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- PDB-9evs: Structure of the flowering plant mitoribosome with P-site tRNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9evs
タイトルStructure of the flowering plant mitoribosome with P-site tRNA
要素
  • 18S rRNA
  • 26S rRNA
  • 5S rRNA
  • Large ribosomal subunit protein uL2mz, N-terminal part
  • Nascent peptide
  • Small ribosomal subunit protein uS3m
  • bL17m
  • bL19m
  • bL20m
  • bL21m
  • bL25-2m
  • bL25m
  • bL27m
  • bL28m
  • bL31m
  • bL32m
  • bL33m
  • bL34m
  • bL35m
  • bL36m
  • bL9m
  • bS16m
  • bS18m
  • bS21m
  • bS6m
  • bTHXm
  • mL101 (rPPR4)
  • mL102 (rPPR5)
  • mL104 (rPPR9)
  • mL40
  • mL41
  • mL43
  • mL46
  • mL53
  • mL54
  • mL59/mL64
  • mL60
  • mL80
  • mL87
  • mRNA
  • mS23
  • mS26
  • mS29
  • mS31/mS46
  • mS33
  • mS34
  • mS35
  • mS37
  • mS38
  • mS41
  • mS45
  • mS47
  • mS76 (rPPR1)
  • mS77 (NFD5)
  • mS83 (rPPR10)
  • mS86
  • tRNA
  • uL10m
  • uL11m
  • uL13m
  • uL14m
  • uL15m
  • uL16m
  • uL18m
  • uL22m
  • uL23m
  • uL24m
  • uL29m
  • uL2m C-ter
  • uL30m
  • uL3m
  • uL4m
  • uL5m
  • uL6m
  • uS10m
  • uS11m
  • uS12m
  • uS13m
  • uS14m
  • uS15m
  • uS17m
  • uS19m
  • uS2m
  • uS4m
  • uS5m
  • uS7m,Small ribosomal subunit protein uS7m
  • uS8m
  • uS9m
キーワードRIBOSOME / Mitochondria / tRNA / mitoribosome / plant
機能・相同性
機能・相同性情報


