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- PDB-9fe5: Crystal Structure of NuoEF variant R66G(NuoF) from Aquifex aeolic... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9fe5
タイトルCrystal Structure of NuoEF variant R66G(NuoF) from Aquifex aeolicus bound to NADH under anoxic conditions after 10 min soaking
要素(NADH-quinone oxidoreductase subunit ...) x 2
キーワードELECTRON TRANSPORT / Complex I / respiratory chain / NADH-ubiquinone oxidoreductase / bioenergetics
機能・相同性
機能・相同性情報


: / トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う / NADH dehydrogenase activity / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / quinone binding / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / FMN binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Soluble ligand binding domain / SLBB domain / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 51 Kd subunit signature 1. / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 24 Kd subunit signature. / NuoE domain / NADH-quinone oxidoreductase subunit E-like / Thioredoxin-like [2Fe-2S] ferredoxin / NADH-quinone oxidoreductase subunit E, N-terminal / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 51kDa subunit, conserved site / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 51 Kd subunit signature 2. ...Soluble ligand binding domain / SLBB domain / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 51 Kd subunit signature 1. / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 24 Kd subunit signature. / NuoE domain / NADH-quinone oxidoreductase subunit E-like / Thioredoxin-like [2Fe-2S] ferredoxin / NADH-quinone oxidoreductase subunit E, N-terminal / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 51kDa subunit, conserved site / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 51 Kd subunit signature 2. / NADH-ubiquinone oxidoreductase 51kDa subunit, iron-sulphur binding domain / NADH-ubiquinone oxidoreductase 51kDa subunit, iron-sulphur binding domain superfamily / NADH-ubiquinone oxidoreductase-F iron-sulfur binding region / NADH-ubiquinone oxidoreductase-F iron-sulfur binding region / NADH-ubiquinone oxidoreductase 51kDa subunit, FMN-binding domain / NADH-ubiquinone oxidoreductase 51kDa subunit, FMN-binding domain superfamily / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 51 Kd subunit / Thioredoxin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / Chem-FNR / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / IRON/SULFUR CLUSTER / NADH-quinone oxidoreductase subunit F / NADH-quinone oxidoreductase subunit E
類似検索 - 構成要素
生物種Aquifex aeolicus VF5 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Wohlwend, D. / Friedrich, T. / Goeppert-Asadollahpour, S.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)GRK2202; 235777276/RTG ドイツ
引用ジャーナル: Biochim Biophys Acta Bioenerg / 年: 2024
タイトル: Structural robustness of the NADH binding site in NADH:ubiquinone oxidoreductase (complex I).
著者: Goppert-Asadollahpour, S. / Wohlwend, D. / Friedrich, T.
履歴
登録2024年5月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NADH-quinone oxidoreductase subunit E
B: NADH-quinone oxidoreductase subunit F
C: NADH-quinone oxidoreductase subunit E
D: NADH-quinone oxidoreductase subunit F
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)138,45030
ポリマ－133,9944
非ポリマー4,45626
水14,016778
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering, NuoEF forms a stable (NuoEF)2 heterotetramer in solution
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18050 Å2
ΔGint-319 kcal/mol
Surface area41630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.184, 116.158, 189.651
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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NADH-quinone oxidoreductase subunit ... , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 NADH-quinone oxidoreductase subunit E / NADH dehydrogenase I subunit E / NDH-1 subunit E


分子量: 18573.619 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aquifex aeolicus VF5 (バクテリア)
遺伝子: nuoE, aq_574 / プラスミド: pET-28b(+)::nuoEFhis / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2 (DE3)
参照: UniProt: O66842, トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う
#2: タンパク質 NADH-quinone oxidoreductase subunit F


分子量: 48423.160 Da / 分子数: 2 / Mutation: R66G / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The sequence AGHHHHHH is a C-terminal affinity tag for the affinity purification of the NuoEF complex
由来: (組換発現) Aquifex aeolicus VF5 (バクテリア)
遺伝子: nuoF / プラスミド: pET-28b(+)::nuoEFhis / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2 (DE3) / 参照: UniProt: O66841

-
非ポリマー , 9種, 804分子

#3: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物 ChemComp-FNR / 1-DEOXY-1-(7,8-DIMETHYL-2,4-DIOXO-3,4-DIHYDRO-2H-BENZO[G]PTERIDIN-1-ID-10(5H)-YL)-5-O-PHOSPHONATO-D-RIBITOL / TWO ELECTRON REDUCED FLAVIN MONONUCLEOTIDE / 還元型フラビンモノヌクレオチド


