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- PDB-9f5y: Structure of the Chlamydomonas reinhardtii respiratory complex I ... -

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登録情報
データベース: PDB / ID: 9f5y
タイトルStructure of the Chlamydomonas reinhardtii respiratory complex I from respiratory supercomplex
要素
  • (Mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase ...) x 9
  • (NADH dehydrogenase [ubiquinone] ...) x 6
  • (NADH-ubiquinone oxidoreductase chain ...) x 6
  • (NADH:ubiquinone oxidoreductase ...) x 11
  • (Putative NADH:ubiquinone oxidoreductase ...) x 3
  • AGGG
  • ASHI
  • Acyl carrier protein
  • B14.5a
  • B9
  • CAG1
  • CAG2 - CA-like
  • ESSS
  • KFYI
  • Mitochondrial putative NADH:ubiquinone oxidoreductase 6.5 kDa subunit
  • NADH dehydrogenase subunit 4L
  • NUOP7
  • NUOP8
  • P10
  • P9
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Mitochondria / respiratory complex / respiration / alga
機能・相同性
機能・相同性情報


NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) / TIM22 mitochondrial import inner membrane insertion complex / NADH dehydrogenase / mitochondrion targeting sequence binding / protein insertion into mitochondrial inner membrane / NADH dehydrogenase complex / ubiquinone biosynthetic process / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H / acyl binding / acyl carrier activity ...NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) / TIM22 mitochondrial import inner membrane insertion complex / NADH dehydrogenase / mitochondrion targeting sequence binding / protein insertion into mitochondrial inner membrane / NADH dehydrogenase complex / ubiquinone biosynthetic process / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H / acyl binding / acyl carrier activity / electron transport coupled proton transport / NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) / mitochondrial respiratory chain complex I assembly / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / phosphopantetheine binding / protein transmembrane transporter activity / respiratory chain complex I / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / quinone binding / ATP synthesis coupled electron transport / aerobic respiration / respiratory electron transport chain / electron transport chain / mitochondrial membrane / mitochondrial intermembrane space / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / NAD binding / FMN binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / mitochondrial inner membrane / oxidoreductase activity / protein-containing complex binding / mitochondrion / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM22 / Putative NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8, mitochondrial / : / : / : / NADH-ubiquinone oxidoreductase, 21kDa subunit, N-terminal / NADH-ubiquinone oxidoreductase complex I, 21 kDa subunit / Hexapeptide repeat / Tim17/Tim22/Tim23/Pmp24 family / Bacterial transferase hexapeptide (six repeats) ...Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM22 / Putative NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8, mitochondrial / : / : / : / NADH-ubiquinone oxidoreductase, 21kDa subunit, N-terminal / NADH-ubiquinone oxidoreductase complex I, 21 kDa subunit / Hexapeptide repeat / Tim17/Tim22/Tim23/Pmp24 family / Bacterial transferase hexapeptide (six repeats) / : / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex subunit 1 / NADH-ubiquinone oxidoreductase MWFE subunit / NADH-ubiquinone oxidoreductase NDSU1/NuoG-like, 4Fe-4S domain / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 3 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B12 subunit family / NADH:ubiquinone oxidoreductase, NDUFS5-15kDa / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7, NDUB7 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B18 subunit (NDUFB7) / GRIM-19 / GRIM-19 protein / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 9 / NDUFB9, LYR domain / NADH:ubiquinone oxidoreductase, iron-sulphur subunit 5 / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4-like superfamily / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex, subunit 2 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 5 / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4, mitochondrial / ETC complex I subunit conserved region / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12 / NADH ubiquinone oxidoreductase subunit NDUFA12 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex, subunit 6 / Trimeric LpxA-like superfamily / NADH-quinone oxidoreductase, chain G, C-terminal / NADH-ubiquinone oxidoreductase subunit G, C-terminal / : / SLBB domain / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex, subunit 8 / : / : / NADH-quinone oxidoreductase subunit 3, ferredoxin-like domain / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 20 Kd subunit signature. / NADH-ubiquinone oxidoreductase, 20 Kd subunit / NADH-quinone oxidoreductase, chain I / NADH-plastoquinone oxidoreductase, chain 5 subgroup / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 6, subunit NuoJ / NADH-quinone oxidoreductase, chain M/4 