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- EMDB-50205: Structure of the Chlamydomonas reinhardtii respiratory complex IV... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-50205
タイトルStructure of the Chlamydomonas reinhardtii respiratory complex IV from respiratory supercomplex
マップデータ
試料
  • 複合体: Small subunit of the flowering plant mitochondrial ribosome in presence of RsgA
    • タンパク質・ペプチド: x 12種
  • リガンド: x 8種
キーワードmitochondria / mitoribosome / assembly factor / plant / RIBOSOME / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


respiratory chain complex IV / mitochondrial envelope / cytochrome-c oxidase / oxidative phosphorylation / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / cytochrome-c oxidase activity / proton transmembrane transport / electron transport chain / mitochondrial inner membrane / copper ion binding ...respiratory chain complex IV / mitochondrial envelope / cytochrome-c oxidase / oxidative phosphorylation / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / cytochrome-c oxidase activity / proton transmembrane transport / electron transport chain / mitochondrial inner membrane / copper ion binding / heme binding / mitochondrion / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c oxidase, subunit VIb / : / Cytochrome c oxidase, subunit VIb superfamily / Cytochrome c oxidase subunit 2, C-terminal / Cytochrome oxidase c subunit VIb / Cytochrome c oxidase subunit III domain / Cytochrome c oxidase, subunit Vb superfamily / Cytochrome c oxidase subunit I domain / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain ...Cytochrome c oxidase, subunit VIb / : / Cytochrome c oxidase, subunit VIb superfamily / Cytochrome c oxidase subunit 2, C-terminal / Cytochrome oxidase c subunit VIb / Cytochrome c oxidase subunit III domain / Cytochrome c oxidase, subunit Vb superfamily / Cytochrome c oxidase subunit I domain / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain / Cytochrome oxidase subunit II transmembrane region profile. / Cytochrome c oxidase subunit III / Cytochrome c oxidase subunit III-like / Cytochrome c oxidase, subunit III, 4-helical bundle / Cytochrome c oxidase subunit III / Heme-copper oxidase subunit III family profile. / Cytochrome c oxidase subunit III-like superfamily / Cytochrome c/quinol oxidase subunit II / Copper centre Cu(A) / CO II and nitrous oxide reductase dinuclear copper centers signature. / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain superfamily / Cytochrome c oxidase, subunit I, copper-binding site / Heme-copper oxidase catalytic subunit, copper B binding region signature. / Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain / Cytochrome oxidase subunit I profile. / Cytochrome C oxidase subunit II, periplasmic domain / Cytochrome c oxidase subunit I / Cytochrome c oxidase-like, subunit I superfamily / Cytochrome C and Quinol oxidase polypeptide I / Cytochrome c oxidase subunit II-like C-terminal / Cytochrome oxidase subunit II copper A binding domain profile. / Coiled coil-helix-coiled coil-helix (CHCH) domain profile. / Cupredoxin
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Cytochrome c oxidase subunit 1 / Cytochrome c oxidase subunit / cytochrome-c oxidase ...Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Cytochrome c oxidase subunit 1 / Cytochrome c oxidase subunit / cytochrome-c oxidase / Cytochrome c oxidase polypeptide II / Cytochrome c oxidase subunit 3
類似検索 - 構成要素
生物種Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー) / Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.39 Å
データ登録者Waltz F / Righetto R / Kotecha A / Engel BD
資金援助 ドイツ, スイス, 2件
OrganizationGrant number国
Alexander von Humboldt Foundation ドイツ
Swiss National Science Foundation210561 スイス
引用ジャーナル: Science / 年: 2025
タイトル: In-cell architecture of the mitochondrial respiratory chain.
著者: Florent Waltz / Ricardo D Righetto / Lorenz Lamm / Thalia Salinas-Giegé / Ron Kelley / Xianjun Zhang / Martin Obr / Sagar Khavnekar / Abhay Kotecha / Benjamin D Engel /
要旨: Mitochondria regenerate adenosine triphosphate (ATP) through oxidative phosphorylation. This process is carried out by five membrane-bound complexes collectively known as the respiratory chain, ...Mitochondria regenerate adenosine triphosphate (ATP) through oxidative phosphorylation. This process is carried out by five membrane-bound complexes collectively known as the respiratory chain, working in concert to transfer electrons and pump protons. The precise organization of these complexes in native cells is debated. We used in situ cryo-electron tomography to visualize the native structures and organization of several major mitochondrial complexes in cells. ATP synthases and respiratory complexes segregate into curved and flat crista membrane domains, respectively. Respiratory complexes I, III, and IV assemble into a respirasome supercomplex, from which we determined a native 5-angstrom (Å) resolution structure showing binding of electron carrier cytochrome . Combined with single-particle cryo-electron microscopy at 2.4-Å resolution, we model how the respiratory complexes organize inside native mitochondria.
履歴
登録2024年4月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年3月12日-
マップ公開2025年3月12日-
更新2025年4月2日-
現状2025年4月2日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_50205.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_50205.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 775.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1 Å/pix.
x 588 pix.
= 589.6 Å		1 Å/pix.
x 588 pix.
= 589.6 Å		1 Å/pix.
x 588 pix.
= 589.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.00272 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.135
最小 - 最大-0.45284176 - 0.84964985
平均 (標準偏差)0.000052450076 (±0.019958718)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ588588588
Spacing588588588
セルA=B=C: 589.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_50205_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_50205_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_50205_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Small subunit of the flowering plant mitochondrial ribosome in pr...