分子量: 458.360 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H23N4O9P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 化合物 ChemComp-NAI / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / NADH / NADH


分子量: 665.441 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H29N7O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#9: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#10: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#11: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 778 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.57 %
結晶化温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 100 mM BisTris pH 6.5, 1.4 M ammonium sulfate, 100 mM NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9724 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9724 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→47.948 Å / Num. obs: 82223 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6 % / CC1/2: 0.996 / Rpim(I) all: 0.064 / Net I/σ(I): 8.5
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 4445 / CC1/2: 0.776 / Rpim(I) all: 0.476

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0425精密化
XDSVERSION Jan 31, 2020 BUILT=20200131データ削減
Aimless0.7.15データスケーリング
REFMAC5.8.0425位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.1→47.948 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 10.307 / SU ML: 0.134 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.206 / ESU R Free: 0.172 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22 4065 5.029 %Rfree flags were transferred from scaled data of previously solved structure 9FDJ
Rwork0.1803 76765 --
all0.182 ---
obs-80830 98.158 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 32.922 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.921 Å2-0 Å20 Å2
2--1.74 Å20 Å2
3----0.818 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→47.948 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9105 0 236 778 10119
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.0129652
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0169018
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.21.84813124
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.4231.76820870
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.18651162
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg5.759549
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.651101619
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_other_3_deg13.5471016
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg13.57910423
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0610.21394
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0211295
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022093
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.210.22054
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1860.28678
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1820.24693
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0730.24453
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1420.2720
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0210.22
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.170.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1360.213
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1530.272
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1870.225
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.1770.22
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7271.7544639
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.7271.7544639
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.2193.1495804
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.2193.155805
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.0511.9435013
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.9941.9224990
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.7543.5227292
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.6683.4837257
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it5.20919.22311109
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other5.11818.31510930
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
2.1-2.1540.3143080.25956500.26259640.9360.95399.89940.235
2.154-2.2130.2723340.24654770.24758240.9550.9699.77680.22
2.213-2.2770.5992160.51642270.5257390.4630.55377.41770.511
2.277-2.3470.2362700.20452740.20655450.9670.97399.9820.179
2.347-2.4240.2312840.19150770.19353620.9680.97899.98130.166
2.424-2.5090.2272610.18849420.1952040.9660.97999.98080.161
2.509-2.6030.2262450.17747680.1850130.9690.9811000.153
2.603-2.7090.212090.17746360.17848460.9710.98199.97940.153
2.709-2.8290.2392460.17944110.18246570.9650.9811000.16
2.829-2.9670.1932090.17142420.17244520.9760.98299.97750.154
2.967-3.1270.2162300.16840220.1742540.9740.98399.9530.154
3.127-3.3160.2281950.17338460.17640440.9690.98299.92580.162
3.316-3.5430.2041640.1636060.16237740.9780.98599.8940.151
3.543-3.8250.1891830.17132670.17235400.9790.98497.45760.16
3.825-4.1880.1631700.14230890.14332930.9830.98898.96750.137
4.188-4.6780.1771570.12228010.12529610.9840.99299.89870.123
4.678-5.3930.1871190.14525300.14726520.9820.9999.88690.146
5.393-6.5840.1881310.16221440.16322810.9820.98899.7370.162
6.584-9.2250.166840.14817180.14918060.9830.98899.77850.154
9.225-47.9480.168500.15510380.15511020.9870.98798.72960.163
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.0262-0.4769-0.37190.8827-0.0631.36490.10970.40470.6719-0.0836-0.0481-0.1218-0.4129-0.0954-0.06160.34110.00790.02960.15360.05970.1586-27.286711.101812.045
21.83340.06510.6420.44320.1721.65250.097-0.021-0.11570.0261-0.03060.01550.1689-0.1308-0.06640.2045-0.0290.00750.0689-0.00160.0104-25.8247-11.962418.3947
31.9970.70350.25911.0320.08611.67050.123-0.2233-0.41640.0873-0.0051-0.17940.5392-0.0201-0.1180.40940.0082-0.05260.0660.03350.0934-58.4438-10.763960.2506
41.3357-0.0306-0.06840.43230.23491.99210.0063-0.05060.0891-0.00610.0365-0.0039-0.102-0.0284-0.04280.19910.0145-0.00170.0076-0.00310.0069-57.256612.733854.4142
精密化 TLSグループSelection: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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