pollen tube development / gametophyte development / embryo development ending in seed dormancy / cell communication / mitochondrial large ribosomal subunit / mitochondrial small ribosomal subunit / mitochondrial translation / mitochondrial membrane organization / rRNA binding / structural constituent of ribosome ...pollen tube development / gametophyte development / embryo development ending in seed dormancy / cell communication / mitochondrial large ribosomal subunit / mitochondrial small ribosomal subunit / mitochondrial translation / mitochondrial membrane organization / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / mitochondrion / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Mitochondrial ribosomal protein S7, plants / Ribosomal protein S3, mitochondrial, plant / : / Eukaryotic mitochondrial regulator protein / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S3, C-terminal / Ribosomal protein S3, C-terminal domain / Ribosomal protein S3, C-terminal domain superfamily / K homology domain superfamily, prokaryotic type / Ribosomal protein S5/S7 ...Mitochondrial ribosomal protein S7, plants / Ribosomal protein S3, mitochondrial, plant / : / Eukaryotic mitochondrial regulator protein / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S3, C-terminal / Ribosomal protein S3, C-terminal domain / Ribosomal protein S3, C-terminal domain superfamily / K homology domain superfamily, prokaryotic type / Ribosomal protein S5/S7 / Ribosomal protein S7 domain / Ribosomal protein S7 domain superfamily / Ribosomal protein S7p/S5e / Ribosomal Proteins L2, RNA binding N-terminal domain / Ribosomal Proteins L2, RNA binding domain / Ribosomal Proteins L2, RNA binding domain / Ribosomal protein L2 / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / CHLORAMPHENICOL / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS3m / Small ribosomal subunit protein uS7m / Uncharacterized protein / Large ribosomal subunit protein uL2mz, N-terminal part
類似検索 - 構成要素
生物種Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
Brassica oleracea var. oleracea (植物)
Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.05 Å
データ登録者Waltz, F. / Skaltsogiannis, V. / Giege, P.
資金援助 ドイツ, スイス, 2件
組織認可番号国
Alexander von Humboldt Foundation ドイツ
Swiss National Science Foundation210561 スイス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Structural insights into cauliflower mitoribosome in translation state and in association with a late assembly factor.
著者: Vasileios Skaltsogiannis / Philippe Wolff / Tan-Trung Nguyen / Nicolas Corre / David Pflieger / Todd Blevins / Yaser Hashem / Philippe Giegé / Florent Waltz /
要旨: Ribosomes are key molecular machines that translate mRNA into proteins. Mitoribosomes are specific ribosomes found in mitochondria, which have been shown to be remarkably diverse across eukaryotic ...Ribosomes are key molecular machines that translate mRNA into proteins. Mitoribosomes are specific ribosomes found in mitochondria, which have been shown to be remarkably diverse across eukaryotic lineages. In plants, they possess unique features, including additional rRNA domains stabilized by plant-specific proteins. However, the structural specificities of plant mitoribosomes in translation state remained unknown. We used cryo-electron microscopy to provide a high-resolution structural characterization of the cauliflower mitoribosome, in translating and maturation states. The structure reveals the mitoribosome bound with a tRNA in the peptidyl site, along with a segment of mRNA and a nascent polypeptide. Moreover, using structural data, nanopore sequencing and mass spectrometry, we identify a set of 19 ribosomal RNA modifications. Additionally, we observe a late assembly intermediate of the small ribosomal subunit, in complex with the RsgA assembly factor. This reveals how a plant-specific extension of RsgA blocks the mRNA channel to prevent premature mRNA association before complete small subunit maturation. Our findings elucidate key aspects of translation in angiosperm plant mitochondria, revealing its distinct features compared to other eukaryotic lineages.
履歴
登録2024年4月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年9月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年9月3日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年9月3日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年9月3日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年9月3日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年9月3日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年9月3日Data content type: Mask / Part number: 1 / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年9月3日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年12月17日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update
改定 1.12025年12月17日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Database references / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / EM metadata / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Data content type: EM metadata / EM metadata ...EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
B: Small ribosomal subunit protein uS3m
C: uS4m
D: uS5m
E: bS6m
F: uS7m,Small ribosomal subunit protein uS7m
G: uS8m
H: uS9m
I: uS10m
J: uS11m
K: uS12m
L: uS13m
M: uS14m
N: uS15m
O: bS16m
P: uS17m
Q: bS18m
R: uS19m
S: bS21m
T: bTHXm
U: mS23
V: mS26
W: mS29
X: mS31/mS46
Y: mS33
Z: mS34
1: 26S rRNA
3: 5S rRNA
1B: uL2m C-ter
1C: Large ribosomal subunit protein uL2mz, N-terminal part
1D: uL3m
1E: uL4m
1F: uL5m
1G: uL6m
1H: bL9m
1I: uL10m
1J: uL11m
1K: uL13m
1L: uL14m
1M: uL15m
1N: uL16m
1O: bL17m
1P: uL18m
1Q: bL19m
1R: bL20m
1S: bL21m
1T: uL22m
1U: uL23m
1V: uL24m
1W: bL25-2m
1X: bL25m
1Y: bL27m
1Z: bL28m
1a: uL29m
1b: uL30m
1c: bL31m
1d: bL32m
1e: bL33m
1f: bL34m
1g: bL35m
1h: bL36m
1i: mL40
1j: mL41
1k: mL43
1l: mL46
1m: mL53
1o: mL54
1p: mL59/mL64
1q: mL60
1r: mL80
1s: mL87
1t: mL101 (rPPR4)
1u: mL102 (rPPR5)
1v: mL104 (rPPR9)
1x: Nascent peptide
5: tRNA
2: 18S rRNA
6: mRNA
a: mS35
b: mS37
c: mS38
d: mS41
e: mS45
f: mS47
h: mS83 (rPPR10)
i: mS77 (NFD5)
j: mS76 (rPPR1)
k: mS86
A: uS2m
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,686,079523
ポリマ－3,673,54888
非ポリマー12,531435
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

-
要素

+
タンパク質 , 82種, 82分子 BCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ1B1C1D1E1F...

#1: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS3m / Ribosomal protein S3 / mitochondrial


分子量: 64731.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GWHPBJSH000741
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
参照: UniProt: A0A068BCX1
#2: タンパク質 uS4m


分子量: 43438.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GWHPBJSH000696
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
#3: タンパク質 uS5m


分子量: 58296.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GWHPBJSH015007
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
#4: タンパク質 bS6m


分子量: 16011.447 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
#5: タンパク質 uS7m,Small ribosomal subunit protein uS7m / Ribosomal protein S7 / mitochondrial


分子量: 17955.059 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: GWHPBJSH000704 Extension in N-ter not present in UNIPROT,Extension in N-ter not present in UNIPROT,GWHPBJSH000704 Extension in N-ter not present in UNIPROT,Extension in N-ter not present in UNIPROT
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
参照: UniProt: A0A068BEX5
#6: タンパク質 uS8m


分子量: 14874.127 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GWHPBJSH002412
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
#7: タンパク質 uS9m


分子量: 42328.410 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GWHPBJSH080139
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
#8: タンパク質 uS10m


分子量: 25251.248 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GWHPBJSH050210
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
#9: タンパク質 uS11m


