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- PDB-9g6k: LSU structure derived from the LSU sample of the mitoribosome fro... -

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登録情報
データベース: PDB / ID: 9g6k
タイトルLSU structure derived from the LSU sample of the mitoribosome from T. gondii.
要素
  • (AP2 domain transcription factor ...) x 2
  • (Large ribosomal subunit protein ...) x 10
  • (Putative 50S ribosomal protein ...) x 5
  • (Putative ribosomal protein ...) x 2
  • (RAP domain-containing ...) x 8
  • (Ribosomal protein ...) x 4
  • (Transmembrane ...) x 2
  • AMP-dependent synthetase/ligase domain-containing protein
  • BIR protein
  • DUF6832 domain-containing protein
  • FAS1 domain-containing protein
  • HECT-domain (Ubiquitin-transferase) domain-containing protein
  • LSU ribosomal protein L2P, putative
  • LSUA
  • LSUB
  • LSUC
  • LSUD/E
  • LSUF/G
  • Macro domain-containing protein
  • Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
  • Putative 60S ribosomal protein L27
  • RNA1
  • RNA10
  • RNA11
  • RNA13
  • RNA14
  • RNA15
  • RNA16
  • RNA2
  • RNA23t
  • RNA29
  • RNA3
  • RNA31
  • RNA32
  • RNA35
  • RNA36
  • RNA37
  • RNA38
  • RNA6
  • RNA7
  • RRM domain-containing protein
  • Ribosomal L22p/L17e protein
  • Ribosomal l25 family protein
  • SSUF
  • bL19m
  • bL27m
  • bL32m
  • bL35m
  • bL36m
  • mL148
  • mL162
  • mL164
  • mL172
  • mL173
  • mL174
  • mL175
  • mL176
  • mL177
  • mL178
  • mL179
  • mL180
  • mL181
  • mL182
  • mL183
  • mL184
  • mL185
  • mL40
  • mL53
  • uL14m
  • uL1m
  • ulr1
  • ulr2
  • ulr3
  • ulr4
  • ulr5
  • ulr6
  • ulr7,ulr8
  • ulr9
キーワードRIBOSOME / Complex / translation / rRNA
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of mitochondrial mRNA stability / ribonucleoprotein granule / mitochondrial RNA processing / mitochondrial large ribosomal subunit / mitochondrial translation / cyclosporin A binding / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / ubiquitin-protein transferase activity / protein folding ...regulation of mitochondrial mRNA stability / ribonucleoprotein granule / mitochondrial RNA processing / mitochondrial large ribosomal subunit / mitochondrial translation / cyclosporin A binding / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / ubiquitin-protein transferase activity / protein folding / large ribosomal subunit / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / negative regulation of translation / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / mitochondrial matrix / DNA-binding transcription factor activity / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / DNA binding / RNA binding / nucleus / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
HECTD4 / : / : / : / Domain of unknown function (DUF6831) / Domain of unknown function (DUF6832) / Apicomplexa microprotein / Apicomplexa microprotein / RAP domain / RAP domain ...HECTD4 / : / : / : / Domain of unknown function (DUF6831) / Domain of unknown function (DUF6832) / Apicomplexa microprotein / Apicomplexa microprotein / RAP domain / RAP domain / RAP domain profile. / RAP / AP2 domain / AP2/ERF domain / : / FAS1 domain / FAS1 domain superfamily / FAS1/BIgH3 domain profile. / Ribosomal protein L37, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal protein L37 / Ribosomal protein L49/IMG2 / Mitochondrial large subunit ribosomal protein (Img2) / Ribosomal protein L27/L41, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal protein L27 / 39S ribosomal protein L46, mitochondrial / 39S ribosomal protein L43/54S ribosomal protein L51 / Ribosomal protein L47, mitochondrial / MRP-L47 superfamily, mitochondrial / Mitochondrial 39-S ribosomal protein L47 (MRP-L47) / HECT domain / HECT, E3 ligase catalytic domain / HECT-domain (ubiquitin-transferase) / HECT domain profile. / Domain Homologous to E6-AP Carboxyl Terminus with / ANL, N-terminal domain / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, conserved site / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase signature. