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- PDB-9d93: Mycobacteriophage Bxb1 tail tip - Composite map and model -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9d93
タイトルMycobacteriophage Bxb1 tail tip - Composite map and model
要素
  • Baseplate hub, gp25
  • Tail collar fibers, gp4
  • Tail collar spacer, gp6
  • Tail spike, gp29
  • Tail tip cage, gp23
  • Tail tube, gp19
  • Tail wing arm, gp31
  • Tail wing base, gp30
  • Tail wing brush, gp33
  • Tapemeasure protein
キーワードVIRAL PROTEIN / Bacteriophage / tail tip
機能・相同性
機能・相同性情報


Siphovirus Gp37-like protein / : / : / Siphovirus ReqiPepy6 Gp37-like protein / Glycine-rich domain / Phage tail tip domain / : / Phage tail tube protein / : / Beta-lactamase-related ...Siphovirus Gp37-like protein / : / : / Siphovirus ReqiPepy6 Gp37-like protein / Glycine-rich domain / Phage tail tip domain / : / Phage tail tube protein / : / Beta-lactamase-related / Beta-lactamase / Fibronectin type III / Beta-lactamase/transpeptidase-like / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Minor tail protein / Minor tail protein / Glycine-rich domain-containing protein / Minor tail protein / Minor tail protein / Minor tail protein / Minor tail protein / Tapemeasure protein / Major tail protein / Minor tail protein gp31 C-terminal domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium phage Bxb1 (ファージ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Freeman, K.G.
資金援助 米国, 台湾, 8件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)K99AI173544 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM116884 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI)GT12053 米国
National Institutes of Health/Office of the DirectorS10 OD025009 米国
National Institutes of Health/Office of the DirectorS10 OD019995 米国
National Institutes of Health/Office of the DirectorS10OD032467 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)U24GM129547 米国
Academia Sinica (Taiwan)AS-IDR-110-06 台湾
引用ジャーナル: Cell / 年: 2025
タイトル: Structure and infection dynamics of mycobacteriophage Bxb1.
著者: Krista G Freeman / Sudipta Mondal / Lourriel S Macale / Jennifer Podgorski / Simon J White / Benjamin H Silva / Valery Ortiz / Alexis Huet / Ronelito J Perez / Joemark T Narsico / Meng-Chiao ...著者: Krista G Freeman / Sudipta Mondal / Lourriel S Macale / Jennifer Podgorski / Simon J White / Benjamin H Silva / Valery Ortiz / Alexis Huet / Ronelito J Perez / Joemark T Narsico / Meng-Chiao Ho / Deborah Jacobs-Sera / Todd L Lowary / James F Conway / Donghyun Park / Graham F Hatfull /
要旨: Mycobacteriophage Bxb1 is a well-characterized virus of Mycobacterium smegmatis with double-stranded DNA and a long, flexible tail. Mycobacteriophages show considerable potential as therapies for ...Mycobacteriophage Bxb1 is a well-characterized virus of Mycobacterium smegmatis with double-stranded DNA and a long, flexible tail. Mycobacteriophages show considerable potential as therapies for Mycobacterium infections, but little is known about the structural details of these phages or how they bind to and traverse the complex Mycobacterium cell wall. Here, we report the complete structure and atomic model of phage Bxb1, including the arrangement of immunodominant domains of both the capsid and tail tube subunits, as well as the assembly of the protein subunits in the tail-tip complex. The structure contains protein assemblies with 3-, 5-, 6-, and 12-fold symmetries, which interact to satisfy several symmetry mismatches. Cryoelectron tomography of phage particles bound to M. smegmatis reveals the structural transitions that occur for free phage particles to bind to the cell surface and navigate through the cell wall to enable DNA transfer into the cytoplasm.
履歴
登録2024年8月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年9月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年9月25日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年9月25日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年9月25日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年3月19日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: em_admin / entity ...em_admin / entity / pdbx_entry_details / pdbx_related_exp_data_set
Item: _em_admin.last_update / _entity.pdbx_description
改定 1.12025年3月19日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Experimental summary / Structure summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / entity / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _entity.pdbx_description
改定 1.22025年4月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.year / _em_admin.last_update
改定 1.32025年4月30日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _em_admin.last_update
改定 1.42025年6月11日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
Ja: Tail tube, gp19
Jb: Tail tube, gp19
Jc: Tail tube, gp19
Jd: Tail tube, gp19
Je: Tail tube, gp19
Jf: Tail tube, gp19
Ka: Tail collar spacer, gp6
Kb: Tail collar spacer, gp6
Kc: Tail collar spacer, gp6
La: Tail collar fibers, gp4
Lb: Tail collar fibers, gp4
Lc: Tail collar fibers, gp4
Ld: Tail collar fibers, gp4
Le: Tail collar fibers, gp4
Lf: Tail collar fibers, gp4
Lg: Tail collar fibers, gp4
Lh: Tail collar fibers, gp4
Li: Tail collar fibers, gp4
Ma: Tail tip cage, gp23
Mb: Tail tip cage, gp23
Mc: Tail tip cage, gp23
Md: Tail tip cage, gp23
Me: Tail tip cage, gp23
Mf: Tail tip cage, gp23
Na: Tapemeasure protein
Nb: Tapemeasure protein
Nc: Tapemeasure protein
Oa: Baseplate hub, gp25
Ob: Baseplate hub, gp25
Oc: Baseplate hub, gp25
Pa: Tail spike, gp29
Pb: Tail spike, gp29
Pc: Tail spike, gp29
Qa: Tail wing brush, gp33
Qb: Tail wing brush, gp33
Qc: Tail wing brush, gp33
Ra: Tail wing arm, gp31
Rb: Tail wing arm, gp31
Rc: Tail wing arm, gp31
Rd: Tail wing arm, gp31
Re: Tail wing arm, gp31
Rf: Tail wing arm, gp31
Sa: Tail wing base, gp30
Sb: Tail wing base, gp30
Sc: Tail wing base, gp30