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L/K / NADH:ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chain 6 / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 6 / NADH-Ubiquinone oxidoreductase (complex I), chain 5 N-terminal / NADH-Ubiquinone oxidoreductase (complex I), chain 5 N-terminus / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit D/H / NADH-quinone oxidoreductase, chain 5-like / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 49kDa subunit, conserved site / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L/Mnh complex subunit C1-like / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 4L / Respiratory chain NADH dehydrogenase 49 Kd subunit signature. / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit G / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 75 Kd subunit signature 3. / NADH-quinone oxidoreductase, subunit D / Respiratory-chain NADH dehydrogenase, 49 Kd subunit / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 75 Kd subunit signature 2. / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / NADH ubiquinone oxidoreductase, F subunit / NADH dehydrogenase, subunit C / Complex 1 LYR protein domain / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 30kDa subunit, conserved site / Respiratory chain NADH dehydrogenase 30 Kd subunit signature. / Complex 1 protein (LYR family) / NADH:ubiquinone oxidoreductase / : / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 75 Kd subunit signature 1. / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 30kDa subunit / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 30kDa subunit superfamily / Respiratory-chain NADH dehydrogenase, 30 Kd subunit / NADH:quinone oxidoreductase/Mrp antiporter, membrane subunit / NADH:quinone oxidoreductase/Mrp antiporter, TM / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 75kDa subunit, conserved site / NADH-ubiquinone oxidoreductase-G iron-sulfur binding region / NADH-ubiquinone oxidoreductase-G iron-sulfur binding region / NADH:ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chain 3 / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit 3 superfamily / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chain 3 / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit 1, conserved site / Respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1 signature 1. / Respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1 signature 2. / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit 1/F420H2 oxidoreductase subunit H / NADH dehydrogenase / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 51 Kd subunit signature 1. / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 24 Kd subunit signature. / NAD-dependent epimerase/dehydratase / NAD dependent epimerase/dehydratase family / NuoE domain / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit G, iron-sulphur binding / His(Cys)3-ligated-type [4Fe-4S] domain profile. / NADH-quinone oxidoreductase subunit E-like
類似検索 - ドメイン・相同性
1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE / Chem-8Q1 / CARDIOLIPIN / CROTONYL COENZYME A / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / Chem-NDP / Chem-PC7 / Chem-PGT / PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE ...1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE / Chem-8Q1 / CARDIOLIPIN / CROTONYL COENZYME A / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / Chem-NDP / Chem-PC7 / Chem-PGT / PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / IRON/SULFUR CLUSTER / Chem-UQ5 / Uncharacterized protein / NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial / NADH:ubiquinone oxidoreductase 30kDa subunit domain-containing protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 2 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4 / Mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase 16 kDa subunit / Mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase 19 kDa subunit / Mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase 10 kDa subunit / Mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase 23 kDa subunit / Mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase 9 kDa subunit / Mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase 7.5 kDa subunit / Mitochondrial putative NADH:ubiquinone oxidoreductase 6.5 kDa subunit / Mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase 13 kDa subunit / Mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase 32 kDa subunit / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 5 / Mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase 18 kDa subunit / Acyl carrier protein / NADH:ubiquinone oxidoreductase 78 kDa subunit / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 9 / NADH:ubiquinone oxidoreductase B14 subunit / NADH:ubiquinone oxidoreductase 20,9 kD-like subunit / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 4, mitochondrial / NADH:ubiquinone oxidoreductase 13 kD-like subunit / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 13 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3 / Putative NADH:ubiquinone oxidoreductase 12.5 kDa subunit / Putative NADH:ubiquinone oxidoreductase 17.8 kDa subunit / Putative NADH:ubiquinone oxidoreductase 39 kDa subunit / NADH:ubiquinone oxidoreductase 49 kD subunit / NADH:ubiquinone oxidoreductase B8 subunit / NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit 10 / NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit 8 / NADH:ubiquinone oxidoreductase 24 kD subunit / NADH dehydrogenase subunit 4L