分子量: 33108.223 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GWHPBJSH051931
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
#10: タンパク質 uS12m


分子量: 14283.795 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GWHPDUBS019876
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
#11: タンパク質 uS13m


分子量: 17398.301 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GWHPBJSH064799
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
#12: タンパク質 uS14m


分子量: 17928.850 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GWHPDUBS019475
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
#13: タンパク質 uS15m


分子量: 47211.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GWHPBJSH065138
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
#14: タンパク質 bS16m


分子量: 15330.757 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GWHPBJSH018119
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
#15: タンパク質 uS17m


分子量: 12090.024 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GWHPBJSH049400
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
#16: タンパク質 bS18m


分子量: 27106.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GWHPBJSH076274
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
#17: タンパク質 uS19m


分子量: 23675.223 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
#18: タンパク質 bS21m


分子量: 11541.774 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GWHPBJSH012122
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
#19: タンパク質 bTHXm


分子量: 10582.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GWHPDUBS022287
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
#20: タンパク質 mS23


分子量: 21903.480 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GWHPBJSH071753
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
#21: タンパク質 mS26


分子量: 23093.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GWHPBJSH068774
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
#22: タンパク質 mS29


分子量: 54288.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GWHPBJSH054439
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
#23: タンパク質 mS31/mS46


分子量: 53476.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GWHPBJSH057126
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
#24: タンパク質 mS33


分子量: 11631.559 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GWHPDUBS036572
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
#25: タンパク質 mS34


分子量: 16650.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GWHPBJSH018393
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
#28: タンパク質 uL2m C-ter


分子量: 23561.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GWHPBJSH030998 / 由来: (天然) Brassica oleracea var. oleracea (植物)
#29: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL2mz, N-terminal part / 60S ribosomal protein L2 / mitochondrial


分子量: 35903.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GWHPBJSH056804
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: P93311
#30: タンパク質 uL3m


分子量: 35071.527 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GWHPBJSH008303
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
#31: タンパク質 uL4m


分子量: 33050.207 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GWHPBJSH075117
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
#32: タンパク質 uL5m


分子量: 21258.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GWHPBJSH000742
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
#33: タンパク質 uL6m


分子量: 11570.778 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GWHPBJSH074602
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
#34: タンパク質 bL9m


分子量: 25074.322 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GWHPDUBS006976
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
#35: タンパク質 uL10m


分子量: 18917.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GWHPDUBS004443
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
#36: タンパク質 uL11m


分子量: 17034.994 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GWHPBJSH065595
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
#37: タンパク質 uL13m


分子量: 23166.916 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GWHPBJSH029441
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
#38: タンパク質 uL14m


分子量: 18926.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GWHPBJSH089764
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
#39: タンパク質 uL15m


分子量: 31222.631 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GWHPBJSH025994
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
#40: タンパク質 uL16m


分子量: 20186.928 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GWHPBJSH064047
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
#41: タンパク質 bL17m


分子量: 18612.463 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GWHPBJSH087064
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
#42: タンパク質 uL18m


分子量: 12654.122 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
#43: タンパク質 bL19m


分子量: 26348.527 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GWHPBJSH034513
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
#44: タンパク質 bL20m


分子量: 14749.137 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GWHPDUBS041804
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
#45: タンパク質 bL21m


分子量: 30955.697 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
#46: タンパク質 uL22m


分子量: 29793.791 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
#47: タンパク質 uL23m


分子量: 19963.191 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GWHPBJSH001034
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
#48: タンパク質 uL24m


分子量: 17547.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GWHPBJSH068111
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
#49: タンパク質 bL25-2m


分子量: 27376.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GWHPBJSH070969
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
#50: タンパク質 bL25m


分子量: 29945.787 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GWHPBJSH022473
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
#51: タンパク質 bL27m


分子量: 17095.584 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GWHPBJSH034173
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
#52: タンパク質 bL28m


分子量: 24112.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GWHPBJSH021367
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
#53: タンパク質 uL29m


分子量: 16970.814 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GWHPDUBS024649
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
#54: タンパク質 uL30m


分子量: 12347.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GWHPBJSH092856
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
#55: タンパク質 bL31m


分子量: 15785.254 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GWHPBJSH092851
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
#56: タンパク質 bL32m


分子量: 15228.754 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GWHPBJSH071754
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
#57: タンパク質 bL33m


分子量: 7446.915 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GWHPDUBS049973
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
#58: タンパク質 bL34m


分子量: 16532.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GWHPBJSH048407
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
#59: タンパク質 bL35m


分子量: 18991.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GWHPBJSH013115
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
#60: タンパク質 bL36m