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / Cyclophilin type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase/CLD / Cyclophilin-like domain superfamily / Ribosomal protein/NADH dehydrogenase domain / Mitochondrial ribosomal protein L51 / S25 / CI-B8 domain / Ribosomal protein L11, N-terminal / Ribosomal protein L11, N-terminal domain / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, C-terminal / Ribosomal protein L11, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, RNA binding domain / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / RNA-binding domain superfamily / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 superfamily / Ribosomal protein L16 / Ribosomal protein L28/L24 / L28p-like / Ribosomal protein L27 / Ribosomal L27 protein / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20, C-terminal / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein L17 superfamily / Ribosomal protein L17 / Ribosomal proteins 50S L24/mitochondrial 39S L24 / Ribosomal protein L21-like / L21-like superfamily / Ribosomal prokaryotic L21 protein / Ribosomal protein L24 / Ribosomal protein L3, bacterial/organelle-type / Ribosomal protein L15, bacterial-type / 50S ribosomal protein uL4 / Ribosomal protein L13, bacterial-type / : / Ribosomal protein L10e/L16 / Ribosomal protein L10e/L16 superfamily / Ribosomal protein L16p/L10e / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Ribosomal protein L2, domain 3 / Ribosomal Proteins L2, C-terminal domain / Ribosomal protein L2, C-terminal / Ribosomal Proteins L2, C-terminal domain / Ribosomal Proteins L2, RNA binding domain / Ribosomal Proteins L2, RNA binding N-terminal domain / Ribosomal Proteins L2, RNA binding domain / Ribosomal protein L2 / KOW (Kyprides, Ouzounis, Woese) motif.
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Large ribosomal subunit protein uL24c / Ribosomal protein L11, putative / Uncharacterized protein / Ribosomal protein RPL22 / Large ribosomal subunit protein mL49 ...RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Large ribosomal subunit protein uL24c / Ribosomal protein L11, putative / Uncharacterized protein / Ribosomal protein RPL22 / Large ribosomal subunit protein mL49 / Uncharacterized protein / Putative 50S ribosomal protein L33 / Uncharacterized protein / Large ribosomal subunit protein uL24c / Putative 60S ribosomal protein L27 / Uncharacterized protein / Large ribosomal subunit protein uL4m / BIR protein / Putative 50S ribosomal protein L13 / Putative ribosomal protein L28 / Large ribosomal subunit protein uL29m / Uncharacterized protein / AP2 domain transcription factor AP2VIIb-2 / Large ribosomal subunit protein uL23m / Large ribosomal subunit protein uL3m / RAP domain-containing protein / Ribosomal L22p/L17e protein / Transmembrane protein / Large ribosomal subunit protein bL21m / Putative 50S ribosomal protein L16 / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Transmembrane protein / DUF6832 domain-containing protein / Large ribosomal subunit protein mL43 / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / AP2 domain transcription factor AP2IV-1 / Uncharacterized protein / Putative 50S ribosomal protein L17 / Uncharacterized protein / Putative ribosomal protein L20 / Uncharacterized protein / RAP domain-containing protein / Ribosomal l25 family protein / Uncharacterized protein / RAP domain-containing protein / Ribosomal protein L46 / Large ribosomal subunit protein mL54 / RAP domain-containing protein / Large ribosomal subunit protein uL2m / RRM domain-containing protein / FAS1 domain-containing protein / AMP-dependent synthetase/ligase domain-containing protein / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / RAP domain-containing protein / Uncharacterized protein / Ribosomal protein L9, N-terminal domain-containing protein / RAP domain-containing protein / Macro domain-containing protein / RAP domain-containing protein / Ribosomal protein L15, putative / HECT-domain (Ubiquitin-transferase) domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.89 Å
データ登録者Rocha, R.E.O. / Barua, S. / Boissier, F. / Nguyen, T.T. / Hashem, Y.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
European Commission101088541European Union
引用
ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Apicomplexan mitoribosome from highly fragmented rRNAs to a functional machine.
