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- EMDB-46687: Mycobacteriophage BaDAS-1 Icosahedral Map -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-46687
タイトルMycobacteriophage BaDAS-1 Icosahedral Map
マップデータMycobacteriophage BaDAS-1 Icosahedral Map
試料
  • ウイルス: Mycobacterium phage Bxb1 (ファージ)
キーワードBacteriophage / Mycobacteriophage BaDAS-1 / capsid / VIRUS
生物種Mycobacterium phage Bxb1 (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.67 Å
データ登録者Freeman KG
資金援助 米国, 台湾, 8件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)K99AI173544 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM116884 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI)GT12053 米国
National Institutes of Health/Office of the DirectorS10 OD025009 米国
National Institutes of Health/Office of the DirectorS10 OD019995 米国
National Institutes of Health/Office of the DirectorS10OD032467 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)U24GM129547 米国
Academia Sinica (Taiwan)AS-IDR-110-06 台湾
引用ジャーナル: Cell / 年: 2025
タイトル: Structure and infection dynamics of mycobacteriophage Bxb1.
著者: Krista G Freeman / Sudipta Mondal / Lourriel S Macale / Jennifer Podgorski / Simon J White / Benjamin H Silva / Valery Ortiz / Alexis Huet / Ronelito J Perez / Joemark T Narsico / Meng-Chiao ...著者: Krista G Freeman / Sudipta Mondal / Lourriel S Macale / Jennifer Podgorski / Simon J White / Benjamin H Silva / Valery Ortiz / Alexis Huet / Ronelito J Perez / Joemark T Narsico / Meng-Chiao Ho / Deborah Jacobs-Sera / Todd L Lowary / James F Conway / Donghyun Park / Graham F Hatfull /
要旨: Mycobacteriophage Bxb1 is a well-characterized virus of Mycobacterium smegmatis with double-stranded DNA and a long, flexible tail. Mycobacteriophages show considerable potential as therapies for ...Mycobacteriophage Bxb1 is a well-characterized virus of Mycobacterium smegmatis with double-stranded DNA and a long, flexible tail. Mycobacteriophages show considerable potential as therapies for Mycobacterium infections, but little is known about the structural details of these phages or how they bind to and traverse the complex Mycobacterium cell wall. Here, we report the complete structure and atomic model of phage Bxb1, including the arrangement of immunodominant domains of both the capsid and tail tube subunits, as well as the assembly of the protein subunits in the tail-tip complex. The structure contains protein assemblies with 3-, 5-, 6-, and 12-fold symmetries, which interact to satisfy several symmetry mismatches. Cryoelectron tomography of phage particles bound to M. smegmatis reveals the structural transitions that occur for free phage particles to bind to the cell surface and navigate through the cell wall to enable DNA transfer into the cytoplasm.
履歴
登録2024年8月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年9月18日-
マップ公開2024年9月18日-
更新2025年6月11日-
現状2025年6月11日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_46687.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_46687.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.9 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Mycobacteriophage BaDAS-1 Icosahedral Map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.33 Å/pix.
x 800 pix.
= 1064. Å		1.33 Å/pix.
x 800 pix.
= 1064. Å		1.33 Å/pix.
x 800 pix.
= 1064. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.33 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.15
最小 - 最大-0.79727745 - 2.0230203
平均 (標準偏差)-0.0026496428 (±0.084214106)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ800800800
Spacing800800800
セルA=B=C: 1064.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_46687_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half Map A

ファイルemd_46687_half_map_1.map
注釈Half Map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half Map B

ファイルemd_46687_half_map_2.map
注釈Half Map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Mycobacterium phage Bxb1

全体名称: Mycobacterium phage Bxb1 (ファージ)
要素
  • ウイルス: Mycobacterium phage Bxb1 (ファージ)

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超分子 #1: Mycobacterium phage Bxb1

超分子名称: Mycobacterium phage Bxb1 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
詳細: Portal and connector complex of Bxb1, containing five protein subunit types. This is a composite map, and related entries for consensus and locally refined maps are noted.
NCBI-ID: 2902907 / 生物種: Mycobacterium phage Bxb1 / Sci species strain: Mycobacterium phage Bxb1 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度10 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
10.0 mMC4H11NO3Tris
1.0 mMMgSO4Magnesium sulfate
68.44 mMNaClSodium chloride
1.0 mMCaCl2Calcium chloride
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 283.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 30.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.67 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 62296
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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