類似検索 - 構成要素
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.51 Å
データ登録者Waltz, F. / Righetto, R. / Kotecha, A. / Engel, B.D.
資金援助 ドイツ, スイス, 2件
組織認可番号国
Alexander von Humboldt Foundation ドイツ
Swiss National Science Foundation210561 スイス
引用ジャーナル: Science / 年: 2025
タイトル: In-cell architecture of the mitochondrial respiratory chain.
著者: Florent Waltz / Ricardo D Righetto / Lorenz Lamm / Thalia Salinas-Giegé / Ron Kelley / Xianjun Zhang / Martin Obr / Sagar Khavnekar / Abhay Kotecha / Benjamin D Engel /
要旨: Mitochondria regenerate adenosine triphosphate (ATP) through oxidative phosphorylation. This process is carried out by five membrane-bound complexes collectively known as the respiratory chain, ...Mitochondria regenerate adenosine triphosphate (ATP) through oxidative phosphorylation. This process is carried out by five membrane-bound complexes collectively known as the respiratory chain, working in concert to transfer electrons and pump protons. The precise organization of these complexes in native cells is debated. We used in situ cryo-electron tomography to visualize the native structures and organization of several major mitochondrial complexes in cells. ATP synthases and respiratory complexes segregate into curved and flat crista membrane domains, respectively. Respiratory complexes I, III, and IV assemble into a respirasome supercomplex, from which we determined a native 5-angstrom (Å) resolution structure showing binding of electron carrier cytochrome . Combined with single-particle cryo-electron microscopy at 2.4-Å resolution, we model how the respiratory complexes organize inside native mitochondria.
履歴
登録2024年4月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年3月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月12日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月12日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月12日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月12日Data content type: Mask / Part number: 1 / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月12日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年4月2日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NADH:ubiquinone oxidoreductase 24 kD subunit
B: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial
C: NADH:ubiquinone oxidoreductase 78 kDa subunit
D: NADH:ubiquinone oxidoreductase 30kDa subunit domain-containing protein
E: NADH:ubiquinone oxidoreductase 49 kD subunit
F: NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit 10
G: NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit 8
H: B14.5a
I: Mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase 18 kDa subunit
J: Acyl carrier protein
K: NADH:ubiquinone oxidoreductase B14 subunit
L: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 4, mitochondrial
M: NADH:ubiquinone oxidoreductase 13 kD-like subunit
N: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12
O: NADH:ubiquinone oxidoreductase B8 subunit
P: Putative NADH:ubiquinone oxidoreductase 39 kDa subunit
Q: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1
R: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 2
S: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3
T: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4
U: NADH dehydrogenase subunit 4L
V: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5
W: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6
X: ASHI
Y: P9
Z: KFYI
a: AGGG
b: ESSS
c: B9
d: Mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase 10 kDa subunit
e: Mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase 23 kDa subunit
f: Mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase 7.5 kDa subunit
g: Mitochondrial putative NADH:ubiquinone oxidoreductase 6.5 kDa subunit
h: Mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase 13 kDa subunit
i: NADH:ubiquinone oxidoreductase 15 kDa subunit-like
j: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7
k: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 9
l: NADH:ubiquinone oxidoreductase 20,9 kD-like subunit
m: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 13
n: Putative NADH:ubiquinone oxidoreductase 12.5 kDa subunit
o: Putative NADH:ubiquinone oxidoreductase 17.8 kDa subunit
p: Mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase 16 kDa subunit
q: Mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase 19 kDa subunit
r: Acyl carrier protein
s: Mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase 32 kDa subunit
t: CAG2 - CA-like
u: CAG1
v: P10
w: Mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase 9 kDa subunit
x: NUOP8
y: NUOP7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,181,719105
ポリマ－1,141,13151
非ポリマー40,58854
水32,9131827
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