分子量: 11452.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
#61: タンパク質 mL40


分子量: 27264.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GWHPDUBS047948
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
#62: タンパク質 mL41


分子量: 10075.808 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GWHPDUBS013782
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
#63: タンパク質 mL43


分子量: 13679.948 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GWHPDUBS043571
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
#64: タンパク質 mL46


分子量: 27178.295 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GWHPBJSH030844
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
#65: タンパク質 mL53


分子量: 14567.626 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GWHPDUBS021933
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
#66: タンパク質 mL54


分子量: 13767.887 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GWHPBJSH029436
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
#67: タンパク質 mL59/mL64


分子量: 15415.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GWHPBJSH003404
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
#68: タンパク質 mL60


分子量: 8680.037 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GWHPDUBS017065
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
#69: タンパク質 mL80


分子量: 18391.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GWHPDUBS033403
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
#70: タンパク質 mL87


分子量: 20712.545 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GWHPBJSH067819
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
#71: タンパク質 mL101 (rPPR4)


分子量: 55947.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GWHPBJSH088794
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
#72: タンパク質 mL102 (rPPR5)


分子量: 85828.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GWHPBJSH031757
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
#73: タンパク質 mL104 (rPPR9)


分子量: 59234.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GWHPBJSH068020
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
#78: タンパク質 mS35


分子量: 48577.301 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GWHPBJSH049245
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
#79: タンパク質 mS37


分子量: 9227.926 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
#80: タンパク質 mS38


分子量: 14562.171 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GWHPDUBS042575
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
#81: タンパク質 mS41


分子量: 12498.950 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GWHPBJSH068514
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
#82: タンパク質 mS45


分子量: 44013.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GWHPBJSH025481
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
参照: UniProt: A0A0D3BFU2
#83: タンパク質 mS47


分子量: 45518.668 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GWHPBJSH021410
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
参照: 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3価のアルコールのエステル加水分解酵素
#84: タンパク質 mS83 (rPPR10)


分子量: 43367.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GWHPBJSH050066
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
#85: タンパク質 mS77 (NFD5)


分子量: 82648.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
#86: タンパク質 mS76 (rPPR1)


分子量: 45681.852 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GWHPDUBS003368
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
#87: タンパク質 mS86


分子量: 15967.962 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: GWHPBJSH080930 Full sequence: MHYMGLFSRAGNIFRQPRALQASNAMLQGNLSLTPSKIFVGGLSPSTDVELLKEAFGSFG KIVDAVVVLDRESGLSRGFGFVTYDSIEVANNAMQAMQNKELDGRIIGVHPADSGGGGGG ...詳細: GWHPBJSH080930 Full sequence: MHYMGLFSRAGNIFRQPRALQASNAMLQGNLSLTPSKIFVGGLSPSTDVELLKEAFGSFG KIVDAVVVLDRESGLSRGFGFVTYDSIEVANNAMQAMQNKELDGRIIGVHPADSGGGGGG GGFARRGGYGGGRGGYARGGFGRGGFGGGGYGFVR,Full sequence: MHYMGLFSRAGNIFRQPRALQASNAMLQGNLSLTPSKIFVGGLSPSTDVELLKEAFGSFG KIVDAVVVLDRESGLSRGFGFVTYDSIEVANNAMQAMQNKELDGRIIGVHPADSGGGGGG GGFARRGGYGGGRGGYARGGFGRGGFGGGGYGFVR
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
#88: タンパク質 uS2m


分子量: 23743.545 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GWHPBJSH046906
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)

-
RNA鎖 , 5種, 5分子 13526

#26: RNA鎖 26S rRNA


分子量: 944322.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
#27: RNA鎖 5S rRNA


分子量: 37992.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
#75: RNA鎖 tRNA


分子量: 24541.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
#76: RNA鎖 18S rRNA


分子量: 514869.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
#77: RNA鎖 mRNA


分子量: 1907.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 1x

#74: タンパク質・ペプチド Nascent peptide


分子量: 316.353 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)

-
非ポリマー , 5種, 435分子

#89: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 357 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#90: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#91: 化合物 ChemComp-CLM / CHLORAMPHENICOL


分子量: 323.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H12Cl2N2O5 / コメント: 抗生剤*YM
#92: 化合物...
ChemComp-K / POTASSIUM ION


分子量: 39.098 Da / 分子数: 74 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#93: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Flowering plant mitochondrial ribosome in presence of P-site tRNA
タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#88 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
器官: Flower / Organelle: Mitochondria
緩衝液pH: 7.5
試料濃度: 3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 %

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影電子線照射量: 45 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC粒子像選択
2PHENIX1.20.1_4487:モデル精密化
13cryoSPARC３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.05 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 34964 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築空間: REAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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