全体名称: Small subunit of the flowering plant mitochondrial ribosome in presence of RsgA
要素
  • 複合体: Small subunit of the flowering plant mitochondrial ribosome in presence of RsgA
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase subunit 1
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase polypeptide II
    • タンパク質・ペプチド: cytochrome-c oxidase
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase subunit 3
    • タンパク質・ペプチド: Cox5b
    • タンパク質・ペプチド: Cox5c
    • タンパク質・ペプチド: Cox6a
    • タンパク質・ペプチド: Cox6b
    • タンパク質・ペプチド: Cox7c
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase subunit
    • タンパク質・ペプチド: Cox7a
    • タンパク質・ペプチド: CoxIn
  • リガンド: HEME-A
  • リガンド: COPPER (II) ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: (7S)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-9-OXO-7-[(PALMITOYLOXY)METHYL]-3,5,8-TRIOXA-4-PHOSPHAHEXACOSAN-1-AMINIUM 4-OXIDE
  • リガンド: (1S)-2-{[{[(2R)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL STEARATE
  • リガンド: DINUCLEAR COPPER ION
  • リガンド: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE
  • リガンド: 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE

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超分子 #1: Small subunit of the flowering plant mitochondrial ribosome in pr...

超分子名称: Small subunit of the flowering plant mitochondrial ribosome in presence of RsgA
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#12
由来(天然)生物種: Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)

+
分子 #1: Cytochrome c oxidase subunit 1

分子名称: Cytochrome c oxidase subunit 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: cytochrome-c oxidase
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 55.194918 KDa
配列文字列: MRWLYSTSHK DIGLLYLVFA FFGGLLGTSL SMLIRYELAL PGRGLLDGNG QLYNVIITGH GIIMLLFMVM PALFGGFGNW LLPIMIGAP DMAFPRLNNI SFWLNPPALA LLLLSTLVEQ GPGTGWTAYP PLSVQHSGTS VDLAILSLHL NGLSSILGAV N MLVTVAGL ...文字列:
MRWLYSTSHK DIGLLYLVFA FFGGLLGTSL SMLIRYELAL PGRGLLDGNG QLYNVIITGH GIIMLLFMVM PALFGGFGNW LLPIMIGAP DMAFPRLNNI SFWLNPPALA LLLLSTLVEQ GPGTGWTAYP PLSVQHSGTS VDLAILSLHL NGLSSILGAV N MLVTVAGL RAPGMKLLHM PLFVWAIALT AVLVILAVPV LAAALVMLLT DRNINTAYFC ESGDLILYQH LFWFFGHPEV YI LILPAFG IVSQVVSFFS QKPVFGLTGM ICAMGAISLL GFIVWAHHMF TVGLDLDTVA YFTSATMIIA VPTGMKIFSW MAT IYSGRV WFTTPMWFAV GFICLFTLGG VTGVVLANAG VDMLVHDTYY VVAHFHYVLS MGAVFGIFAG VYFWGNLITG LGYH EGRAM VHFWLLFIGV NLTFFPQHFL GLAGMPRRMF DYADCFAGWN AVSSFGASIS FISVIVFATT FQEAVRTVPR TATTL EWVL LATPAHHALS QVPVLRTASS H

