQSKLNE ATLKHSPLVH DLVELKKRNL SVPSDLLPPD FNALQFSLPV VSARGFLLA LSAAANSVAE DLEFLCRRLS VPNLPHPTHP FRLKLLLDAL FESFKLRKDP HYAHDWAQRN WPRLQAAMPE P LSELSADS ...文字列:
LQELESFVGS ALRTYRLLRP HALPFYKEDS LLSMQSKLNE ATLKHSPLVH DLVELKKRNL SVPSDLLPPD FNALQFSLPV VSARGFLLA LSAAANSVAE DLEFLCRRLS VPNLPHPTHP FRLKLLLDAL FESFKLRKDP HYAHDWAQRN WPRLQAAMPE P LSELSADS VGLWLKAHLE RVIENQRGRH ADGRGRLLAQ KFPLKSDEED LYSLADDFIF DHEIVDEQFC DERLSQFPID KA GELFRRV ADFFGLTKGP QPAVNDAVVA QFQNLVYTLD EIGLSNWMKM DTREIEEFLP EGDPPSFAAS QQDLDAARLL LKA AARGKA NLLDFEALDP YKLLHGFDFK TVQEELATLP PNPFLTDADI DELFDITTAA VSMNQSEVAP SASLRNFKAK FGRT PLEAL LDSEEKFLTS AGPVDWLKDE DENGEAFVSW RWKRPA

UniProtKB: 30S ribosomal protein S5, putative

+
分子 #11: mS155

分子名称: mS155 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
分子量理論値: 14.861185 KDa
配列文字列:
EEDDSVYRQF ACMRRVREEP RLRTALESFK VASKNATKTR GRAWSVYEGW PPRSRVRVGD EYSKVGPLQR RAFVFNRVDG TGRRREPTL AFCCGNKPVL LLSEAEFEAL VKKLPWIKHE MAEFKKLL

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #12: mS159

分子名称: mS159 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
分子量理論値: 9.367294 KDa
配列文字列:
RQAKKQTKLA AKNARKMKES KGLLLEGKKT ALCMNLMQNT GIAWYRSLQV CKHLEMHRRA PVPRVTAGFR EKVTQAVAVV KLG

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #13: RAP domain-containing protein

分子名称: RAP domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
分子量理論値: 66.455188 KDa
配列文字列: FSSLRLSQKD ARGSGYLPAQ RFLSLLKASP EEYRSLLREA TQAKIVDPAF LRVASQRFFA LSDRFYPPEI LDILSDFASF PYSDEALLA AVAGRLEDQL VEPSPKRLAA LLSLSARLGL CHPSIRDPLT KHIEEKMYAF DAALLDSLCR TVGSLLSPRL P LLDGLATQ ...文字列:
FSSLRLSQKD ARGSGYLPAQ RFLSLLKASP EEYRSLLREA TQAKIVDPAF LRVASQRFFA LSDRFYPPEI LDILSDFASF PYSDEALLA AVAGRLEDQL VEPSPKRLAA LLSLSARLGL CHPSIRDPLT KHIEEKMYAF DAALLDSLCR TVGSLLSPRL P LLDGLATQ AQLLASDLRA GEQSLETGDE VAQRRYIALL FRCLEGLSRQ RYSQSALVDA CVACAEQHGQ AFPLHDTLRA VA AARRLDL AGIEEPLRRS DMADKVNRAT DRGDQLLALL RHLDLLRLRD SQLLQKVSEA VELHSQKAAF LATQLPEALL HLT RLAPAD LRLPVALLSQ PSLLAMAPRL SAAQLQQLLS ASALVLFQHI QRREGGQGGD PLIAREAEAL AKTVERFLDL LKPQ FLSLN LRDRRALKEA ASLFLVEAKG AAKSSAASPQ FALAPKTVDF CCFLEEADVA PPLPLAPSGG VDFQSVGLVE ACSRL VLCA DARFSETRNS ARGASEGDTK KGDSEKTSLP QTAGRDMEAA AKQRALLFVS PRDAFADARR SRGETVSKSS KAKERE ETT TCKLGGVSTD LPVSITPQAA SSLLLTQLAL IRRGILRHEI QTCIPPP

UniProtKB: RAP domain-containing protein

+
分子 #14: mS161

分子名称: mS161 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
分子量理論値: 3.360138 KDa
配列文字列:
CMNKKNRLAL RKRRRRMGER VSLRYR

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #15: mS152

分子名称: mS152 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
分子量理論値: 19.762867 KDa
配列文字列:
TRGFRWDLCQ RGRRRWVHIN YPPRNRSTVQ MLDESHEKLV FVCNGYIDRL DPRLLPERLR KRLERNRKAA LTRFDGKLPW GQAVESAIK RIHTPCLAFA QAHSHHLLEA FSMAEVLEIE KLIPEIREAF KASKAKLAEQ EAQDKFTRHV SVDLVDLKED P VSFPFTLK

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #16: Small ribosomal subunit protein mS35 mitochondrial conserved doma...

