PDB-9fdk: Crystal Structure of oxidized NuoEF variant R66G(NuoF) from Aquif...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9fdk

タイトル

Crystal Structure of oxidized NuoEF variant R66G(NuoF) from Aquifex aeolicus

要素

(NADH-quinone oxidoreductase subunit ...) x 2

キーワード

ELECTRON TRANSPORT / Complex I / respiratory chain / NADH-ubiquinone oxidoreductase / bioenergetics

機能・相同性

機能・相同性情報

トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / quinone binding / respiratory electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / FMN binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Aquifex aeolicus VF5 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Wohlwend, D. / Friedrich, T. / Goeppert-Asadollahpour, S.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Biochim Biophys Acta Bioenerg / 年: 2024
タイトル: Structural robustness of the NADH binding site in NADH:ubiquinone oxidoreductase (complex I).
著者: Goppert-Asadollahpour, S. / Wohlwend, D. / Friedrich, T.

履歴

登録	2024年5月17日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年7月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9fdk.cif.gz	627.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9fdk.ent.gz	394.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9fdk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fd/9fdk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fd/9fdk	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	9fdjC 9fdvC 9fe0C 9fe5C 9fe7C 9fe8C 9feaC 9fifC 9fihC 9fiiC 9fijC 9filC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#144 - 2011年12月複合体I (Complex I) 類似性 (19) #117 - 2009年9月キサンチン酸化還元酵素 (Xanthine Oxidoreductase) 類似性 (1) #137 - 2011年5月シトクロムbc1 (Cytochrome bc1) 類似性 (1) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #36 - 2002年12月シトクロムc (Cytochrome c) 類似性 (1) #82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#144 - 2011年12月
複合体I (Complex I)
類似性 (19)
#117 - 2009年9月
キサンチン酸化還元酵素 (Xanthine Oxidoreductase)
類似性 (1)
#137 - 2011年5月
シトクロムbc1 (Cytochrome bc1)
類似性 (1)
#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#36 - 2002年12月
シトクロムc (Cytochrome c)
類似性 (1)
#82 - 2006年10月
シトクロムp450 (Cytochrome p450)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: NADH-quinone oxidoreductase subunit E

B: NADH-quinone oxidoreductase subunit F

C: NADH-quinone oxidoreductase subunit E

D: NADH-quinone oxidoreductase subunit F

ヘテロ分子

138 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering, In solution, NuoEF forms a dimer of the heterodimer, resulting in a (NuoEF)2 heterotetramer

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.283, 116.318, 189.318
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
NADH-quinone oxidoreductase subunit ... , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質	NADH-quinone oxidoreductase subunit E / NADH dehydrogenase I subunit E / NDH-1 subunit E 分子量: 18573.619 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Aquifex aeolicus VF5 (バクテリア) 遺伝子: nuoE, aq_574 / プラスミド: pET28b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2 (DE3) 参照: UniProt: O66842, トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う
#2: タンパク質	NADH-quinone oxidoreductase subunit F 分子量: 48423.160 Da / 分子数: 2 / Mutation: R66G / 由来タイプ: 組換発現詳細: The sequence AGHHHHHH is the purification tag used for affinity chromatography of the complex NuoEF 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus VF5 (バクテリア) 遺伝子: nuoF / プラスミド: pET28b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2 (DE3) / 参照: UniProt: O66841

#1: タンパク質

NADH-quinone oxidoreductase subunit E / NADH dehydrogenase I subunit E / NDH-1 subunit E

分子量: 18573.619 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Aquifex aeolicus VF5 (バクテリア)
遺伝子: nuoE, aq_574 / プラスミド: pET28b(+) / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2 (DE3)
参照: UniProt: O66842, トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う

#2: タンパク質

NADH-quinone oxidoreductase subunit F

分子量: 48423.160 Da / 分子数: 2 / Mutation: R66G / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The sequence AGHHHHHH is the purification tag used for affinity chromatography of the complex NuoEF
由来: (組換発現)

Aquifex aeolicus VF5 (バクテリア)
遺伝子: nuoF / プラスミド: pET28b(+) / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2 (DE3) / 参照: UniProt: O66841

-
非ポリマー , 9種, 915分子

#3: 化合物	ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER 分子量: 175.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₂S₂
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物	ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER 分子量: 351.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₄S₄
#8: 化合物	ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN 分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₁N₄O₉P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#9: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#10: 化合物	ChemComp-MPO / 3[N-MORPHOLINO]PROPANE SULFONIC ACID / MOPS 分子量: 209.263 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₅NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#11: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 886 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.62 %
結晶化	温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.3 詳細: 0.1 M BisTris pH 6.3, 1.4 M ammonium sulfate, 100 mM NaCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9724 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9724 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→63.3 Å / Num. obs: 130020 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.3 % / CC_1/2: 0.998 / R_pim(I) all: 0.042 / Net I/σ(I): 11
反射シェル	解像度: 1.8→1.83 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 6345 / CC_1/2: 0.787 / R_pim(I) all: 0.456