UniProtKB: Cytochrome c oxidase subunit 1

+
分子 #2: Cytochrome c oxidase polypeptide II

分子名称: Cytochrome c oxidase polypeptide II / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 30.716742 KDa
配列文字列: MLRQSGLSAN KLFCSNLLQS QQKEGNKLVW NAMLFSSKAE GSAVQQVVAS EGVAQAVPQF SSEAAAALAA KRRGLIGSGM SLAPSKPFA ARGLTSAAKP AAAAAAGAAE AAQPADKYAG LKKVLKAAAA LAAALGLTTT TAAADSPQPW QLLFQDTATS T AQAMIDLH ...文字列:
MLRQSGLSAN KLFCSNLLQS QQKEGNKLVW NAMLFSSKAE GSAVQQVVAS EGVAQAVPQF SSEAAAALAA KRRGLIGSGM SLAPSKPFA ARGLTSAAKP AAAAAAGAAE AAQPADKYAG LKKVLKAAAA LAAALGLTTT TAAADSPQPW QLLFQDTATS T AQAMIDLH HDIFFFLITV VTLVFYMMFQ IITKFHYSKV LKPEKLTHHT TMEVIWTIIP TLIVVMIAIP SLTLIYSLDQ HT ERPGLTV KIIGRQWYWS YEMHDHLQHK LLDPDRLVGI AEKALVK

UniProtKB: Cytochrome c oxidase polypeptide II

+
分子 #3: cytochrome-c oxidase

分子名称: cytochrome-c oxidase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: cytochrome-c oxidase
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 17.270035 KDa
配列文字列:
MSESKDQLKE KLKADPSFRA ELKDRIKNAL LSKVPASVPI SYNFDSYMLT EVQPGQLRVL EVDERLVLPT NTLIRLLVTA SDVLHSWAV PALGVKMDAV PGRLNQVWMS INREGVFYGQ CSELCGANHS FMPIVVEAIS PRQFLTEYVK KWIS

UniProtKB: cytochrome-c oxidase

+
分子 #4: Cytochrome c oxidase subunit 3

分子名称: Cytochrome c oxidase subunit 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 41.453922 KDa
配列文字列: MRSQLLRFLT RAPAGFSQEG LQALRAGLTS GEASGLLQSS AFGRQNESAA PRGLGFGKMA LPLSFQGHLM STLASANGDD KKEPTTGAL AQQPQVPNAL AALPPRGTRT MGSHAAGHQT AKEFYMEHIG KRHPFHVLPP SPWPMLAGWG TYVSCLGMAA W FHNMPTGG ...文字列:
MRSQLLRFLT RAPAGFSQEG LQALRAGLTS GEASGLLQSS AFGRQNESAA PRGLGFGKMA LPLSFQGHLM STLASANGDD KKEPTTGAL AQQPQVPNAL AALPPRGTRT MGSHAAGHQT AKEFYMEHIG KRHPFHVLPP SPWPMLAGWG TYVSCLGMAA W FHNMPTGG ALMAFGMANI AWTAITWWRD CAIEGDMGMH TEVVRKNFIS GMWAFIVSEA LLFVGLLWAC LHLGMSPSVA LQ MQWPPVG IEPIGWDKRA LVMSAVLAAS YYSANVAMVA KDPKVVMGAL ATTIGLGAMF LADQYLEYNE TPFTITDSPY GTT FFVTTG FHGMHVLLGS LYLTAALMMY KRTHNAGAAL KSSILYWHFV DIVWIAVYGI IYVGQY

UniProtKB: Cytochrome c oxidase subunit 3

+
分子 #5: Cox5b

分子名称: Cox5b / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 19.051588 KDa
配列文字列:
MNRLGALSGL LARAARTCSR RWATAASGVP AELSAVGIVG QEFAAQARSL HTSLTTCQGA PAEAKPSALS AEPPRKYRPL GDKELWHEA WMYEDKFGTE EDPIIVPSLE AERIIGVTDP EDETLVVWGI LKDGEPPRQF VENGEFYVLK HVEYIKKVGD V LEAIEGGA DKAKIAK

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #6: Cox5c

分子名称: Cox5c / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 10.886307 KDa
配列文字列:
MSQAPATAAS KAVYAPSEYF KYGEGASKHF GFAKHVAIAM TVGLGLSFAW KTWHWNEKRY IAQYYADMAR REAREDAARK SALADKYKQ LEEELLS

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #7: Cox6a

分子名称: Cox6a / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 13.985016 KDa
配列文字列:
MQALRRAVST AMPGFRRAST TAGETIDKYW APYFPKPAVT ADEAKKSVNK EMVGFMLLGP VGVAFMLYDF AVGLEEEHHV TIPPYPWMR IRRLPGMPWG QDGLFEGHPR VATTWPPEEG AADSHH