著者: Chaoyue Wang / Sari Kassem / Rafael Eduardo Oliveira Rocha / Pei Sun / Tan-Trung Nguyen / Joachim Kloehn / Xianyong Liu / Lorenzo Brusini / Alessandro Bonavoglia / Sramona Barua / Fanny ...著者: Chaoyue Wang / Sari Kassem / Rafael Eduardo Oliveira Rocha / Pei Sun / Tan-Trung Nguyen / Joachim Kloehn / Xianyong Liu / Lorenzo Brusini / Alessandro Bonavoglia / Sramona Barua / Fanny Boissier / Mayara Lucia Del Cistia / Hongjuan Peng / Xinming Tang / Fujie Xie / Zixuan Wang / Oscar Vadas / Xun Suo / Yaser Hashem / Dominique Soldati-Favre / Yonggen Jia /
要旨: The phylum Apicomplexa comprises eukaryotic parasites that cause fatal diseases affecting millions of people and animals worldwide. Their mitochondrial genomes have been significantly reduced, ...The phylum Apicomplexa comprises eukaryotic parasites that cause fatal diseases affecting millions of people and animals worldwide. Their mitochondrial genomes have been significantly reduced, leaving only three protein-coding genes and highly fragmented mitoribosomal rRNAs, raising challenging questions about mitoribosome composition, assembly and structure. Our study reveals how Toxoplasma gondii assembles over 40 mt-rRNA fragments using exclusively nuclear-encoded mitoribosomal proteins and three lineage-specific families of RNA-binding proteins. Among these are four proteins from the Apetala2/Ethylene Response Factor (AP2/ERF) family, originally known as transcription factors in plants and Apicomplexa, now repurposed as essential mitoribosome components. Cryo-EM analysis of the mitoribosome structure demonstrates how these AP2 proteins function as RNA binders to maintain mitoribosome integrity. The mitoribosome is also decorated with members of lineage-specific RNA-binding proteins belonging to RAP (RNA-binding domain abundant in Apicomplexa) proteins and HPR (heptatricopeptide repeat) families, highlighting the unique adaptations of these parasites. Solving the molecular puzzle of apicomplexan mitoribosome could inform the development of therapeutic strategies targeting organellar translation.
#1: ジャーナル: Protein Sci / 年: 2018
タイトル: UCSF ChimeraX: Meeting modern challenges in visualization and analysis.
著者: Thomas D Goddard / Conrad C Huang / Elaine C Meng / Eric F Pettersen / Gregory S Couch / John H Morris / Thomas E Ferrin /
要旨: UCSF ChimeraX is next-generation software for the visualization and analysis of molecular structures, density maps, 3D microscopy, and associated data. It addresses challenges in the size, scope, and ...UCSF ChimeraX is next-generation software for the visualization and analysis of molecular structures, density maps, 3D microscopy, and associated data. It addresses challenges in the size, scope, and disparate types of data attendant with cutting-edge experimental methods, while providing advanced options for high-quality rendering (interactive ambient occlusion, reliable molecular surface calculations, etc.) and professional approaches to software design and distribution. This article highlights some specific advances in the areas of visualization and usability, performance, and extensibility. ChimeraX is free for noncommercial use and is available from http://www.rbvi.ucsf.edu/chimerax/ for Windows, Mac, and Linux.
#2: ジャーナル: Protein Sci / 年: 2021
タイトル: UCSF ChimeraX: Structure visualization for researchers, educators, and developers.
著者: Eric F Pettersen / Thomas D Goddard / Conrad C Huang / Elaine C Meng / Gregory S Couch / Tristan I Croll / John H Morris / Thomas E Ferrin /
要旨: UCSF ChimeraX is the next-generation interactive visualization program from the Resource for Biocomputing, Visualization, and Informatics (RBVI), following UCSF Chimera. ChimeraX brings (a) ...UCSF ChimeraX is the next-generation interactive visualization program from the Resource for Biocomputing, Visualization, and Informatics (RBVI), following UCSF Chimera. ChimeraX brings (a) significant performance and graphics enhancements; (b) new implementations of Chimera's most highly used tools, many with further improvements; (c) several entirely new analysis features; (d) support for new areas such as virtual reality, light-sheet microscopy, and medical imaging data; (e) major ease-of-use advances, including toolbars with icons to perform actions with a single click, basic "undo" capabilities, and more logical and consistent commands; and (f) an app store for researchers to contribute new tools. ChimeraX includes full user documentation and is free for noncommercial use, with downloads available for Windows, Linux, and macOS from https://www.rbvi.ucsf.edu/chimerax.