分子名称: Small ribosomal subunit protein mS35 mitochondrial conserved domain-containing protein
タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
分子量理論値: 27.990826 KDa
配列文字列: KKKRGKKEKV ILNAEQVATK TRLPPIRLED RITPEPPATV ARNIRSQISR AVAGWKTKRM FTYRNKYRLR RLVGMTHDID SDDEFAQAN ARTRETNAST SKVSSSGCST EKAEGVNGST MGRRNRPSFA GRTFVTPLTK LQHQAALPRS PLHARFDFPH T VHYDVFWG ...文字列:
KKKRGKKEKV ILNAEQVATK TRLPPIRLED RITPEPPATV ARNIRSQISR AVAGWKTKRM FTYRNKYRLR RLVGMTHDID SDDEFAQAN ARTRETNAST SKVSSSGCST EKAEGVNGST MGRRNRPSFA GRTFVTPLTK LQHQAALPRS PLHARFDFPH T VHYDVFWG PPQVEEEPNK SGCWVSFRVA DLKLSDSQEQ RLLDILGPER YDEQTGVVCL EADVFPQLNH NAAYLGDILQ QL MREVKK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein mS35 mitochondrial conserved domain-containing protein

+
分子 #17: mS141

分子名称: mS141 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
分子量理論値: 82.984148 KDa
配列文字列: LLDTGEIVPG AFASVKKVGD FPLLPLSLLL SRLKERRQEL LRDWQVHAVR QAAVREPLAE ATRENDGGAG PRAVEAFARE EERIQRKIK ILELLACGGL EENASSQGAI GDAKRIAFLA HADAVNLLLL LAAEAETLAR PGEREETEGK EGSSAVGEIS K QEERQLWR ...文字列:
LLDTGEIVPG AFASVKKVGD FPLLPLSLLL SRLKERRQEL LRDWQVHAVR QAAVREPLAE ATRENDGGAG PRAVEAFARE EERIQRKIK ILELLACGGL EENASSQGAI GDAKRIAFLA HADAVNLLLL LAAEAETLAR PGEREETEGK EGSSAVGEIS K QEERQLWR LKCEGNEEKW NLCISRLKEL ALDHEDSFLV FYAMCSTNRF DAVLLPALLE RLEASFFSSQ ALSKPLFHPI FE VWDPPCE SFAALINVLP LSAKAVVVTA DRRSERERRE NEGWLAPPEA PPLVLPNWQT MHPVDMEAWE KKQRRVVRTR HVK AKIIRQ ADGRKLAATM ALHGRQAIHR DAAVSSLVSV AAMCASNSQR ALRGELLPET LNLLAAELLG RSADALSPHL LSLS FLLSQ SSVSLTERLF LHLEAVLRGW LEENGFVEKK QTENVDGESK ELCTETASEK RRKASEEQLR NLPPGLNVFG LVQSS PSSS DALLASGERS ETSKSADTES ALWESRVLAA LLSSFLRVDD YRPSLDFVLL LSDALRNSLR RTAVLSSASE SSAPLA IHE KDVLSLKETG ALLSSFATSG YAVPPSLMAC LVEHFLYDVD LFLTSSPLSP FASSPSSSSS SAEEAEQLSQ SFFCSSR GR ATPGDCATLL HSLASPSPLS SERLAAADKA GEQKTANLEK LRFEAMTQAW RLVAPVLHLL QPPCKLLILN SLQTAHAP P DVSSTAFFQR SLETFLRDNP DVDSSLLGSL FGTQGR

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #18: AP2 domain transcription factor AP2IX-6

分子名称: AP2 domain transcription factor AP2IX-6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
分子量理論値: 20.114152 KDa
配列文字列:
RQEFFWPEKA RRTRVPLYQN SRPNLVYDQR FRRFMCMWYA NGVQVFRPFS CRGRRGGRGK EGLPDGLGIG RGSGTWERAR AKAVVLLKQ LQRQGHLDRL AKPDVTRSGV RGVYFDTEEK LWVATWNEHG LRRFKAFPTM EMGFDAAYQA AVAVRRQKLR E NYIFSMQR NR