-
NADH:ubiquinone oxidoreductase ... , 11種, 11分子 ACDEFGKMOil

#1: タンパク質 NADH:ubiquinone oxidoreductase 24 kD subunit


分子量: 30643.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q6V9B3, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#3: タンパク質 NADH:ubiquinone oxidoreductase 78 kDa subunit


分子量: 78432.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q6UKY6, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating), NADH dehydrogenase
#4: タンパク質 NADH:ubiquinone oxidoreductase 30kDa subunit domain-containing protein


分子量: 32178.600 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8IHL3
#5: タンパク質 NADH:ubiquinone oxidoreductase 49 kD subunit


分子量: 52672.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q6V9A8, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#6: タンパク質 NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit 10


分子量: 18144.184 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q6V9B0, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#7: タンパク質 NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit 8


分子量: 26530.150 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q6V9B1, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#11: タンパク質 NADH:ubiquinone oxidoreductase B14 subunit


分子量: 16135.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q6UKY9, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating), NADH dehydrogenase
#13: タンパク質 NADH:ubiquinone oxidoreductase 13 kD-like subunit


分子量: 16306.489 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q6UP30, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating), NADH dehydrogenase
#15: タンパク質 NADH:ubiquinone oxidoreductase B8 subunit


分子量: 11012.532 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q6V9A9, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#35: タンパク質 NADH:ubiquinone oxidoreductase 15 kDa subunit-like


分子量: 9565.950 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q6TH88, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating), NADH dehydrogenase
#38: タンパク質 NADH:ubiquinone oxidoreductase 20,9 kD-like subunit


分子量: 13461.300 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q6UP28, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating), NADH dehydrogenase

-
NADH dehydrogenase [ubiquinone] ... , 6種, 6分子 BLNjkm

#2: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial


分子量: 52303.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8ICJ1, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#12: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 4, mitochondrial


分子量: 20648.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q6UP29
#14: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12


分子量: 18034.045 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q6UP31
#36: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7


分子量: 10295.870 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q6UKY7
#37: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 9 / Complex I-B22 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B22 subunit


分子量: 13951.051 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q6UKY8
#39: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 13


分子量: 16400.084 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q6UP32

-
タンパク質 , 14種, 15分子 HJrUXYZabcgtuxy

#8: タンパク質 B14.5a


分子量: 13790.122 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8JHV4
#10: タンパク質 Acyl carrier protein


分子量: 13682.473 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q6UKY4
#21: タンパク質 NADH dehydrogenase subunit 4L


分子量: 24258.357 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q84K56
#24: タンパク質 ASHI


分子量: 17110.604 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8JCW1
#25: タンパク質 P9


分子量: 6764.642 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A0A2K3DYZ8
#26: タンパク質 KFYI


分子量: 13848.634 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8J6N0
#27: タンパク質 AGGG


分子量: 14270.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8J815
#28: タンパク質 ESSS


分子量: 19630.490 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8J843
#29: タンパク質 B9


分子量: 7334.660 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8IVG9
#33: タンパク質 Mitochondrial putative NADH:ubiquinone oxidoreductase 6.5 kDa subunit


分子量: 6497.381 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q6QIV8, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating), NADH dehydrogenase
#45: タンパク質 CAG2 - CA-like


分子量: 31209.572 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8JFK6
#46: タンパク質 CAG1


分子量: 24319.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8JHY4
#49: タンパク質 NUOP8


分子量: 17157.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8IS53
#50: タンパク質 NUOP7


分子量: 13655.893 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8JA22

-
Mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase ... , 9種, 9分子 Idefhpqsw

#9: タンパク質 Mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase 18 kDa subunit


分子量: 17977.553 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q6UKY3, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#30: タンパク質 Mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase 10 kDa subunit


分子量: 9994.435 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q6QAY2, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating), NADH dehydrogenase
#31: タンパク質 Mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase 23 kDa subunit


分子量: 23390.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q6QAY4, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating), NADH dehydrogenase
#32: タンパク質 Mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase 7.5 kDa subunit


分子量: 7651.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q6QIV4, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating), NADH dehydrogenase
#34: タンパク質 Mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase 13 kDa subunit


分子量: 16187.231 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q6QIV9, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating), NADH dehydrogenase
#42: タンパク質 Mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase 16 kDa subunit


分子量: 15291.994 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q6QAY0, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating), NADH dehydrogenase
#43: タンパク質 Mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase 19 kDa subunit


分子量: 22349.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q6QAY1, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating), NADH dehydrogenase
#44: タンパク質 Mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase 32 kDa subunit / Putative gamma carbonic anhydrase


分子量: 32729.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q6S7R7, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating), NADH dehydrogenase
#48: タンパク質 Mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase 9 kDa subunit