#3: ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2018
タイトル: ISOLDE: a physically realistic environment for model building into low-resolution electron-density maps.
著者: Tristan Ian Croll /
要旨: This paper introduces ISOLDE, a new software package designed to provide an intuitive environment for high-fidelity interactive remodelling/refinement of macromolecular models into electron-density ...This paper introduces ISOLDE, a new software package designed to provide an intuitive environment for high-fidelity interactive remodelling/refinement of macromolecular models into electron-density maps. ISOLDE combines interactive molecular-dynamics flexible fitting with modern molecular-graphics visualization and established structural biology libraries to provide an immersive interface wherein the model constantly acts to maintain physically realistic conformations as the user interacts with it by directly tugging atoms with a mouse or haptic interface or applying/removing restraints. In addition, common validation tasks are accelerated and visualized in real time. Using the recently described 3.8 Å resolution cryo-EM structure of the eukaryotic minichromosome maintenance (MCM) helicase complex as a case study, it is demonstrated how ISOLDE can be used alongside other modern refinement tools to avoid common pitfalls of low-resolution modelling and improve the quality of the final model. A detailed analysis of changes between the initial and final model provides a somewhat sobering insight into the dangers of relying on a small number of validation metrics to judge the quality of a low-resolution model.
履歴
登録2024年7月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年1月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L0: RRM domain-containing protein
L1: Large ribosomal subunit protein mL54
L2: mL162
L3: Ribosomal l25 family protein
L4: RAP domain-containing protein
L5: mL183
L6: uL1m
L7: uL14m
L8: Putative 50S ribosomal protein L17
L9: DUF6832 domain-containing protein
LA: Putative 50S ribosomal protein L13
LB: Putative ribosomal protein L20
LC: Macro domain-containing protein
LD: Ribosomal protein L46
LE: FAS1 domain-containing protein
LF: bL36m
LG: Ribosomal protein RPL22
LH: Ribosomal protein L9, N-terminal domain-containing protein
LI: Putative 60S ribosomal protein L27
LJ: RAP domain-containing protein
LK: BIR protein
LL: AMP-dependent synthetase/ligase domain-containing protein
LM: Large ribosomal subunit protein uL11m
LN: bL35m
LO: LSU ribosomal protein L2P, putative
LP: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
LQ: mL175
LR: mL172
LS: Large ribosomal subunit protein uL24c
LT: Putative 50S ribosomal protein L33
LU: Large ribosomal subunit protein mL49
LV: mL148
LW: Putative 50S ribosomal protein L3
LX: mL176
LY: Ribosomal L22p/L17e protein
LZ: mL174
La: Large ribosomal subunit protein uL23m
Lb: RAP domain-containing protein
Lc: RAP domain-containing protein
Ld: RAP domain-containing protein
Le: RAP domain-containing protein
Lf: HECT-domain (Ubiquitin-transferase) domain-containing protein
Lg: Large ribosomal subunit protein uL29m
Lh: Large ribosomal subunit protein uL4m
Li: RAP domain-containing protein
Lj: mL177
Lk: AP2 domain transcription factor AP2VIIb-2
Ll: Large ribosomal subunit protein mL43
Lm: Large ribosomal subunit protein uL24c
Ln: mL185
Lo: Transmembrane protein
Lp: bL19m
Lq: RAP domain-containing protein
Lr: Putative ribosomal protein L28
Ls: Ribosomal protein L15, putative
Lt: mL40
Lu: mL164
Lv: mL180
Lw: Putative 50S ribosomal protein L16
Lx: mL173
Ly: Large ribosomal subunit protein bL21m
Lz: mL182
UA: mL178
UB: bL27m
UC: mL179
UD: Transmembrane protein
UE: mL53
UF: bL32m
UG: AP2 domain transcription factor AP2IV-1
UH: mL181
UI: mL184
l0: RNA23t
l1: RNA29
l2: LSUB
l3: RNA6
l4: RNA1
l5: RNA31
l6: RNA14
l7: RNA11
l8: RNA36
l9: RNA3
lA: RNA2
lB: RNA38
lC: RNA35
lD: RNA32
lE: RNA15
lF: RNA10
lG: LSUC
lH: RNA16
lI: RNA13
lJ: LSUD/E
lK: SSUF
lL: RNA7
lM: LSUF/G
lN: RNA37
lO: LSUA
lP: ulr1
lQ: ulr2
lR: ulr3
lS: ulr4
lT: ulr5
lU: ulr6
lV: ulr7,ulr8
lW: ulr5
lX: ulr9
lY: ulr7,ulr8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,690,377106
ポリマ－2,690,377106
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

