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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-50493
タイトルLSU structure derived from the monosome sample of the mitoribosome from T. gondii.
マップデータDeepEMhanced map of the LSU structure derived from the monosome sample of the mitoribosome from T. gondii.
試料
  • 複合体: LSU structure derived from the LSU sample of the mitoribosome from T. gondii.
キーワードComplex / translation / rRNA / RIBOSOME
生物種Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.11 Å
データ登録者Rocha REO / Barua S / Boissier F / Nguyen TT / Hashem Y
資金援助European Union, 1件
OrganizationGrant number国
European Commission101088541European Union
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Apicomplexan mitoribosome from highly fragmented rRNAs to a functional machine.
著者: Chaoyue Wang / Sari Kassem / Rafael Eduardo Oliveira Rocha / Pei Sun / Tan-Trung Nguyen / Joachim Kloehn / Xianyong Liu / Lorenzo Brusini / Alessandro Bonavoglia / Sramona Barua / Fanny ...著者: Chaoyue Wang / Sari Kassem / Rafael Eduardo Oliveira Rocha / Pei Sun / Tan-Trung Nguyen / Joachim Kloehn / Xianyong Liu / Lorenzo Brusini / Alessandro Bonavoglia / Sramona Barua / Fanny Boissier / Mayara Lucia Del Cistia / Hongjuan Peng / Xinming Tang / Fujie Xie / Zixuan Wang / Oscar Vadas / Xun Suo / Yaser Hashem / Dominique Soldati-Favre / Yonggen Jia /
要旨: The phylum Apicomplexa comprises eukaryotic parasites that cause fatal diseases affecting millions of people and animals worldwide. Their mitochondrial genomes have been significantly reduced, ...The phylum Apicomplexa comprises eukaryotic parasites that cause fatal diseases affecting millions of people and animals worldwide. Their mitochondrial genomes have been significantly reduced, leaving only three protein-coding genes and highly fragmented mitoribosomal rRNAs, raising challenging questions about mitoribosome composition, assembly and structure. Our study reveals how Toxoplasma gondii assembles over 40 mt-rRNA fragments using exclusively nuclear-encoded mitoribosomal proteins and three lineage-specific families of RNA-binding proteins. Among these are four proteins from the Apetala2/Ethylene Response Factor (AP2/ERF) family, originally known as transcription factors in plants and Apicomplexa, now repurposed as essential mitoribosome components. Cryo-EM analysis of the mitoribosome structure demonstrates how these AP2 proteins function as RNA binders to maintain mitoribosome integrity. The mitoribosome is also decorated with members of lineage-specific RNA-binding proteins belonging to RAP (RNA-binding domain abundant in Apicomplexa) proteins and HPR (heptatricopeptide repeat) families, highlighting the unique adaptations of these parasites. Solving the molecular puzzle of apicomplexan mitoribosome could inform the development of therapeutic strategies targeting organellar translation.
履歴
登録2024年5月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年12月11日-
マップ公開2024年12月11日-
更新2025年1月22日-
現状2025年1月22日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_50493.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_50493.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 282.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈DeepEMhanced map of the LSU structure derived from the monosome sample of the mitoribosome from T. gondii.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.51 Å/pix.
x 420 pix.
= 632.394 Å		1.51 Å/pix.
x 420 pix.
= 632.394 Å		1.51 Å/pix.
x 420 pix.
= 632.394 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.5057 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.125
最小 - 最大-0.039153017 - 2.3172276
平均 (標準偏差)0.0015733518 (±0.02791459)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ420420420
Spacing420420420
セルA=B=C: 632.394 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_50493_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Sharpened map of the LSU structure derived from...

ファイルemd_50493_additional_1.map
注釈Sharpened map of the LSU structure derived from the monosome sample of the mitoribosome from T. gondii.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map A of the LSU structure derived...

ファイルemd_50493_half_map_1.map
注釈Half map A of the LSU structure derived from the monosome sample of the mitoribosome from T. gondii.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map B of the LSU structure derived...

ファイルemd_50493_half_map_2.map
注釈Half map B of the LSU structure derived from the monosome sample of the mitoribosome from T. gondii.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : LSU structure derived from the LSU sample of the mitoribosome fro...

全体名称: LSU structure derived from the LSU sample of the mitoribosome from T. gondii.
要素
  • 複合体: LSU structure derived from the LSU sample of the mitoribosome from T. gondii.

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超分子 #1: LSU structure derived from the LSU sample of the mitoribosome fro...

超分子名称: LSU structure derived from the LSU sample of the mitoribosome from T. gondii.
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#11, #13-#22, #24-#25, #27
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / Organelle: Mitochondria / 細胞中の位置: Cytoplasm
分子量理論値: 4 MDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 2 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 25 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 2.6e-05 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: Blotting force 5, blotting time 2.5 seconds..

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
温度最低: 90.0 K / 最高: 95.0 K
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-40 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 9524 / 平均露光時間: 6.0 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 30.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 59000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 211474
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成使用したクラス数: 1 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.11 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 211474
初期 角度割当タイプ: COMMON LINE
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 3次元分類クラス数: 4 / 平均メンバー数/クラス: 70000 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5.1) / ソフトウェア - 詳細: Heterogeneous refinement
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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