分子量: 12159.065 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q6QAY5, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating), NADH dehydrogenase

-
Putative NADH:ubiquinone oxidoreductase ... , 3種, 3分子 Pno

#16: タンパク質 Putative NADH:ubiquinone oxidoreductase 39 kDa subunit


分子量: 43709.176 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q6V506
#40: タンパク質 Putative NADH:ubiquinone oxidoreductase 12.5 kDa subunit


分子量: 12542.351 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q6V504
#41: タンパク質 Putative NADH:ubiquinone oxidoreductase 17.8 kDa subunit


分子量: 17907.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q6V505

-
NADH-ubiquinone oxidoreductase chain ... , 6種, 6分子 QRSTVW

#17: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1 / NADH dehydrogenase subunit 1


分子量: 31606.412 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: P11658, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#18: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 2 / NADH dehydrogenase subunit 2


分子量: 42763.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Extension in N-ter visible in the structure, but not in UNIPROT,Extension in N-ter visible in the structure, but not in UNIPROT
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: P08740, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#19: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3 / NADH dehydrogenase subunit 3


分子量: 30207.529 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q6V502
#20: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4 / NADH dehydrogenase subunit 4


分子量: 48766.660 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: P20113, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#22: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5 / NADH dehydrogenase subunit 5


分子量: 59087.402 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: P08739, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#23: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6 / NADH dehydrogenase subunit 6


分子量: 17756.295 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: P10329, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 v

#47: タンパク質・ペプチド P10


分子量: 5122.813 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Frame shifted version of Chlre_08g368050v5, not in UNIPROT
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)

-
非ポリマー , 14種, 1881分子

#51: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#52: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#53: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#54: 化合物
ChemComp-PTY / PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE


分子量: 734.039 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H80NO8P / コメント: リン脂質*YM
#55: 化合物 ChemComp-8Q1 / S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] dodecanethioate / S-dodecanoyl-4'-phosphopantetheine


分子量: 540.651 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H45N2O8PS
#56: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#57: 化合物 ChemComp-UQ5 / 2,3-DIMETHOXY-5-METHYL-6-(3,11,15,19-TETRAMETHYL-EICOSA-2,6,10,14,18-PENTAENYL)-[1,4]BENZOQUINONE / ユビキノン5


分子量: 522.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H50O4
#58: 化合物
ChemComp-PC7 / (7S)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-9-OXO-7-[(PALMITOYLOXY)METHYL]-3,5,8-TRIOXA-4-PHOSPHAHEXACOSAN-1-AMINIUM 4-OXIDE / PHOSPHATIDYLCHOLINE / 1-PALMITOYL-2-STEAROYL-PC


分子量: 763.100 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H85NO8P / コメント: リン脂質*YM
#59: 化合物
ChemComp-3PH / 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE / PHOSPHATIDIC ACID / ジステアロイルホスファチジン酸


分子量: 704.998 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C39H77O8P
#60: 化合物
ChemComp-CDL / CARDIOLIPIN / DIPHOSPHATIDYL GLYCEROL / BIS-(1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHO)-1',3'-SN-GLYCEROL


分子量: 1464.043 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C81H156O17P2 / コメント: リン脂質*YM
#61: 化合物
ChemComp-PGT / (1S)-2-{[{[(2R)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL STEARATE / PHOSPHATIDYLGLYCEROL / 1-PALMITOYL-2-OLEOYL-SN-GLYCERO-3-[PHOSPHO-RAC-(1-GLYCEROL)](SODIUM SALT)


分子量: 751.023 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H79O10P / コメント: リン脂質*YM
#62: 化合物 ChemComp-COO / CROTONYL COENZYME A


分子量: 835.608 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H40N7O17P3S
#63: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#64: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1827 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Chlamydomonas reinhardtii respirasome / タイプ: COMPLEX / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
緩衝液pH: 7.5
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 %

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影電子線照射量: 40 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC粒子像選択
2PHENIX1.20.1_4487:モデル精密化
5cryoSPARCCTF補正
10cryoSPARC初期オイラー角割当
11cryoSPARC最終オイラー角割当
12cryoSPARC分類
13cryoSPARC３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.51 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 83443 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.006139259
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.865188735
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d10.39120602
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.05320306
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00723689

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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