+
タンパク質 , 35種, 35分子 L0L2L3L6L7L9LCLELFLILKLLLNLOLPLQLRLVLXLYLZLfLjLnLpLtLuLvLxLz...

#1: タンパク質 RRM domain-containing protein


分子量: 47857.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: S8F7E5
#3: タンパク質 mL162


分子量: 30027.393 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A0F7V439
#4: タンパク質 Ribosomal l25 family protein


分子量: 37394.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: S8ER88
#7: タンパク質 uL1m


分子量: 6736.038 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#8: タンパク質 uL14m


分子量: 12981.468 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#10: タンパク質 DUF6832 domain-containing protein


分子量: 55084.473 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A7J6KC93
#13: タンパク質 Macro domain-containing protein


分子量: 57139.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: S8GAV7
#15: タンパク質 FAS1 domain-containing protein


分子量: 37960.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: S8F814
#16: タンパク質 bL36m


分子量: 10376.198 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A7J6KFA2
#19: タンパク質 Putative 60S ribosomal protein L27


分子量: 8731.462 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A7J6JYF7
#21: タンパク質 BIR protein


分子量: 26967.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A7J6K0B0
#22: タンパク質 AMP-dependent synthetase/ligase domain-containing protein


分子量: 92873.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: S8F8W6
#24: タンパク質 bL35m


分子量: 13974.433 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A7J6KEG8
#25: タンパク質 LSU ribosomal protein L2P, putative


分子量: 37607.527 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: S8F793
#26: タンパク質 Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / PPIase


分子量: 26422.135 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: S8FB56, peptidylprolyl isomerase
#27: タンパク質 mL175


分子量: 8480.817 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: Q1JTA3
#28: タンパク質 mL172


分子量: 15186.954 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A7J6KA70
#32: タンパク質 mL148


分子量: 96130.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: S8EU00
#34: タンパク質 mL176


分子量: 11108.650 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A7J6K9K6
#35: タンパク質 Ribosomal L22p/L17e protein


分子量: 41242.996 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A7J6K2Q7
#36: タンパク質 mL174


分子量: 22605.217 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A125YYR6
#42: タンパク質 HECT-domain (Ubiquitin-transferase) domain-containing protein


分子量: 25178.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: S8GMU2
#46: タンパク質 mL177


分子量: 13903.150 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A7J6JV70
#50: タンパク質 mL185


分子量: 6289.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: S8G210
#52: タンパク質 bL19m


分子量: 43663.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#56: タンパク質 mL40


分子量: 27113.559 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A7J6KCG7
#57: タンパク質 mL164