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #8: Cox6b

分子名称: Cox6b / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 17.277316 KDa
配列文字列:
MGLFNYFVAR ADAEVVEEEH APPPPPPPPK KSSRKPTLES LSADELEELK NEVVSEVVDK IAGEDGTKLA DFLEPELITA PYDPRFPNR NQARHCFVRF NEYYKCLYER GEEHPRCQFY QKAYQSLCPS EWVESWQELR EKGLWTGKY

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #9: Cox7c

分子名称: Cox7c / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 11.356865 KDa
配列文字列:
MSSALRRLSQ QAPRLTRGLK TGNVTKGGAE KYSHEEVVYG DGHHGLRKGY TYDFEHGPHY LQPEKIPNFW SKFYAGTGAL YAVGLGVPL FAVWWQQSKL KA

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #10: Cytochrome c oxidase subunit

分子名称: Cytochrome c oxidase subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 11.694374 KDa
配列文字列:
MARAQIERWA AEHPTAPRVG RIFEVPLGYV VPRVAAGIAA AGCLWYMNNT FLQTYRPESL SKEFLEEQAK IGEVAQRMNA PPVYLNPFT NRIPGSILGP EDAKPE

UniProtKB: Cytochrome c oxidase subunit

+
分子 #11: Cox7a

分子名称: Cox7a / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 6.53242 KDa
配列文字列:
MFPSRALKAA ADSYKATDFT NPKYNYFFRE LTARVQGVLL TGGSLYGTWL VVFGEAQR

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #12: CoxIn

分子名称: CoxIn / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 9.905305 KDa
配列文字列:
MPLPFKLPLD AYILMLPITY ASAAFVAMCC RVPTADPETS SIAYYEDEQK SAAAAQRYDN SFKQFFDARI RNHKVGVFQN WMPNSPQ

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #13: HEME-A

分子名称: HEME-A / タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 2 / 式: HEA
分子量理論値: 852.837 Da
Chemical component information

ChemComp-HEA:
HEME-A

+
分子 #14: COPPER (II) ION

分子名称: COPPER (II) ION / タイプ: ligand / ID: 14 / コピー数: 1 / 式: CU
分子量理論値: 63.546 Da
Chemical component information

ChemComp-CU:
COPPER (II) ION

+
分子 #15: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 15 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #16: (7S)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-9-OXO-7-[(PALMITOYLOXY)METHYL]-3,5...

分子名称: (7S)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-9-OXO-7-[(PALMITOYLOXY)METHYL]-3,5,8-TRIOXA-4-PHOSPHAHEXACOSAN-1-AMINIUM 4-OXIDE
タイプ: ligand / ID: 16 / コピー数: 1 / 式: PC7
分子量理論値: 763.1 Da
Chemical component information

ChemComp-PC7:
(7S)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-9-OXO-7-[(PALMITOYLOXY)METHYL]-3,5,8-TRIOXA-4-PHOSPHAHEXACOSAN-1-AMINIUM 4-OXIDE / リン脂質*YM

+
分子 #17: (1S)-2-{[{[(2R)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-...

分子名称: (1S)-2-{[{[(2R)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL STEARATE
タイプ: ligand / ID: 17 / コピー数: 1 / 式: PGT
分子量理論値: 751.023 Da
Chemical component information

ChemComp-PGT:
(1S)-2-{[{[(2R)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL STEARATE / リン脂質*YM

+
分子 #18: DINUCLEAR COPPER ION

分子名称: DINUCLEAR COPPER ION / タイプ: ligand / ID: 18 / コピー数: 1 / 式: CUA
分子量理論値: 127.092 Da
Chemical component information

ChemComp-CUA:
DINUCLEAR COPPER ION

+
分子 #19: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE

分子名称: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / タイプ: ligand / ID: 19 / コピー数: 2 / 式: PTY
分子量理論値: 734.039 Da
Chemical component information

ChemComp-PTY:
PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / リン脂質*YM

+
分子 #20: 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE

分子名称: 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 20 / コピー数: 2 / 式: 3PH
分子量理論値: 704.998 Da
Chemical component information

ChemComp-3PH:
1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE / ジステアロイルホスファチジン酸

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度3 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 20 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)
平均電子線量: 36.27 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 165000
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 553666
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.39 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 83443
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

精密化空間: REAL
得られたモデル

PDB-9f60:
Structure of the Chlamydomonas reinhardtii respiratory complex IV from respiratory supercomplex

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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