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
XDS	VERSION Jan 31, 2020 BUILT=20200417	データ削減
Aimless	0.7.15	データスケーリング
REFMAC	5.8.0425	位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 1.8→60.091 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.974 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.96 / SU B: 4.876 / SU ML: 0.073 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.1 / ESU R Free: 0.098 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1864	6583	5.068 %	Random selection
R_work	0.1558	123316	-	-
all	0.157	-	-	-
obs	-	129899	99.82 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.098 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.184 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	1.248 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.432 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→60.091 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9103	0	173	886	10162

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.012	9503
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	8949
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.434	1.848	12890
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.498	1.762	20706
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.985	5	1145
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	6.741	5	49
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.567	10	1621
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_3_deg	13.015	10	16
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.678	10	419
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.073	0.2	1366
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.031	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	11045
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2059
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.215	0.2	1871
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.185	0.2	8311
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.182	0.2	4654
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.074	0.2	4542
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.147	0.2	672
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.275	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.173	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.186	0.2	61
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.221	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.121	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.048	1.72	4592
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.045	1.72	4592
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.547	3.088	5733
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.547	3.088	5734
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.018	2.049	4911
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.951	2.024	4880
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.221	3.647	7129
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.136	3.602	7082
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.17	19.195	10792
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.055	18.426	10578

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.8-1.847	0.236	473	0.247	9016	0.246	9510	0.957	0.954	99.7792	0.227
1.847-1.897	0.256	482	0.228	8764	0.229	9256	0.953	0.962	99.892	0.205
1.897-1.952	0.26	484	0.22	8533	0.222	9035	0.954	0.967	99.8008	0.197
1.952-2.012	0.233	448	0.19	8294	0.193	8746	0.964	0.975	99.9543	0.168
2.012-2.078	0.218	446	0.18	8070	0.182	8530	0.969	0.978	99.8359	0.156
2.078-2.151	0.195	408	0.164	7781	0.166	8192	0.976	0.983	99.9634	0.145
2.151-2.232	0.18	424	0.15	7562	0.151	7995	0.98	0.986	99.8874	0.133
2.232-2.323	0.187	382	0.152	7293	0.154	7685	0.979	0.985	99.8699	0.136
2.323-2.426	0.17	386	0.134	6939	0.136	7328	0.982	0.989	99.9591	0.123
2.426-2.544	0.165	361	0.134	6678	0.136	7043	0.983	0.989	99.9432	0.124
2.544-2.682	0.175	288	0.146	6413	0.147	6709	0.98	0.987	99.8808	0.135
2.682-2.844	0.19	326	0.149	6028	0.151	6361	0.979	0.986	99.89	0.142
2.844-3.04	0.18	297	0.151	5692	0.152	5994	0.979	0.986	99.9166	0.146
3.04-3.283	0.185	277	0.152	5298	0.154	5593	0.979	0.986	99.6782	0.151
3.283-3.595	0.19	241	0.153	4918	0.155	5169	0.982	0.987	99.8065	0.155
3.595-4.018	0.156	241	0.139	4457	0.14	4707	0.986	0.99	99.8088	0.145
4.018-4.636	0.144	223	0.118	3944	0.12	4177	0.989	0.992	99.7606	0.129
4.636-5.669	0.169	170	0.15	3378	0.151	3558	0.988	0.99	99.7189	0.161
5.669-7.982	0.208	148	0.176	2669	0.177	2824	0.979	0.986	99.7521	0.188
7.982-60.091	0.21	78	0.16	1589	0.162	1674	0.985	0.988	99.5818	0.179

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.2996	-0.5173	-0.2891	0.8346	0.021	1.0867	0.1096	0.2158	0.5241	-0.0825	-0.0351	-0.1339	-0.37	-0.0295	-0.0745	0.1351	-0.0025	0.0319	0.111	0.0314	0.1233	-27.3253	11.1707	11.8693
2	1.2237	-0.0057	0.4521	0.3237	0.0764	1.374	0.0711	-0.0496	-0.082	0.0264	-0.0198	0.0075	0.1035	-0.0845	-0.0513	0.0156	-0.023	-0.0026	0.0577	-0.0027	0.0082	-25.7743	-11.7436	18.4624
3	1.7737	0.4837	0.1493	1.065	0.0694	1.3376	0.0782	-0.1625	-0.3536	0.0903	0.0111	-0.1528	0.4923	0.0558	-0.0893	0.1956	0.0189	-0.0395	0.0622	0.0167	0.0786	-58.3443	-10.7477	60.2482
4	1.0663	0.0021	-0.1202	0.3623	0.1171	1.5925	0.0011	0.0105	0.0735	-0.0233	0.0459	0.002	-0.0738	0.0132	-0.047	0.0064	0.0019	-0.0012	0.0171	-0.0055	0.0099	-57.1822	12.9606	54.1601

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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