分子量: 26163.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#58: タンパク質 mL180


分子量: 13209.486 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A7J6JZI4
#60: タンパク質 mL173


分子量: 11371.296 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A7J6KAH2
#62: タンパク質 mL182


分子量: 14083.630 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#63: タンパク質 mL178


分子量: 10027.898 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A7J6KDX2
#64: タンパク質 bL27m


分子量: 20579.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A7J6K1X2
#65: タンパク質 mL179


分子量: 12288.569 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#67: タンパク質 mL53


分子量: 13313.315 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A7J6JX69
#68: タンパク質 bL32m


分子量: 9466.959 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A7J6K9L3

+
Large ribosomal subunit protein ... , 10種, 10分子 L1LMLSLULaLgLhLlLmLy

#2: タンパク質 Large ribosomal subunit protein mL54


分子量: 10873.589 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: S8F6A8
#23: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL11m


分子量: 19700.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A125YTN1
#29: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL24c


分子量: 25840.291 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A125YMH9
#31: タンパク質 Large ribosomal subunit protein mL49


分子量: 8876.495 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A7J6JUD4
#37: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL23m


分子量: 25045.127 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A7J6K299
#43: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL29m


分子量: 25977.322 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A7J6K1F8
#44: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL4m


分子量: 54296.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A7J6JZZ1
#48: タンパク質 Large ribosomal subunit protein mL43


分子量: 22268.557 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A7J6KC95
#49: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL24c


分子量: 22014.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A7J6JXG2
#61: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL21m


分子量: 47176.762 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A7J6K7U7

+
RAP domain-containing ... , 8種, 8分子 L4LJLbLcLdLeLiLq

#5: タンパク質 RAP domain-containing protein


分子量: 49298.770 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: S8G8G0
#20: タンパク質 RAP domain-containing protein


分子量: 51732.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A7J6K2J1
#38: タンパク質 RAP domain-containing protein


分子量: 83547.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: S8F6E9
#39: タンパク質 RAP domain-containing protein


分子量: 58330.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: S8EW79
#40: タンパク質 RAP domain-containing protein


分子量: 49907.582 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: S8EW79
#41: タンパク質 RAP domain-containing protein


分子量: 43435.762 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: S8GIP4
#45: タンパク質 RAP domain-containing protein


分子量: 67893.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: S8FC14
#53: タンパク質 RAP domain-containing protein


分子量: 85917.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: S8EQ41

+
タンパク質・ペプチド , 3種, 3分子 L5UHUI

#6: タンパク質・ペプチド mL183


分子量: 3787.588 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#70: タンパク質・ペプチド mL181


分子量: 5741.830 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#71: タンパク質・ペプチド mL184


分子量: 4226.115 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A0F7V869

+
Putative 50S ribosomal protein ... , 5種, 5分子 L8LALTLWLw

#9: タンパク質 Putative 50S ribosomal protein L17


分子量: 29244.455 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A7J6KEY9
#11: タンパク質 Putative 50S ribosomal protein L13


分子量: 24255.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A7J6K0U2
#30: タンパク質 Putative 50S ribosomal protein L33


分子量: 14149.608 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A7J6JWI3
#33: タンパク質 Putative 50S ribosomal protein L3


分子量: 34639.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A7J6K2F9
#59: タンパク質 Putative 50S ribosomal protein L16


分子量: 20393.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A7J6K7Z7

+
Putative ribosomal protein ... , 2種, 2分子 LBLr

#12: タンパク質 Putative ribosomal protein L20


分子量: 14651.096 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: B9PY19
#54: タンパク質 Putative ribosomal protein L28


分子量: 33213.918 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A7J6K129

+
Ribosomal protein ... , 4種, 4分子 LDLGLHLs

#14: タンパク質 Ribosomal protein L46


分子量: 32456.908 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: S8EWD8
#17: タンパク質 Ribosomal protein RPL22