UniProtKB: AP2 domain transcription factor AP2IX-6

+
分子 #19: Acylphosphatase-like domain-containing protein

分子名称: Acylphosphatase-like domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
分子量理論値: 14.236105 KDa
配列文字列:
TAPRVVRDRD ETNFHEMLGK FRFDLQGSFK ENGDMLRDSL LQVGRDLFLV GWVKCRSRFA TGHIQGDVHA LSYMRRYLEK HVDESVSSV RFYEENFGMP LLEYERLSAV NDFRAPGKKQ QH

UniProtKB: Acylphosphatase-like domain-containing protein

+
分子 #20: mS33/mS27

分子名称: mS33/mS27 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
分子量理論値: 46.515633 KDa
配列文字列: MRRLASPSLR RLQEGQTPHS MRKSAVADAR KKIFGYACGM PGEEQWVRPL QGRQMMKWYW PSKYMLQDVQ MAQYFQMQAM RFAPRPAHV SLTTLSATME QCWKKRDAVR AFFQSIDEKV LRENPTLQDL YGLYRTLCPD DPLRTPVDPA LWRDPGFTWQ H TADQRIVS ...文字列:
MRRLASPSLR RLQEGQTPHS MRKSAVADAR KKIFGYACGM PGEEQWVRPL QGRQMMKWYW PSKYMLQDVQ MAQYFQMQAM RFAPRPAHV SLTTLSATME QCWKKRDAVR AFFQSIDEKV LRENPTLQDL YGLYRTLCPD DPLRTPVDPA LWRDPGFTWQ H TADQRIVS SSTNREQQGD PSEPAMATRR VAQEQATDKR HISPANINDD VAALLFSRTE QSGAIRNVCA ASPYLHGGKN NR SRDRFHN GAREANSSEE DSLEQPKSLI LDTESRGTAL SRSRTQECLL ALSALAETGL GQSASELIQQ PVVLRVDIGL GDR EPVQDT TAFRKKQEQS RRTLQAALDH DERLARYHGA KHRFFDPLFR RRRLSFLDRF ARERIKGEKA RQLGAQLYVK HPDQ KPVWP

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #21: SSUB-SSU

分子名称: SSUB-SSU / タイプ: rna / ID: 21 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
分子量理論値: 18.433896 KDa
配列文字列:
UAGACUAGCG UUGGAGCACA UUGUUUCAUU CGAUAGUCCA CGCUCAAUCU UACCAUAC

GENBANK: GENBANK: MN077097.1

+
分子 #22: SSUD

分子名称: SSUD / タイプ: rna / ID: 22 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
分子量理論値: 18.120838 KDa
配列文字列:
GGAAGCUGGA AGACGGAAUC GUUAUUAAGC GCCAGGUAGU CCUGGACACU GAAUCC

GENBANK: GENBANK: MN077099.1

+
分子 #23: ulr22

分子名称: ulr22 / タイプ: rna / ID: 23 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
分子量理論値: 4.547529 KDa
配列文字列:
UUUUUUUUUU UUUUU

+
分子 #24: RNA9-SSU

分子名称: RNA9-SSU / タイプ: rna / ID: 24 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
分子量理論値: 21.695828 KDa
配列文字列:
UUCACCUAGC CAACACGAUC CGGUUGUUUG GGAACAAUUC CCUUCUAGAA GGGUAAUCUA UGUGCUAC

GENBANK: GENBANK: MN077095.1

+
分子 #25: RNA5-SSU

分子名称: RNA5-SSU / タイプ: rna / ID: 25 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
分子量理論値: 10.621321 KDa
配列文字列:
CGUAGCUGUA GAUGAAUGCU AAUUAUAGAG UAU

+
分子 #26: ulr23

分子名称: ulr23 / タイプ: rna / ID: 26 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
分子量理論値: 3.0167 KDa
配列文字列:
UUUUUUUUUU

+
分子 #27: RNA19-SSU

分子名称: RNA19-SSU / タイプ: rna / ID: 27 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
分子量理論値: 8.653128 KDa
配列文字列:
UAUUGUGUUA GCAUGGUUUC GAGAACA

+
分子 #28: ulr24

分子名称: ulr24 / タイプ: rna / ID: 28 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
分子量理論値: 5.159861 KDa
配列文字列:
UUUUUUUUUU UUUUUUU

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 2
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: Blotting force 5, blotting time 2.5 seconds..

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
温度最低: 90.0 K / 最高: 95.0 K
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-40 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 9524 / 平均露光時間: 6.0 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 30.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 59000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 280177
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成使用したクラス数: 1 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 22169
初期 角度割当タイプ: COMMON LINE
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 3次元分類クラス数: 4 / 平均メンバー数/クラス: 70000 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5.1)

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: Modeller / Chain - Initial model type: in silico model
精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-9fi8:
SSU(head) structure derived from the SSU sample of the mitoribosome from T. gondii.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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