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,941,66645
ポリマ－1,941,66645
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

-
タンパク質 , 10種, 45分子 JaJbJcJdJeJfKaKbKcLaLbLcLdLeLfLgLhLiMaMbMcMdMeMfNaNbNcOaObOc...

#1: タンパク質
Tail tube, gp19


分子量: 30170.271 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mycobacterium phage Bxb1 (ファージ) / 参照: UniProt: Q9B0A2
#2: タンパク質 Tail collar spacer, gp6


分子量: 9696.724 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mycobacterium phage Bxb1 (ファージ) / 参照: UniProt: A0A345MFL2
#3: タンパク質
Tail collar fibers, gp4


分子量: 36723.973 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mycobacterium phage Bxb1 (ファージ) / 参照: UniProt: Q9B0B7
#4: タンパク質
Tail tip cage, gp23


分子量: 74357.398 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mycobacterium phage Bxb1 (ファージ) / 参照: UniProt: Q9B098
#5: タンパク質 Tapemeasure protein


分子量: 84842.367 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mycobacterium phage Bxb1 (ファージ) / 参照: UniProt: Q9B099
#6: タンパク質 Baseplate hub, gp25


分子量: 67065.172 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mycobacterium phage Bxb1 (ファージ) / 参照: UniProt: Q9B096
#7: タンパク質 Tail spike, gp29


分子量: 64056.230 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mycobacterium phage Bxb1 (ファージ) / 参照: UniProt: Q9B092
#8: タンパク質 Tail wing brush, gp33


分子量: 24772.268 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mycobacterium phage Bxb1 (ファージ) / 参照: UniProt: Q9B088
#9: タンパク質
Tail wing arm, gp31


分子量: 11315.524 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mycobacterium phage Bxb1 (ファージ) / 参照: UniProt: A0A345MFN8
#10: タンパク質 Tail wing base, gp30


分子量: 54931.043 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mycobacterium phage Bxb1 (ファージ) / 参照: UniProt: Q9B091

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詳細

Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Mycobacterium phage Bxb1 / タイプ: VIRUS
詳細: Tail tip complex of Bxb1, containing ten protein subunit types. This is a composite map, and related entries for consensus and locally refined maps are noted.
Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量
IDEntity assembly-ID実験値
11NO
21YES
由来(天然)生物種: Mycobacterium phage Bxb1 (ファージ) / 株: Mycobacterium phage Bxb1
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: SPECIES / タイプ: VIRION
天然宿主生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155
ウイルス殻名称: Mycobacteriophage Bxb1
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
110 mMTrisC4H11NO31
21 mMMagnesium sulfateMgSO41
368.44 mMSodium chlorideNaCl1
41 mMCalcium chlorideCaCl21
試料濃度: 10 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 283.15 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影電子線照射量: 30 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.85 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 22280 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.005103878
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.644141916
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d6.12714335
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04715836
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00618732

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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