分子量: 17693.154 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A7J6JUA9
#18: タンパク質 Ribosomal protein L9, N-terminal domain-containing protein


分子量: 9818.443 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: S8G4D4
#55: タンパク質 Ribosomal protein L15, putative


分子量: 36395.137 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: S8GIU7

+
AP2 domain transcription factor ... , 2種, 2分子 LkUG

#47: タンパク質 AP2 domain transcription factor AP2VIIb-2


分子量: 21280.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A7J6K291
#69: タンパク質 AP2 domain transcription factor AP2IV-1


分子量: 19040.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A7J6KEE5

+
Transmembrane ... , 2種, 2分子 LoUD

#51: タンパク質 Transmembrane protein


分子量: 31526.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A7J6KAS3
#66: タンパク質・ペプチド Transmembrane protein


分子量: 4380.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A7J6K730

+
RNA鎖 , 33種, 35分子 l0l1l2l3l4l5l6l7l8l9lAlBlClDlElFlGlHlIlJlKlLlMlNlOlPlQlRlSlT...

#72: RNA鎖 RNA23t


分子量: 14103.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#73: RNA鎖 RNA29


分子量: 16107.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#74: RNA鎖 LSUB


分子量: 9946.909 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#75: RNA鎖 RNA6


分子量: 18903.307 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#76: RNA鎖 RNA1


分子量: 30072.777 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#77: RNA鎖 RNA31


分子量: 11474.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#78: RNA鎖 RNA14


分子量: 16141.808 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#79: RNA鎖 RNA11


分子量: 22303.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#80: RNA鎖 RNA36


分子量: 10631.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#81: RNA鎖 RNA3


分子量: 29090.230 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#82: RNA鎖 RNA2


分子量: 20904.490 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#83: RNA鎖 RNA38


分子量: 14798.939 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#84: RNA鎖 RNA35


分子量: 8744.303 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#85: RNA鎖 RNA32


分子量: 5058.104 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#86: RNA鎖 RNA15


分子量: 9490.738 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#87: RNA鎖 RNA10


分子量: 28356.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#88: RNA鎖 LSUC


分子量: 8406.138 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#89: RNA鎖 RNA16


分子量: 8614.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#90: RNA鎖 RNA13


分子量: 15628.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#91: RNA鎖 LSUD/E


分子量: 89620.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#92: RNA鎖 SSUF


分子量: 12351.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#93: RNA鎖 RNA7


分子量: 29367.545 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#94: RNA鎖 LSUF/G


分子量: 62298.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#95: RNA鎖 RNA37


分子量: 19888.807 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#96: RNA鎖 LSUA


分子量: 57982.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#97: RNA鎖 ulr1


分子量: 8833.851 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#98: RNA鎖 ulr2


分子量: 11283.175 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#99: RNA鎖 ulr3


分子量: 8527.686 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#100: RNA鎖 ulr4


分子量: 2098.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#101: RNA鎖 ulr5


分子量: 4241.363 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#102: RNA鎖 ulr6


分子量: 4547.529 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#103: RNA鎖 ulr7,ulr8


分子量: 3016.700 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#104: RNA鎖 ulr9


分子量: 17712.656 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: LSU structure derived from the LSU sample of the mitoribosome from T. gondii.
タイプ: RIBOSOME / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K / 詳細: Blotting force 5, blotting time 2.5 seconds.

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TALOS ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 59000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 30 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
最高温度: 95 K / 最低温度: 90 K
撮影平均露光時間: 6 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 9524
画像スキャンサンプリングサイズ: 6.35 µm / 横: 4096 / 縦: 4096 / 動画フレーム数/画像: 40 / 利用したフレーム数/画像: 1-40

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC4.5.1粒子像選択
2SerialEM4.1画像取得
7ISOLDE1.7モデルフィッティング
11cryoSPARC4.5.1分類
13PHENIX1.20.1-4487モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 280177
3次元再構成解像度: 2.89 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 22169 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL
原子モデル構築Source name: Modeller / タイプ: in silico model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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